单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-12-14	Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.878920 PMID:35600339	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异	发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系	NA	揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性	小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF）	NA	基因表达数据，图像	两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS）
82	2024-12-12	Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages 2022-09-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111370 PMID:36130520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了刺胞动物Nematostella vectensis中神经和腺体细胞谱系的共同起源和调控机制	首次揭示了神经元、刺细胞和腺细胞来自一个共同的多能祖细胞，并发现了保守的转录因子SoxC在调控这些谱系中的关键作用	研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，可能无法完全代表所有生物的神经和腺体细胞谱系	探讨神经元与其他分泌细胞类型的进化起源及其关系	刺胞动物Nematostella vectensis中的神经元、刺细胞和腺细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
83	2024-12-12	A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets 2022-05-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01048-4 PMID:35513850	研究论文	本文提出了一种基于动态单细胞的框架，用于数字孪生模型中优先筛选疾病基因和药物靶点	本文的创新点在于开发了一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，并在细胞组和全基因组范围内优先筛选上游调控基因（URs），以用于生物标志物和药物发现	本文的局限性在于多向网络的缺乏线性层次结构和时间依赖性变化，增加了URs优先筛选的复杂性	本文的研究目的是开发一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，以优先筛选上游调控基因（URs），用于生物标志物和药物发现	本文的研究对象是季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多细胞网络模型（MNMs）	时间序列单细胞RNA测序数据	季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）
84	2024-12-12	scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data 2022-Jan-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04574-5 PMID:35038984	研究论文	scAnnotatR是一个用于单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的R包框架	scAnnotatR使用分层组织的SVM来区分特定细胞类型与其他类型，并能处理包含超过600,000个细胞的数据集	NA	开发一种能够准确分类单细胞RNA测序数据中细胞类型的工具	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	超过600,000个细胞
85	2024-12-12	Comparative Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Genes Involved in Bivalve Embryonic Shell Formation and Questions Ontogenetic Homology of Molluscan Shell Types 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.883755 PMID:35813198	研究论文	通过单细胞转录组学比较分析，揭示了双壳类胚胎壳形成过程中涉及的新基因，并质疑了软体动物壳类型的个体发育同源性	首次使用单细胞RNA测序技术分析了斑马贻贝胚胎和幼虫壳形成过程中表达的基因，发现胚胎和幼虫壳分泌过程中基因表达的显著差异，并提出了关于软体动物壳形成基因的进化问题	研究仅限于斑马贻贝，且缺乏对其他软体动物胚胎壳形成基因的详细注释	探讨软体动物胚胎和幼虫壳形成过程中涉及的基因及其进化机制	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成组织
86	2024-12-11	Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19 2022-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01186-x PMID:35228707	研究论文	本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法，通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征	提出了Multiscale PHATE方法，结合扩散凝聚过程，能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构，从而提取生物学见解	NA	开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具，以提取生物学见解	COVID-19患者的细胞数据，包括5400万细胞来自168名住院患者	生物信息学	COVID-19	Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq)	NA	细胞数据	5400万细胞来自168名住院患者
87	2024-12-10	Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs 2022-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01033-z PMID:34594043	研究论文	本文介绍了一种名为Milo的统计框架，通过在k近邻图上分配细胞到部分重叠的邻域来进行单细胞数据的差异丰度测试	Milo能够识别被离散化成簇的细胞所掩盖的扰动，并保持批次效应下的错误发现率控制，优于其他差异丰度测试策略	NA	开发一种新的统计框架，用于在单细胞数据中进行差异丰度测试，以克服现有方法的局限性	单细胞RNA测序数据和模拟数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	NA
88	2024-12-08	Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models 2022-08-15, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.9430 PMID:35656596	研究论文	本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能	本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象	NA	研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征	单细胞RNA测序数据中的差异表达特征	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Tweedie广义线性模型	基因表达数据	使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集
89	2024-12-08	A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike 2022-08-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32232-0 PMID:35927266	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体	发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露	NA	理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足	SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源	NA	NA	流式细胞术和单细胞测序	NA	细胞	未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞
90	2024-12-08	Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159 PMID:36532041	研究论文	通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化	首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性	深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态	COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序）	贝叶斯网络模型	单细胞转录组和表面标记数据	33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞）
91	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
92	2024-12-06	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制	首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性	研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础	人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制	细胞生物学	神经退行性疾病	CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型
93	2024-12-06	3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk 2022-09-06, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014 PMID:36070683	研究论文	研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据，揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构	首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制	研究主要集中在胰腺细胞类型，未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型	理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构	人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C	NA	基因组数据	4,750个潜在的因果变异-目标基因对，涉及194个T2D GWAS信号
94	2024-12-06	Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.861251 PMID:36275702	研究论文	研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体	首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角	研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性	探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用	COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验	NA	血液样本	包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者
95	2024-11-27	Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05475-6 PMID:36450983	研究论文	研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展	揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症	探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展	癌症干细胞与微环境之间的信号交流	癌症生物学	鳞状细胞癌	单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
96	2024-11-19	scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac126 PMID:36691728	研究论文	本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布	scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因	NA	开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	NA
97	2024-11-19	Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad086 PMID:37848618	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异	发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应	NA	探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异	灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本
98	2024-11-19	Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad098 PMID:38000911	研究论文	本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute	提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	转录组数据	NA
99	2024-11-19	Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad091 PMID:37889009	研究论文	介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具	开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题	NA	开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
100	2024-11-19	Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering 2022-08-10, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac075 PMID:35946989	研究论文	提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果	Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献	尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度	改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性	空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果	生物信息学	NA	空间转录组学	聚类算法	空间转录组数据	使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估