单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 |
| 82 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 83 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
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研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 84 | 2024-11-19 |
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-08-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac075
PMID:35946989
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研究论文 | 提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果 | Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献 | 尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度 | 改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性 | 空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估 |
| 85 | 2024-11-19 |
scMAPA: Identification of cell-type-specific alternative polyadenylation in complex tissues
2022-04-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac033
PMID:35488860
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研究论文 | 开发了一种名为scMAPA的计算方法，用于在复杂组织中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（APA）基因 | scMAPA结合了计算变化点算法和统计模型，避免了现有方法对读取覆盖形状的假设，并能调整不期望的变异来源，提高了灵敏度、鲁棒性和稳定性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化基因 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）基因在复杂组织中的细胞类型特异性功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 计算变化点算法和统计模型 | RNA测序数据 | 包括人类外周血单核细胞和来自多个区域的小鼠脑组织中的多种细胞类型 |
| 86 | 2024-11-19 |
Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data
2022-03-12, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac017
PMID:35277963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚 | NA | 开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人工和生物基准数据集 |
| 87 | 2024-11-19 |
Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing
2022-01-27, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac001
PMID:35084033
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研究论文 | 本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能 | 本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现 | 研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台 | 评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异 | Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个已发表的人类和小鼠数据集 |
| 88 | 2024-11-17 |
Integrated identification of growth pattern and taxon of bacterium in gut microbiota via confocal fluorescence imaging-oriented single-cell sequencing
2022-Sep, mLife
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mlf2.12041
PMID:38818223
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研究论文 | 本文提出了一种结合荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序的综合策略，用于识别小鼠肠道微生物群中细菌的生长模式和分类 | 本文的创新点在于将荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序相结合，实现了对肠道细菌生长模式和分类的集成识别 | 本文的局限性在于仅在小鼠肠道微生物群中进行了验证，尚未在其他复杂细菌系统中进行广泛应用 | 本文的研究目的是开发一种高通量的方法，用于直接研究肠道微生物群中细菌的体内活动和过程 | 本文的研究对象是小鼠肠道微生物群中的细菌 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 图像 | 小鼠肠道细菌 |
| 89 | 2024-11-15 |
Effects of Metformin on Modulating the Expression of Brain-related Genes of APP/PS1 Transgenic Mice based on Single Cell Sequencing
2022, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
|
研究论文 | 研究了二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑相关基因表达的调节作用，通过单细胞测序技术分析了其对小鼠认知功能和细胞分化的影响 | 首次通过单细胞测序技术研究二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑细胞类型和基因表达的调节作用 | 研究仅限于APP/PS1转基因小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨二甲双胍对阿尔茨海默病模型小鼠大脑基因表达和认知功能的调节作用 | APP/PS1转基因小鼠的大脑细胞和基因表达 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | APP/PS1转基因小鼠 |
| 90 | 2024-11-14 |
Kidney single-cell transcriptome profile reveals distinct response of proximal tubule cells to SGLT2i and ARB treatment in diabetic mice
2022-04-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2021.10.013
PMID:34678510
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研究论文 | 研究了糖尿病小鼠肾脏单细胞转录组在不同药物治疗下的反应 | 揭示了ARBs和SGLT2i对近端小管细胞的不同影响，并发现了一个新的近端小管亚群 | NA | 探讨ARBs和SGLT2i在糖尿病肾病中的保护作用机制 | 糖尿病小鼠的肾脏细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | db/db小鼠和db/m小鼠 |
| 91 | 2024-11-13 |
Myoblast deactivation within engineered human skeletal muscle creates a transcriptionally heterogeneous population of quiescent satellite-like cells
2022-05, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 研究优化了在体外培养的人工骨骼肌组织中使人类肌原细胞失活的方法，形成了一种转录异质性的静止卫星细胞群 | 首次在体外人工骨骼肌环境中成功模拟了静止卫星细胞的形成，并利用单细胞RNA测序技术揭示了其转录组变化 | 研究主要集中在体外实验，尚未在体内验证其效果 | 探索在体外人工骨骼肌环境中形成静止卫星细胞的方法，为研究人类肌肉再生和疾病相关的卫星细胞功能障碍提供平台 | 人类肌原细胞和人工骨骼肌组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个肌原细胞样本和人工骨骼肌组织样本 |
| 92 | 2024-11-08 |
M-CSFR/CSF1R signaling regulates myeloid fates in zebrafish via distinct action of its receptors and ligands
2022-03-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021005459
PMID:34979548
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研究论文 | 研究了斑马鱼中M-CSFR/CSF1R信号通路在髓系细胞分化、增殖和存活中的作用 | 揭示了Csf1rb在斑马鱼粒细胞生成中的未知作用，并发现Il34信号通过Csf1rb对粒细胞的重要性 | NA | 探讨斑马鱼中Csf1rs及其配体在胚胎和成年髓系生成中的作用 | 斑马鱼的Csf1rs及其配体（Csf1a、Csf1b和Il34）在髓系生成中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的全肾骨髓（WKM）造血细胞 |
| 93 | 2024-11-06 |
Network analysis between neuron dysfunction and neuroimmune response based on neural single-cell transcriptome of COVID-19 patients
2022-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106055
PMID:36137317
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研究论文 | 研究基于COVID-19患者神经单细胞转录组数据，分析神经元功能障碍与神经免疫反应之间的网络关系 | 首次揭示了星形胶质细胞在COVID-19感染中的免疫相关因子表达，并分析了其与微胶质细胞和兴奋性神经元的相互作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验验证 | 探讨COVID-19感染引起的神经元功能障碍与神经免疫反应之间的关系 | COVID-19患者的内侧前额叶皮层单细胞数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | RNA-seq和scRNA-seq数据 | 涉及COVID-19患者的外周血和多组织样本 |
| 94 | 2024-11-06 |
Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice
2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02581-0
PMID:36153535
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研究论文 | 本研究通过结合细胞特异性激光捕获显微切割和RNA测序分析，比较了在阿尔茨海默病小鼠模型中，与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM）在疾病不同阶段的转录组重塑情况 | 本研究首次直接比较了PAM和PCM在阿尔茨海默病进展中的转录组变化，揭示了微胶质细胞在疾病不同阶段的动态变化及其潜在功能 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨微胶质细胞在阿尔茨海默病进展中的不同作用及其转录组变化 | 与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型中的微胶质细胞样本 |
| 95 | 2024-11-04 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计 | NA | 解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题 | 单细胞昼夜节律相位和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 转录组数据 | NA |
| 96 | 2024-11-02 |
Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation
2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a039099
PMID:35817509
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review | 本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异 | 本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制 | NA | 探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制 | 啮齿动物大脑中的性别差异 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达 | NA |
| 97 | 2024-10-30 |
Derivation of extra-embryonic and intra-embryonic macrophage lineages from human pluripotent stem cells
2022-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200016
PMID:35178561
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研究论文 | 本文研究了从人类多能干细胞中衍生出的胚外和胚内巨噬细胞谱系 | 开发了一种系统，能够生成类似于组织驻留或单核细胞来源的巨噬细胞的纯培养物，并揭示了这些巨噬细胞在形态学、转录和功能上的差异 | NA | 研究组织驻留巨噬细胞的发育和功能，并探索其在组织工程和再生医学中的应用潜力 | 人类多能干细胞衍生的胚外和胚内巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 98 | 2024-10-26 |
The Dynamic Role of Cardiac Macrophages in Aging and Disease
2022-08, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-022-01714-4
PMID:35595950
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综述 | 本文综述了心脏免疫景观在衰老、血流动力学应激和心肌损伤中的动态变化，重点介绍了心脏免疫细胞类型及其在心肌损伤后重塑细胞景观和促进组织重塑中的作用 | 通过单细胞转录组学和效应机制的阐明，提供了关于多种心脏疾病发病机制的新见解，并可能为治疗提供新的靶点 | NA | 探讨心脏免疫细胞在衰老和疾病中的动态作用及其在心脏病理中的机制 | 心脏巨噬细胞及其在心肌损伤后的功能 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-10-26 |
Towards precision medicine in lymphoid malignancies
2022-08, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13423
PMID:34875132
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综述 | 本文综述了淋巴恶性肿瘤中临床相关的诊断、预后和预测生物标志物，并讨论了综合分子分析的诊断方法如何为精准诊断/医学方法的实施铺平道路 | 讨论了单细胞测序和其他组学技术在解析淋巴恶性肿瘤克隆动态和进化中的应用 | NA | 探讨淋巴恶性肿瘤中的精准医学方法 | B细胞恶性肿瘤中的诊断、预后和预测生物标志物 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组和表观基因组数据 | NA |
| 100 | 2024-10-24 |
DETECTING MULTIPLE REPLICATING SIGNALS USING ADAPTIVE FILTERING PROCEDURES
2022-Aug, Annals of statistics
IF:3.2Q1
DOI:10.1214/21-aos2139
PMID:39421244
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研究论文 | 本文介绍了一种新的多重测试程序AdaFilter，用于检测多个研究中重复出现的信号 | AdaFilter通过自适应过滤不可能是PC零假设的候选者来提高检测能力，并证明在研究间数据独立的情况下可以控制FWER和FDR | 仅在研究间数据独立的情况下有效 | 开发一种新的多重测试方法，以提高在多个研究中检测重复信号的能力 | 在不同实验室、不同人群、不同时间等条件下重复出现的信号 | 生物信息学 | NA | 多重测试 | AdaFilter | 基因数据 | 涉及多个微阵列研究、单细胞RNA测序和GWAS研究 |