单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2024-08-08	Interferon-dependent SLC14A1+ cancer-associated fibroblasts promote cancer stemness via WNT5A in bladder cancer 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.005 PMID:36459995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱癌患者样本，发现一种由干扰素信号诱导的、高表达尿素转运蛋白SLC14A1的癌症相关成纤维细胞亚群，该亚群通过WNT5A旁分泌途径促进膀胱癌细胞的干细胞特性	首次报道了SLC14A1+癌症相关成纤维细胞在膀胱癌中的作用及其通过WNT5A途径促进干细胞特性的机制	NA	探讨癌症相关成纤维细胞在膀胱癌治疗反应和患者预后中的作用	膀胱癌患者的癌症相关成纤维细胞及其对癌细胞干细胞特性的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌患者样本
1202	2024-08-08	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	研究论文	本研究比较了半自动和手动封闭系统在人类姐妹卵子玻璃化中的存活率和转录组分析	本研究采用了半自动玻璃化系统，并使用单细胞RNA测序技术评估了两种技术的转录组后果	本研究仅在姐妹卵子中进行了比较，且转录组差异较小	评估半自动卵子玻璃化技术的效率及其对转录组的影响	人类姐妹卵子	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
1203	2024-08-08	Targeting HER3 or MEK overcomes acquired Trastuzumab resistance in HER2-positive gastric cancer-derived xenograft 2022-Dec-03, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-01259-z PMID:36463209	研究论文	本研究通过建立胃癌PDX模型，探讨了HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并验证了联合使用HER3靶向抗体或MEK抑制剂作为克服耐药性的策略。	首次通过单细胞转录组测序、蛋白质组学和基因组变异分析全面描绘了Trastuzumab耐药性的分子机制，并验证了联合治疗策略的有效性。	研究仅限于动物模型，尚未在临床试验中验证。	探讨HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并寻找克服耐药性的新策略。	HER2阳性胃癌及其对Trastuzumab的耐药性。	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个PDX模型（176P和176R）
1204	2024-08-08	m6A epitranscriptomic modification regulates neural progenitor-to-glial cell transition in the retina 2022-12-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.79994 PMID:36459087	研究论文	本研究使用视网膜特异性条件性敲除小鼠模型，探讨了m6A表观转录组修饰在视网膜神经前体细胞向胶质细胞转变中的作用	揭示了m6A表观转录组修饰通过调控前体细胞转录本的降解，精细调节视网膜前体细胞向Müller胶质细胞的转录组转变	NA	探讨m6A表观转录组修饰在视网膜发育中的功能	视网膜神经前体细胞和Müller胶质细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），MeRIP-seq	NA	RNA	视网膜特异性条件性敲除小鼠模型
1205	2024-08-08	Personalized health risk assessment based on single-cell RNA sequencing analysis of a male with 45, X/48, XYYY karyotype 2022-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25308-w PMID:36460769	研究论文	本文报道了一名具有罕见45, X/48, XYYY核型的14岁男孩，通过单细胞RNA测序分析评估其长期健康风险，特别是癌症风险	利用单细胞RNA测序技术首次详细分析了该核型患者的免疫细胞基因表达差异，并通过数字滴液PCR在DNA水平上验证了这些结果	研究样本数量有限，仅基于单一病例	评估具有45, X/48, XYYY核型个体的长期健康风险，特别是癌症风险	具有罕见45, X/48, XYYY核型的14岁男孩	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单一病例
1206	2024-08-08	Monocytes deposit migrasomes to promote embryonic angiogenesis 2022-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-01026-3 PMID:36443426	research paper	研究报告了在鸡胚绒毛尿囊膜中，高迁移性细胞在毛细血管形成区域巡逻并沉积migrasomes，这些细胞被鉴定为单核细胞，其migrasomes富含促血管生成因子，促进胚胎血管生成。	首次发现单核细胞通过沉积富含促血管生成因子的migrasomes来促进胚胎血管生成。	NA	探讨单核细胞在胚胎血管生成中的作用及其机制。	单核细胞、migrasomes、胚胎血管生成。	NA	NA	单细胞测序、定量质谱分析。	NA	细胞、蛋白质。	鸡胚绒毛尿囊膜中的细胞样本。
1207	2024-08-08	A unified computational framework for single-cell data integration with optimal transport 2022-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35094-8 PMID:36456571	研究论文	本文介绍了一种名为uniPort的统一单细胞数据整合框架，结合了耦合变分自编码器和最小批量不平衡最优传输方法，用于处理异质性单细胞多组学数据和空间转录组数据	uniPort框架能够同时嵌入异质性单细胞多组学数据到一个共享的潜在空间，并提供灵活的标签转移框架来解卷积异质性空间转录组数据	NA	开发一种新的计算框架，用于整合异质性单细胞多组学数据和空间转录组数据	单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组数据	计算机视觉	NA	最优传输	耦合变分自编码器	单细胞多组学数据	多种数据集，包括单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组数据
1208	2024-08-08	Macrophages regulate vascular smooth muscle cell function during atherosclerosis progression through IL-1β/STAT3 signaling 2022-12-01, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04255-2 PMID:36456628	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析人颈动脉斑块的近端相邻（PA）和动脉粥样硬化核心（AC）区域，揭示了巨噬细胞样血管平滑肌细胞（VSMCs）的功能改变及其在动脉粥样硬化进展中的作用。	首次揭示了IL-1β通过STAT3信号通路介导巨噬细胞与巨噬细胞样VSMCs之间的细胞交流，并促进了后者的粘附、炎症和凋亡。	NA	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化进展中对血管平滑肌细胞功能的影响及其分子机制。	人颈动脉斑块中的血管平滑肌细胞和巨噬细胞。	NA	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	人颈动脉斑块的近端相邻（PA）和动脉粥样硬化核心（AC）区域样本
1209	2024-08-08	Selective targeting of visceral adiposity by polycation nanomedicine 2022-12, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-022-01249-3 PMID:36456644	研究论文	本文开发了一种基于聚阳离子的纳米药物P-G3，通过腹腔注射选择性靶向内脏脂肪，有效抑制肥胖小鼠的内脏脂肪积累，增加能量消耗，并缓解相关的代谢功能障碍。	P-G3通过调节营养感应信号通路，解偶联脂肪细胞脂质合成与储存和脂肪细胞发育，创造出功能正常但缺乏肥大生长的脂肪细胞。	NA	开发一种新的纳米药物，专门针对内脏脂肪进行治疗，以解决肥胖这一全球性健康问题。	肥胖小鼠的内脏脂肪和相关代谢功能。	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	肥胖小鼠
1210	2024-08-08	A phylogenetic approach to inferring the order in which mutations arise during cancer progression 2022-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010560 PMID:36459515	研究论文	本文提出了一种新方法，利用单细胞测序的噪声数据推断个体肿瘤中体细胞突变的发生顺序	该方法在模型中同时考虑了肿瘤内体细胞突变的进化过程和单细胞测序数据收集过程中的技术误差，通过模拟分析显示其显著优于现有方法	单细胞测序的错误率较高，这使得任务变得复杂	旨在提高突变顺序预测的准确性并量化预测突变顺序的不确定性	研究对象包括结直肠癌和前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	数据	具体样本数量未在摘要中提及
1211	2024-08-08	Increased post-mitotic senescence in aged human neurons is a pathological feature of Alzheimer's disease 2022-12-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.11.010 PMID:36459967	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中神经元衰老标记物的表达增加及其病理意义	首次揭示了AD患者神经元中存在特定的衰老样状态，并提出了针对这些衰老样神经元的治疗策略	NA	探究阿尔茨海默病中神经元衰老的特征及其对疾病发展的影响	阿尔茨海默病患者的神经元及其衰老标记物	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1212	2024-08-08	A mineralizing pool of Gli1-expressing progenitors builds the tendon enthesis and demonstrates therapeutic potential 2022-12-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2022.11.007 PMID:36459968	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肌腱附着点在出生后不同阶段的发育转录组，并探讨了Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗潜力。	首次通过单细胞RNA测序揭示了肌腱附着点发育过程中的六种常驻细胞类型及其转录因子调节网络和时间调控，并证明了Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗潜力。	NA	探究肌腱附着点的发育机制，并评估Gli1表达的前体细胞在肌腱附着点再生中的治疗效果。	小鼠肌腱附着点的发育过程及其细胞类型。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肌腱附着点在出生后不同阶段的样本
1213	2024-08-08	Cdx1b protects intestinal cell fate by repressing signaling networks for liver specification 2022-12, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2022.11.006 PMID:36460297	研究论文	本文研究了斑马鱼cdx1b基因在肠道发育中的作用，通过RNA测序和单细胞测序揭示了cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象。	首次在斑马鱼模型中观察到cdx1b缺失导致肠道细胞向肝细胞样细胞转变的现象，并揭示了Cdx1b通过抑制肝脏特异性转录因子和信号通路来维持肠道命运的作用机制。	NA	探究Cdx1b在斑马鱼肠道发育中的作用及其机制。	斑马鱼cdx1b基因及其在肠道发育中的功能。	发育生物学	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	从突变斑马鱼胚胎中分离的肠道样本
1214	2024-08-08	Comparison of cell type distribution between single-cell and single-nucleus RNA sequencing: enrichment of adherent cell types in single-nucleus RNA sequencing 2022-12, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-022-00892-z PMID:36460793	研究论文	本研究比较了单细胞和单核RNA测序在结肠和肝脏组织中的细胞类型分布差异	发现单核RNA测序在特定细胞类型分析中提供了更多信息	研究仅限于结肠和肝脏组织，未涵盖其他组织类型	探讨单细胞和单核RNA测序方法的特性和差异	结肠和肝脏组织的细胞类型分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	结肠和肝脏组织样本
1215	2024-08-08	Fibronectin 1 derived from tumor-associated macrophages and fibroblasts promotes metastasis through the JUN pathway in hepatocellular carcinoma 2022-Dec, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109420 PMID:36461607	研究论文	本研究通过多组学分析探索了肿瘤相关巨噬细胞和成纤维细胞衍生的纤连蛋白1（FN1）通过JUN途径促进肝细胞癌（HCC）转移的具体机制	首次揭示了FN1通过JUN-Hippo信号通路影响HCC的转录组特征和转移，并通过泛癌分析验证了该机制的普遍性	NA	探索肿瘤微环境中细胞间通讯对转移的调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的细胞间通讯	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC测序、RNA测序、甲基化测序	神经网络模型	基因组数据	数据来自GEO和TCGA数据库，具体样本数量未详细说明
1216	2024-08-08	Single-Cell Sequencing in Rheumatic Diseases: New Insights from the Perspective of the Cell Type 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0323 PMID:36465169	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在风湿病研究中的应用，特别是从细胞类型的角度提供的新见解	利用单细胞测序技术识别风湿病患者组织中的多种细胞亚型	细胞亚型的异质性使得实现个体化精准医疗仍有很长的路要走	提高风湿病诊断的准确性和治疗的有效性	风湿病患者组织中的细胞亚型及其功能	NA	风湿病	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观遗传学和蛋白质组数据	未具体说明样本数量
1217	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals a Population of Smooth Muscle Cells Responsible for Atherogenesis 2022-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0313 PMID:36465170	研究论文	本研究利用3S-ASCVD犬模型，结合批量RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了参与动脉粥样硬化发展的平滑肌细胞群体	首次在3S-ASCVD犬模型中发现TNC平滑肌细胞在动脉粥样硬化发展中的重要作用，并发现这些细胞在人类动脉粥样硬化易发部位的存在	NA	探究动脉粥样硬化发展的区域倾向性差异及其背后的细胞机制	3S-ASCVD犬模型中的动脉粥样硬化易发和抵抗动脉，以及人类动脉粥样硬化易发部位	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3S-ASCVD犬模型
1218	2024-08-08	Thymic macrophages consist of two populations with distinct localization and origin 2022-11-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.75148 PMID:36449334	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了胸腺巨噬细胞的表面表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	首次揭示了胸腺巨噬细胞由两个不同群体组成，分别位于皮质和髓质及其交界处，并具有不同的胚胎和成年造血干细胞起源	NA	研究胸腺巨噬细胞的起源、维持和多样性	胸腺巨噬细胞的表型、转录组特征及其在胸腺中的分布和起源	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年胸腺中的巨噬细胞群体
1219	2024-08-08	A single-cell analysis framework allows for characterization of CSF leukocytes and their tissue of origin in multiple sclerosis 2022-11-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adc9778 PMID:36449599	研究论文	本文通过深度生成模型整合了41个脑脊液和14个中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本，分析了多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	开发了一个基于用户界面的应用程序，用于将新的脑脊液单细胞RNA测序数据映射到细胞身份图谱上	NA	研究多发性硬化症中脑脊液白细胞及其来源组织的特点	脑脊液和中枢神经系统实质的单细胞RNA测序样本	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	120,629个细胞
1220	2024-08-08	SRGS: sparse partial least squares-based recursive gene selection for gene regulatory network inference 2022-Nov-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09020-7 PMID:36451086	研究论文	本文介绍了一种基于稀疏偏最小二乘（SPLS）的递归基因选择方法SRGS，用于从批量或单细胞表达数据中推断基因调控网络（GRN）	SRGS通过递归选择和评分可能对目标基因有调控作用的基因，并通过对数据进行随机打乱和设置零值来提高处理含有缺失值的基因表达数据的鲁棒性	NA	开发更准确和稳健的基因调控网络建模方法，适用于单细胞表达数据	基因调控网络的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏偏最小二乘（SPLS）	基因表达数据	包括模拟的批量数据、模拟的单细胞数据（有无缺失值）和实验的单细胞数据