单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 1021 - 1040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1021 | 2024-08-08 |
A prognostic risk prediction model based on ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer: A bulk RNA-seq research and scRNA-seq validation
2022-Dec-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000032558
PMID:36595859
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研究论文 | 本文构建了一个基于铁死亡相关长非编码RNA（lncRNAs）的膀胱癌（BC）预后风险模型，以指导临床预后并识别潜在的治疗靶点。 | 首次构建了基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，并通过单细胞转录组测序进行验证。 | 研究样本量较小，仅涉及4名患者，可能影响模型的泛化能力。 | 构建一个基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，以指导临床预后和识别潜在治疗靶点。 | 膀胱癌患者的预后风险评估及潜在治疗靶点的识别。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq | Cox回归和最小绝对收缩与选择算子回归分析 | 转录组数据 | 4名接受根治性膀胱切除术的膀胱癌患者样本 |
| 1022 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Interactions between Endometrial Stromal Cells, Epithelial Cells, and Lymphocytes during Mouse Embryo Implantation
2022-Dec-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24010213
PMID:36613656
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞之间的相互作用 | 首次通过单细胞转录组学分析了小鼠胚胎植入阶段子宫内膜间质细胞的亚型及其在胚胎植入中的作用 | NA | 探究小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞在调节接受性子宫内膜微环境中的作用 | 小鼠子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 怀孕4.5天和5.5天的小鼠子宫植入和非植入部位的样本 |
| 1023 | 2024-08-08 |
Simulation-based inference of differentiation trajectories from RNA velocity fields
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100359
PMID:36590685
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cytopath的方法，利用单细胞RNA速度信息进行轨迹推断 | Cytopath通过定义马尔可夫链模型，模拟可能的分化轨迹并构建共识轨迹，能够重现研究中分化过程的拓扑和分子特征 | 文章未明确提及局限性 | 开发一种新的方法来推断细胞分化轨迹 | 单细胞RNA测序实验中的分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫链模型 | RNA速度数据 | 包括不同拓扑结构的分化轨迹，涉及单次快照和时间序列的单细胞RNA测序实验 |
| 1024 | 2024-08-08 |
In vitro-derived medium spiny neurons recapitulate human striatal development and complexity at single-cell resolution
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100367
PMID:36590694
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研究论文 | 本文开发了一种协议，通过调节细胞接种密度和特定形态发生素的暴露，从人类多能干细胞（PSCs）中生成真实且功能性的D1和D2型纹状体中型棘神经元（MSNs），并在25天内实现高度可重复的神经分化。 | 该研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了生成的细胞在细胞类型组成、基因表达和信号通路方面能够模拟自然发育过程中的细胞命运获取步骤，并通过调节中基质蛋白途径提高了MSNs的产量。 | NA | 旨在理解影响纹状体的疾病并为不同神经系统疾病提供细胞替代疗法。 | 人类纹状体中型棘神经元（MSNs）。 | 干细胞工程 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1025 | 2024-08-08 |
Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854
PMID:36595885
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研究论文 | 本文描述了一种优化的协议，用于从术后分离的输尿管组织中生成、冷冻保存和解冻单细胞悬液，以及用于10x Genomics Visium空间基因表达平台的冷冻保存人输尿管组织的优化协议 | 提供了用于单细胞RNA测序和空间转录组学的输尿管组织处理和冷冻保存的优化协议 | NA | 研究人输尿管组织的细胞异质性，使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术 | 人输尿管组织的细胞类型、信号网络和潜在的细胞间交叉对话 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1026 | 2024-08-08 |
Generation of iPSC-based human-mouse microglial brain chimeras to study senescence of human microglia
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101847
PMID:36595906
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研究论文 | 本文提供了一个逐步协议，用于生成基于人诱导多能干细胞（hiPSC）的微胶质鼠脑嵌合体，并详细说明了病理性tau的脑内注射和从嵌合鼠脑中磁性细胞分离人微胶质细胞以进行单细胞RNA测序的步骤 | 本文提供了一种新的方法，通过生成hiPSC-based微胶质鼠脑嵌合体，来研究人微胶质细胞的衰老过程，这在体内研究中提供了前所未有的机会 | NA | 研究人微胶质细胞的衰老过程 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）和微胶质鼠脑嵌合体 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1027 | 2024-08-08 |
An optimized protocol to identify keratinocyte subpopulations in vitro by single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101906
PMID:36595953
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研究论文 | 本文描述了一种从新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞原代培养物中分离单细胞的优化方案，并使用单细胞RNA测序分析角质形成细胞亚群 | 该研究优化了细胞培养条件，以诱导角质形成细胞分化标记的表达，并使用了Fluidigm C1系统和Takara SMART-Seq v4 Ultra及Illumina Nextera XT试剂盒进行cDNA文库制备和RNA测序 | NA | 开发一种优化的单细胞RNA测序分析方法，用于识别体外培养的角质形成细胞亚群 | 正常人表皮角质形成细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞 |
| 1028 | 2024-08-08 |
An optimized protocol for the isolation of rare stromal cell populations from the mouse spleen
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101923
PMID:36595952
|
研究论文 | 本文介绍了一种优化的协议，用于从小鼠脾脏中分离和分析稀有的基质细胞群体，包括纤维母细胞网状细胞、血管周围细胞和胶质细胞 | 提出了一个优化的消化和富集步骤协议，适用于后续通过流式细胞术或单细胞RNA测序分析脾脏基质细胞 | NA | 开发和优化从小鼠脾脏中分离稀有基质细胞群体的方法 | 小鼠脾脏中的稀有基质细胞群体 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 1029 | 2024-08-08 |
Insights into osteoarthritis development from single-cell RNA sequencing of subchondral bone
2022-12, RMD open
IF:5.1Q1
DOI:10.1136/rmdopen-2022-002617
PMID:36598005
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1030 | 2024-08-08 |
Macrophage GSK3β-deficiency inhibits the progression of hepatocellular carcinoma and enhances the sensitivity of anti-PD1 immunotherapy
2022-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005655
PMID:36600662
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞中GSK3β缺乏对肝细胞癌进展的影响及其对PD-1免疫治疗的敏感性增强作用 | 首次揭示了巨噬细胞GSK3β缺乏通过抑制M2表型来抑制肝细胞癌的发展，并通过减少PD-L1泛素化来增强PD-1免疫治疗的敏感性 | NA | 研究GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的生物学功能及其对肝细胞癌的影响 | GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及对肝细胞癌的影响 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 基因表达综合数据库(GEO)、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、质谱分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠模型 |
| 1031 | 2024-08-08 |
scAVENGERS: a genotype-based deconvolution of individuals in multiplexed single-cell ATAC-seq data without reference genotypes
2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac095
PMID:36601579
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAVENGERS的新软件，用于基于基因型的单细胞ATAC-seq数据解卷积，无需参考基因型 | scAVENGERS通过调用更多个体特异性生殖系变异并使用优化的混合模型来解决scATAC-seq数据中每个变异较低的读取覆盖率问题 | NA | 开发一种新的软件工具，用于处理和分析单细胞ATAC-seq数据 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 混合模型 | 基因组数据 | 三个合成多重单细胞ATAC-seq数据集，包括外周血单个核细胞和前额叶皮质组织 |
| 1032 | 2024-08-08 |
scEMAIL: Universal and Source-free Annotation Method for scRNA-seq Data with Novel Cell-type Perception
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.12.008
PMID:36608843
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研究论文 | 提出了一种名为scEMAIL的通用注释框架，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，能够在不访问源数据的情况下自动检测新型细胞类型 | 设计了一个新型细胞类型感知模块，通过专家集成系统、双峰性测试和自适应阈值来识别新型细胞类型，并使用局部亲和正则化来减轻批次效应 | 未提及具体限制 | 开发一种无需源数据即可自动注释和检测新型细胞类型的方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | 未提及具体样本量 |
| 1033 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Identifies Drug-Resistance Signature and Immunosuppressive Microenvironment in Metastatic Small Cell Lung Cancer (Advanced Genetics 2/03)
2022-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202270021
PMID:36618025
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了转移性小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境 | NA | 揭示小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境 | 小细胞肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1034 | 2024-08-08 |
Appropriate level of cuproptosis may be involved in alleviating pulmonary fibrosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1039510
PMID:36601107
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研究论文 | 本研究探讨了铜死亡与肺纤维化之间的关系，并发现适当的铜死亡水平可能有助于抑制肺纤维化 | 首次揭示铜死亡与纤维化之间的负相关关系 | NA | 探索铜死亡与肺纤维化之间的关系 | 人类和小鼠的肺纤维化单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的肺纤维化样本 |
| 1035 | 2024-08-08 |
Obeticholic acid and 5β-cholanic acid 3 exhibit anti-tumor effects on liver cancer through CXCL16/CXCR6 pathway
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1095915
PMID:36605219
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研究论文 | 本研究通过分析人肝细胞癌单细胞RNA测序数据，验证了CXCL16/CXCR6通路在肝癌中的抗肿瘤作用，并探讨了obeticholic acid和5β-cholanic acid 3的联合使用在此过程中的作用 | 首次在人体中验证了CXCL16/CXCR6通路在肝癌中的抗肿瘤作用，并发现obeticholic acid和5β-cholanic acid 3的联合使用具有显著的肿瘤抑制效果 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，尚未在临床试验中得到验证 | 探讨CXCL16/CXCR6通路在肝细胞癌中的作用及潜在的免疫治疗策略 | 肝细胞癌及其相关细胞和分子机制 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 1036 | 2024-08-08 |
Necroptosis-related lncRNAs: Combination of bulk and single-cell sequencing reveals immune landscape alteration and a novel prognosis stratification approach in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1010976
PMID:36605426
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研究论文 | 本研究通过结合批量和单细胞测序技术，构建了一种基于坏死相关长非编码RNA风险评分（NecroLRS）和临床病理参数的预测模型，用于肺腺癌的预后分层和免疫微环境改变的研究 | 首次揭示了坏死相关长非编码RNA在肺腺癌预后中的作用，并提出了一种新的基于K-means聚类的分层算法，用于从单细胞角度解析坏死在肺腺癌预后中的机制 | NA | 探索坏死相关长非编码RNA在肺腺癌预后中的作用及其对免疫微环境的影响 | 肺腺癌患者的预后分层和免疫微环境改变 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 批量测序和单细胞测序 | K-means聚类 | RNA | 4个人类肺腺癌细胞系 |
| 1037 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals that SAA1+ epithelial cells promote distant metastasis of esophageal squamous cell carcinoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1099271
PMID:36605443
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中SAA1+上皮细胞的新亚群，该亚群与ESCC的远处转移密切相关。 | 发现了ESCC中一种新的SAA1+恶性细胞亚群，该亚群具有高度侵袭性并关联ESCC的远处转移。 | NA | 探索ESCC肿瘤组织的异质性及寻找具有特殊生物学功能的ESCC新亚群。 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）中的SAA1+上皮细胞。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序 | 预测模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1038 | 2024-08-08 |
NR4A2 may be a potential diagnostic biomarker for myocardial infarction: A comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1061800
PMID:36618351
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了NR4A2作为心肌梗死潜在诊断生物标志物的可能性 | 首次通过免疫浸润分析和疾病本体富集分析，确定了NR4A2在心肌梗死诊断中的重要价值 | 仅使用了一个数据集进行模型准确性测试，可能需要更多数据集验证 | 旨在预测和验证心肌梗死诊断的关键基因 | 心肌梗死及其诊断生物标志物 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE66360数据集，包含335个差异表达基因 |
| 1039 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing to dissect the immunological network of liver fibrosis in Schistosoma japonicum-infected mice
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.980872
PMID:36618421
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索日本血吸虫感染小鼠肝纤维化的免疫机制 | 首次应用单细胞测序技术解析日本血吸虫感染小鼠肝纤维化的免疫网络 | 样本量较小，仅包括一只感染小鼠和一只正常小鼠 | 深入理解日本血吸虫感染导致的肝纤维化机制 | 日本血吸虫感染小鼠的肝纤维化过程 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 1只感染小鼠和1只正常小鼠 |
| 1040 | 2024-08-08 |
Neurogenesis potential of oligodendrocyte precursor cells from oligospheres and injured spinal cord
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.1049562
PMID:36619671
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研究论文 | 本研究探讨了从寡球体和受损脊髓中提取的少突胶质前体细胞（OPCs）的神经发生潜力 | 首次发现OPCs参与寡球体的形成，并能进一步分化为类神经细胞，以及在寡球体分化过程中检测到少突胶质细胞和神经细胞的中间状态 | NA | 研究OPCs在受损髓鞘再生中的神经发生潜力及其机制 | 少突胶质前体细胞（OPCs）及其在脊髓损伤后的分化和神经发生潜力 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），生物信息学分析，免疫荧光染色，分子实验 | NA | RNA | 幼年和成年小鼠的脊髓损伤模型 |