单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2024-08-08	Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesity 2022-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-022-00674-x PMID:36400935	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖不同阶段雄性小鼠七个器官的约375,000个血管内皮细胞的转录组，揭示了肥胖对内皮细胞的器官特异性影响	首次揭示了肥胖对不同器官内皮细胞亚型的特异性影响，并发现肥胖诱导的转录组异常在持续肥胖中加剧，且部分可通过饮食干预和体重减轻缓解	研究仅限于雄性小鼠，且未探讨性别差异对结果的影响	探究肥胖对不同器官内皮细胞的影响及其潜在的器官特异性脆弱性	肥胖不同阶段雄性小鼠的七个器官内皮细胞	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约375,000个内皮细胞
1322	2024-08-08	Targeting leptin-positive adipocytes by expressing the Cre recombinase transgene under the endogenous leptin gene 2022-Oct-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.22-236 PMID:36384730	研究论文	本文报道了构建和验证Lep-Cre小鼠品系，该品系通过CRISPR-Cas9技术编辑内源性Lep基因，生成Lep-肽2A（P2A）-Cre融合基因，用于特异性标记LEP阳性脂肪细胞	首次构建了特异性靶向LEP脂肪细胞的Lep-Cre小鼠品系	在周围器官中观察到不同程度的泄漏活性，但在下丘脑的室旁核中未观察到	研究LEP脂肪细胞的发育和生理	LEP阳性脂肪细胞	NA	NA	CRISPR-Cas9技术	NA	NA	Lep-Cre Rosa26-loxP-Stop-loxP-tdTomato小鼠
1323	2024-08-08	Identification of novel prognostic biomarkers for osteosarcoma: a bioinformatics analysis of differentially expressed genes in the mesenchymal stem cells from single-cell sequencing data set 2022-Oct, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-22-2370 PMID:36388032	研究论文	本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集，探索了间充质干细胞（MSCs）在高级骨肉瘤（OS）中的特异性差异表达基因（DEGs），并识别了新的预后生物标志物。	本研究首次通过单细胞RNA测序数据集，识别了MSCs与骨形成细胞之间的特异性DEGs，并进一步分析了这些基因的预后价值。	本研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证以确认这些基因的预后价值。	探索间充质干细胞在骨肉瘤生长和进展中的作用，并识别新的预后生物标志物。	间充质干细胞（MSCs）和骨肉瘤细胞中的差异表达基因。	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了来自GSE152048数据集的MSCs特异性DEGs，并进一步验证了GSE42352数据集中的表达情况。
1324	2024-08-08	CommPath: An R package for inference and analysis of pathway-mediated cell-cell communication chain from single-cell transcriptomics 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.028 PMID:36382188	研究论文	介绍CommPath，一个用于分析和可视化单细胞转录组数据中配体-受体相互作用和通路介导的细胞间通信链的R包和网络服务器	CommPath能够优先考虑引发接收细胞特定生物学反应的功能性配体-受体关联，并识别对接收细胞下游细胞类型的影响	NA	开发工具以分析单细胞转录组数据中的细胞间通信链	配体-受体相互作用和细胞间通信链	生物信息学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1325	2024-08-08	MLN2238 exerts its anti-tumor effects via regulating ROS/JNK/mitochondrial signaling pathways in intrahepatic cholangiocarcinoma 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1040847 PMID:36386204	研究论文	研究探讨了MLN2238通过调控ROS/JNK/线粒体信号通路在肝内胆管癌中的抗肿瘤作用	使用单细胞RNA测序技术深入探索细胞多样性和分子复杂性，以及MLN2238作为新一代蛋白酶体抑制剂在肝内胆管癌中的作用机制	研究仅基于10个肝内胆管癌样本的4,239个合格单细胞RNA测序数据，样本量相对较小	探索MLN2238在肝内胆管癌中的作用及其机制，评估其作为治疗选择的潜力	肝内胆管癌细胞及其信号通路	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10个肝内胆管癌样本，4,239个单细胞
1326	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Changes in the Cartilage of Subchondral Insufficiency Fracture of the Knee 2022, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S385648 PMID:36386577	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了膝关节次髁不足骨折患者的软骨转录组变化	首次通过单细胞RNA测序技术阐明了膝关节次髁不足骨折和骨关节炎患者软骨中的转录组变化和独特的细胞类型亚群	NA	探究膝关节次髁不足骨折对软骨转录组的影响	膝关节次髁不足骨折和骨关节炎患者的软骨	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
1327	2024-08-08	Sympathectomy Ameliorates CFA-Induced Mechanical Allodynia via Modulating Phenotype of Macrophages in Sensory Ganglion in Mice 2022, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S388322 PMID:36386581	研究论文	本研究探讨了交感神经系统在诱发性炎症疼痛中的作用，特别是其对三叉神经节巨噬细胞表型的影响	首次研究了交感神经系统对三叉神经节巨噬细胞的调节作用，并探讨了其在诱发性炎症疼痛中的机制	研究仅限于小鼠模型，且未探讨交感神经系统在人类疼痛中的作用	研究交感神经系统在口腔面部炎症疼痛中的作用及其对三叉神经节巨噬细胞的影响	交感神经系统、三叉神经节巨噬细胞、诱发性炎症疼痛	NA	NA	免疫组织化学、液相色谱、单细胞RNA测序	NA	细胞	雄性C57BL/6小鼠
1328	2024-08-08	Macrophage-Specific Cathepsin as a Marker Correlated with Prognosis and Tumor Microenvironmental Characteristics of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2022, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S375250 PMID:36386587	研究论文	本文研究了巨噬细胞特异性半胱氨酸蛋白酶Z（CTSZ）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的表达模式及其与预后和肿瘤微环境特征的关系	首次揭示了巨噬细胞特异性CTSZ在ccRCC中的表达与肿瘤微环境特征及患者预后的关联	NA	探讨CTSZ在ccRCC中的表达及其与预后和肿瘤微环境特征的关系	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的CTSZ表达	数字病理学	肾细胞癌	免疫组织化学、双标记免疫荧光、单细胞测序、多组学数据分析	NA	组织样本、单细胞测序数据	两个独立的抗PD-1治疗临床试验的数据
1329	2024-08-08	Influence of single-cell RNA sequencing data integration on the performance of differential gene expression analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1009316 PMID:36386846	研究论文	本文评估了六种单细胞RNA测序数据整合方法对差异基因表达分析性能的影响	本文选择了仅返回完整表达矩阵的数据整合方法，并评估了它们在两个具有相同生物学研究设计的单细胞数据集上的表现	大多数测试的方法在整合后改变了数据分布，这对使用参数方法进行分析产生了负面影响	研究单细胞RNA测序数据整合方法对差异基因表达分析的影响	六种数据整合方法在两个单细胞RNA测序数据集上的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个单细胞RNA测序数据集
1330	2024-08-08	The Mechanisms of Systemic Inflammatory and Immunosuppressive Acute-on-Chronic Liver Failure and Application Prospect of Single-Cell Sequencing 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/5091275 PMID:36387424	研究论文	本文探讨了急性-慢性肝衰竭（ACLF）的系统性炎症和免疫抑制机制，并介绍了单细胞测序技术在该领域的应用前景	文章介绍了单细胞RNA测序技术在研究ACLF中的潜在应用，以深入理解ACLF的单细胞基因表达	NA	研究ACLF的炎症和免疫抑制机制，并探索单细胞测序技术的应用	ACLF患者的系统性炎症和免疫抑制过程，以及单细胞测序技术	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1331	2024-08-08	Integrated analysis of fibroblasts molecular features in papillary thyroid cancer combining single-cell and bulk RNA sequencing technology 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1019072 PMID:36387901	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序技术，对乳头状甲状腺癌中的成纤维细胞分子特征进行了综合分析	首次在甲状腺癌中对成纤维细胞进行了详细的研究，并建立了一个纤维化评分模型用于预测甲状腺癌患者的预后	研究主要基于TCGA数据集和单一的临床队列，可能需要更多样本和不同来源的数据以验证结果的普遍性	探索乳头状甲状腺癌中成纤维细胞的分子特征及其在癌症微环境中的作用	乳头状甲状腺癌中的成纤维细胞及其相关基因表达和预后价值	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了TCGA数据集和临床组织样本进行验证
1332	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals the communications between extracellular matrix-related components and Schwann cells contributing to the earlobe keloid formation 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.1000324 PMID:36388926	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了耳垂瘢痕疙瘩形成过程中细胞外基质相关成分与施万细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序构建了耳垂瘢痕疙瘩的细胞图谱，并发现了施万细胞与细胞外基质相关细胞群之间的强相互作用	研究主要集中在耳垂瘢痕疙瘩，其他部位瘢痕疙瘩的研究较少	探索耳垂瘢痕疙瘩形成的分子机制	耳垂瘢痕疙瘩样本及其邻近正常皮肤样本	数字病理学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	31,379个细胞
1333	2024-08-08	A scoping review on the significance of programmed death-ligand 1-inhibiting microRNAs in non-small cell lung treatment: A single-cell RNA sequencing-based study 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.1027758 PMID:36388933	综述	本研究旨在系统回顾PD-L1抑制性微RNAs在非小细胞肺癌抑制中的重要性及其潜在机制	通过单细胞RNA测序技术，探讨了PD-L1抑制性微RNAs在非小细胞肺癌中的作用及其对免疫反应的影响	需要进一步的研究将这一方法转化为临床实践	系统回顾PD-L1抑制性微RNAs在非小细胞肺癌抑制中的重要性及其潜在机制	PD-L1抑制性微RNAs在非小细胞肺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及多种PD-L1抑制性微RNAs的表达
1334	2024-08-08	Single-cell atlas of murine adrenal glands reveals immune-adrenal crosstalk during systemic Candida albicans infection 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966814 PMID:36389688	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性白色念珠菌感染后小鼠肾上腺转录组的变化	首次报道了系统性白色念珠菌感染下肾上腺应激反应的详细变化，揭示了免疫细胞与肾上腺细胞之间的相互作用	NA	探讨系统性白色念珠菌感染下小鼠肾上腺微环境的改变及其对免疫-肾上腺细胞通讯的影响	小鼠肾上腺细胞及其在系统性白色念珠菌感染后的转录组变化	数字病理学	念珠菌病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16021个细胞
1335	2024-08-08	Identification of a novel sepsis prognosis model and analysis of possible drug application prospects: Based on scRNA-seq and RNA-seq data 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.888891 PMID:36389695	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组RNA-seq数据，识别出71个差异表达基因（DEGs），并构建了一个以CCL5、HBD、IFR2BP2、LTB和WFDC1为标志的预后模型，用于预测脓毒症的预后和指导临床药物使用	首次基于scRNA-seq和RNA-seq数据构建脓毒症预后模型，并通过多种分析方法验证了模型的稳定性和预测能力	NA	开发和验证一种新的脓毒症预后模型，并探索其在临床药物应用中的潜力	脓毒症的预后预测和药物应用	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组RNA-seq	LASSO回归分析，Cox回归分析	基因表达数据	71个差异表达基因
1336	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals TCR+ macrophages in HPV-related head and neck squamous cell carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1030222 PMID:36389736	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了来自18名HPV阳性和8名HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的4,388个高质量巨噬细胞的单细胞图谱，揭示了HPV相关头颈鳞状细胞癌中TCR阳性巨噬细胞的存在	首次在HPV相关头颈鳞状细胞癌中发现具有TCR和CD3特异性标志的巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞可能参与TCR信号通路和吞噬作用的调控	NA	探讨HPV感染对头颈鳞状细胞癌中巨噬细胞浸润率、功能和分化的影响，并揭示TCR阳性巨噬细胞在头颈鳞状细胞癌微环境中的作用	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的巨噬细胞	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	4,388个高质量巨噬细胞来自18名HPV阳性和8名HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者
1337	2024-08-08	Single-cell mechanistic studies of radiation-mediated bystander effects 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.849341 PMID:36389749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了辐射后不同时间点的肠道组织，揭示了辐射诱导的旁观者效应的细胞和分子机制	研究首次详细探讨了辐射特定免疫细胞在细胞间通信中的作用，特别是CD8+ T细胞在辐射后的持久性和其在铁死亡中的作用	研究主要集中在小鼠肠道组织，可能需要进一步在其他组织类型中验证结果	阐明放射治疗如何诱导旁观者效应	辐射后的肠道组织及其免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	辐射后不同时间点的肠道组织及健康肠道组织
1338	2024-08-08	Construction of a B cell-related gene pairs signature for predicting prognosis and immunotherapeutic response in non-small cell lung cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.989968 PMID:36389757	研究论文	本研究旨在探索B细胞标记基因的表达谱，并构建与非小细胞肺癌（NSCLC）患者预后和免疫治疗效率相关的B细胞相关基因对（BRGPs）签名	首次构建了B细胞相关基因对签名，用于预测非小细胞肺癌患者的预后和免疫治疗反应	NA	探索B细胞在抗肿瘤免疫和肿瘤发展中的作用，并构建相关的基因对签名	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	Lasso-Cox回归模型	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库的数据
1339	2024-08-08	Identify the immune characteristics and immunotherapy value of CD93 in the pan-cancer based on the public data sets 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.907182 PMID:36389798	研究论文	本研究系统分析了CD93在33种癌症中的肿瘤免疫治疗特性，利用公共数据库和多种免疫荧光染色技术检测CD93水平及其在癌细胞和基质细胞中的共表达情况	首次全面探讨了CD93在多种癌症中的免疫特性及其在肿瘤免疫治疗中的潜在价值	研究主要依赖公共数据库和现有数据，未涉及体内实验验证	探讨CD93在泛癌中的免疫特性及其在免疫治疗中的应用价值	CD93在33种癌症中的表达及其与免疫治疗的关系	数字病理学	泛癌	免疫荧光染色、单细胞测序	NA	mRNA、蛋白质	涉及33种癌症的样本
1340	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing uncovers compound kushen injection synergistically improves the efficacy of chemotherapy by modulating the tumor environment of breast cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.965342 PMID:36389835	研究论文	本研究探讨了复方苦参注射液（CKI）联合化疗对三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤微环境（TME）的调控作用	CKI联合化疗能显著增强化疗的抗癌活性，并通过激活抗肿瘤免疫反应提高治疗效果	NA	探索CKI联合化疗对TNBC肿瘤微环境的调控作用	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用BALB/c小鼠建立的TNBC模型