单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2024-08-07	scPreGAN, a deep generative model for predicting the response of single-cell expression to perturbation 2022-06-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac357 PMID:35639705	研究论文	本文提出了一种名为scPreGAN的深度生成模型，用于预测单细胞表达对外部扰动的响应	scPreGAN结合了自编码器和生成对抗网络，能够提取未扰动数据和扰动数据的共同信息，并预测扰动数据，实验表明其预测性能优于现有方法	NA	开发一种能够准确预测单细胞表达对外部扰动响应的深度生成模型	单细胞表达数据及其对外部扰动的响应	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	单细胞表达数据	三个真实数据集
942	2024-08-07	RNA-seq characterization of histamine-releasing mast cells as potential therapeutic target of osteoarthritis 2022-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2022.109117 PMID:36109004	研究论文	本研究通过RNA测序分析和药物阻断组胺活性，探讨肥大细胞在骨关节炎中的作用	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，结合流式细胞术和免疫组化分析，对骨关节炎中的肥大细胞进行详细表征	研究主要基于小鼠模型，未来需在人体中进一步验证	进一步阐明肥大细胞在骨关节炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力	骨关节炎的滑膜组织和滑液中的肥大细胞	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	RNA	包括40名骨关节炎患者和使用组胺H1受体拮抗剂西替利嗪治疗的小鼠模型
943	2024-08-07	Mapping the biogenesis of forward programmed megakaryocytes from induced pluripotent stem cells 2022-02-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj8618 PMID:35171685	研究论文	本文开发了一种从多能干细胞生产血小板前体细胞巨核细胞的系统，并通过单细胞RNA测序技术映射了体外分化过程中的每个状态与其在体内的等效状态	本文通过单细胞RNA测序技术识别了五个表面标记，这些标记可重复纯化巨核细胞前体细胞，并优化了培养条件以增加巨核细胞前体细胞的生产	目前尚不清楚体外巨核细胞前体细胞状态是否与体内状态一致	研究旨在映射体外和体内巨核细胞前体细胞状态的平行关系，并优化体外衍生输血产品的生产	研究对象为从诱导多能干细胞衍生的巨核细胞及其前体细胞	NA	血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
944	2024-08-07	223Ra Induces Transient Functional Bone Marrow Toxicity 2022-10, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine IF:9.1Q1 DOI:10.2967/jnumed.121.263310 PMID:35177425	研究论文	本研究探讨了223Ra治疗对骨髓生物学的影响，通过结合流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜和骨髓移植分析	本研究首次全面解释了223Ra对骨髓细胞的可逆效应，并排除了长期骨髓毒性	NA	研究223Ra治疗对骨髓功能的影响及其安全性	骨髓生物学和骨髓细胞	NA	前列腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜	NA	细胞	NA
945	2024-08-07	Inference on spatial heterogeneity in tumor microenvironment using spatial transcriptomics data 2022-Sep, Computational and systems oncology DOI:10.1002/cso2.1043 PMID:36035873	研究论文	本文提出了一种基于网络图的空间统计模型框架，用于分析空间转录组数据，以揭示肿瘤微环境中的模块性和空间异质性	首次提出使用网络图的空间统计模型来量化肿瘤微环境中的空间异质性	研究仅限于胰腺导管腺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症	研究肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生长和癌症特征的影响	肿瘤微环境中的细胞类型和通路特征的空间分布	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学	网络图	分子数据	胰腺导管腺癌样本
946	2024-08-07	IDEAS: individual level differential expression analysis for single-cell RNA-seq data 2022-01-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02605-1 PMID:35073995	研究论文	本文提出了一种名为IDEAS的统计方法，用于分析单细胞RNA测序数据中个体间基因表达的差异	IDEAS方法通过总结每个基因在每个个体中的表达分布，并评估这些个体特定分布在两组个体之间是否存在差异，从而实现个体水平的差异表达分析	NA	旨在发现两组个体间差异表达的基因	单细胞RNA测序数据	生物信息学	自闭症, COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个个体
947	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing in Yeast Using the 10× Genomics Chromium Device 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2257-5_1 PMID:35524108	研究论文	本文描述了一种使用10× Genomics平台对酵母Saccharomyces cerevisiae进行单细胞RNA测序的简易实施方案	引入了Zymolyase酶来消化细胞壁，以便在液滴形成初期有效裂解酵母细胞，同时不影响液滴乳化和后续样本处理	NA	研究微生物中单个细胞的生理学特性	酵母Saccharomyces cerevisiae	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
948	2024-08-07	Single-cell RNA analysis reveals the potential risk of organ-specific cell types vulnerable to SARS-CoV-2 infections 2022-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.105092 PMID:34864302	研究论文	本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，通过生物信息学分析揭示了SARS-CoV-2感染特定器官细胞类型的潜在风险	研究首次揭示了M1型巨噬细胞与重症COVID-19患者的高度关联，并识别了可能的治疗靶点，如核糖体相关通路	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏差	理解SARS-CoV-2入侵人体细胞的机制及COVID-19特定器官易感细胞类型	SARS-CoV-2感染的特定器官细胞类型及COVID-19的发病机制	数字病理学	冠状病毒病	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过160万例确诊病例，包括330万例死亡
949	2024-08-07	Single-Cell Sequencing Revealed Pivotal Genes Related to Prognosis of Myocardial Infarction Patients 2022, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2022/6534126 PMID:35317194	研究论文	本研究利用单细胞测序技术揭示了心肌梗死患者中的关键基因及其预后相关性	首次在单细胞水平上识别出与心肌梗死预后相关的重要基因	NA	探索心肌梗死的分子特征及其机制	心肌梗死患者的免疫细胞及其相关基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	WGCNA	scRNA-seq	来自GSE109048的正常和心肌梗死样本
950	2024-08-07	Analysis of Data on Fludarabine, Cyclophosphamide, and Rituximab Chemoimmunotherapy for Chronic Lymphocytic Leukemia Shows High Patient Heterogeneity and the Need for More Consideration of Individualized Treatment 2022, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2022/7451395 PMID:36226246	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受氟达拉滨、环磷酰胺和利妥昔单抗化疗免疫治疗后的数据，揭示了患者间的高度异质性，并强调了个性化治疗的重要性。	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了CLL患者的肿瘤异质性，并提出了TP53通路在治疗策略和患者预后中的重要性。	研究样本量较小，仅包含7个样本，可能影响结果的普遍性和可靠性。	探讨慢性淋巴细胞白血病患者在接受特定化疗免疫治疗后的肿瘤异质性及个性化治疗的需求。	慢性淋巴细胞白血病患者的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	7个CLL患者样本
951	2024-08-07	Mapping and Validation of scRNA-Seq-Derived Cell-Cell Communication Networks in the Tumor Microenvironment 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.885267 PMID:35572582	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术推断细胞间通信网络的方法，并讨论了这些方法如何促进肿瘤微环境（TME）中免疫治疗干预的研究	介绍了将scRNA-seq衍生的交互网络与现有实验和计算方法整合的策略，以增强对TME中免疫抑制和免疫治疗改变信号的研究	验证假设的细胞间交互作用仍是一个中心挑战	探讨scRNA-seq技术在肿瘤微环境中细胞间通信网络的推断及其在免疫治疗中的应用	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中细胞间通信的推断	生物信息学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组	NA
952	2024-08-07	Decoding the Spermatogenesis Program: New Insights from Transcriptomic Analyses 2022-11-30, Annual review of genetics IF:8.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genet-080320-040045 PMID:36070560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了精细的细胞图谱，揭示了测试中已知和新型细胞类型及其功能状态，为跨物种比较提供了参考系统	利用单细胞RNA测序技术提供了对测试细胞类型多样性和分子特征的深入见解，并构建了精细的细胞图谱	目前缺乏高分辨率数据来探索组织环境中生殖细胞与体细胞的相互作用	旨在通过单细胞研究提高对配子发生机制的理解，以探索不孕的潜在原因并开发新的治疗干预措施	研究对象为精子的发生过程及其细胞和分子特征	NA	不孕症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
953	2024-08-07	As in Real Estate, Location Matters: Cellular Expression of Complement Varies Between Macular and Peripheral Regions of the Retina and Supporting Tissues 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.895519 PMID:35784369	研究论文	本研究通过基因表达分析、质谱分析和免疫组织化学方法，探讨了视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	本研究发现早期AMD中，脉络膜中的成纤维细胞、周细胞和内皮细胞对补体反应更为强烈；晚期AMD中，视网膜中补体变化更为显著，尤其是经典途径启动子的表达。此外，研究还揭示了这些差异的空间偏好性	NA	探讨视网膜和脉络膜细胞类型在决定补体稳态中的作用，特别是在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	视网膜和脉络膜细胞类型	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱分析、免疫组织化学	NA	基因表达数据	NA
954	2024-08-07	An extensive bioinformatics study on the role of mitochondrial solute carrier family 25 in PC and its mechanism behind affecting immune infiltration and tumor energy metabolism 2022-12-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03756-2 PMID:36514121	研究论文	本研究通过lasso方法构建了一个基于SLC25A成员的胰腺癌（PC）新型预后风险模型，并探讨了其在肿瘤免疫学和能量代谢中的作用	首次构建了基于SLC25A成员的胰腺癌预后风险模型，并揭示了SLC25A11、SLC25A29和SLC25A44在肿瘤能量代谢和免疫浸润中的作用	NA	探讨线粒体溶质载体家族25（SLC25A）成员在胰腺癌中的生物学作用及其影响免疫浸润和肿瘤能量代谢的机制	SLC25A成员在胰腺癌中的作用及其机制	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	lasso方法	基因表达数据	NA
955	2024-08-07	Cancer immunotherapies transition endothelial cells into HEVs that generate TCF1+ T lymphocyte niches through a feed-forward loop 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.002 PMID:36423635	研究论文	本文通过单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱和功能性多重免疫分析，展示了抗血管生成免疫调节疗法如何通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导诱导后毛细血管静脉向炎症性高内皮小静脉（HEVs）的转分化	本文首次揭示了肿瘤HEVs通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导促进肿瘤内淋巴细胞流入和形成允许性淋巴细胞微环境的新机制	本文未详细探讨肿瘤HEVs在不同类型癌症中的普遍性和具体作用机制	探讨肿瘤相关三级淋巴样结构（TA-TLLSs）的形成机制及其在免疫治疗中的作用	肿瘤内皮细胞、淋巴细胞及其相互作用	免疫学	癌症	单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱、功能性多重免疫分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
956	2024-08-07	Single-cell analysis reveals nanosecond pulsed electric field ablation induced myeloid cells remodeling in pancreatic cancer 2022-Dec, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.bioelechem.2022.108266 PMID:36179391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了纳米秒脉冲电场（nsPEF）处理后胰腺癌小鼠模型中骨髓细胞的表型和功能变化	首次详细描述了nsPEF处理对胰腺癌中肿瘤浸润性骨髓细胞的重组作用	NA	探究nsPEF治疗对胰腺癌中骨髓细胞的影响及其对肿瘤免疫的调控作用	胰腺癌小鼠模型中的骨髓细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	Panc02胰腺癌小鼠模型
957	2024-08-07	IRF1 expression might be a biomarker of CD8+ T cell infiltration in cutaneous melanoma 2022-12, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2022.2141228 PMID:36300336	研究论文	本研究旨在探讨皮肤黑色素瘤中干扰素调节因子（IRF）基因的表达模式及其与CD8+ T细胞浸润的关联，以及在黑色素瘤和非黑色素瘤细胞中的潜在调控网络	发现IRF1表达与CD8+ T细胞浸润的强关联，并识别出四个关键的CpG位点可能调控IRF1的转录	NA	探索皮肤黑色素瘤中IRF基因的表达与CD8+ T细胞浸润的关系及其调控网络	皮肤黑色素瘤中的IRF基因表达及CD8+ T细胞浸润	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA Pan-Cancer、GTEx项目、Human Protein Atlas和Jerby-Arnon et al. 2018的数据集
958	2024-08-07	Estimating Metastatic Risk of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma at Single-Cell Resolution 2022-Nov-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232315020 PMID:36499343	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据评估胰腺导管腺癌转移风险的方法scMetR	首次提出scMetR方法，通过单细胞RNA测序数据评估肿瘤细胞的转移风险，并识别转移特征基因	NA	探索胰腺导管腺癌的转移风险评估方法	胰腺导管腺癌的肿瘤细胞及其转移风险	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
959	2024-08-07	A single-cell analysis reveals tumor heterogeneity and immune environment of acral melanoma 2022-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34877-3 PMID:36433984	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本，以探讨肿瘤异质性和免疫环境	定义了5个正交功能细胞簇，涉及TGF-beta信号传导、I型干扰素、Wnt信号传导、细胞周期和胆固醇外流信号传导，这些信号与黑色素瘤的良好预后显著相关	NA	研究肢端黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫环境	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤样本的细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	63,394个细胞，来自5个肢端黑色素瘤和3个皮肤黑色素瘤样本
960	2024-08-07	Autophagy-linked plasma and lysosomal membrane protein PLAC8 is a key host factor for SARS-CoV-2 entry into human cells 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2022110727 PMID:36124427	研究论文	本文通过CRISPR/Cas9基因编辑技术在感染SARS-CoV-2的人类肺癌细胞中进行全基因组功能丧失筛选，揭示了PLAC8和SPNS1作为关键宿主因子影响病毒进入细胞的过程	发现了两个新的关键宿主因子PLAC8和SPNS1，并证实它们的功能丧失会损害病毒的进入	NA	旨在更好地理解SARS-CoV-2与宿主细胞之间的相互作用，并识别可能用于对抗感染和COVID-19病理的宿主因子	SARS-CoV-2病毒和人类肺癌细胞	数字病理学	肺癌	CRISPR/Cas9	NA	RNA-Seq	八种不同的人类肺癌细胞系