单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2024-08-08	Cdx1b protects intestinal cell fate by repressing signaling networks for liver specification 2022-12, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2022.11.006 PMID:36460297	研究论文	本文研究了斑马鱼cdx1b基因在肠道发育中的作用，通过RNA测序和单细胞测序揭示了cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象。	首次在斑马鱼模型中观察到cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象，并揭示了Cdx1b通过抑制肝脏特异性转录因子和信号通路来维持肠道命运的作用机制。	NA	探究Cdx1b在斑马鱼肠道发育中的作用及其机制。	斑马鱼cdx1b基因及其在肠道发育中的功能。	发育生物学	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	从突变斑马鱼胚胎中分离的肠道样本
1242	2024-08-08	Comparison of cell type distribution between single-cell and single-nucleus RNA sequencing: enrichment of adherent cell types in single-nucleus RNA sequencing 2022-12, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-022-00892-z PMID:36460793	研究论文	本研究比较了单细胞和单核RNA测序在结肠和肝脏组织中的细胞类型分布差异	发现单核RNA测序在特定细胞类型分析中提供了更多信息	研究仅限于结肠和肝脏组织，未涵盖其他组织类型	探讨单细胞和单核RNA测序方法的特性和差异	结肠和肝脏组织的细胞类型分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	结肠和肝脏组织样本
1243	2024-08-08	Fibronectin 1 derived from tumor-associated macrophages and fibroblasts promotes metastasis through the JUN pathway in hepatocellular carcinoma 2022-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109420 PMID:36461607	研究论文	本研究通过多组学分析探索了肿瘤相关巨噬细胞和成纤维细胞衍生的纤连蛋白1（FN1）通过JUN途径促进肝细胞癌（HCC）转移的具体机制	首次揭示了FN1通过JUN-Hippo信号通路影响HCC的转录组特征和转移，并通过泛癌分析验证了该机制的普遍性	NA	探索肿瘤微环境中细胞间通讯对转移的调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的细胞间通讯	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC测序、RNA测序、甲基化测序	神经网络模型	基因组数据	数据来自GEO和TCGA数据库，具体样本数量未详细说明
1244	2024-08-08	Single-Cell Sequencing in Rheumatic Diseases: New Insights from the Perspective of the Cell Type 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0323 PMID:36465169	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在风湿病研究中的应用，特别是从细胞类型的角度提供的新见解	利用单细胞测序技术识别风湿病患者组织中的多种细胞亚型	细胞亚型的异质性使得实现个体化精准医疗仍有很长的路要走	提高风湿病诊断的准确性和治疗的有效性	风湿病患者组织中的细胞亚型及其功能	NA	风湿病	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观遗传学和蛋白质组数据	未具体说明样本数量
1245	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals a Population of Smooth Muscle Cells Responsible for Atherogenesis 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0313 PMID:36465170	研究论文	本研究利用3S-ASCVD犬模型，结合批量RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了参与动脉粥样硬化发展的平滑肌细胞群体	首次在3S-ASCVD犬模型中发现TNC平滑肌细胞在动脉粥样硬化发展中的重要作用，并发现这些细胞在人类动脉粥样硬化易发部位的存在	NA	探究动脉粥样硬化发展的区域倾向性差异及其背后的细胞机制	3S-ASCVD犬模型中的动脉粥样硬化易发和抵抗动脉，以及人类动脉粥样硬化易发部位	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3S-ASCVD犬模型
1246	2024-08-08	Thymic macrophages consist of two populations with distinct localization and origin 2022-11-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.75148 PMID:36449334	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了胸腺巨噬细胞的表面表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	首次揭示了胸腺巨噬细胞由两个不同群体组成，分别位于皮质和髓质及其交界处，并具有不同的胚胎和成年造血干细胞起源	NA	研究胸腺巨噬细胞的起源、维持和多样性	胸腺巨噬细胞的表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年胸腺中的巨噬细胞群体
1247	2024-08-08	A single-cell analysis framework allows for characterization of CSF leukocytes and their tissue of origin in multiple sclerosis 2022-11-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adc9778 PMID:36449599	研究论文	本文通过深度生成模型整合了41个脑脊液和14个中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本，分析了多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	开发了一个基于用户界面的应用程序，用于将新的脑脊液单细胞RNA测序数据映射到细胞身份图谱上	NA	研究多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	脑脊液和中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	120,629个细胞
1248	2024-08-08	SRGS: sparse partial least squares-based recursive gene selection for gene regulatory network inference 2022-Nov-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09020-7 PMID:36451086	研究论文	本文介绍了一种基于稀疏偏最小二乘（SPLS）的递归基因选择方法SRGS，用于从批量或单细胞表达数据中推断基因调控网络（GRN）	SRGS通过递归选择和评分可能对目标基因有调控作用的基因，并通过对数据进行随机打乱和设置零值来提高处理含有缺失值的基因表达数据的鲁棒性	NA	开发更准确和稳健的基因调控网络建模方法，适用于单细胞表达数据	基因调控网络的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏偏最小二乘（SPLS）	基因表达数据	包括模拟的批量数据、模拟的单细胞数据（有无缺失值）和实验的单细胞数据
1249	2024-08-08	Next-generation proteomics of serum extracellular vesicles combined with single-cell RNA sequencing identifies MACROH2A1 associated with refractory COVID-19 2022-Nov-30, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-022-00243-5 PMID:36451245	研究论文	本研究通过下一代血清细胞外囊泡蛋白质组学结合单细胞RNA测序，识别与难治性COVID-19相关的MACROH2A1蛋白	首次通过高覆盖度蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，发现MACROH2A1在难治性COVID-19病例中的表达显著升高，并与其疾病严重程度相关	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	识别难治性COVID-19的潜在血清生物标志物及其相关蛋白	COVID-19患者和健康对照者的血清细胞外囊泡及外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	下一代蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	12名COVID-19患者和4名健康对照者的血清细胞外囊泡，10名COVID-19患者和5名健康对照者的外周血单核细胞
1250	2024-08-08	Loss of function of CMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification 2022-Nov-29, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00475-2 PMID:36443312	研究论文	本研究分析了两个脑钙化家族，发现CMPK2基因的双等位变异破坏了线粒体功能，导致脑钙化	首次识别CMPK2基因的双等位变异作为家族性脑钙化的新遗传因素，并阐明了CMPK2缺乏如何改变线粒体结构和功能	NA	探讨CMPK2基因变异与脑钙化的关系及其病理机制	CMPK2基因、线粒体功能、脑钙化病理	NA	脑钙化	转录组分析、原位杂交、单细胞RNA测序	NA	基因、蛋白质	两个脑钙化家族的患者及Cmpk2敲除和敲入小鼠
1251	2024-08-08	Combined single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to analyze the expression and role of TREM2 in bladder cancer 2022-Nov-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-022-01885-8 PMID:36445493	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了TREM2在膀胱癌中的表达、作用及分子机制	首次探讨了TREM2在膀胱癌中的表达和作用，并发现TREM2主要在肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤上皮细胞中表达	研究主要集中在TREM2的表达和初步作用机制，未深入探讨其在膀胱癌中的具体分子途径和治疗应用	分析TREM2在膀胱癌中的表达、作用及其分子机制	TREM2在膀胱癌中的表达和作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
1252	2024-08-08	scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1109 PMID:36440766	研究论文	提出了一种名为scAB的新型计算方法，该方法通过知识引导和图指导的矩阵分解模型，整合单细胞基因组数据与临床注释的批量测序数据，以检测具有临床意义的多种分辨率的细胞状态	scAB能够提供粗粒度和细粒度的多分辨率视角，揭示以前单细胞基因组学无法观察到的与表型相关的细胞状态和预后标志	NA	旨在通过整合单细胞基因组学和批量测序数据，识别具有临床相关性的细胞亚群，并提高预后和治疗的准确性	癌症和间质细胞的单细胞RNA测序数据，以及黑色素瘤和胶质瘤的单细胞ATAC测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	矩阵分解模型	基因组数据	多个来自不同癌症类型的单细胞和批量数据集
1253	2024-08-08	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	本研究探讨了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理作用	首次揭示了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和小鼠模型验证了其机制	研究主要基于小鼠模型和患者转录组数据，可能需要更多临床数据验证	探究mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理机制	Still's病和巨噬细胞活化综合征	NA	Still's病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和Still's病患者
1254	2024-08-08	Inflammation promotes resistance to immune checkpoint inhibitors in high microsatellite instability colorectal cancer 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35096-6 PMID:36443332	研究论文	本文研究了炎症条件对高微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-H CRC）患者对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的影响	首次证实了炎症条件与MSI-H CRC对PD-1阻断反应不佳之间的关联，并提出了炎症条件和高中性粒细胞与淋巴细胞比率作为ICI反应不良的临床特征	研究样本量相对较小，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性	探讨炎症条件对MSI-H CRC患者对ICI反应的影响	高微卫星不稳定性的结直肠癌患者及其对免疫检查点抑制剂的反应	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	62名患者
1255	2024-08-08	Assessment of spatial transcriptomics for oncology discovery 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100340 PMID:36452860	研究论文	本文评估了空间转录组学在肿瘤学发现中的应用	利用空间转录组学技术，通过分析40个组织切片和80,024个捕获点，展示了肿瘤深度特征的捕获，并利用空间上下文识别细胞类型的相对位置	NA	评估空间转录组学在肿瘤学发现中的效用	肿瘤异质性及其对肿瘤学药物发现和开发的影响	数字病理学	胰腺腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	40个组织切片，80,024个捕获点
1256	2024-08-08	Derivation of nociceptive sensory neurons from hiPSCs with early patterning and temporally controlled NEUROG2 overexpression 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100341 PMID:36452863	研究论文	本研究介绍了一种混合分化方法，用于从人多能干细胞（hPSCs）中高效生产伤害感受性感觉神经元	本研究通过早期模式化和时间控制的NEUROG2过表达，优化了伤害感受性感觉神经元的生产方法	NA	开发一种高效的方法来生产伤害感受性感觉神经元，并提供一个工具来促进慢性疼痛研究	人多能干细胞（hPSCs）分化为伤害感受性感觉神经元	干细胞研究	慢性疼痛	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1257	2024-08-08	Multiset multicover methods for discriminative marker selection 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100332 PMID:36452867	研究论文	本文提出了一种用于标记选择的表型覆盖（PC）问题定义及算法，旨在提高标记集的判别能力	定义了表型覆盖问题，并提出了改进标记集判别能力的算法	主要针对大型图谱规模数据集，对于少量非重叠标记集的数据可能不适用	提高标记选择的判别能力，以准确区分数据中的不同表型	标记选择方法及其在不同任务中的应用	生物信息学	NA	NA	NA	高吞吐量数据	NA
1258	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of tumor immune microenvironment characteristics in colorectal cancer liver metastasis 2022-Nov, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-22-5270 PMID:36467341	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌原发灶与肝转移灶之间的细胞和分子异质性，并阐明同步肝转移中肿瘤微环境的特征	首次详细描述了结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的免疫抑制特征，并揭示了髓系细胞与其他细胞群体之间的相互作用	研究样本仅限于一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者，结果的普遍性有待进一步验证	阐明结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的特征及其对疾病进展的影响	结直肠癌原发灶与肝转移灶的细胞和分子异质性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织
1259	2024-08-08	Safety and tolerability of bosutinib in patients with amyotrophic lateral sclerosis (iDReAM study): A multicentre, open-label, dose-escalation phase 1 trial 2022-Nov, EClinicalMedicine IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.eclinm.2022.101707 PMID:36467452	临床试验	本研究是一项多中心、开放标签、剂量递增的1期试验，评估了bosutinib在肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者中的安全性和耐受性。	这是首个针对ALS患者的Src/c-Abl抑制剂bosutinib的试验，通过iPSC技术重新定位药物，探索了bosutinib作为ALS分子靶向治疗候选药物的可能性。	本研究为开放标签试验，时间短且患者数量有限，需要进一步的临床试验验证。	评估bosutinib在ALS患者中的安全性和耐受性，并探索其疗效和潜在的生物标志物。	肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者。	NA	肌萎缩侧索硬化症	iPSC技术，单细胞RNA测序	NA	血液样本，功能评分	20名患者，其中13名接受bosutinib治疗，12名纳入安全性和疗效分析。
1260	2024-08-08	Single-cell characterization revealed hypoxia-induced metabolic reprogramming of gastric cancer 2022-Nov, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e11866 PMID:36468095	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中由缺氧诱导的代谢重编程	本研究首次在单细胞水平上描述了胃癌中缺氧诱导的代谢重编程，部分解决了传统测序技术对癌细胞代谢异质性认识不足的问题	NA	探索胃癌相关恶性细胞在单细胞分辨率下的分子特征	胃癌细胞的代谢重编程	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus数据库收集的胃癌单细胞RNA测序数据