单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 1501 - 1520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2024-08-08 |
Multi-level cellular and functional annotation of single-cell transcriptomes using scPipeline
2022-10-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04093-2
PMID:36307536
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scPipeline的单细胞数据分析工具箱，该工具箱基于现有方法，提供模块化工作流程，用于多层次细胞注释和用户友好的分析报告 | scPipeline引入了基于共依赖指数（CDI）的差异表达、使用标记特异性的聚类分辨率优化、基于Miko评分的标记细胞类型注释以及使用无标度共享最近邻网络（SSN）的基因程序发现等新功能 | NA | 开发一个灵活的计算框架，用于深入的单细胞RNA测序分析 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无标度共享最近邻网络（SSN） | 转录组数据 | 使用多种单细胞RNA测序数据集进行验证 |
| 1502 | 2024-08-08 |
Live slow-frozen human tumor tissues viable for 2D, 3D, ex vivo cultures and single-cell RNAseq
2022-10-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04025-0
PMID:36307545
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research paper | 本文展示了从多种实体人癌症中直接慢速冷冻的剩余组织，可以在后续用于不同类型的方法，包括建立2D、3D和体外培养以及单细胞RNA测序 | 本文首次展示了慢速冷冻的人类肿瘤组织可以用于多种生物学方法，包括2D、3D培养和单细胞RNA测序 | NA | 验证慢速冷冻的人类肿瘤组织在不同生物学方法中的应用 | 多种实体人癌症的剩余组织 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | tissue | 多种实体人癌症的剩余组织 |
| 1503 | 2024-08-08 |
Subcellular spatial transcriptomics identifies three mechanistically different classes of localizing RNAs
2022-10-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34004-2
PMID:36289223
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研究论文 | 本文通过亚细胞空间转录组学技术，识别了柱状卵泡上皮细胞（FE）顶端和基底域定位的RNA，并分析了介导其定位的机制 | 首次在单一组织中全面分析RNA定位的机制，并发现了至少三种不同的RNA定位机制 | NA | 研究RNA在细胞内的定位机制及其对细胞功能极化的贡献 | RNA在柱状卵泡上皮细胞中的定位及其机制 | NA | NA | 亚细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 柱状卵泡上皮细胞 |
| 1504 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a landscape and targeted treatment of ferroptosis in retinal ischemia/reperfusion injury
2022-Oct-26, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02621-9
PMID:36289494
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了视网膜缺血再灌注损伤的细胞图谱，并探讨了铁死亡在其中的作用机制 | 首次在单细胞水平上全面揭示了视网膜缺血再灌注损伤的细胞图谱，并发现铁死亡在此过程中的重要作用 | NA | 建立视网膜缺血再灌注损伤的完整细胞图谱，并探索其潜在机制 | 小鼠视网膜缺血再灌注损伤 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠视网膜细胞 |
| 1505 | 2024-08-08 |
[Single-cell transcriptome analysis of multigrade glioma heterogeneity and immune microenvironment revealed potential prognostic biomarkers]
2022-Oct-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.220481
PMID:36305410
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析多级胶质瘤的异质性和免疫微环境，揭示潜在的预后生物标志物 | 利用单细胞转录组测序技术，结合多个数据库分析，探索不同级别胶质瘤的差异表达基因及其与免疫治疗的关系 | NA | 旨在识别胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤之间的差异表达基因，探索不同级别胶质瘤的预后因素 | 胶质瘤的异质性和免疫微环境 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 共收集了来自三个数据集的29,097个细胞样本 |
| 1506 | 2024-08-08 |
[Analysis of progress characteristics of retinoblastoma based on single cell transcriptome sequencing]
2022-Oct-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.220491
PMID:36305411
|
研究论文 | 本研究基于单细胞转录组测序数据分析视网膜母细胞瘤（RB）的进展特征 | 首次在单细胞水平上分析了RB肿瘤不同病程阶段的转录组特征，并识别了与RB进展潜在相关的细胞群和基因集 | 研究仅基于公开数据库中的数据，未涉及实验验证 | 旨在识别与视网膜母细胞瘤进展密切相关的基因，为疾病诊断和基因治疗提供重要线索 | 视网膜母细胞瘤肿瘤组织及其邻近组织 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1507 | 2024-08-08 |
Single-cell temporal transcriptomics from tiny cytoplasmic biopsies
2022-10-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100319
PMID:36313799
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研究论文 | 陈等人介绍了一种名为Live-seq的单细胞转录组分析方法，该方法使用皮升尺度的单细胞细胞质活检而非完全细胞溶解 | 将单细胞RNA测序（scRNA-seq）从终点分析转变为时间分析平台 | NA | 开发一种新的单细胞转录组分析方法 | 单细胞细胞质活检 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单细胞 |
| 1508 | 2024-08-08 |
Automatic Cell Type Annotation Using Marker Genes for Single-Cell RNA Sequencing Data
2022-10-21, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom12101539
PMID:36291748
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研究论文 | 本文提出了一种自动细胞类型注释方法ACAM，用于单细胞RNA测序数据 | ACAM通过代表性聚类识别、使用标记基因的聚类注释和剩余细胞分类，提供了一个清晰的自动细胞注释框架 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型自动注释方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个真实数据集 |
| 1509 | 2024-08-08 |
Analysis of MicroRNA Regulation and Gene Expression Variability in Single Cell Data
2022-Oct-21, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm12101750
PMID:36294889
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研究论文 | 研究分析了单细胞数据中微小RNA（miRNA）对基因表达调控及表达变异性的影响 | 使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并评估了scRNA-seq作为研究miRNA调控工具的有效性 | miRNA对目标基因表达噪声的轻微降低效应容易被scRNA-seq中的强技术噪声掩盖 | 评估scRNA-seq作为研究miRNA调控的工具，并提出减少技术噪声的改进措施 | miRNA对mRNA表达的影响及单细胞中的基因表达变异性 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1510 | 2024-08-08 |
Unraveling Differential Transcriptomes and Cell Types in Zebrafish Larvae Intestine and Liver
2022-10-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11203290
PMID:36291156
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，分析了5天龄野生型斑马鱼幼体肠道和肝脏的转录组差异，并鉴定了特定细胞类型的特征基因。 | 首次进行了斑马鱼幼体肠道和肝脏在5天龄时的全基因组转录组比较，并鉴定了大量标记特定细胞类型的特征基因。 | NA | 揭示斑马鱼幼体肠道和肝脏在早期发育阶段的细胞模式和特化机制。 | 斑马鱼幼体的肠道和肝脏。 | 数字病理学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从野生型斑马鱼幼体中分离的肠道和肝脏样本 |
| 1511 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome of Wet AMD Patient-Derived Endothelial Cells in Angiogenic Sprouting
2022-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232012549
PMID:36293401
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研究论文 | 本研究分析了来自湿性AMD患者和正常对照者的血源性内皮细胞（BOECs）的单细胞转录组，揭示了与病理性血管生成相关的分子机制 | 发现了湿性AMD中病理性血管生成可能由白细胞介素信号和氨基酸代谢驱动的新的分子机制 | NA | 阐明湿性AMD中VEGF独立通路的可能性 | 湿性AMD患者和正常对照者的血源性内皮细胞（BOECs） | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自湿性AMD患者和正常对照者的血源性内皮细胞 |
| 1512 | 2024-08-08 |
A Novel Transcriptome Approach to the Investigation of the Molecular Pathology of Vitreous and Retinal Detachment
2022-10-18, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13101885
PMID:36292771
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综述 | 本文综述了玻璃体和视网膜脱离的分子病理学研究，特别关注了层粘连蛋白细胞在玻璃体后脱离及其相关视网膜破裂中的作用和转录组特征 | 本文首次识别并讨论了层粘连蛋白细胞这一新型细胞群体在病理玻璃体后脱离中的显著存在，并探讨了使用空间转录组学技术来克服传统RNA测序局限性的潜力 | 本文考虑了批量RNA测序的局限性，并讨论了使用空间转录组学技术来解决这些问题的可能性 | 理解玻璃体后脱离相关视网膜撕裂的发病机制，为开发新型治疗靶点和预防性治疗提供基础 | 玻璃体后脱离及其相关的视网膜脱离和撕裂 | 数字病理学 | 眼科疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1513 | 2024-08-08 |
Identification of Prognostic Gene Signatures by Developing a scRNA-Seq-Based Integration Approach to Predict Recurrence and Chemotherapy Benefit in Stage II-III Colorectal Cancer
2022-Oct-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232012460
PMID:36293319
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的整合方法，用于识别和构建结直肠癌（CRC）的预后基因签名，以预测复发和化疗效果 | 本文创新性地提出了一种基于单细胞RNA测序的预后生物标志物识别方法，能够有效预测辅助化疗的益处 | NA | 旨在为II-III期结直肠癌患者在临床治疗前预测辅助治疗的益处 | II-III期结直肠癌患者的预后和辅助化疗效果 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1514 | 2024-08-08 |
Development of Single-Cell Transcriptomics and Its Application in COVID-19
2022-10-16, Viruses
DOI:10.3390/v14102271
PMID:36298825
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在COVID-19研究中的应用，探讨了SARS-CoV-2引发的免疫反应差异，并提供了改进COVID-19诊断和治疗方案的见解 | 利用单细胞测序技术在识别个体细胞间差异表达基因方面具有显著优势，有助于深入理解各种生理和病理过程 | NA | 深入理解COVID-19的临床表现及其背后的分子机制 | SARS-CoV-2引发的免疫反应差异及COVID-19的诊断和治疗 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1515 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics of Endothelial Cells in Upper and Lower Human Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2022-10-14, Current oncology (Toronto, Ont.)
DOI:10.3390/curroncol29100607
PMID:36290884
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人体食管鳞状细胞癌中上部和下部内皮细胞的转录组，以寻找新的抗血管生成治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了食管鳞状细胞癌中上部和下部内皮细胞的差异表达基因，并分析了这些基因在血管生成和细胞运动中的作用 | 研究结果需要进一步的临床试验验证，以确定所识别的靶基因在抗血管生成治疗中的实际效果 | 寻找食管鳞状细胞癌中新的抗血管生成治疗靶点 | 食管鳞状细胞癌中的上部和下部内皮细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1516 | 2024-08-08 |
Intercellular Communication Reveals Therapeutic Potential of Epithelial-Mesenchymal Transition in Triple-Negative Breast Cancer
2022-Oct-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom12101478
PMID:36291687
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了五名三阴性乳腺癌患者的8938个细胞基因表达谱，探讨了上皮-间质转化在三阴性乳腺癌中的治疗潜力及其细胞间通讯机制 | 首次通过单细胞RNA测序详细描述了三阴性乳腺癌中的上皮-间质转化过程，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CXCL-CXCR2信号支持恶性上皮细胞侵袭的新机制 | 研究样本仅限于五名三阴性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨上皮-间质转化在三阴性乳腺癌中的治疗潜力及其细胞间通讯机制 | 三阴性乳腺癌患者的细胞基因表达谱 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8938个细胞基因表达谱，来自五名三阴性乳腺癌患者 |
| 1517 | 2024-08-08 |
Increased CD4+CD8+ Double Positive T Cells during Hantaan Virus Infection
2022-10-13, Viruses
DOI:10.3390/v14102243
PMID:36298798
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序数据分析了汉坦病毒感染引起的出血热伴肾综合征患者中双阳性T细胞的变化及其作用 | 首次发现汉坦病毒感染导致外周血中双阳性T细胞的积累，并表明这些细胞属于CD8T细胞系，具有类似细胞毒性T细胞的特征并发挥抗病毒作用 | NA | 探索汉坦病毒感染期间双阳性T细胞的动态变化及其在疾病中的作用 | 汉坦病毒感染引起的出血热伴肾综合征患者中的双阳性T细胞 | NA | 出血热伴肾综合征 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据 | HFRS患者 |
| 1518 | 2024-08-08 |
A Novel Algorithm for Feature Selection Using Penalized Regression with Applications to Single-Cell RNA Sequencing Data
2022-Oct-12, Biology
DOI:10.3390/biology11101495
PMID:36290397
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研究论文 | 本文分析并比较了多种基于惩罚回归的方法在单细胞RNA测序数据中的特征选择性能，并提出了一种新的算法 | 提出了一种新的特征选择算法，该算法通过选择一小部分基因并应用稀疏组套索（SGL）方法来识别差异表达基因，无需特定领域的基因分组知识 | NA | 研究并改进单细胞RNA测序数据中的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因（特征）选择 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 惩罚回归方法（如稀疏组套索SGL、岭回归、套索回归等） | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 1519 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling in Inherited Retinal Degeneration Reveals Distinct Metabolic Pathways in Rod and Cone Photoreceptors
2022-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232012170
PMID:36293024
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，在遗传性视网膜变性的背景下，系统地绘制了小鼠视网膜在单细胞水平上的转录变化图谱 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了遗传性视网膜变性中杆状和锥状光感受器的特定代谢途径变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类 | 旨在系统地映射遗传性视网膜变性中发生的转录变化 | 遗传性视网膜变性中的小鼠视网膜细胞 | 数字病理学 | 遗传性视网膜变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 43,979个单独细胞，分为20个不同的集群 |
| 1520 | 2024-08-08 |
COVID-GWAB: A Web-Based Prediction of COVID-19 Host Genes via Network Boosting of Genome-Wide Association Data
2022-10-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom12101446
PMID:36291657
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研究论文 | 本文介绍了COVID-GWAB，一个基于网络的工具，用于通过整合独立的功能信息来增强COVID-19患者的GWAS信号，并重新优先考虑候选宿主基因 | 通过整合分子相互作用等独立功能信息，增强弱关联信号，克服传统GWAS的统计能力限制 | NA | 研究影响COVID-19易感性和反应的宿主基因遗传因素 | COVID-19患者的宿主基因 | 生物信息学 | COVID-19 | GWAS | NA | 基因组数据 | NA |