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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2024-08-07 |
Downregulated cytotoxic CD8+ T-cell identifies with the NKG2A-soluble HLA-E axis as a predictive biomarker and potential therapeutic target in keloids
2022-04, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-021-00834-1
PMID:35039632
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研究论文 | 本研究旨在通过分析瘢痕疙瘩组织和血液细胞,发现细胞毒性CD8 T细胞下调是瘢痕疙瘩的一个特征,并探讨NKG2A/CD94复合体和可溶性人类白细胞抗原-E(sHLA-E)在其中的作用。 | 首次揭示了NKG2A/CD94复合体在瘢痕疙瘩中的上调现象,并发现sHLA-E作为诊断和预后标志物的潜力。 | 研究样本量有限,需要进一步的大规模研究验证sHLA-E作为生物标志物的有效性。 | 寻找瘢痕疙瘩的分子和细胞水平特征,以开发新的生物标志物和治疗靶点。 | 瘢痕疙瘩组织和血液细胞中的细胞毒性CD8 T细胞及NKG2A/CD94复合体。 | 免疫学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和组织样本 | 104名瘢痕疙瘩患者,512名健康捐赠者,100名其他疾病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1122 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing of Nicotiana attenuata corolla cells reveals the biosynthetic pathway of a floral scent
2022-04, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.17992
PMID:35075650
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了野生烟草Nicotiana attenuata花冠细胞中苯乙酮(BA)的生物合成途径 | 通过单细胞RNA测序技术,首次揭示了野生烟草花冠细胞中苯乙酮的完整生物合成途径 | NA | 揭示植物细胞类型特异性代谢的分子特征 | 野生烟草Nicotiana attenuata的花冠细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 3756个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1123 | 2024-08-07 |
Expansion of Fcγ Receptor IIIa-Positive Macrophages, Ficolin 1-Positive Monocyte-Derived Dendritic Cells, and Plasmacytoid Dendritic Cells Associated With Severe Skin Disease in Systemic Sclerosis
2022-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.41813
PMID:34042322
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了2465个来自12名弥漫性皮肤系统性硬化症(dcSSc)患者和10名健康对照者的皮肤活检样本中的髓系细胞转录组,以全面理解驱动dcSSc皮肤纤维化的髓系细胞类型。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了dcSSc特异性的髓系细胞集群,并发现与正常对照相比,dcSSc中存在高度表达Fcγ受体IIIA的巨噬细胞集群和高度表达FCN-1等单核细胞标志物的mo-DCs,这些细胞与更严重的皮肤疾病相关。 | 本研究仅分析了12名dcSSc患者和10名健康对照者的皮肤样本,样本量相对较小,可能影响结果的普遍性。此外,髓系细胞的活化在不同患者间存在差异,表明潜在的病理机制和/或疾病活动的时间差异,但具体机制未深入探讨。 | 旨在全面理解驱动弥漫性皮肤系统性硬化症皮肤纤维化的髓系细胞类型。 | 弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤活检样本中的髓系细胞。 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2465个髓系细胞样本,来自12名dcSSc患者和10名健康对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 1124 | 2024-08-07 |
The critical role of B4GALT4 in promoting microtubule spindle assembly in HCC through the regulation of PLK1 and RHAMM expression
2022-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30531
PMID:34270095
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研究论文 | 本文通过生物信息学方法研究了B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌(HCC)中的表达及其与临床病理参数和下游靶基因的相关性,特别是B4GALT4在微管纺锤体组装中的作用。 | 首次揭示了B4GALT4通过调节PLK1和RHAMM的表达在HCC中促进微管纺锤体组装的关键作用,并通过基因本体分析和单细胞RNA测序数据验证了这一发现。 | NA | 探讨B4GALT家族成员在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。 | B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据库中的肿瘤组织样本和HCC患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1125 | 2024-08-07 |
On the Origin of Pancreatic Cancer: Molecular Tumor Subtypes in Perspective of Exocrine Cell Plasticity
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.010
PMID:34875393
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌(PDAC)的起源,特别是外分泌细胞可塑性对分子肿瘤亚型的影响 | 探讨了外分泌细胞的不同分化状态与PDAC分子亚型之间的转录组和表观遗传学关系,提出了不同肿瘤亚型的不同起源 | NA | 旨在深入理解PDAC的生物学特性,特别是外分泌细胞在PDAC起源中的作用 | 胰腺导管腺癌及其细胞起源 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和表观遗传组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1126 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.126243.2
PMID:36875988
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识 | 强调了未来研究方向,以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白 | 目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况,未进一步探讨性别差异的影响 | 总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识,并强调未来研究方向 | 胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异 | digital pathology | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1127 | 2024-08-07 |
Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix
2022, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/21m1456807
PMID:37576699
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研究论文 | 本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法,用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩,特别是在泊松随机矩阵的情况下 | 该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列,使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致,从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩 | NA | 研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩 | 泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族 | 机器学习 | NA | Sinkhorn-Knopp算法 | NA | 计数矩阵 | 涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1128 | 2024-08-07 |
Practical bioinformatics pipelines for single-cell RNA-seq data analysis
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2022.210041
PMID:37288243
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综述 | 本文概述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的计算分析流程,详细介绍了分析步骤 | 提供了基于最佳实践的指南 | NA | 帮助实验人员分析其数据,并协助用户更新其分析流程 | 单细胞RNA测序数据分析工具的选择和比较 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1129 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics sequencing and its applications in studying the nervous system
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210031
PMID:37288245
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综述 | 本文综述了单细胞多组学测序技术及其在神经系统研究中的应用 | 介绍了从单细胞转录组测序到多组学分析的发展,以及如何通过这些技术提高对神经系统的理解 | NA | 探讨单细胞多组学测序技术在神经系统研究中的应用及未来可能解决的科学问题 | 神经系统 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | 转录组、DNA甲基化组、染色质可及性等 | 从数百个细胞到数万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1130 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics: new dimension of understanding biological complexity
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210037
PMID:37288247
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在理解生物复杂性中的应用 | 介绍了多种空间解析技术,这些技术提供了新的维度来探究区域基因表达、细胞微环境、解剖异质性和细胞间相互作用 | NA | 加速理解生物复杂性的新发现 | 空间转录组学技术及其在生物学中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1131 | 2024-08-08 |
Ushering in a new era of single-cell transcriptomics in bacteria
2022, microLife
DOI:10.1093/femsml/uqac020
PMID:37223351
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综述 | 本文综述了近期在细菌单细胞转录组学领域的新方法和技术突破 | 介绍了MATQ-seq、microSPLiT、PETRI-seq和par-seqFISH等新方法,这些方法使得细菌单细胞转录组学成为可能 | NA | 探讨新方法如何促进对细菌基因表达细胞间变异的理解,并推动微生物学领域的发展 | 细菌单细胞转录组学方法及其在复杂微生物群落中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1132 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic landscape identifies the expansion of peripheral blood monocytes as an indicator of HIV-1-TB co-infection
2022-Feb, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2022.100005
PMID:37192986
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了HIV-1和结核病(TB)共感染患者的外周血单核细胞(PBMCs)的转录组特征 | 首次揭示了HIV-1和TB共感染患者中免疫细胞亚群的比例变化,并发现炎症性CD14CD16单核细胞亚群可作为诊断HIV-1-TB共感染的生物标志物 | 研究样本量相对较小,且仅限于特定治疗阶段的病人 | 探究HIV-1和TB共感染患者中免疫细胞亚群的转录组特征及其在疾病诊断中的应用 | HIV-1感染者、HIV-1-TB共感染者及其治疗前后的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 超过60,000个细胞,包括80名患者的额外队列 | NA | NA | NA | NA |
| 1133 | 2024-08-08 |
Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin
2022-07, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00244-6
PMID:37117774
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研究论文 | 本文研究了皮肤血管退化导致的真皮硬化如何增强老年小鼠皮肤中表皮干细胞的分化 | 首次报道了皮肤血管退化引起的真皮硬化会增强表皮干细胞的分化和半桥粒脆性,并揭示了这一过程与Piezo1离子通道和pentraxin 3分子的关系 | NA | 探讨衰老过程中外部微环境因素如何影响干细胞功能 | 老年小鼠皮肤中的表皮干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年小鼠皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1134 | 2024-08-08 |
Alzheimer's disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis
2022-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00149-w
PMID:37118355
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研究论文 | 本研究评估了在淀粉样变性小鼠模型中,单核细胞衍生的巨噬细胞(MDM)是否通过TREM2依赖性途径发挥作用,并探讨了PD-L1免疫检查点阻断对认知改善的影响。 | 发现MDM通过TREM2非依赖性途径在淀粉样变性小鼠模型中具有疾病修饰活性。 | NA | 评估单核细胞衍生的巨噬细胞在淀粉样变性小鼠模型中的作用机制。 | 淀粉样变性小鼠模型中的单核细胞衍生的巨噬细胞。 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Trem25xFAD小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1135 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics defines Dot1L interacting partners and downstream target genes in the mouse molar dental pulp
2022, The International journal of developmental biology
DOI:10.1387/ijdb.220141db
PMID:36942693
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了小鼠磨牙牙髓中Dot1L基因的表达谱及其在不同细胞群中的分布情况 | 首次揭示了Dot1L在小鼠磨牙牙髓中的表达模式及其与下游靶基因的关系,特别是在间充质基质细胞分化中的作用 | 研究仅限于小鼠磨牙牙髓,且未探讨Dot1L在其他组织或物种中的作用 | 探究Dot1L在牙髓组织中的表达及其对间充质基质细胞分化的影响 | 小鼠磨牙牙髓中的Dot1L基因及其在不同细胞群中的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠磨牙牙髓中的多种细胞群,包括间充质基质细胞、免疫细胞、周细胞、成釉细胞和内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1136 | 2024-08-08 |
Mixed Response to Cancer Immunotherapy is Driven by Intratumor Heterogeneity and Differential Interlesion Immune Infiltration
2022-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0050
PMID:36923281
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和单细胞测序分析同一患者淋巴结转移瘤样本,揭示了肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异导致免疫治疗混合反应的机制 | 首次通过临床前模型和临床队列研究,证实肿瘤内异质性改变同一患者中肿瘤浸润淋巴细胞的特征,导致免疫治疗混合反应 | 研究样本量有限,且仅基于PD-1阻断疗法的队列研究,可能限制了结果的普适性 | 探讨肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异如何影响免疫治疗反应 | 淋巴结转移瘤样本及其肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 全外显子测序,单细胞测序 | NA | 基因组数据,细胞数据 | 503名接受PD-1阻断单药治疗的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1137 | 2024-08-08 |
New perspective of skeletal stem cells
2022, Biomaterials translational
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综述 | 本文综述了骨骼干细胞(SSCs)的空间和时间分布,以及近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 利用荧光激活细胞分选、谱系追踪和单细胞测序技术,研究了具有不同时空分布的SSCs的谱系轨迹 | NA | 探讨骨骼干细胞的空间和时间分布,并总结近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 骨骼干细胞(SSCs)及其在不同组织中的分布和功能 | 干细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选、谱系追踪、单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1138 | 2024-08-08 |
Retinal ganglion cell-specific genetic regulation in primary open-angle glaucoma
2022-Jun-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100142
PMID:36778138
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研究论文 | 研究通过将原发性开角型青光眼(POAG)患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞(iPSCs),并分化为视网膜类器官,与健康个体的细胞进行比较,评估疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 研究利用大规模iPSC研究揭示了遗传复杂疾病的上下文特异性特征,并通过单细胞RNA测序识别了簇特异性分子特征 | NA | 评估原发性开角型青光眼患者疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 原发性开角型青光眼患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞并分化为视网膜类器官 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 总共247,520个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1139 | 2024-08-08 |
Genetic perturbations go spatial
2022-Apr-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100120
PMID:36776528
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研究论文 | 本文介绍了一种利用蛋白质条码(Pro-Codes)追踪CRISPR修饰细胞并测量其对肿瘤微环境影响的方法 | 首次采用蛋白质条码和空间转录组学技术,对完整组织中的CRISPR修饰细胞进行多重成像和空间转录组学分析 | NA | 研究细胞内在特征及其与环境的相互作用对组织-肿瘤交互作用的影响 | CRISPR修饰细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | NA | CRISPR, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1140 | 2024-08-08 |
Integration of multiple lineage measurements from the same cell reconstructs parallel tumor evolution
2022-Feb-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100096
PMID:36778661
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞全基因组测序技术和病毒谱系追踪,模拟结直肠癌肿瘤进化过程,构建高分辨率的克隆进化树 | 首次使用单细胞全基因组测序结合病毒谱系追踪技术,在结直肠癌肿瘤模型中重建肿瘤进化过程 | 研究仅限于结直肠癌肿瘤模型,可能需要进一步验证在其他类型肿瘤中的适用性 | 研究肿瘤内部异质性(ITH)和肿瘤进化过程 | 结直肠癌肿瘤模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞全基因组测序(WGS) | NA | 基因组数据 | 1,641个单细胞 | NA | NA | NA | NA |