单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2024-08-08	The Impact of Stem/Progenitor Cells on Lymphangiogenesis in Vascular Disease 2022-12-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244056 PMID:36552820	综述	本文综述了干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用及其在血管疾病发展中的影响	利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入探讨了干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用	NA	总结干细胞/祖细胞在淋巴血管生成中的多样性和整合，以及其在血管疾病发展中的影响，为未来研究提供合理指导	干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用及其在血管疾病中的影响	NA	血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1082	2024-08-08	Integrated Analysis Revealed an Inflammatory Cancer-Associated Fibroblast-Based Subtypes with Promising Implications in Predicting the Prognosis and Immunotherapeutic Response of Bladder Cancer Patients 2022-Dec-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415970 PMID:36555612	研究论文	本研究通过整合分析揭示了与膀胱癌预后和免疫治疗反应相关的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）亚型	开发了基于iCAFs的278个标记物的相关特征，并验证了其在预测膀胱癌患者预后和治疗反应中的稳健性	NA	研究iCAFs在膀胱癌中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	膀胱癌患者的iCAFs及其相关分子亚型	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq	Seurat pipeline	RNA序列数据	519名膀胱癌患者的数据集
1083	2024-08-08	Integrative Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unveils Novel Prognostic Biomarkers in Multiple Myeloma 2022-12-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12121855 PMID:36551283	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了多发性骨髓瘤（MM）的克隆进化特征并发现了新的预后标志物	首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据来识别MM中的新预后标志物，并揭示了细胞分化过程中的遗传异质性对MM预后的重要性	NA	探索多发性骨髓瘤的分子异质性及其对疾病生物学的影响，并寻找新的预后标志物	多发性骨髓瘤细胞的分化状态和预后标志物	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA序列数据	342个标记基因在两个具有不同分化状态的分支中被识别
1084	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity in the Tumor Microenvironment between Young-Onset and Old-Onset Colorectal Cancer 2022-12-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12121860 PMID:36551288	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14个未经治疗的结直肠癌肿瘤样本，揭示了年轻发病型和老年发病型结直肠癌之间肿瘤微环境的异质性	首次详细比较了年轻发病型和老年发病型结直肠癌的肿瘤微环境差异，并揭示了恶性细胞在形成抑制性肿瘤免疫微环境中的重要作用	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性	探究年轻发病型和老年发病型结直肠癌之间肿瘤微环境的差异	年轻发病型和老年发病型结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	14个未经治疗的结直肠癌肿瘤样本
1085	2024-08-08	Multiomics Analysis of a DNAH5-Mutated PCD Organoid Model Revealed the Key Role of the TGF-β/BMP and Notch Pathways in Epithelial Differentiation and the Immune Response in DNAH5-Mutated Patients 2022-12-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244013 PMID:36552777	research paper	本文通过多组学分析和器官模型研究，揭示了DNAH5突变导致的原发性纤毛运动障碍（PCD）中TGF-β/BMP和Notch通路在表皮分化及免疫反应中的关键作用。	首次直接从DNAH5突变患者的支气管镜活检中建立了儿童PCD气道器官模型，并通过单细胞RNA测序和蛋白质组分析揭示了突变对纤毛功能和免疫反应的影响。	NA	研究DNAH5突变导致的PCD的遗传特征和发病机制。	DNAH5突变患者的气道器官模型及其纤毛功能和免疫反应。	digital pathology	primary ciliary dyskinesia	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和蛋白质组分析	NA	RNA和蛋白质	一个DNAH5突变患者的支气管镜活检样本
1086	2024-08-08	Comparison of the Single-Cell Immune Landscape of Testudines from Different Habitats 2022-12-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244023 PMID:36552787	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了来自不同栖息地的龟类外周免疫细胞的组成、功能和分化轨迹	首次在龟类外周血液中识别出两种嗜碱性粒细胞亚型（GATA2-high-basophils和GATA2-low-basophils），并鉴定了特定类型的免疫细胞	NA	探究龟类对不同生态位免疫适应的机制	不同栖息地的龟类外周免疫细胞	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种龟类物种
1087	2024-08-08	Activation of OSM-STAT3 Epigenetically Regulates Tumor-Promoting Transcriptional Programs in Cervical Cancer 2022-Dec-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246090 PMID:36551576	研究论文	本文研究了OSM-STAT3信号通路在宫颈癌中的表观遗传调控机制	首次揭示了OSM-STAT3轴通过表观遗传调控宫颈癌进展相关基因的机制	NA	探讨OSM-STAT3信号通路在宫颈癌中的表观遗传调控作用	宫颈癌	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq	NA	RNA, 染色质	三个独立的宫颈癌队列
1088	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing for the Detection of Clonotypic V(D)J Rearrangements in Multiple Myeloma 2022-Dec-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415691 PMID:36555330	研究论文	本文探讨了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）检测多发性骨髓瘤（MM）中克隆型V(D)J重排序列的可行性	scRNA-seq分析在识别克隆性生产重排方面比标准方法更有效，避免了高突变区域中共识引物错配的限制	NA	验证单细胞RNA测序在检测多发性骨髓瘤中克隆型V(D)J重排序列的准确性和有效性	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本中的CD138细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	19个含有浆细胞紊乱的骨髓抽吸样本
1089	2024-08-08	Comparative Analysis of mRNA and miRNA Expression between Dermal Papilla Cells and Hair Matrix Cells of Hair Follicles in Yak 2022-12-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11243985 PMID:36552749	研究论文	本研究比较了牦牛毛囊中真皮乳头细胞和毛母质细胞的mRNA和miRNA表达差异，以分析这两种细胞在毛囊发育中的分子相互作用基础	本研究结合了10×基因组单细胞转录组数据，鉴定了39个牦牛真皮乳头细胞的标记基因，并筛选出123个相对特异性表达的miRNAs，其中包括与毛囊发育相关的miR-143、miR-214、miR-125b、miR-31和miR-200	NA	探讨牦牛毛囊中真皮乳头细胞和毛母质细胞在毛囊发育中的分子机制	牦牛毛囊中的真皮乳头细胞和毛母质细胞	NA	NA	10×基因组单细胞转录组	NA	mRNA和miRNA	NA
1090	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing of the Testis of Ciona intestinalis Reveals the Dynamic Transcriptional Profile of Spermatogenesis in Protochordates 2022-12-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11243978 PMID:36552742	研究论文	本研究首次对Ciona intestinalis的睾丸进行单细胞RNA测序，揭示了原索动物精子发生过程中的动态转录谱	首次在原索动物中进行单细胞RNA测序，揭示了精子发生过程中的基因表达和转录调控动态	研究仅限于Ciona intestinalis，且部分特定基因的功能需要进一步验证	探究原索动物精子发生的基因调控机制	Ciona intestinalis的睾丸中的6832个生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6832个生殖细胞
1091	2024-08-08	Baicalein Relieves Ferroptosis-Mediated Phagocytosis Inhibition of Macrophages in Ovarian Endometriosis 2022-Dec-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44120422 PMID:36547083	研究论文	本文研究了铁过载在卵巢子宫内膜异位症中对巨噬细胞的影响，并探讨了黄芩素在缓解铁死亡介导的巨噬细胞吞噬功能抑制中的作用	首次揭示了铁死亡在卵巢子宫内膜异位症中通过影响巨噬细胞的吞噬功能和促进血管生成细胞因子的产生，从而促进疾病发展的机制	NA	探讨铁过载在卵巢子宫内膜异位症中对巨噬细胞的影响及黄芩素的潜在治疗作用	卵巢子宫内膜异位症中的巨噬细胞及黄芩素的作用	NA	妇科疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及卵巢子宫内膜异位症患者的巨噬细胞和THP-1细胞
1092	2024-08-08	Diversity of Circulating NKT Cells in Defense against Carbapenem-Resistant Klebsiella Pneumoniae Infection 2022-Dec-07, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm12122025 PMID:36556247	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）感染过程中，外周血中NK和NKT细胞的免疫反应	首次详细描述了NKT细胞亚群在CRKP感染过程中的免疫作用机制	研究样本量较小，仅涉及3名患者	探讨NKT细胞在防御碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌感染中的作用	外周血中的NK和NKT细胞	NA	肺炎	单细胞RNA测序	NA	血液样本	3名CRKP感染患者
1093	2024-08-08	Single-Cell Sequencing of Malignant Ascites Reveals Transcriptomic Remodeling of the Tumor Microenvironment during the Progression of Epithelial Ovarian Cancer 2022-12-02, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13122276 PMID:36553542	研究论文	本研究通过单细胞测序分析了五名上皮性卵巢癌患者的恶性腹水样本，揭示了肿瘤微环境在疾病进展中的转录组重塑	研究首次详细描述了恶性腹水中肿瘤微环境在卵巢癌进展中的动态变化，包括癌细胞状态的转变和相关生物通路的激活	研究样本量较小，仅基于五个患者的样本，可能影响结果的普遍性	探索上皮性卵巢癌患者恶性腹水中肿瘤微环境在肿瘤进展和复发中的调控机制	上皮性卵巢癌患者的恶性腹水样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	无监督深度嵌入单细胞聚类算法	转录组数据	4680个单细胞，来自五个上皮性卵巢癌患者（三个诊断样本和两个复发样本）
1094	2024-08-08	scDSSC: Deep Sparse Subspace Clustering for scRNA-seq Data 2022-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010772 PMID:36534702	研究论文	本文提出了一种结合噪声降低和维度降低的深度稀疏子空间聚类方法scDSSC，用于单细胞RNA测序数据，该方法通过显式建模scRNA-seq数据生成，同时学习特征表示和聚类	scDSSC方法在多种scRNA-seq数据集上显著提高了聚类性能，并增强了聚类和下游分析的可解释性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度稀疏子空间聚类	单细胞RNA测序数据	数千至数万个细胞
1095	2024-08-08	Impact of CD4 T cells on intratumoral CD8 T-cell exhaustion and responsiveness to PD-1 blockade therapy in mouse brain tumors 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005293 PMID:36543376	研究论文	本文研究了CD4 T细胞对小鼠脑肿瘤中肿瘤内CD8 T细胞耗竭和PD-1阻断疗法反应性的影响	首次描述了功能失调的CD4 T细胞与终末期CD8 T细胞耗竭的关联，并展示了CD40激动剂与PD-1阻断疗法的协同作用	NA	探究CD4 T细胞对CD8 T细胞耗竭和PD-1阻断疗法反应性的影响	小鼠脑肿瘤模型中的CD4和CD8 T细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌性C57/BL6小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞
1096	2024-08-08	Modeling resistance of colorectal peritoneal metastases to immune checkpoint blockade in humanized mice 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005345 PMID:36543378	研究论文	本文通过将患者来源的器官样移植到人源化小鼠的盲肠中，创建了一个新的MSI-H CRC肿瘤自发多器官转移模型，并分析了免疫检查点阻断治疗的效果及其与肿瘤免疫环境的关系。	结合器官样和人源化小鼠技术，提供了一个新的自发多器官转移模型，并提供了B细胞在抗CTLA-4治疗后产生部位依赖性抗肿瘤免疫中的关键作用的实证。	NA	研究免疫检查点阻断治疗在MSI-H CRC肿瘤中的效果及其机制。	MSI-H CRC肿瘤的自发多器官转移及其对免疫检查点阻断治疗的反应。	数字病理学	结直肠癌	免疫组织化学、流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	组织样本	患者来源的器官样移植到人源化小鼠的盲肠中
1097	2024-08-08	Characterizing Macrophages Diversity in COVID-19 Patients Using Deep Learning 2022-12-01, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13122264 PMID:36553530	研究论文	本研究利用深度学习技术分析了COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，以识别与疾病严重程度相关的分子状态	本研究首次使用图卷积神经网络模型来预测COVID-19感染的严重程度，并展示了高预测准确率	NA	旨在通过计算方法识别与COVID-19感染严重程度相关的分子状态，以理解关键免疫反应的差异	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中的单细胞RNA测序数据	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序	图卷积神经网络	基因表达数据	12个支气管肺泡灌洗液样本，包含63,734个细胞，每个细胞有23,916个基因
1098	2024-08-08	The Sum of Two Halves May Be Different from the Whole-Effects of Splitting Sequencing Samples Across Lanes 2022-12-01, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13122265 PMID:36553532	研究论文	本文探讨了将样本分批进行高通量测序（HTS）时，跨测序道分割样本对结果的影响	系统性地分析了测序设计中被忽略的变异来源，并展示了这种分割对批量和单细胞测序数据分析的定性和定量影响	文章未详细说明解决这些问题的具体方法或技术	研究测序设计中的变异来源及其对结果稳健性和可重复性的影响	批量mRNA测序、批量ChIP测序和单细胞测序数据	高通量测序	NA	高通量测序（HTS）	NA	序列数据	未具体说明样本数量
1099	2024-08-08	Colon-Targeted eNAMPT-Specific Peptide Systems for Treatment of DSS-Induced Acute and Chronic Colitis in Mouse 2022-Nov-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox11122376 PMID:36552583	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了NAMPT和CYBB在结肠炎患者和鼠模型中的表达上调，并开发了一种新型重组TK肽rCT-NAMPT，该肽能够靶向结肠并抑制NAMPT与CYBB或TLR4的相互作用，有效减轻DSS诱导的急性和慢性结肠炎。	开发了一种新型重组TK肽rCT-NAMPT，该肽具有结肠靶向性并能抑制NAMPT与CYBB或TLR4的相互作用，为结肠炎治疗提供了新的候选药物。	NA	研究NAMPT在炎症巨噬细胞中的作用及其在结肠炎治疗中的潜在应用。	NAMPT和CYBB在结肠炎中的表达及新型重组TK肽rCT-NAMPT的开发与应用。	NA	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1100	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Identifies Master Regulators Affected by Panobinostat in Neuroblastoma Cells 2022-11-29, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13122240 PMID:36553506	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了泛HDAC抑制剂panobinostat在神经母细胞瘤细胞中的作用，并识别了受其影响的转录调控因子。	利用单细胞测序技术在神经母细胞瘤细胞中研究panobinostat的作用，具有前所未有的分辨率。	NA	探究panobinostat在神经母细胞瘤细胞中的分子机制和基因调控网络。	神经母细胞瘤细胞和panobinostat的作用。	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及