单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-09-23	An activation to memory differentiation trajectory of tumor-infiltrating lymphocytes informs metastatic melanoma outcomes 2022-05-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.04.005 PMID:35537413	研究论文	本文应用先进的基因组学技术研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在黑色素瘤转移中的作用	首次通过单细胞测序分析了TILs的激活到记忆分化轨迹，揭示了记忆/驻留记忆TILs在抗PD-1治疗中的重要作用	研究仅限于黑色素瘤，且样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨肿瘤浸润淋巴细胞在黑色素瘤转移中的作用及其对治疗反应的影响	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在黑色素瘤中的分化轨迹	基因组学	黑色素瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	9000个人类肿瘤样本和多个单细胞测序数据集
142	2024-09-23	Stem-cell-derived trophoblast organoids model human placental development and susceptibility to emerging pathogens 2022-05-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.04.004 PMID:35523141	研究论文	本文报道了从人类多能干细胞（hPSCs）中分离的滋养层干细胞可以高效自组织成3D的干细胞衍生滋养层类器官（SC-TOs），模拟人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性	首次展示了从hPSCs中分离的滋养层干细胞可以形成具有绒毛结构的3D类器官，并揭示了其对SARS-CoV-2和Zika病毒的易感性	需要进一步研究以验证SC-TOs在模拟胎盘发育和病原体易感性方面的准确性和全面性	开发一种可访问的3D模型系统，用于研究人类胎盘发育及其对新兴病原体的易感性	从hPSCs中分离的滋养层干细胞及其形成的3D类器官	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个滋养层干细胞及其形成的类器官
143	2024-09-23	Monocytes transition to macrophages within the inflamed vasculature via monocyte CCR2 and endothelial TNFR2 2022-05-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210562 PMID:35404389	研究论文	研究揭示了单核细胞在炎症血管中转变为巨噬细胞的分子信号机制	首次阐明了CCR2和TNFR2在单核细胞向巨噬细胞转变过程中的关键作用，并提出了CCR2介导的自分泌正反馈循环可能加剧肾炎症	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，缺乏体内实验验证	探讨单核细胞在炎症环境下转变为巨噬细胞的分子机制及其在疾病中的作用	单核细胞、巨噬细胞、炎症血管、肾小球肾炎患者	NA	肾小球肾炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外实验中使用了单核细胞与TNF-TNFR2激活的内皮细胞共培养，单细胞RNA测序分析了共培养细胞
144	2024-09-23	Trans-Seq maps a selective mammalian retinotectal synapse instructed by Nephronectin 2022-05, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01068-8 PMID:35524141	研究论文	本研究开发了一种名为Trans-Seq的综合方法，用于绘制从小鼠视网膜神经节细胞（RGC）到上丘（SC）的电路连接图	首次使用Trans-Seq方法结合荧光顺行跨突触示踪剂和单细胞RNA测序，绘制了RGC到SC的电路连接图，并验证了αRGC与Nephronectin阳性广域神经元（NPWFs）之间的连接	NA	理解哺乳动物视觉系统的电路连接	小鼠视网膜神经节细胞（RGC）和上丘（SC）神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
145	2024-09-23	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	研究揭示了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹肌纤维化中的作用，特别是在腹股沟疝的小鼠模型中	发现了两个潜在的新型与疝相关的成纤维细胞群，这些细胞可能成为非手术治疗腹股沟疝的新靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	腹股沟疝的小鼠模型中的腹肌组织	NA	腹股沟疝	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的腹肌组织
146	2024-09-23	Oncogenic Vav1-Myo1f induces therapeutically targetable macrophage-rich tumor microenvironment in peripheral T cell lymphoma 2022-04-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110695 PMID:35443168	研究论文	研究了Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的致癌作用及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示了Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的致癌机制，并发现肿瘤相关巨噬细胞是潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨Vav1-Myo1f融合基因在周围T细胞淋巴瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响	周围T细胞淋巴瘤中的Vav1-Myo1f融合基因及其诱导的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠Vav1-Myo1f淋巴瘤模型
147	2024-09-23	Combined noncanonical NF-κB agonism and targeted BET bromodomain inhibition reverse HIV latency ex vivo 2022-04-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI157281 PMID:35426377	研究论文	研究了通过非经典NF-κB激动剂和靶向BET溴结构域抑制剂联合使用逆转HIV潜伏期的方法	首次展示了IAP拮抗剂与BET抑制剂联合使用在体外逆转HIV潜伏期的协同效应	IAPi+BETi治疗未能显著提高病毒输出频率	探索逆转HIV潜伏期的组合策略	HIV潜伏期逆转及BET蛋白在其中的作用	NA	HIV感染	CRISPR-CAS9, 单细胞RNA测序	NA	RNA	来自抗逆转录病毒治疗抑制的供体的CD4+ T细胞
148	2024-09-23	Classification of human chronic inflammatory skin disease based on single-cell immune profiling 2022-04-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abl9165 PMID:35427179	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术对31名患者的皮肤样本进行免疫细胞转录组分析，以分类慢性炎症性皮肤病	首次通过单细胞RNA测序揭示了人类皮疹中T细胞和Trm成分的活跃增殖扩张以及T细胞的普遍耗竭，并开发了一个名为RashX的网络界面，供科学家和临床医生使用	样本量相对较小，且未涵盖所有类型的慢性炎症性皮肤病	通过单细胞免疫分析技术，对慢性炎症性皮肤病进行分子水平上的分类	31名患者的皮肤样本中的CD45免疫细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	31名患者（包括7名特应性皮炎、8名寻常型银屑病、2名扁平苔藓、1名大疱性类天疱疮、6名临床/组织病理学不确定的皮疹患者和7名健康对照）
149	2024-09-23	lincRNA-Cox2 Functions to Regulate Inflammation in Alveolar Macrophages during Acute Lung Injury 2022-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100743 PMID:35365562	研究论文	研究了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控作用	首次揭示了lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞炎症反应的调控机制	NA	探讨lincRNA-Cox2在急性肺损伤中的作用及其对炎症反应的调控机制	lincRNA-Cox2在急性肺损伤期间对肺泡巨噬细胞的调控作用	NA	急性肺损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	NA
150	2024-09-23	Cellular and transcriptional diversity over the course of human lactation 2022-04-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2121720119 PMID:35377806	研究论文	研究分析了人类母乳中的细胞和转录多样性随哺乳时间的变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了人类母乳中细胞的转录组特征，并揭示了哺乳期间细胞类型频率的变化	研究样本量较小，仅涉及15名捐赠者，可能影响结果的普适性	探讨人类母乳中细胞的多样性和转录特征随哺乳时间的变化	人类母乳中的细胞及其转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	广义加性模型	转录组数据	15名捐赠者的母乳样本，时间跨度为产后3至632天
151	2024-09-23	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS): A pipeline for mapping of diverse cell types across the murine brain 2022-04-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2111786119 PMID:35363567	研究论文	本文介绍了一种名为Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)的开源计算管道，用于推断小鼠大脑中多种神经细胞类型的定量验证分布	MISS通过基因子集选择这一预处理步骤，显著提高了细胞类型图谱的准确性，并展示了其可推广性	NA	填补当前实验方法未能全面绘制小鼠大脑中神经和非神经细胞类型分布图谱的知识空白	小鼠大脑中的神经细胞类型分布	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序 (RNAseq) 和原位杂交	NA	基因数据	NA
152	2024-09-23	Quantifying chromosomal instability from intratumoral karyotype diversity using agent-based modeling and Bayesian inference 2022-04-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.69799 PMID:35380536	研究论文	本文开发了一种框架，通过考虑核型选择，使用模拟和模型选择来量化染色体不稳定性（CIN）	本文提出了一种新的方法，通过模拟和贝叶斯推断来量化CIN，并考虑了核型选择的影响	本文的实验验证仅限于化疗药物紫杉醇，且样本量较小	开发一种量化人类肿瘤中CIN的方法，并将其发展为预测性生物标志物	染色体不稳定性（CIN）及其在癌症中的作用	NA	NA	单细胞测序	贝叶斯推断	核型数据	实验验证中使用了化疗药物紫杉醇处理的细胞，临床样本的具体数量未明确提及
153	2024-09-23	Metabolism drives macrophage heterogeneity in the tumor microenvironment 2022-04-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110609 PMID:35385733	研究论文	研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境中的代谢驱动异质性	首次揭示了TAMs在转录、发育、代谢和功能层面的高度异质性，并发现嘌呤代谢是促进肿瘤和终末分化TAMs的特征	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能需要更多临床数据验证	探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的代谢与表型关系	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢模式	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肝脏转移瘤和人类TAMs样本
154	2024-09-23	Cell type and gene expression deconvolution with BayesPrism enables Bayesian integrative analysis across bulk and single-cell RNA sequencing in oncology 2022-04, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00356-3 PMID:35469013	研究论文	开发了一种贝叶斯方法BayesPrism，用于从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达，并在多种肿瘤类型中进行综合分析	引入了一种新的贝叶斯方法BayesPrism，能够准确推断大规模批量RNA测序数据中的细胞组成和表达	NA	解决从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达的问题，并在肿瘤学中进行综合分析	主要胶质母细胞瘤、头颈鳞状细胞癌和皮肤黑色素瘤	数字病理学	肿瘤	RNA测序	贝叶斯方法	RNA测序数据	多种肿瘤类型的患者样本
155	2024-09-23	Antigen identification and high-throughput interaction mapping by reprogramming viral entry 2022-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01436-z PMID:35396484	研究论文	本文介绍了一种通过重新编程病毒进入机制来识别抗原并进行高通量相互作用映射的技术	本文提出了一种新的方法，结合病毒假型化和分子工程技术，通过在慢病毒表面展示抗原并在病毒基因组中编码其身份，实现了抗原和受体的配对	NA	解码免疫识别，以理解广泛的疾病并开发有效的疫苗和免疫疗法	抗原和免疫受体的相互作用	NA	NA	病毒假型化、分子工程	NA	单细胞测序数据	NA
156	2024-09-23	Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04536-0 PMID:35355021	研究论文	研究肥胖对特应性皮炎病理和治疗反应的影响	首次揭示肥胖通过改变T细胞分化和PPARγ活性，影响特应性皮炎的免疫反应和生物治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖如何影响免疫疾病病理和治疗反应	肥胖和正常体重小鼠的特应性皮炎模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和全基因组结合分析	NA	基因表达数据	两组小鼠模型，每组若干只
157	2024-09-23	B lymphocyte-derived acetylcholine limits steady-state and emergency hematopoiesis 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01165-7 PMID:35352063	研究论文	本文探讨了B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱如何调节骨髓中的造血功能	首次揭示了B淋巴细胞是乙酰胆碱的重要来源，并阐明了其在调节造血中的作用	仅限于小鼠和心血管疾病患者的研究，缺乏更广泛的人类样本	研究副交感神经信号如何调节造血功能	B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱及其在骨髓造血中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和心血管疾病患者
158	2024-09-23	Analyzing Spatial Transcriptomics Data Using Giotto 2022-Apr, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.405 PMID:35384407	研究论文	本文介绍了Giotto工具箱在空间转录组数据分析和可视化中的应用	开发了Giotto作为全面、通用且用户友好的工具箱，用于空间转录组数据分析	NA	帮助用户熟悉Giotto环境并有效应用于新数据集的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	隐藏马尔可夫随机场模型	转录组数据	NA
159	2024-09-23	Inflammatory blockade prevents injury to the developing pulmonary gas exchange surface in preterm primates 2022-03-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl8574 PMID:35353543	研究论文	研究探讨了炎症阻断对早产灵长类动物发育中的肺气体交换表面的保护作用	首次使用单细胞RNA测序分析定义了多细胞肺泡信号微环境，并展示了炎症阻断对肺损伤的保护作用	研究仅限于灵长类动物模型，尚未在人类中验证	探讨炎症对早产儿肺发育的影响及炎症阻断的治疗潜力	早产灵长类动物的肺发育和炎症反应	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	早产灵长类动物模型
160	2024-09-20	Single-cell transcriptome reveals insights into the development and function of the zebrafish ovary 2022-05-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76014 PMID:35588359	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了斑马鱼卵巢的发育和功能	首次通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼卵巢中不同细胞亚群的转录组特征，并发现了新的细胞亚群	基因敲除实验仅限于少数基因，未来需要进一步扩展以全面理解卵巢发育和功能的调控机制	揭示斑马鱼卵巢发育和功能的分子机制	斑马鱼卵巢中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10,658个生殖细胞和14,431个体细胞