单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-09-30	Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data 2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.12.13.520181 PMID:36561173	研究论文	提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达	CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题	未提及	开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达	单细胞RNA测序数据中的基因共表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本
122	2024-09-30	Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data 2022-Oct-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105163 PMID:36217547	研究论文	本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制	首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因	NA	揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制	小鼠T淋巴细胞的糖链表型	机器学习	NA	单细胞测序	深度学习模型	转录组数据和糖链数据	小鼠T淋巴细胞
123	2024-09-30	Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02774-z PMID:36253828	研究论文	本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪	提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差	NA	解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题	单细胞Hi-C数据	生物信息学	NA	单细胞Hi-C	深度生成模型	基因组数据	NA
124	2024-09-30	Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics 2022-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01273-7 PMID:35501392	研究论文	本文介绍了一种基于条件自回归的解卷积方法（CARD），用于空间转录组学中的细胞类型解卷积	CARD方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性表达信息与细胞类型组成在组织位置间的相关性，能够提高解卷积的准确性，并能在没有scRNA-seq参考数据的情况下进行解卷积	NA	开发一种新的解卷积方法，以提高空间转录组学数据中细胞类型组成的准确性	空间转录组学数据中的细胞类型组成和基因表达水平	空间转录组学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件自回归模型	基因表达数据	四个数据集，包括一个胰腺癌数据集
125	2024-09-30	Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder 2022-04-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29439-6 PMID:35365632	研究论文	本文开发了一种名为STAGATE的图注意力自编码器框架，用于从空间转录组学数据中准确识别空间域	STAGATE通过集成空间信息和基因表达谱，采用注意力机制自适应学习相邻点的相似性，并可选地集成预聚类的基因表达，以更好地表征空间域边界的相似性	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组学数据中的空间域	空间转录组学数据中的空间域	生物信息学	NA	空间转录组学	图注意力自编码器	基因表达数据	多种空间转录组学数据集，由不同平台生成，具有不同的空间分辨率
126	2024-09-30	Recent advances and application of whole genome amplification in molecular diagnosis and medicine 2022-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.116 PMID:35281794	综述	本文综述了全基因组扩增（WGA）技术在分子诊断和医学中的最新进展和应用	介绍了WGA技术在单细胞测序中的应用，并讨论了其在分子诊断和医学中的应用前景和挑战	未提及具体的技术局限性	综述WGA技术在分子诊断和医学中的应用	全基因组扩增技术及其在分子诊断和医学中的应用	分子生物学	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	DNA	少量DNA样本，特别是单细胞样本
127	2024-09-30	Cell specific peripheral immune responses predict survival in critical COVID-19 patients 2022-02-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28505-3 PMID:35169146	研究论文	研究了外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率之间的关系	使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了与重症COVID-19患者生存相关的特定细胞类型转录特征，并利用机器学习预测死亡率	需要进一步验证和独立数据集的支持	探讨外周免疫细胞激活与重症COVID-19患者生存率的关系，并开发预测模型	重症COVID-19患者的免疫细胞和生存率	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序，CITE-seq	机器学习	转录组数据	多个重症COVID-19患者样本
128	2024-09-30	Comparison and evaluation of statistical error models for scRNA-seq 2022-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02584-9 PMID:35042561	研究论文	本文比较和评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中统计误差模型的性能	本文分析了59个scRNA-seq数据集，发现负二项分布模型在处理具有足够测序深度的基因时表现更好，并提出了数据驱动的方法来进行参数估计	本文主要集中在统计误差模型的比较和评估，未涉及其他可能影响scRNA-seq数据质量的因素	评估不同统计误差模型在scRNA-seq数据中的适用性，并提供建模建议	scRNA-seq数据中的统计误差模型	NA	NA	scRNA-seq	负二项分布模型	scRNA-seq数据	59个scRNA-seq数据集
129	2024-09-28	Integrating Single-Cell Transcriptome and Network Analysis to Characterize the Therapeutic Response of Chronic Myeloid Leukemia 2022-Nov-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232214335 PMID:36430822	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和网络分析，研究了慢性髓性白血病（CML）对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗的反应机制	本文首次结合单细胞RNA测序和转录调控网络分析，揭示了CML干细胞对TKI治疗的不同反应机制，并识别了新的治疗反应基因标记	本文主要集中在CML干细胞的研究，未涵盖其他类型的白血病细胞	研究CML患者对TKI治疗的反应机制，识别新的治疗反应基因标记	CML干细胞及其对TKI治疗的反应	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	CML患者的干细胞样本
130	2024-09-28	A strategy to quantify myofibroblast activation on a continuous spectrum 2022-07-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16158-7 PMID:35851602	研究论文	本文开发了一种基于显微成像和机器学习方法的策略，用于在体外连续量化肌成纤维细胞的激活状态	本文首次提出了一种基于显微成像和机器学习的方法，用于在连续谱上量化肌成纤维细胞的激活状态	本文的研究仅限于体外实验，尚未在体内验证该方法的有效性	开发一种方法来量化肌成纤维细胞在连续谱上的激活状态	肌成纤维细胞的激活状态	数字病理学	NA	显微成像、机器学习、单细胞RNA测序	自监督机器学习	图像、转录组数据	超过1000个心肌成纤维细胞
131	2024-09-28	Deconvolution of the hematopoietic stem cell microenvironment reveals a high degree of specialization and conservation 2022-May-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104225 PMID:35494238	研究论文	本文开发了一种定制的生物信息学管道，整合了公共和专有的单细胞RNA测序数据，以揭示造血干细胞微环境的复杂性和特异性	首次鉴定了14种中间细胞状态和11个分化阶段，提供了迄今为止最全面的鼠类造血干细胞调节微环境描述，并推测了人类和鼠类之间微环境调节的保守特征	NA	理解正常和恶性人类造血的调控机制	造血干细胞的调节微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
132	2024-09-28	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response 2022-04-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01050-w PMID:35488273	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了一个泛癌症干细胞特征，该特征能够预测免疫治疗反应	开发了一种新的干细胞特征（Stem.Sig），并在多个癌症数据集中验证了其预测免疫治疗反应的能力，相较于其他特征表现出更好的预测性能	NA	揭示癌症干细胞与免疫治疗抵抗之间的关系，并开发一种新的特征用于预测免疫治疗反应	癌症干细胞特征与免疫治疗反应之间的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习模型	RNA测序数据	包括34个单细胞RNA测序数据集、TCGA泛癌症队列和10个免疫治疗转录组队列
133	2024-09-28	Multi-Modal Single-Cell Sequencing Identifies Cellular Immunophenotypes Associated With Juvenile Dermatomyositis Disease Activity 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.902232 PMID:35799782	研究论文	研究使用多模态单细胞测序技术，分析了与青少年皮肌炎疾病活动相关的细胞免疫表型	首次通过多模态单细胞测序技术，揭示了青少年皮肌炎患者中不同细胞类型的免疫表型和基因表达特征，为该疾病的研究提供了新的资源	研究样本量较小，仅包括4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者	探讨青少年皮肌炎疾病活动相关的免疫表型和细胞特异性基因	未治疗和治疗后疾病不活跃的青少年皮肌炎患者的PBMCs	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序和蛋白质测序	NA	单细胞RNA和蛋白质数据	4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者，共分析了55,564个细胞
134	2024-09-28	Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell Transcriptomic Data Using Bidirectional RNN 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.899825 PMID:35692809	研究论文	提出了一种名为BiRGRN的新算法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	利用双向循环神经网络来推断基因调控网络，将基因表达数据的推断转化为回归问题，并采用双向结构和先验知识过滤策略提高算法的准确性和稳定性	NA	推断基因调控规则以理解细胞过程	基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	双向循环神经网络	时间序列数据	四个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集
135	2024-09-28	A Toolkit for Profiling the Immune Landscape of Pediatric Central Nervous System Malignancies 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.864423 PMID:35464481	综述	本文综述了用于儿童中枢神经系统恶性肿瘤免疫景观分析的技术，并详细介绍了这些技术在不同组织类型和研究中的应用	本文首次系统地探讨了儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境（TIME），并提出了通过液体活检评估免疫系统的其他部分在免疫监测研究中的潜力	本文主要为综述性质，未提供具体的实验数据或模型	旨在深入了解和统一评估儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境和免疫景观，以期将免疫疗法整合到临床实践中	儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境	NA	中枢神经系统恶性肿瘤	免疫组化、流式细胞术、批量和单细胞转录组学、功能性检测	NA	组织、脑脊液、血液	NA
136	2024-09-28	MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.831040 PMID:35432484	研究论文	本文介绍了MOCA软件，用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异	提出了MOCA软件，能够同时分析基因表达和遗传变异，揭示基因表达模式与细胞分子进化轨迹的一致性	NA	探讨体细胞变异对基因表达模式进化的影响	单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异	基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
137	2024-09-27	An integrated analysis of hypoxic-ischemic encephalopathy-related cell sequencing outcomes via genes network construction 2022, Ibrain DOI:10.1002/ibra.12025 PMID:37786415	研究论文	本研究通过单细胞测序技术和基因网络构建，分析了缺氧缺血性脑病（HIE）相关的核心基因及其潜在作用	首次通过单细胞测序和基因网络构建，揭示了STAT家族基因在HIE中的关键作用，并发现了VIM基因与神经发育的密切关系	研究仅基于Pubmed数据库中的数据集，样本量较小，且未涉及临床验证	旨在通过单细胞测序和基因网络构建，发现HIE相关的核心基因及其在疾病中的潜在作用	缺氧缺血性脑病（HIE）相关的基因及其在疾病中的作用	生物信息学	新生儿疾病	单细胞测序（SCS）	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	基因表达数据	12,093个基因，其中217个共享基因，11,876个独特基因
138	2024-09-26	EDClust: an EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing 2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac168 PMID:35561178	研究论文	本文提出了一种新的统计方法EDClust，用于多主体单细胞RNA测序数据的细胞聚类	EDClust通过混合Dirichlet-多项分布模型处理细胞类型异质性、主体异质性和聚类不确定性，并采用EM-MM混合算法进行数据似然最大化	NA	解决多主体单细胞RNA测序数据中的细胞聚类问题	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	RNA测序数据	涉及四个真实单细胞RNA测序数据集，包含多种组织类型和物种
139	2024-09-25	A prebiotic diet modulates microglial states and motor deficits in α-synuclein overexpressing mice 2022-11-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81453 PMID:36346385	研究论文	研究了富含纤维的饮食对α-突触核蛋白过度表达小鼠的微胶质细胞功能和运动障碍的影响	揭示了饮食与运动症状在微胶质细胞依赖性交互作用中的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨富含纤维的饮食对帕金森病样症状和病理的影响	α-突触核蛋白过度表达的小鼠	NA	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	α-突触核蛋白过度表达的小鼠和野生型小鼠
140	2024-09-23	Elevating microglia TREM2 reduces amyloid seeding and suppresses disease-associated microglia 2022-12-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20212479 PMID:36107206	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病早期阶段通过增强TREM2信号来减少淀粉样蛋白沉积和神经元退化的效果	首次展示了TREM2在阿尔茨海默病不同阶段对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨TREM2在阿尔茨海默病不同阶段的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞中的TREM2表达及其对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用微胶质细胞特异性诱导的小鼠模型进行研究