单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 981 - 1000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals heterogeneity between pancreatic adenosquamous carcinoma and pancreatic ductal adenocarcinoma with prognostic value
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.972298
PMID:36052088
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性，并探讨了其预后价值 | 首次通过单细胞测序揭示了ASPC与PDAC在免疫微环境中的细胞类型和分化路径差异，并发现了两种新型癌症相关成纤维细胞（nCAFs和imCAFs）以及具有鳞状细胞特征的ASPC特异性癌细胞亚群 | 研究样本量较小，且仅基于单个ASPC患者和IPMN患者的肿瘤组织进行分析 | 探讨胰腺腺鳞癌与胰腺导管腺癌的细胞异质性及其预后价值 | 胰腺腺鳞癌（ASPC）和胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞类型及其在免疫微环境中的差异 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 共分析了五个PDAC患者、一个IPMN患者和一个ASPC患者的单细胞测序数据 |
| 982 | 2024-08-07 |
The integration of single-cell sequencing, TCGA, and GEO data analysis revealed that PRRT3-AS1 is a biomarker and therapeutic target of SKCM
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.919145
PMID:36211371
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序、TCGA和GEO数据库的数据分析，揭示了PRRT3-AS1作为皮肤黑色素瘤（SKCM）的生物标志物和治疗靶点 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探索了SKCM中的预后lncRNAs，并构建了一个具有显著预后价值的5标记lncRNAs模型 | NA | 探索SKCM中的预后lncRNAs，并确定PRRT3-AS1作为诊断和预后的生物标志物 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）及其生物标志物PRRT3-AS1 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包括TCGA队列和GEO数据库中的多个黑色素瘤样本（GSE72056, GSE19234, GSE15605, GSE7553, GSE81383） |
| 983 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of PBMC characterizes the altered transcriptomic landscape of classical monocytes in BNT162b2-induced myocarditis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.979188
PMID:36225942
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者外周血单个核细胞的转录组变化，特别是经典单核细胞的基因表达特征 | 首次揭示了BNT162b2疫苗接种后心肌炎发病机制中经典单核细胞的重要性，并提出了疫苗可能影响单核细胞，进而诱导其分化和浸润心脏的可能性 | NA | 确定BNT162b2疫苗引起的心肌炎的发病机制，并开发预测接种后是否可能发展为心肌炎的生物标志物 | BNT162b2疫苗引起的心肌炎患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个患者的外周血单个核细胞 |
| 984 | 2024-08-07 |
Identification of the Immune Status of Hypertrophic Cardiomyopathy by Integrated Analysis of Bulk- and Single-Cell RNA Sequencing Data
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/7153491
PMID:36238494
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研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞RNA测序数据，分析了肥厚型心肌病（HCM）中的免疫浸润相关基因 | 结合批量测序和单细胞测序技术，首次全面分析了HCM中的免疫细胞浸润模式及其相关基因 | 研究主要基于公共数据库中的数据，未涉及临床样本的直接分析 | 探索肥厚型心肌病中的免疫浸润情况及其相关基因 | 肥厚型心肌病患者与正常组的免疫细胞浸润差异 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 使用了GSE36961、GSE160997和GSE122930三个数据集 |
| 985 | 2024-08-07 |
A necroptosis related prognostic model of pancreatic cancer based on single cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1022420
PMID:36275722
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序分析和转录组分析构建了与坏死性凋亡相关的胰腺癌预后模型 | 首次通过单细胞测序和转录组分析构建了胰腺癌中与坏死性凋亡相关的预后模型，并验证了关键基因EPS8的作用 | NA | 探讨坏死性凋亡在胰腺癌中的意义，并构建相关的预后模型 | 胰腺癌的转录组数据和单细胞测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, 转录组分析 | COX回归, Lasso回归 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 使用了来自TCGA数据库、ICGC数据库和GEO数据库的多个队列数据，以及来自GSE154778的单细胞测序数据 |
| 986 | 2024-08-07 |
Innate immunity in pancreatic cancer: Lineage tracing and function
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1081919
PMID:36726981
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研究论文 | 本文探讨了胰腺癌中先天免疫细胞的来源与功能，以指导胰腺癌的免疫治疗 | 通过单细胞RNA测序研究胰腺癌免疫微环境，发现先天免疫细胞的主导作用 | NA | 深入研究胰腺癌中先天免疫淋巴细胞的来源与功能，以改善免疫治疗效果 | 胰腺癌中的先天免疫细胞，如巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞和先天免疫淋巴细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 987 | 2024-08-07 |
Cigarette smoke augments CSF3 expression in neutrophils to compromise alveolar-capillary barrier function during influenza infection
2022-08, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02049-2021
PMID:35058252
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研究论文 | 研究吸烟如何通过增加中性粒细胞中CSF3表达来损害流感感染时的肺泡-毛细血管屏障功能 | 揭示了吸烟加剧流感感染的机制，并发现了潜在的治疗靶点（如过量的vRNA积累、水肿性CSF3R信号传导） | 临床上rCSF3治疗在病毒性传染病中的潜在限制 | 探讨吸烟与流感感染之间的免疫机制 | 吸烟对流感感染的影响及其免疫机制 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 使用小鼠模型进行实验 |
| 988 | 2024-08-07 |
Development and validation of prognostic and diagnostic model for pancreatic ductal adenocarcinoma based on scRNA-seq and bulk-seq datasets
2022-05-19, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab343
PMID:34957503
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研究论文 | 本文开发并验证了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序数据集的胰腺导管腺癌（PDAC）预后和诊断模型 | 本文通过比较肿瘤细胞和正常导管细胞的差异表达基因（DEGs），利用多变量Cox或逻辑回归分析构建了预后和诊断模型，并开发了一种易于使用的诺模图来预测PDAC的2年和3年总体生存率 | NA | 开发和验证胰腺导管腺癌的预后和诊断模型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其预后和诊断 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型，逻辑回归模型 | 基因-细胞矩阵 | 从GSA数据库下载的scRNA-seq分析的原始基因-细胞矩阵数据 |
| 989 | 2024-08-07 |
Loss of Rnf43 Accelerates Kras-Mediated Neoplasia and Remodels the Tumor Immune Microenvironment in Pancreatic Adenocarcinoma
2022-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.12.273
PMID:34973294
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研究论文 | 本研究描述了一种遗传工程小鼠模型（GEMM），该模型具有条件性表达的致癌Kras和外分泌细胞中Rnf43催化域的缺失，用于研究RNF43突变对胰腺导管腺癌（PDAC）的影响。 | 本研究首次展示了RNF43缺失加速Kras介导的胰腺肿瘤形成，并重塑了肿瘤免疫微环境，为PDAC的免疫治疗提供了新的策略。 | NA | 研究RNF43突变对胰腺导管腺癌的影响及其在肿瘤免疫微环境中的作用。 | 遗传工程小鼠模型（GEMM）中的胰腺导管腺癌。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | KRC和KC小鼠模型 |
| 990 | 2024-08-07 |
Downregulated cytotoxic CD8+ T-cell identifies with the NKG2A-soluble HLA-E axis as a predictive biomarker and potential therapeutic target in keloids
2022-04, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-021-00834-1
PMID:35039632
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研究论文 | 本研究旨在通过分析瘢痕疙瘩组织和血液细胞，发现细胞毒性CD8 T细胞下调是瘢痕疙瘩的一个特征，并探讨NKG2A/CD94复合体和可溶性人类白细胞抗原-E（sHLA-E）在其中的作用。 | 首次揭示了NKG2A/CD94复合体在瘢痕疙瘩中的上调现象，并发现sHLA-E作为诊断和预后标志物的潜力。 | 研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证sHLA-E作为生物标志物的有效性。 | 寻找瘢痕疙瘩的分子和细胞水平特征，以开发新的生物标志物和治疗靶点。 | 瘢痕疙瘩组织和血液细胞中的细胞毒性CD8 T细胞及NKG2A/CD94复合体。 | 免疫学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和组织样本 | 104名瘢痕疙瘩患者，512名健康捐赠者，100名其他疾病患者 |
| 991 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing of Nicotiana attenuata corolla cells reveals the biosynthetic pathway of a floral scent
2022-04, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.17992
PMID:35075650
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了野生烟草Nicotiana attenuata花冠细胞中苯乙酮（BA）的生物合成途径 | 通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了野生烟草花冠细胞中苯乙酮的完整生物合成途径 | NA | 揭示植物细胞类型特异性代谢的分子特征 | 野生烟草Nicotiana attenuata的花冠细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 3756个单细胞 |
| 992 | 2024-08-07 |
Expansion of Fcγ Receptor IIIa-Positive Macrophages, Ficolin 1-Positive Monocyte-Derived Dendritic Cells, and Plasmacytoid Dendritic Cells Associated With Severe Skin Disease in Systemic Sclerosis
2022-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.41813
PMID:34042322
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了2465个来自12名弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者和10名健康对照者的皮肤活检样本中的髓系细胞转录组，以全面理解驱动dcSSc皮肤纤维化的髓系细胞类型。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了dcSSc特异性的髓系细胞集群，并发现与正常对照相比，dcSSc中存在高度表达Fcγ受体IIIA的巨噬细胞集群和高度表达FCN-1等单核细胞标志物的mo-DCs，这些细胞与更严重的皮肤疾病相关。 | 本研究仅分析了12名dcSSc患者和10名健康对照者的皮肤样本，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性。此外，髓系细胞的活化在不同患者间存在差异，表明潜在的病理机制和/或疾病活动的时间差异，但具体机制未深入探讨。 | 旨在全面理解驱动弥漫性皮肤系统性硬化症皮肤纤维化的髓系细胞类型。 | 弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤活检样本中的髓系细胞。 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2465个髓系细胞样本，来自12名dcSSc患者和10名健康对照者 |
| 993 | 2024-08-07 |
The critical role of B4GALT4 in promoting microtubule spindle assembly in HCC through the regulation of PLK1 and RHAMM expression
2022-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30531
PMID:34270095
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研究论文 | 本文通过生物信息学方法研究了B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌（HCC）中的表达及其与临床病理参数和下游靶基因的相关性，特别是B4GALT4在微管纺锤体组装中的作用。 | 首次揭示了B4GALT4通过调节PLK1和RHAMM的表达在HCC中促进微管纺锤体组装的关键作用，并通过基因本体分析和单细胞RNA测序数据验证了这一发现。 | NA | 探讨B4GALT家族成员在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。 | B4GALT家族糖基转移酶在肝细胞癌中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据库中的肿瘤组织样本和HCC患者数据 |
| 994 | 2024-08-07 |
On the Origin of Pancreatic Cancer: Molecular Tumor Subtypes in Perspective of Exocrine Cell Plasticity
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.010
PMID:34875393
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌（PDAC）的起源，特别是外分泌细胞可塑性对分子肿瘤亚型的影响 | 探讨了外分泌细胞的不同分化状态与PDAC分子亚型之间的转录组和表观遗传学关系，提出了不同肿瘤亚型的不同起源 | NA | 旨在深入理解PDAC的生物学特性，特别是外分泌细胞在PDAC起源中的作用 | 胰腺导管腺癌及其细胞起源 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和表观遗传组数据 | NA |
| 995 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.126243.2
PMID:36875988
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识 | 强调了未来研究方向，以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白 | 目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况，未进一步探讨性别差异的影响 | 总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识，并强调未来研究方向 | 胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异 | digital pathology | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 996 | 2024-08-07 |
Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix
2022, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/21m1456807
PMID:37576699
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研究论文 | 本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法，用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩，特别是在泊松随机矩阵的情况下 | 该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列，使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致，从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩 | NA | 研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩 | 泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族 | 机器学习 | NA | Sinkhorn-Knopp算法 | NA | 计数矩阵 | 涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集 |
| 997 | 2024-08-07 |
Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference
2022-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:37397786
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Manifold Interpolating Optimal-Transport Flow (MIOFlow)的方法，用于从间断时间点采集的静态样本中学习随机连续的群体动态变化 | MIOFlow结合了动态模型、流形学习和最优传输，通过训练神经常微分方程(Neural ODE)来插值静态群体快照，并受到带有流形地面距离的最优传输的惩罚。此外，通过在称为测地线自动编码器(GAE)的自动编码器的潜在空间中操作，确保流遵循几何结构 | NA | 开发一种新的方法来学习从静态样本中推断群体动态变化 | 群体动态变化 | 机器学习 | NA | 神经常微分方程(Neural ODE) | 自动编码器 | 数据 | 模拟数据和scRNA-seq数据 |
| 998 | 2024-08-07 |
Practical bioinformatics pipelines for single-cell RNA-seq data analysis
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2022.210041
PMID:37288243
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综述 | 本文概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的计算分析流程，详细介绍了分析步骤 | 提供了基于最佳实践的指南 | NA | 帮助实验人员分析其数据，并协助用户更新其分析流程 | 单细胞RNA测序数据分析工具的选择和比较 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 999 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics sequencing and its applications in studying the nervous system
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210031
PMID:37288245
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综述 | 本文综述了单细胞多组学测序技术及其在神经系统研究中的应用 | 介绍了从单细胞转录组测序到多组学分析的发展，以及如何通过这些技术提高对神经系统的理解 | NA | 探讨单细胞多组学测序技术在神经系统研究中的应用及未来可能解决的科学问题 | 神经系统 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | 转录组、DNA甲基化组、染色质可及性等 | 从数百个细胞到数万个细胞 |
| 1000 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics: new dimension of understanding biological complexity
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210037
PMID:37288247
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在理解生物复杂性中的应用 | 介绍了多种空间解析技术，这些技术提供了新的维度来探究区域基因表达、细胞微环境、解剖异质性和细胞间相互作用 | NA | 加速理解生物复杂性的新发现 | 空间转录组学技术及其在生物学中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |