单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2024-08-08	Next-generation proteomics of serum extracellular vesicles combined with single-cell RNA sequencing identifies MACROH2A1 associated with refractory COVID-19 2022-Nov-30, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-022-00243-5 PMID:36451245	研究论文	本研究通过下一代血清细胞外囊泡蛋白质组学结合单细胞RNA测序，识别与难治性COVID-19相关的MACROH2A1蛋白	首次通过高覆盖度蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，发现MACROH2A1在难治性COVID-19病例中的表达显著升高，并与其疾病严重程度相关	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	识别难治性COVID-19的潜在血清生物标志物及其相关蛋白	COVID-19患者和健康对照者的血清细胞外囊泡及外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	下一代蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	12名COVID-19患者和4名健康对照者的血清细胞外囊泡，10名COVID-19患者和5名健康对照者的外周血单核细胞
1222	2024-08-08	Loss of function of CMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification 2022-Nov-29, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00475-2 PMID:36443312	研究论文	本研究分析了两个脑钙化家族，发现CMPK2基因的双等位变异破坏了线粒体功能，导致脑钙化	首次识别CMPK2基因的双等位变异作为家族性脑钙化的新遗传因素，并阐明了CMPK2缺乏如何改变线粒体结构和功能	NA	探讨CMPK2基因变异与脑钙化的关系及其病理机制	CMPK2基因、线粒体功能、脑钙化病理	NA	脑钙化	转录组分析、原位杂交、单细胞RNA测序	NA	基因、蛋白质	两个脑钙化家族的患者及Cmpk2敲除和敲入小鼠
1223	2024-08-08	Combined single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to analyze the expression and role of TREM2 in bladder cancer 2022-Nov-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-022-01885-8 PMID:36445493	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了TREM2在膀胱癌中的表达、作用及分子机制	首次探讨了TREM2在膀胱癌中的表达和作用，并发现TREM2主要在肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤上皮细胞中表达	研究主要集中在TREM2的表达和初步作用机制，未深入探讨其在膀胱癌中的具体分子途径和治疗应用	分析TREM2在膀胱癌中的表达、作用及其分子机制	TREM2在膀胱癌中的表达和作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
1224	2024-08-08	scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1109 PMID:36440766	研究论文	提出了一种名为scAB的新型计算方法，该方法通过知识引导和图指导的矩阵分解模型，整合单细胞基因组数据与临床注释的批量测序数据，以检测具有临床意义的多种分辨率的细胞状态	scAB能够提供粗粒度和细粒度的多分辨率视角，揭示以前单细胞基因组学无法观察到的与表型相关的细胞状态和预后标志	NA	旨在通过整合单细胞基因组学和批量测序数据，识别具有临床相关性的细胞亚群，并提高预后和治疗的准确性	癌症和间质细胞的单细胞RNA测序数据，以及黑色素瘤和胶质瘤的单细胞ATAC测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	矩阵分解模型	基因组数据	多个来自不同癌症类型的单细胞和批量数据集
1225	2024-08-08	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	本研究探讨了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理作用	首次揭示了mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和小鼠模型验证了其机制	研究主要基于小鼠模型和患者转录组数据，可能需要更多临床数据验证	探究mTORC1在Still's病和巨噬细胞活化综合征中的病理机制	Still's病和巨噬细胞活化综合征	NA	Still's病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和Still's病患者
1226	2024-08-08	Inflammation promotes resistance to immune checkpoint inhibitors in high microsatellite instability colorectal cancer 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35096-6 PMID:36443332	研究论文	本文研究了炎症条件对高微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-H CRC）患者对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的影响	首次证实了炎症条件与MSI-H CRC对PD-1阻断反应不佳之间的关联，并提出了炎症条件和高中性粒细胞与淋巴细胞比率作为ICI反应不良的临床特征	研究样本量相对较小，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性	探讨炎症条件对MSI-H CRC患者对ICI反应的影响	高微卫星不稳定性的结直肠癌患者及其对免疫检查点抑制剂的反应	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	62名患者
1227	2024-08-08	Assessment of spatial transcriptomics for oncology discovery 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100340 PMID:36452860	研究论文	本文评估了空间转录组学在肿瘤学发现中的应用	利用空间转录组学技术，通过分析40个组织切片和80,024个捕获点，展示了肿瘤深度特征的捕获，并利用空间上下文识别细胞类型的相对位置	NA	评估空间转录组学在肿瘤学发现中的效用	肿瘤异质性及其对肿瘤学药物发现和开发的影响	数字病理学	胰腺腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	40个组织切片，80,024个捕获点
1228	2024-08-08	Derivation of nociceptive sensory neurons from hiPSCs with early patterning and temporally controlled NEUROG2 overexpression 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100341 PMID:36452863	研究论文	本研究介绍了一种混合分化方法，用于从人多能干细胞（hPSCs）中高效生产伤害感受性感觉神经元	本研究通过早期模式化和时间控制的NEUROG2过表达，优化了伤害感受性感觉神经元的生产方法	NA	开发一种高效的方法来生产伤害感受性感觉神经元，并提供一个工具来促进慢性疼痛研究	人多能干细胞（hPSCs）分化为伤害感受性感觉神经元	干细胞研究	慢性疼痛	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1229	2024-08-08	Multiset multicover methods for discriminative marker selection 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100332 PMID:36452867	研究论文	本文提出了一种用于标记选择的表型覆盖（PC）问题定义及算法，旨在提高标记集的判别能力	定义了表型覆盖问题，并提出了改进标记集判别能力的算法	主要针对大型图谱规模数据集，对于少量非重叠标记集的数据可能不适用	提高标记选择的判别能力，以准确区分数据中的不同表型	标记选择方法及其在不同任务中的应用	生物信息学	NA	NA	NA	高吞吐量数据	NA
1230	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of tumor immune microenvironment characteristics in colorectal cancer liver metastasis 2022-Nov, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-22-5270 PMID:36467341	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌原发灶与肝转移灶之间的细胞和分子异质性，并阐明同步肝转移中肿瘤微环境的特征	首次详细描述了结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的免疫抑制特征，并揭示了髓系细胞与其他细胞群体之间的相互作用	研究样本仅限于一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者，结果的普遍性有待进一步验证	阐明结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的特征及其对疾病进展的影响	结直肠癌原发灶与肝转移灶的细胞和分子异质性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织
1231	2024-08-08	Safety and tolerability of bosutinib in patients with amyotrophic lateral sclerosis (iDReAM study): A multicentre, open-label, dose-escalation phase 1 trial 2022-Nov, EClinicalMedicine IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.eclinm.2022.101707 PMID:36467452	临床试验	本研究是一项多中心、开放标签、剂量递增的1期试验，评估了bosutinib在肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者中的安全性和耐受性。	这是首个针对ALS患者的Src/c-Abl抑制剂bosutinib的试验，通过iPSC技术重新定位药物，探索了bosutinib作为ALS分子靶向治疗候选药物的可能性。	本研究为开放标签试验，时间短且患者数量有限，需要进一步的临床试验验证。	评估bosutinib在ALS患者中的安全性和耐受性，并探索其疗效和潜在的生物标志物。	肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者。	NA	肌萎缩侧索硬化症	iPSC技术，单细胞RNA测序	NA	血液样本，功能评分	20名患者，其中13名接受bosutinib治疗，12名纳入安全性和疗效分析。
1232	2024-08-08	Single-cell characterization revealed hypoxia-induced metabolic reprogramming of gastric cancer 2022-Nov, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e11866 PMID:36468095	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中由缺氧诱导的代谢重编程	本研究首次在单细胞水平上描述了胃癌中缺氧诱导的代谢重编程，部分解决了传统测序技术对癌细胞代谢异质性认识不足的问题	NA	探索胃癌相关恶性细胞在单细胞分辨率下的分子特征	胃癌细胞的代谢重编程	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus数据库收集的胃癌单细胞RNA测序数据
1233	2024-08-08	Single-cell RNA sequence presents atlas analysis for chondrocytes in the talus and reveals the potential mechanism in coping with mechanical stress 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1047119 PMID:36438550	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对健康距骨软骨细胞进行图谱分析，并揭示了软骨细胞应对机械应力的潜在机制	本研究首次对健康距骨软骨细胞进行了单细胞RNA测序图谱分析，并发现了两种新的软骨细胞亚群MirCs和SpCs	研究样本仅来自五名志愿者，可能影响结果的普遍性	旨在深入了解软骨细胞的功能，并为疾病治疗提供潜在的治疗靶点	距骨软骨细胞及其在机械应力下的功能	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五名健康志愿者的距骨软骨组织
1234	2024-08-08	The single-cell expression profile of transposable elements and transcription factors in human early biparental and uniparental embryonic development 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1020490 PMID:36438554	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据，综合分析了人类早期双亲和单亲胚胎发育中转座元件（TEs）和转录因子（TFs）的表达模式	首次系统地研究了正常和异常人类胚胎发育中TEs和TFs的相互作用	NA	探讨转座元件和转录因子在人类早期胚胎发育中的表达模式及其相互作用	人类早期双亲和单亲胚胎中的转座元件和转录因子	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	双亲和单亲胚胎样本
1235	2024-08-08	Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1053819 PMID:36439123	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，鉴定并验证了基于巨噬细胞标记基因的特征，用于预测复发性流产	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与复发性流产密切相关的七个核心基因，并构建了预测模型	样本量相对较小，需要进一步的大规模验证	寻找复发性流产的有效诊断标记和治疗靶点	复发性流产患者的蜕膜和绒毛组织	NA	复发性流产	RNA测序	LASSO, Random Forest, SVM-RFE	RNA	16个蜕膜和绒毛组织样本，包括5个正常患者和3个复发性流产患者
1236	2024-08-08	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological significance of NAD + metabolism-related genes in the initial diagnosis and relapse of childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1043111 PMID:36439178	研究论文	本研究通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探讨了NAD+代谢相关基因在儿童B细胞急性淋巴细胞白血病初诊和复发中的生物学意义	首次通过机器学习方法识别出NADSYN1、SIRT3和PARP6作为B-ALL的生物标志物，并揭示了这些标志物在单细胞水平上的作用机制	NA	探索NAD+代谢相关基因在儿童B细胞急性淋巴细胞白血病初诊和复发中的生物学意义及其作用机制	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病患者的NAD+代谢相关基因	数字病理学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq	随机森林算法	转录组数据, 单细胞测序数据	GSE3912和GSE130116数据集中的B-ALL患者样本
1237	2024-08-08	Heparin binding epidermal growth factor-like growth factor is a prognostic marker correlated with levels of macrophages infiltrated in lung adenocarcinoma 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.963896 PMID:36439487	研究论文	本文探讨了肝素结合表皮生长因子样生长因子（HB-EGF）在肺腺癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的关系	首次揭示了HB-EGF在肺腺癌中作为潜在的预后标志物和治疗靶点的作用	研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚	研究HB-EGF在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润的相关性	肺腺癌患者及肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用TCGA数据库和Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，具体样本数量未详细说明
1238	2024-08-08	A ferroptosis-related gene signature associated with immune landscape and therapeutic response in osteosarcoma 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1024915 PMID:36439512	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因在骨肉瘤中的表达及其对患者预后和治疗策略的影响	构建了一个包含8个铁死亡调控因子的预后标志物，能有效预测骨肉瘤患者的免疫景观、预后及化疗放疗策略	NA	阐明铁死亡调控因子在骨肉瘤中的潜在价值，预测患者的预后和治疗策略	骨肉瘤患者的铁死亡调控因子表达及其预后价值	数字病理学	骨肉瘤	基因集变异分析（GSVA），单样本基因集富集分析（ssGSEA），ESTIMATE算法，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1239	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing and microarray analyses to explore the pathological mechanisms of chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.900353 PMID:36440052	研究论文	本研究利用基因芯片和单细胞RNA测序技术探索慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）的病理机制	首次通过基因芯片和单细胞RNA测序数据分析了CTEPH进展过程中的关键mRNAs、miRNAs和circRNAs及其可能的调控关系	NA	探索慢性血栓栓塞性肺动脉高压的病理机制	CTEPH患者的周围血样和肺动脉内膜切除组织	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因芯片	NA	mRNA表达谱、miRNA芯片、circRNA芯片	5名CTEPH患者和5名健康对照者的周围血样，以及5名CTEPH患者的肺动脉内膜切除组织
1240	2024-08-08	Complex interaction and heterogeneity among cancer stem cells in head and neck squamous cell carcinoma revealed by single-cell sequencing 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1050951 PMID:36451812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的复杂相互作用和异质性及其对肿瘤微环境形成的影响	本研究首次详细描述了头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的转录组图谱，揭示了其功能多样性和在肿瘤进展中的关键作用	研究仅基于公共数据库中的20个头颈鳞状细胞癌组织样本，可能无法完全代表所有病例	确定头颈鳞状细胞癌中癌症干细胞的异质性及其对肿瘤微环境形成的影响	头颈鳞状细胞癌中的癌症干细胞	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20个头颈鳞状细胞癌组织样本