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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2024-08-08 |
A high-efficiency differential expression method for cancer heterogeneity using large-scale single-cell RNA-sequencing data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1063130
PMID:36523772
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研究论文 | 本文提出了一种高效稳健的差异表达检测方法HEART,用于分析大规模单细胞RNA测序数据,以研究结直肠癌的异质性 | HEART方法能够检测多种来源的差异表达基因,不仅限于平均表达水平的变化,具有高准确性和计算效率 | NA | 研究结直肠癌的异质性及其对癌症治疗效果的影响 | 结直肠癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 统计组合测试 | 单细胞RNA测序数据 | 多个模拟数据集和实际数据集,包括PBMC68K数据集和人类脑单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1302 | 2024-08-08 |
Combined proteomics and single cell RNA-sequencing analysis to identify biomarkers of disease diagnosis and disease exacerbation for systemic lupus erythematosus
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.969509
PMID:36524113
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研究论文 | 本研究通过结合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析,识别系统性红斑狼疮(SLE)的疾病诊断和疾病加重的生物标志物。 | 本研究首次通过机器学习管道和实验验证,确定了两种生物标志物组合,能够准确区分SLE患者与健康对照组,并区分活动性和非活动性SLE。 | NA | 旨在发现和验证系统性红斑狼疮的疾病诊断和活动监测的生物标志物。 | 系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMC)。 | 蛋白质组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),酶联免疫吸附试验(ELISA) | 机器学习 | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | 包括活动性SLE、非活动性SLE、类风湿关节炎(RA)患者和健康对照(HC)的外周血单个核细胞(PBMC)样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 1303 | 2024-08-08 |
Machine learning-based identification of SOX10 as an immune regulator of macrophage in gliomas
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1007461
PMID:36524115
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法识别SOX10作为胶质瘤中巨噬细胞的免疫调节因子 | 发现SOX10在胶质瘤中具有显著的免疫特征和基因组特征,且其高表达与免疫治疗效果相关 | NA | 探索SOX10在胶质瘤中的免疫调节作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | 胶质瘤中的SOX10及其对巨噬细胞的影响 | 机器学习 | 脑瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 涉及低级别胶质瘤(LGG)、高级别胶质瘤(HGG)及泛癌组 | NA | NA | NA | NA |
| 1304 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing in asthma research
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.988573
PMID:36524132
|
review | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在哮喘研究中的重要性及其近年来的研究成果 | scRNA-seq技术有助于探索哮喘的异质性,识别稀有细胞类型和特定细胞亚群,阐明细胞分化的关键过程,并理解预测免疫功能的调控基因网络 | NA | 旨在为哮喘的发病机制、药物开发和治疗提供新思路 | 哮喘的免疫发病机制 | digital pathology | 哮喘 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1305 | 2024-08-08 |
Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening
2022-12-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00888b
PMID:36477690
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研究论文 | 本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离(OPSI)系统,用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞 | 该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场,利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞,并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞,实现高纯度和高速度的单细胞分离 | NA | 开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法,适用于不同大小的细胞 | 细菌、酵母和人癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 图像 | 1至40微米大小的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1306 | 2024-08-08 |
The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi
2022-Dec-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35253-x
PMID:36496442
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研究论文 | 本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法,并研究了宿主-病原体相互作用 | 首次建立了COPD类器官模型,用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病 | NA | 研究COPD患者中宿主-病原体相互作用,特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力 | COPD患者的鼻咽和支气管类器官 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组学 | 类器官 | 细胞 | 健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 1307 | 2024-08-08 |
Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs
2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00265-0
PMID:36477591
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研究论文 | 本研究报道了从人多能干细胞(hPSCs)通过神经嵴(NC)诱导产生外胚层软骨细胞(ECCs)的双相过程,这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物 | 首次展示了ECCs能够长期自我更新,并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构,为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性 | NA | 开发一种新的细胞治疗方法,用于治疗颅软骨损伤 | 人多能干细胞(hPSCs)诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞(ECCs) | 干细胞研究 | 软骨损伤 | NA | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1308 | 2024-08-08 |
Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-23533-x
PMID:36481664
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研究论文 | 研究通过分析外周血单个核细胞(PBMCs)的mRNA和micro-RNA表达谱,探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况 | 首次揭示了血栓调节蛋白1(THBS1)和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达,并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合 | 研究样本量较小,且仅基于RNA测序数据进行分析,缺乏功能验证实验 | 旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制 | 严重COVID-19患者的PBMCs | NA | COVID-19 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序 | NA | mRNA, micro-RNA | 5名COVID-19患者(2名严重,3名轻度)和3名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 1309 | 2024-08-08 |
A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-25524-4
PMID:36481877
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研究论文 | 本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略,用于整合多个独立研究中的基因表达谱,无需样本匹配或标签 | 该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下,整合多个基因表达谱,并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一种新的方法来整合多个基因表达谱,以进行无监督的集成分析 | 多个独立研究中的基因表达谱,特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 张量分解 | 无监督特征提取 | 基因表达谱 | 多个独立研究中的样本,具体数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1310 | 2024-08-08 |
Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer
2022-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-25541-3
PMID:36482068
|
研究论文 | 本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂(EGFRi)耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化,并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。 | 研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因(IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2),其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。 | 研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用,也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。 | 识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。 | 基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本,并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。 | NA | NA | NA | NA |
| 1311 | 2024-08-08 |
The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses
2022-Dec-08, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-022-02814-5
PMID:36482387
|
研究论文 | 本文研究了前梯度同源物2(AGR2)和葡萄糖调节蛋白78(GRP78)在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。 | 首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。 | NA | 研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。 | AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫荧光、全外显子测序 | NA | 细胞 | Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1312 | 2024-08-08 |
An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization
2022-12-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01483-0
PMID:36482461
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析,探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用 | 发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用,并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库 | NA | 深入了解蜕膜化的分子和细胞特征,并为相关疾病的治疗提供平台 | 子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞 | NA | 妊娠障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1313 | 2024-08-08 |
Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors
2022-12-08, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-022-01585-1
PMID:36482488
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法,鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群,与ER阳性乳腺癌复发相关 | 发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群,并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性 | NA | 鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路 | ER阳性乳腺癌干细胞样细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1314 | 2024-08-08 |
Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients
2022-12-07, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-022-02959-8
PMID:36476557
|
研究论文 | 研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义 | 首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低,并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联 | NA | 探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用 | Sjögren's综合征患者的唾液腺 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | NA | RNA, 蛋白质 | 44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1315 | 2024-08-08 |
Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer
2022-12-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35291-5
PMID:36476645
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研究论文 | 本研究通过多区域单细胞RNA测序分析,揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征 | 本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据,验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对,为治疗探索提供了新路径 | NA | 揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征,为治疗探索提供新思路 | 肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 7名肝癌患者(4名肝细胞癌,3名肝内胆管癌),以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1316 | 2024-08-08 |
Extracellular traps from activated vascular smooth muscle cells drive the progression of atherosclerosis
2022-12-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35330-1
PMID:36473863
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研究论文 | 本研究探讨了活化的血管平滑肌细胞(VSMCs)释放的细胞外DNA陷阱(ETs)在动脉粥样硬化进展中的作用 | 首次展示了通过AAV8介导的PCSK9突变过表达和Cl-amidine及DNase I处理抑制ETs,从而减轻动脉粥样硬化斑块形成 | NA | 研究CD68 VSMCs与ETs形成之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的功能 | CD68 VSMCs和ETs | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 使用了Myh11Pad4雄性小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1317 | 2024-08-08 |
Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2022-Dec-06, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-022-10305-z
PMID:36474171
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)发现内皮细胞(ECs)的标记基因,并结合传统的高通量RNA测序(bulk RNA-seq)构建胶质母细胞瘤(GBM)患者的预后模型 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和传统RNA测序数据,构建了一个基于四个关键基因表达水平的GBM预后模型 | NA | 旨在发现内皮细胞的标记基因并构建胶质母细胞瘤患者的预后模型 | 内皮细胞的标记基因及胶质母细胞瘤患者的预后 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),高通量RNA测序(bulk RNA-seq) | 非负矩阵分解(NMF)算法 | RNA序列数据 | 10个scRNA-seq和bulk RNA-seq数据样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1318 | 2024-08-08 |
Reconstruction of the gastric cancer microenvironment after neoadjuvant chemotherapy by longitudinal single-cell sequencing
2022-12-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03792-y
PMID:36474268
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了胃癌患者在接受新辅助化疗前后肿瘤微环境的变化 | 首次在分子水平上研究了胃癌新辅助化疗后肿瘤微环境的响应,揭示了治疗前后细胞类型和转录程序的变化 | 研究样本量相对较小,可能影响结果的普遍性 | 深入理解胃癌新辅助化疗的机制,并推动潜在优化治疗程序和新药的开发 | 胃癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 11名胃癌患者的14个样本,包括4个治疗前样本、4个治疗后样本和3对治疗前后配对样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1319 | 2024-08-08 |
Developmental trajectories of thalamic progenitors revealed by single-cell transcriptome profiling and Shh perturbation
2022-12-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111768
PMID:36476860
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和Shh扰动,揭示了丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用 | 首次应用纵向单细胞RNA测序和区域性Shh取消来绘制丘脑前体细胞的发展轨迹,揭示了丘脑复杂结构的早期胚胎脑发育机制 | NA | 揭示丘脑发育的关键原则,并提供由丘脑功能障碍引起的神经发育障碍的机制性见解 | 丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用 | NA | 婴儿帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1320 | 2024-08-08 |
Dental niche cells directly contribute to tooth reconstitution and morphogenesis
2022-12-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111737
PMID:36476878
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研究论文 | 本文通过双荧光模型追踪和分析从胚胎到新生阶段的牙细胞,揭示了牙胚发育中的关键细胞动态和牙器官发生的新机制 | 首次发现牙微环境细胞能直接再生牙乳头细胞,并通过与牙上皮相互作用促进牙齿重建 | NA | 探究牙器官发生的细胞基础和机制 | 牙细胞及其在牙齿发育中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |