单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2024-08-08	Interaction between human leukocyte antigen (HLA-C) and killer cell Ig-like receptors (KIR2DL) inhibits the cytotoxicity of natural killer cells in patients with hepatoblastoma 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.947729 PMID:36507493	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了肝母细胞瘤患儿的免疫微环境，发现KIR2DL在NK细胞中的高表达与HLA-C的相互作用抑制了NK细胞的细胞毒性，可能导致肿瘤免疫逃逸。	首次揭示了HLA-C与KIR2DL在肝母细胞瘤中的相互作用及其对NK细胞功能的抑制作用，并提出了通过阻断这种相互作用来增强NK细胞毒性作为新的治疗策略。	研究样本量较小，仅包括两名肝母细胞瘤患儿和一名健康儿童，可能影响结果的普遍性。	探讨肝母细胞瘤患儿的免疫微环境特征及其与疾病发展的关系。	两名肝母细胞瘤患儿和一名健康儿童的外周血和肿瘤组织。	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	3名儿童（2名肝母细胞瘤患儿和1名健康儿童）
1182	2024-08-08	The Infiltration of Neutrophil Granulocytes Due to Loss of PTEN Was Associated with Poor Response to Immunotherapy in Renal Cell Carcinoma 2022, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S388990 PMID:36510494	研究论文	本文探讨了PTEN缺失与肾细胞癌中中性粒细胞浸润及免疫治疗反应不佳之间的关系。	首次揭示了PTEN状态与肾透明细胞癌中中性粒细胞浸润的关系，并提出了PTEN低表达作为抗PD-1免疫治疗抵抗的候选因素。	NA	研究PTEN在肾细胞癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系。	肾透明细胞癌患者及其实验室细胞系。	数字病理学	肾细胞癌	CRISPR-Cas9, 免疫印迹, qRT-PCR, RNA测序, 免疫组化染色	NA	基因组数据, 转录组数据	多个肾透明细胞癌数据集, 包括批量RNA测序和单细胞RNA测序数据
1183	2024-08-08	Development of a Cancer-Associated Fibroblast-Related Prognostic Model in Breast Cancer via Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/2955359 PMID:36510567	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序技术，开发了一个与癌症相关成纤维细胞相关的乳腺癌预后模型。	本文创新性地利用单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，结合多种生物信息学工具，构建了一个包含五个基因的预后模型，该模型与癌症相关成纤维细胞相关。	NA	开发一个与癌症相关成纤维细胞相关的乳腺癌预后模型。	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	Cox回归模型	RNA序列数据	使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)的乳腺癌单细胞RNA测序数据集GSE176078，包含28个细胞集群。
1184	2024-08-08	Analysis of the key ligand receptor CADM1_CADM1 in the regulation of thyroid cancer based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.969914 PMID:36523593	研究论文	本研究分析了关键配体受体CADM1_CADM1在甲状腺癌中的调控作用，基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	首次发现CADM1_CADM1在甲状腺癌进展中的重要作用，并提供了一种新的潜在预后和治疗配体-受体对	由于对甲状腺癌中配体-受体对的了解有限，针对这些配体-受体对的治疗方法仍面临挑战	研究甲状腺癌中配体-受体对的作用，以寻找新的预后和治疗靶点	甲状腺癌中的CADM1_CADM1配体-受体对	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	65311个单细胞RNA测序样本来自7名不同阶段的甲状腺癌患者，以及包含487个肿瘤样本和58个癌旁样本的批量RNA测序数据集
1185	2024-08-08	A high-efficiency differential expression method for cancer heterogeneity using large-scale single-cell RNA-sequencing data 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1063130 PMID:36523772	研究论文	本文提出了一种高效稳健的差异表达检测方法HEART，用于分析大规模单细胞RNA测序数据，以研究结直肠癌的异质性	HEART方法能够检测多种来源的差异表达基因，不仅限于平均表达水平的变化，具有高准确性和计算效率	NA	研究结直肠癌的异质性及其对癌症治疗效果的影响	结直肠癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计组合测试	单细胞RNA测序数据	多个模拟数据集和实际数据集，包括PBMC68K数据集和人类脑单细胞数据集
1186	2024-08-08	Combined proteomics and single cell RNA-sequencing analysis to identify biomarkers of disease diagnosis and disease exacerbation for systemic lupus erythematosus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.969509 PMID:36524113	研究论文	本研究通过结合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，识别系统性红斑狼疮（SLE）的疾病诊断和疾病加重的生物标志物。	本研究首次通过机器学习管道和实验验证，确定了两种生物标志物组合，能够准确区分SLE患者与健康对照组，并区分活动性和非活动性SLE。	NA	旨在发现和验证系统性红斑狼疮的疾病诊断和活动监测的生物标志物。	系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞（PBMC）。	蛋白质组学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq），酶联免疫吸附试验（ELISA）	机器学习	蛋白质组数据，单细胞RNA测序数据	包括活动性SLE、非活动性SLE、类风湿关节炎（RA）患者和健康对照（HC）的外周血单个核细胞（PBMC）样本。
1187	2024-08-08	Machine learning-based identification of SOX10 as an immune regulator of macrophage in gliomas 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1007461 PMID:36524115	研究论文	本研究利用机器学习方法识别SOX10作为胶质瘤中巨噬细胞的免疫调节因子	发现SOX10在胶质瘤中具有显著的免疫特征和基因组特征，且其高表达与免疫治疗效果相关	NA	探索SOX10在胶质瘤中的免疫调节作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质瘤中的SOX10及其对巨噬细胞的影响	机器学习	脑瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	涉及低级别胶质瘤（LGG）、高级别胶质瘤（HGG）及泛癌组
1188	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing in asthma research 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.988573 PMID:36524132	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在哮喘研究中的重要性及其近年来的研究成果	scRNA-seq技术有助于探索哮喘的异质性，识别稀有细胞类型和特定细胞亚群，阐明细胞分化的关键过程，并理解预测免疫功能的调控基因网络	NA	旨在为哮喘的发病机制、药物开发和治疗提供新思路	哮喘的免疫发病机制	digital pathology	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1189	2024-08-08	Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening 2022-12-20, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc00888b PMID:36477690	研究论文	本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞	该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离	NA	开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞	细菌、酵母和人癌细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	图像	1至40微米大小的细胞
1190	2024-08-08	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形	揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制	NA	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种突变小鼠的视网膜内皮细胞
1191	2024-08-08	The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi 2022-Dec-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35253-x PMID:36496442	研究论文	本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法，并研究了宿主-病原体相互作用	首次建立了COPD类器官模型，用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病	NA	研究COPD患者中宿主-病原体相互作用，特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力	COPD患者的鼻咽和支气管类器官	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组学	类器官	细胞	健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官
1192	2024-08-08	Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs 2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00265-0 PMID:36477591	研究论文	本研究报道了从人多能干细胞（hPSCs）通过神经嵴（NC）诱导产生外胚层软骨细胞（ECCs）的双相过程，这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物	首次展示了ECCs能够长期自我更新，并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构，为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性	NA	开发一种新的细胞治疗方法，用于治疗颅软骨损伤	人多能干细胞（hPSCs）诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞（ECCs）	干细胞研究	软骨损伤	NA	NA	细胞	NA
1193	2024-08-08	Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-23533-x PMID:36481664	研究论文	研究通过分析外周血单个核细胞（PBMCs）的mRNA和micro-RNA表达谱，探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况	首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达，并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合	研究样本量较小，且仅基于RNA测序数据进行分析，缺乏功能验证实验	旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制	严重COVID-19患者的PBMCs	NA	COVID-19	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序	NA	mRNA, micro-RNA	5名COVID-19患者（2名严重，3名轻度）和3名健康对照
1194	2024-08-08	A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25524-4 PMID:36481877	研究论文	本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略，用于整合多个独立研究中的基因表达谱，无需样本匹配或标签	该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下，整合多个基因表达谱，并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	NA	开发一种新的方法来整合多个基因表达谱，以进行无监督的集成分析	多个独立研究中的基因表达谱，特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	张量分解	无监督特征提取	基因表达谱	多个独立研究中的样本，具体数量未提及
1195	2024-08-08	Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25541-3 PMID:36482068	研究论文	本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂（EGFRi）耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化，并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。	研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因（IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2），其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。	研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用，也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。	识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。	基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本，并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。
1196	2024-08-08	The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses 2022-Dec-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-022-02814-5 PMID:36482387	研究论文	本文研究了前梯度同源物2（AGR2）和葡萄糖调节蛋白78（GRP78）在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。	首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。	NA	研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。	AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。	数字病理学	脑肿瘤	免疫荧光、全外显子测序	NA	细胞	Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系
1197	2024-08-08	An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization 2022-12-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01483-0 PMID:36482461	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用	发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用，并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库	NA	深入了解蜕膜化的分子和细胞特征，并为相关疾病的治疗提供平台	子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1198	2024-08-08	Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors 2022-12-08, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-022-01585-1 PMID:36482488	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关	发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性	NA	鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路	ER阳性乳腺癌干细胞样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系
1199	2024-08-08	Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients 2022-12-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02959-8 PMID:36476557	研究论文	研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义	首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联	NA	探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用	Sjögren's综合征患者的唾液腺	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, 免疫荧光检测	NA	RNA, 蛋白质	44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者
1200	2024-08-08	Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer 2022-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35291-5 PMID:36476645	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序分析，揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征	本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据，验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对，为治疗探索提供了新路径	NA	揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征，为治疗探索提供新思路	肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	7名肝癌患者（4名肝细胞癌，3名肝内胆管癌），以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者