单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2024-08-08	Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening 2022-12-20, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc00888b PMID:36477690	研究论文	本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞	该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离	NA	开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞	细菌、酵母和人癌细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	图像	1至40微米大小的细胞
1162	2024-08-08	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形	揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制	NA	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种突变小鼠的视网膜内皮细胞
1163	2024-08-08	The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi 2022-Dec-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35253-x PMID:36496442	研究论文	本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法，并研究了宿主-病原体相互作用	首次建立了COPD类器官模型，用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病	NA	研究COPD患者中宿主-病原体相互作用，特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力	COPD患者的鼻咽和支气管类器官	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组学	类器官	细胞	健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官
1164	2024-08-08	Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs 2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00265-0 PMID:36477591	研究论文	本研究报道了从人多能干细胞（hPSCs）通过神经嵴（NC）诱导产生外胚层软骨细胞（ECCs）的双相过程，这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物	首次展示了ECCs能够长期自我更新，并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构，为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性	NA	开发一种新的细胞治疗方法，用于治疗颅软骨损伤	人多能干细胞（hPSCs）诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞（ECCs）	干细胞研究	软骨损伤	NA	NA	细胞	NA
1165	2024-08-08	Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-23533-x PMID:36481664	研究论文	研究通过分析外周血单个核细胞（PBMCs）的mRNA和micro-RNA表达谱，探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况	首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达，并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合	研究样本量较小，且仅基于RNA测序数据进行分析，缺乏功能验证实验	旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制	严重COVID-19患者的PBMCs	NA	COVID-19	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序	NA	mRNA, micro-RNA	5名COVID-19患者（2名严重，3名轻度）和3名健康对照
1166	2024-08-08	A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25524-4 PMID:36481877	研究论文	本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略，用于整合多个独立研究中的基因表达谱，无需样本匹配或标签	该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下，整合多个基因表达谱，并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	NA	开发一种新的方法来整合多个基因表达谱，以进行无监督的集成分析	多个独立研究中的基因表达谱，特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	张量分解	无监督特征提取	基因表达谱	多个独立研究中的样本，具体数量未提及
1167	2024-08-08	Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25541-3 PMID:36482068	研究论文	本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂（EGFRi）耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化，并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。	研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因（IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2），其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。	研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用，也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。	识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。	基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本，并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。
1168	2024-08-08	The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses 2022-Dec-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-022-02814-5 PMID:36482387	研究论文	本文研究了前梯度同源物2（AGR2）和葡萄糖调节蛋白78（GRP78）在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。	首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。	NA	研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。	AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。	数字病理学	脑肿瘤	免疫荧光、全外显子测序	NA	细胞	Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系
1169	2024-08-08	An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization 2022-12-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01483-0 PMID:36482461	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用	发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用，并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库	NA	深入了解蜕膜化的分子和细胞特征，并为相关疾病的治疗提供平台	子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1170	2024-08-08	Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors 2022-12-08, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-022-01585-1 PMID:36482488	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关	发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性	NA	鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路	ER阳性乳腺癌干细胞样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系
1171	2024-08-08	Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients 2022-12-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02959-8 PMID:36476557	研究论文	研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义	首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联	NA	探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用	Sjögren's综合征患者的唾液腺	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, 免疫荧光检测	NA	RNA, 蛋白质	44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者
1172	2024-08-08	Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer 2022-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35291-5 PMID:36476645	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序分析，揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征	本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据，验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对，为治疗探索提供了新路径	NA	揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征，为治疗探索提供新思路	肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	7名肝癌患者（4名肝细胞癌，3名肝内胆管癌），以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者
1173	2024-08-08	Extracellular traps from activated vascular smooth muscle cells drive the progression of atherosclerosis 2022-12-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35330-1 PMID:36473863	研究论文	本研究探讨了活化的血管平滑肌细胞（VSMCs）释放的细胞外DNA陷阱（ETs）在动脉粥样硬化进展中的作用	首次展示了通过AAV8介导的PCSK9突变过表达和Cl-amidine及DNase I处理抑制ETs，从而减轻动脉粥样硬化斑块形成	NA	研究CD68 VSMCs与ETs形成之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的功能	CD68 VSMCs和ETs	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了Myh11Pad4雄性小鼠模型
1174	2024-08-08	Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2022-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-022-10305-z PMID:36474171	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现内皮细胞（ECs）的标记基因，并结合传统的高通量RNA测序（bulk RNA-seq）构建胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后模型	本研究首次结合单细胞RNA测序和传统RNA测序数据，构建了一个基于四个关键基因表达水平的GBM预后模型	NA	旨在发现内皮细胞的标记基因并构建胶质母细胞瘤患者的预后模型	内皮细胞的标记基因及胶质母细胞瘤患者的预后	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高通量RNA测序（bulk RNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）算法	RNA序列数据	10个scRNA-seq和bulk RNA-seq数据样本
1175	2024-08-08	Reconstruction of the gastric cancer microenvironment after neoadjuvant chemotherapy by longitudinal single-cell sequencing 2022-12-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03792-y PMID:36474268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者在接受新辅助化疗前后肿瘤微环境的变化	首次在分子水平上研究了胃癌新辅助化疗后肿瘤微环境的响应，揭示了治疗前后细胞类型和转录程序的变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	深入理解胃癌新辅助化疗的机制，并推动潜在优化治疗程序和新药的开发	胃癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	11名胃癌患者的14个样本，包括4个治疗前样本、4个治疗后样本和3对治疗前后配对样本
1176	2024-08-08	Developmental trajectories of thalamic progenitors revealed by single-cell transcriptome profiling and Shh perturbation 2022-12-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111768 PMID:36476860	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和Shh扰动，揭示了丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	首次应用纵向单细胞RNA测序和区域性Shh取消来绘制丘脑前体细胞的发展轨迹，揭示了丘脑复杂结构的早期胚胎脑发育机制	NA	揭示丘脑发育的关键原则，并提供由丘脑功能障碍引起的神经发育障碍的机制性见解	丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	NA	婴儿帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1177	2024-08-08	Dental niche cells directly contribute to tooth reconstitution and morphogenesis 2022-12-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111737 PMID:36476878	研究论文	本文通过双荧光模型追踪和分析从胚胎到新生阶段的牙细胞，揭示了牙胚发育中的关键细胞动态和牙器官发生的新机制	首次发现牙微环境细胞能直接再生牙乳头细胞，并通过与牙上皮相互作用促进牙齿重建	NA	探究牙器官发生的细胞基础和机制	牙细胞及其在牙齿发育中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
1178	2024-08-08	Secuer: Ultrafast, scalable and accurate clustering of single-cell RNA-seq data 2022-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010753 PMID:36469543	研究论文	介绍了一种名为Secuer的超快速、可扩展且准确的单细胞RNA测序数据聚类算法	Secuer通过采用基于锚点的二分图表示算法，显著减少了运行时间和内存使用，同时在小型和中等基准数据集上实现了与竞争方法相当或更好的准确性	NA	开发一种更高效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	二分图聚类算法	基因表达数据	超过100万个细胞的数据集
1179	2024-08-08	K27M in canonical and noncanonical H3 variants occurs in distinct oligodendroglial cell lineages in brain midline gliomas 2022-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01205-w PMID:36471070	研究论文	本文通过综合分析116个肿瘤样本，包括单细胞转录组和染色质可及性、3D染色质结构和表观基因组特征，揭示了K27M突变型胶质瘤在发育基因上的染色质配置与解剖学上不同的少突胶质细胞前体细胞（OPCs）一致	本文首次展示了K27M突变型胶质瘤在不同H3变体中的细胞起源差异，并揭示了这些差异与肿瘤发生中的特定脆弱性相关	本文未详细讨论K27M突变对其他类型细胞的影响，以及这些突变在不同环境下的具体作用机制	研究K27M突变在不同H3变体中的细胞起源差异及其对胶质瘤发展的影响	K27M突变型胶质瘤及其在不同H3变体中的细胞起源	数字病理学	脑瘤	单细胞转录组、染色质可及性分析、3D染色质结构分析	NA	基因组数据	116个肿瘤样本
1180	2024-08-08	A two-stage digestion of whole murine knee joints for single-cell RNA sequencing 2022-Dec, Osteoarthritis and cartilage open DOI:10.1016/j.ocarto.2022.100321 PMID:36474787	研究论文	本文介绍了一种两阶段消化协议，用于从整个小鼠膝关节中提取细胞进行单细胞RNA测序	开发了一种快速的两阶段消化协议，以克服在准备适用于单细胞RNA测序的细胞悬液时遇到的技术挑战	NA	研究关节病理学中整个膝关节细胞的单细胞RNA测序应用	小鼠膝关节中的细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个小鼠的膝关节