单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-08	Single-cell RNA-Seq identifies factors necessary for the regenerative phenotype of prostate luminal epithelial progenitors 2022, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 PMID:36636696	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，确认了激素完整和去势小鼠前列腺中管腔前体细胞群的身份，并识别了维持前列腺器官样再生表型所需的因素。	首次使用单细胞RNA测序技术确认前列腺管腔前体细胞群的身份，并识别了维持其再生表型所需的关键因素。	研究主要集中在小鼠和人类的前列腺器官样上，未来需进一步验证这些因素在体内环境中的作用。	定义正常的前列腺前体细胞表型，并发现可能导致可药物化靶点的因果网络，以对抗前列腺增生疾病。	前列腺管腔上皮前体细胞及其再生表型。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括激素完整和去势的小鼠前列腺及人类前列腺器官样。
1042	2024-08-08	The Enrichment of Specific Hair Follicle-Associated Cell Populations in Plucked Hairs Offers an Opportunity to Study Gene Expression Underlying Hair Traits 2022-Dec-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24010561 PMID:36614000	研究论文	本研究通过比较马的拔毛和皮肤活检样本的RNA-seq结果，探讨了不同样本收集方法对特定细胞群基因表达的影响	首次比较了非侵入性的拔毛和侵入性的皮肤活检样本收集方法在细胞类型富集方面的差异	NA	探讨不同样本收集方法对特定细胞群基因表达的影响	马的拔毛和皮肤活检样本	基因表达研究	NA	RNA-seq	NA	RNA	NA
1043	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Unveils the Dedifferentiation Mechanism of Lung Adenocarcinoma Stem Cells 2022-Dec-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24010482 PMID:36613925	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了肺腺癌干细胞的去分化机制	首次通过单细胞RNA测序技术探索肺腺癌干细胞的转录组特征，并识别出与去分化相关的关键转录因子和特定标记物	研究仅基于PC-9细胞系，可能需要进一步在更多样品中验证结果	揭示肺腺癌干细胞的特性及其分子机制，为开发新的治疗策略提供见解	肺腺癌干细胞（LCSCs）及其去分化机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	7320个肺腺癌干细胞
1044	2024-08-08	Deciphering Tumour Microenvironment of Liver Cancer through Deconvolution of Bulk RNA-Seq Data with Single-Cell Atlas 2022-Dec-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15010153 PMID:36612149	研究论文	本研究通过使用单细胞RNA测序图谱对批量RNA测序数据进行反卷积，解析了肝癌的肿瘤微环境	利用反卷积算法处理批量RNA测序数据，减少了对单细胞RNA测序数据集的需求，从而降低了成本	NA	旨在理解肝癌的肿瘤微环境，为精准治疗提供依据	肝癌的肿瘤微环境及其细胞组成	数字病理学	肝癌	RNA测序	Cibersortx	RNA测序数据	使用了八个RNA测序和一个微阵列数据集
1045	2024-08-08	SPOC domain-containing protein 1 regulates the proliferation and apoptosis of human spermatogonial stem cells through adenylate kinase 4 2022-Dec-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v14.i12.822 PMID:36619695	research paper	研究SPOC域包含蛋白1（SPOCD1）在人类精原干细胞（SSCs）增殖和凋亡中的作用及机制	首次揭示了SPOCD1通过调控腺苷酸激酶4（AK4）影响人类精原干细胞的增殖和凋亡	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨SPOCD1在人类精原干细胞增殖中的作用及其机制	人类精原干细胞（SSCs）	NA	male infertility	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	涉及非阻塞性无精症（NOA）患者的样本
1046	2024-08-08	Human Placental Endothelial Cell and Trophoblast Heterogeneity and Differentiation Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2022-12-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12010087 PMID:36611882	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类胎盘中内皮细胞和滋养层细胞的异质性和分化	本研究首次提供了妊娠6至16周人类胎盘的高分辨率分子图谱，揭示了胎盘细胞的复杂性及其在早期妊娠中的转录网络和信号传导	NA	深入理解胎盘行为并改善妊娠结局	人类胎盘中的内皮细胞和滋养层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自11名正常妊娠患者的胎盘绒毛组织
1047	2024-08-08	Transcriptomic Profiles of Normal Pituitary Cells and Pituitary Neuroendocrine Tumor Cells 2022-Dec-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15010110 PMID:36612109	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常垂体细胞和垂体神经内分泌肿瘤细胞的转录组特征	本文揭示了正常垂体发育过程中的转录因子表达模式，并比较了垂体神经内分泌肿瘤与正常垂体在转录因子表达上的异同	NA	旨在理解垂体神经内分泌肿瘤的综合多组学特征，以开发基于分子特征的治疗方法	正常垂体细胞和垂体神经内分泌肿瘤细胞	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1048	2024-08-08	Breast cancer combined prognostic model based on lactate metabolism genes 2022-Dec-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000032485 PMID:36595824	研究论文	研究乳酸代谢基因、乳酸代谢相关基因（LMRG）和免疫浸润细胞对乳腺癌预后的影响	提出了一个结合乳酸代谢相关基因和免疫浸润细胞的乳腺癌预后模型，该模型在多个验证队列中显示出0.7至0.8的曲线下面积，优于单一模型	NA	评估乳酸代谢相关基因和免疫浸润细胞在乳腺癌预后中的作用	乳酸代谢基因、乳酸代谢相关基因（LMRG）和免疫浸润细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、CIBERSORT方法	cox回归、最小绝对选择算子	基因数据	使用GSE20685数据集作为外部验证队列
1049	2024-08-08	A prognostic risk prediction model based on ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer: A bulk RNA-seq research and scRNA-seq validation 2022-Dec-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000032558 PMID:36595859	研究论文	本文构建了一个基于铁死亡相关长非编码RNA（lncRNAs）的膀胱癌（BC）预后风险模型，以指导临床预后并识别潜在的治疗靶点。	首次构建了基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，并通过单细胞转录组测序进行验证。	研究样本量较小，仅涉及4名患者，可能影响模型的泛化能力。	构建一个基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，以指导临床预后和识别潜在治疗靶点。	膀胱癌患者的预后风险评估及潜在治疗靶点的识别。	数字病理学	膀胱癌	RNA-seq	Cox回归和最小绝对收缩与选择算子回归分析	转录组数据	4名接受根治性膀胱切除术的膀胱癌患者样本
1050	2024-08-08	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Interactions between Endometrial Stromal Cells, Epithelial Cells, and Lymphocytes during Mouse Embryo Implantation 2022-Dec-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24010213 PMID:36613656	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞之间的相互作用	首次通过单细胞转录组学分析了小鼠胚胎植入阶段子宫内膜间质细胞的亚型及其在胚胎植入中的作用	NA	探究小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞在调节接受性子宫内膜微环境中的作用	小鼠子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	怀孕4.5天和5.5天的小鼠子宫植入和非植入部位的样本
1051	2024-08-08	Simulation-based inference of differentiation trajectories from RNA velocity fields 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100359 PMID:36590685	研究论文	本文介绍了一种名为Cytopath的方法，利用单细胞RNA速度信息进行轨迹推断	Cytopath通过定义马尔可夫链模型，模拟可能的分化轨迹并构建共识轨迹，能够重现研究中分化过程的拓扑和分子特征	文章未明确提及局限性	开发一种新的方法来推断细胞分化轨迹	单细胞RNA测序实验中的分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	马尔可夫链模型	RNA速度数据	包括不同拓扑结构的分化轨迹，涉及单次快照和时间序列的单细胞RNA测序实验
1052	2024-08-08	In vitro-derived medium spiny neurons recapitulate human striatal development and complexity at single-cell resolution 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100367 PMID:36590694	研究论文	本文开发了一种协议，通过调节细胞接种密度和特定形态发生素的暴露，从人类多能干细胞（PSCs）中生成真实且功能性的D1和D2型纹状体中型棘神经元（MSNs），并在25天内实现高度可重复的神经分化。	该研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了生成的细胞在细胞类型组成、基因表达和信号通路方面能够模拟自然发育过程中的细胞命运获取步骤，并通过调节中基质蛋白途径提高了MSNs的产量。	NA	旨在理解影响纹状体的疾病并为不同神经系统疾病提供细胞替代疗法。	人类纹状体中型棘神经元（MSNs）。	干细胞工程	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1053	2024-08-08	Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854 PMID:36595885	研究论文	本文描述了一种优化的协议，用于从术后分离的输尿管组织中生成、冷冻保存和解冻单细胞悬液，以及用于10x Genomics Visium空间基因表达平台的冷冻保存人输尿管组织的优化协议	提供了用于单细胞RNA测序和空间转录组学的输尿管组织处理和冷冻保存的优化协议	NA	研究人输尿管组织的细胞异质性，使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术	人输尿管组织的细胞类型、信号网络和潜在的细胞间交叉对话	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1054	2024-08-08	Generation of iPSC-based human-mouse microglial brain chimeras to study senescence of human microglia 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101847 PMID:36595906	研究论文	本文提供了一个逐步协议，用于生成基于人诱导多能干细胞（hiPSC）的微胶质鼠脑嵌合体，并详细说明了病理性tau的脑内注射和从嵌合鼠脑中磁性细胞分离人微胶质细胞以进行单细胞RNA测序的步骤	本文提供了一种新的方法，通过生成hiPSC-based微胶质鼠脑嵌合体，来研究人微胶质细胞的衰老过程，这在体内研究中提供了前所未有的机会	NA	研究人微胶质细胞的衰老过程	人诱导多能干细胞（hiPSC）和微胶质鼠脑嵌合体	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1055	2024-08-08	An optimized protocol to identify keratinocyte subpopulations in vitro by single-cell RNA sequencing analysis 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101906 PMID:36595953	研究论文	本文描述了一种从新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞原代培养物中分离单细胞的优化方案，并使用单细胞RNA测序分析角质形成细胞亚群	该研究优化了细胞培养条件，以诱导角质形成细胞分化标记的表达，并使用了Fluidigm C1系统和Takara SMART-Seq v4 Ultra及Illumina Nextera XT试剂盒进行cDNA文库制备和RNA测序	NA	开发一种优化的单细胞RNA测序分析方法，用于识别体外培养的角质形成细胞亚群	正常人表皮角质形成细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞
1056	2024-08-08	An optimized protocol for the isolation of rare stromal cell populations from the mouse spleen 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101923 PMID:36595952	研究论文	本文介绍了一种优化的协议，用于从小鼠脾脏中分离和分析稀有的基质细胞群体，包括纤维母细胞网状细胞、血管周围细胞和胶质细胞	提出了一个优化的消化和富集步骤协议，适用于后续通过流式细胞术或单细胞RNA测序分析脾脏基质细胞	NA	开发和优化从小鼠脾脏中分离稀有基质细胞群体的方法	小鼠脾脏中的稀有基质细胞群体	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
1057	2024-08-08	Insights into osteoarthritis development from single-cell RNA sequencing of subchondral bone 2022-12, RMD open IF:5.1Q1 DOI:10.1136/rmdopen-2022-002617 PMID:36598005	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1058	2024-08-08	Macrophage GSK3β-deficiency inhibits the progression of hepatocellular carcinoma and enhances the sensitivity of anti-PD1 immunotherapy 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005655 PMID:36600662	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞中GSK3β缺乏对肝细胞癌进展的影响及其对PD-1免疫治疗的敏感性增强作用	首次揭示了巨噬细胞GSK3β缺乏通过抑制M2表型来抑制肝细胞癌的发展，并通过减少PD-L1泛素化来增强PD-1免疫治疗的敏感性	NA	研究GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的生物学功能及其对肝细胞癌的影响	GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及对肝细胞癌的影响	数字病理学	肝细胞癌	基因表达综合数据库(GEO)、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、质谱分析	NA	单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠模型
1059	2024-08-08	scAVENGERS: a genotype-based deconvolution of individuals in multiplexed single-cell ATAC-seq data without reference genotypes 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac095 PMID:36601579	研究论文	本文介绍了一种名为scAVENGERS的新软件，用于基于基因型的单细胞ATAC-seq数据解卷积，无需参考基因型	scAVENGERS通过调用更多个体特异性生殖系变异并使用优化的混合模型来解决scATAC-seq数据中每个变异较低的读取覆盖率问题	NA	开发一种新的软件工具，用于处理和分析单细胞ATAC-seq数据	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	混合模型	基因组数据	三个合成多重单细胞ATAC-seq数据集，包括外周血单个核细胞和前额叶皮质组织
1060	2024-08-08	scEMAIL: Universal and Source-free Annotation Method for scRNA-seq Data with Novel Cell-type Perception 2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.12.008 PMID:36608843	研究论文	提出了一种名为scEMAIL的通用注释框架，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，能够在不访问源数据的情况下自动检测新型细胞类型	设计了一个新型细胞类型感知模块，通过专家集成系统、双峰性测试和自适应阈值来识别新型细胞类型，并使用局部亲和正则化来减轻批次效应	未提及具体限制	开发一种无需源数据即可自动注释和检测新型细胞类型的方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	未提及具体样本量