单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-10-16 |
Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model
2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021081150
PMID:34853151
|
研究论文 | 研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态 | 首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种 | 研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态 | 雌性小鼠急性肾损伤模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 16,856个独特基因 |
| 122 | 2024-10-12 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals a dynamic control of metabolic zonation and liver regeneration by endothelial cell Wnt2 and Wnt9b
2022-10-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100754
PMID:36220068
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研究论文 | 研究揭示了内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的动态调控作用 | 首次明确内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的关键作用，并展示了Wnt激活剂作为急性肝衰竭再生疗法的潜力 | NA | 探讨Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的作用 | 内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的调控机制 | NA | NA | 单细胞分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 123 | 2024-10-09 |
Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.837842
PMID:35392082
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研究论文 | 本文报道了人类B细胞通过同时激活多个TNF超家族配体介导固有的抗癌细胞毒性 | 首次发现B细胞也具有固有的抗癌免疫机制，并展示了其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性 | 研究主要集中在B细胞的细胞毒性机制上，未深入探讨其在临床治疗中的应用潜力 | 探讨B细胞在固有免疫中的抗癌机制 | 人类B细胞及其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序分析和流式细胞术 | NA | RNA | 从健康个体和头颈部鳞状细胞癌患者中分离的B细胞 |
| 124 | 2024-10-06 |
Epstein-Barr virus perpetuates B cell germinal center dynamics and generation of autoimmune-associated phenotypes in vitro
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1001145
PMID:36248899
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过体外实验维持B细胞生发中心动态并产生与自身免疫相关表型 | 首次通过单细胞方法揭示EB病毒感染和LCLs中的B细胞异质性，并提出EB病毒持续驱动B细胞进入、通过和退出生发中心反应的模型 | 研究主要在体外进行，缺乏体内实验验证 | 探讨EB病毒如何影响B细胞的动态变化及其与自身免疫疾病的关系 | EB病毒感染的B细胞及其在生发中心中的动态变化 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从LCLs中分离的多个亚群B细胞 |
| 125 | 2024-10-06 |
Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis
2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S380986
PMID:36200061
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研究论文 | 研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响 | 首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用 | 仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证 | 探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制 | OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | 包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型 |
| 126 | 2024-10-04 |
Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161078
PMID:36066976
|
研究论文 | 研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化 | 研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制 | 探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化 | 肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 127 | 2024-10-04 |
Epigenetic and Transcriptomic Programming of HSC Quiescence Signaling in Large for Gestational Age Neonates
2022-Jun-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23137323
PMID:35806330
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研究论文 | 本文研究了过度胎儿生长对人类造血干细胞（HSC）静止信号的表观遗传和转录调控的影响 | 首次通过综合分析单细胞表观基因组学和单细胞转录组学，揭示了DNA甲基化变化与HSC功能改变之间的功能联系 | NA | 探讨过度胎儿生长对HSC静止信号的表观遗传和转录调控的影响 | 人类造血干细胞（HSC）及其在过度胎儿生长中的表观遗传和转录调控 | 表观遗传学 | NA | 单细胞表观基因组学、单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | 来自过度胎儿生长新生儿的造血干细胞（HSC） |
| 128 | 2024-10-01 |
A method for low-coverage single-gamete sequence analysis demonstrates adherence to Mendel's first law across a large sample of human sperm
2022-12-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76383
PMID:36475543
|
研究论文 | 开发了一种名为rhapsodi的方法，用于分析低覆盖率的单配子测序数据，并验证了人类精子样本中孟德尔第一定律的遵守情况 | 提出了rhapsodi方法，利用稀疏的配子基因型数据进行二倍体基因组分型、缺失基因型推断和减数分裂重组断点的发现 | 研究主要集中在人类精子样本，可能不适用于其他物种或组织类型 | 验证孟德尔分离定律在人类精子中的遵守情况，并开发新的方法来分析低覆盖率的单配子测序数据 | 人类精子样本中的基因型数据和减数分裂重组事件 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因型数据 | 41,189个精子细胞，来自25名捐赠者 |
| 129 | 2024-09-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring
2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204849
PMID:36354175
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征 | 百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组 |
| 130 | 2024-09-30 |
SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data
2022-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34867-5
PMID:36443314
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务 | SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式 | NA | 开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法 | 小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据 | 空间组学 | 三阴性乳腺癌 | 空间组学 | 图模型 | 空间组学数据 | 两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集 |
| 131 | 2024-09-30 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203040
PMID:35986392
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研究论文 | 使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征 | 研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路 | 宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量样本，具体数量未明确提及 |
| 132 | 2024-09-30 |
Cell-type modeling in spatial transcriptomics data elucidates spatially variable colocalization and communication between cell-types in mouse brain
2022-01-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.09.004
PMID:34626538
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研究论文 | 本文开发了一种神经网络模型STANN，用于空间转录组数据中的细胞类型建模，并揭示了小鼠大脑中细胞类型的空间变异共定位和通信机制 | 本文提出了STANN模型，解决了单细胞空间转录组数据与单细胞RNA测序数据整合的难题，揭示了小鼠嗅球中细胞类型的空间变异特征 | NA | 研究单细胞空间转录组数据中的细胞类型建模及其在复杂组织中的应用 | 小鼠嗅球中的细胞类型及其空间变异特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | 神经网络模型 | 转录组数据 | 小鼠嗅球样本 |
| 133 | 2024-09-30 |
Transcriptional census of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2022-Jan-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi7640
PMID:34985957
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，研究了八种不同癌症类型中上皮-间质可塑性的转录特征 | 通过大规模单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内上皮-间质可塑性的表达模式及其多样性 | NA | 研究上皮-间质可塑性在癌症中的分子特征及其对治疗和免疫逃逸的影响 | 八种不同癌症类型的266个肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 266个肿瘤样本 |
| 134 | 2024-09-30 |
Probing transient memory of cellular states using single-cell lineages
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.1050516
PMID:36824587
|
综述 | 本文综述了利用单细胞谱系研究细胞状态瞬时记忆的最新进展 | 提出了一种基于波动的方法，通过时间点测量揭示细胞状态转换，特别适用于导致细胞死亡或不可逆生理变化的测量 | NA | 探讨细胞状态瞬时遗传性的建模方法及其在不同生物系统中的应用 | 单细胞在不同状态间的动态转换 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-09-30 |
Recent Technical Advances in Accelerating the Clinical Translation of Small Animal Brain Imaging: Hybrid Imaging, Deep Learning, and Transcriptomics
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.771982
PMID:35402436
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综述 | 本文综述了加速小动物脑成像临床转化的最新技术进展，重点介绍了混合成像、深度学习和转录组学 | 本文介绍了单细胞转录组学和PET示踪剂细胞来源鉴定方法的发展，以及基于深度学习的图像分析技术，以增强成像协议的量化和优化 | 本文讨论了从小动物脑成像向临床转化过程中存在的几个主要障碍，包括生物物种间的内在差异和成像技术上的挑战 | 本文旨在总结小动物神经成像领域的最新进展，以提高其临床转化能力 | 本文主要研究小动物脑成像技术及其临床转化 | 计算机视觉 | NA | 混合成像、深度学习、转录组学 | 深度学习 | 图像 | 小动物（如啮齿动物）脑部样本 |
| 136 | 2024-09-30 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.12.13.520181
PMID:36561173
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研究论文 | 提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达 | CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题 | 未提及 | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本 |
| 137 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 |
| 138 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
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研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA |
| 139 | 2024-09-30 |
Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics
2022-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01273-7
PMID:35501392
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研究论文 | 本文介绍了一种基于条件自回归的解卷积方法（CARD），用于空间转录组学中的细胞类型解卷积 | CARD方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性表达信息与细胞类型组成在组织位置间的相关性，能够提高解卷积的准确性，并能在没有scRNA-seq参考数据的情况下进行解卷积 | NA | 开发一种新的解卷积方法，以提高空间转录组学数据中细胞类型组成的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型组成和基因表达水平 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 条件自回归模型 | 基因表达数据 | 四个数据集，包括一个胰腺癌数据集 |
| 140 | 2024-09-30 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29439-6
PMID:35365632
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研究论文 | 本文开发了一种名为STAGATE的图注意力自编码器框架，用于从空间转录组学数据中准确识别空间域 | STAGATE通过集成空间信息和基因表达谱，采用注意力机制自适应学习相邻点的相似性，并可选地集成预聚类的基因表达，以更好地表征空间域边界的相似性 | NA | 开发一种新的方法来准确识别空间转录组学数据中的空间域 | 空间转录组学数据中的空间域 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 基因表达数据 | 多种空间转录组学数据集，由不同平台生成，具有不同的空间分辨率 |