单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 941 - 960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2024-08-07 |
On the Origin of Pancreatic Cancer: Molecular Tumor Subtypes in Perspective of Exocrine Cell Plasticity
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.010
PMID:34875393
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌（PDAC）的起源，特别是外分泌细胞可塑性对分子肿瘤亚型的影响 | 探讨了外分泌细胞的不同分化状态与PDAC分子亚型之间的转录组和表观遗传学关系，提出了不同肿瘤亚型的不同起源 | NA | 旨在深入理解PDAC的生物学特性，特别是外分泌细胞在PDAC起源中的作用 | 胰腺导管腺癌及其细胞起源 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和表观遗传组数据 | NA |
| 942 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.126243.2
PMID:36875988
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识 | 强调了未来研究方向，以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白 | 目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况，未进一步探讨性别差异的影响 | 总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识，并强调未来研究方向 | 胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异 | digital pathology | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 943 | 2024-08-07 |
Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix
2022, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/21m1456807
PMID:37576699
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研究论文 | 本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法，用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩，特别是在泊松随机矩阵的情况下 | 该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列，使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致，从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩 | NA | 研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩 | 泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族 | 机器学习 | NA | Sinkhorn-Knopp算法 | NA | 计数矩阵 | 涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集 |
| 944 | 2024-08-07 |
Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics
2022, The Egyptian journal of medical human genetics
DOI:10.1186/s43042-022-00213-z
PMID:37521842
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研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2通过口腔黏膜感染的机制，并探讨了口罩预防和肽类治疗药物的潜在应用 | 设计了一种潜在的肽类治疗药物，用于抑制TMPRSS2，并强调了预防性口罩的重要性 | NA | 探讨SARS-CoV-2通过口腔黏膜感染的机制及开发新的治疗方法 | SARS-CoV-2的感染机制及TMPRSS2的抑制 | NA | COVID-19 | scRNA-Seq | NA | 蛋白质表达数据 | NA |
| 945 | 2024-08-07 |
Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference
2022-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:37397786
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Manifold Interpolating Optimal-Transport Flow (MIOFlow)的方法，用于从间断时间点采集的静态样本中学习随机连续的群体动态变化 | MIOFlow结合了动态模型、流形学习和最优传输，通过训练神经常微分方程(Neural ODE)来插值静态群体快照，并受到带有流形地面距离的最优传输的惩罚。此外，通过在称为测地线自动编码器(GAE)的自动编码器的潜在空间中操作，确保流遵循几何结构 | NA | 开发一种新的方法来学习从静态样本中推断群体动态变化 | 群体动态变化 | 机器学习 | NA | 神经常微分方程(Neural ODE) | 自动编码器 | 数据 | 模拟数据和scRNA-seq数据 |
| 946 | 2024-08-07 |
Practical bioinformatics pipelines for single-cell RNA-seq data analysis
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2022.210041
PMID:37288243
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综述 | 本文概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的计算分析流程，详细介绍了分析步骤 | 提供了基于最佳实践的指南 | NA | 帮助实验人员分析其数据，并协助用户更新其分析流程 | 单细胞RNA测序数据分析工具的选择和比较 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 947 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics sequencing and its applications in studying the nervous system
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210031
PMID:37288245
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综述 | 本文综述了单细胞多组学测序技术及其在神经系统研究中的应用 | 介绍了从单细胞转录组测序到多组学分析的发展，以及如何通过这些技术提高对神经系统的理解 | NA | 探讨单细胞多组学测序技术在神经系统研究中的应用及未来可能解决的科学问题 | 神经系统 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | 转录组、DNA甲基化组、染色质可及性等 | 从数百个细胞到数万个细胞 |
| 948 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics: new dimension of understanding biological complexity
2022-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2021.210037
PMID:37288247
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在理解生物复杂性中的应用 | 介绍了多种空间解析技术，这些技术提供了新的维度来探究区域基因表达、细胞微环境、解剖异质性和细胞间相互作用 | NA | 加速理解生物复杂性的新发现 | 空间转录组学技术及其在生物学中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 949 | 2024-08-07 |
Molecular Computational Anatomy: Unifying the Particle to Tissue Continuum via Measure Representations of the Brain
2022, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/2022/9868673
PMID:37206893
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研究论文 | 本文旨在通过几何测度表示统一脑图谱的分子表征与组织尺度计算解剖学 | 提出了基于几何测度的统一脑图谱理论，将分子尺度与组织尺度进行一致性整合 | NA | 统一空间转录组学和细胞尺度组织学的分子表征与脑图谱的组织尺度计算解剖学 | 脑的分子和组织尺度 | 数字病理学 | NA | 几何测度 | NA | 空间转录组学数据 | NA |
| 950 | 2024-08-08 |
Ushering in a new era of single-cell transcriptomics in bacteria
2022, microLife
DOI:10.1093/femsml/uqac020
PMID:37223351
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综述 | 本文综述了近期在细菌单细胞转录组学领域的新方法和技术突破 | 介绍了MATQ-seq、microSPLiT、PETRI-seq和par-seqFISH等新方法，这些方法使得细菌单细胞转录组学成为可能 | NA | 探讨新方法如何促进对细菌基因表达细胞间变异的理解，并推动微生物学领域的发展 | 细菌单细胞转录组学方法及其在复杂微生物群落中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 951 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic landscape identifies the expansion of peripheral blood monocytes as an indicator of HIV-1-TB co-infection
2022-Feb, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2022.100005
PMID:37192986
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了HIV-1和结核病（TB）共感染患者的外周血单核细胞（PBMCs）的转录组特征 | 首次揭示了HIV-1和TB共感染患者中免疫细胞亚群的比例变化，并发现炎症性CD14CD16单核细胞亚群可作为诊断HIV-1-TB共感染的生物标志物 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定治疗阶段的病人 | 探究HIV-1和TB共感染患者中免疫细胞亚群的转录组特征及其在疾病诊断中的应用 | HIV-1感染者、HIV-1-TB共感染者及其治疗前后的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过60,000个细胞，包括80名患者的额外队列 |
| 952 | 2024-08-08 |
Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin
2022-07, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00244-6
PMID:37117774
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研究论文 | 本文研究了皮肤血管退化导致的真皮硬化如何增强老年小鼠皮肤中表皮干细胞的分化 | 首次报道了皮肤血管退化引起的真皮硬化会增强表皮干细胞的分化和半桥粒脆性，并揭示了这一过程与Piezo1离子通道和pentraxin 3分子的关系 | NA | 探讨衰老过程中外部微环境因素如何影响干细胞功能 | 老年小鼠皮肤中的表皮干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年小鼠皮肤样本 |
| 953 | 2024-08-08 |
Alzheimer's disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis
2022-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00149-w
PMID:37118355
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研究论文 | 本研究评估了在淀粉样变性小鼠模型中，单核细胞衍生的巨噬细胞（MDM）是否通过TREM2依赖性途径发挥作用，并探讨了PD-L1免疫检查点阻断对认知改善的影响。 | 发现MDM通过TREM2非依赖性途径在淀粉样变性小鼠模型中具有疾病修饰活性。 | NA | 评估单核细胞衍生的巨噬细胞在淀粉样变性小鼠模型中的作用机制。 | 淀粉样变性小鼠模型中的单核细胞衍生的巨噬细胞。 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Trem25xFAD小鼠 |
| 954 | 2024-08-08 |
Deciphering cell-cell interactions and communication in the tumor microenvironment and unraveling intratumoral genetic heterogeneity via single-cell genomic sequencing
2022 Jul-Dec, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2023.2185434
PMID:37105769
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）的发展、检测原理、流程及其在肿瘤研究中的应用，并探讨了其潜在的临床应用 | scRNA-seq技术提供了比传统RNA测序方法更深入的分子机制理解，揭示了肿瘤演化过程中体细胞突变和功能的变化，以及免疫细胞的浸润和激活 | NA | 理解单细胞基因表达模式，追踪异质细胞中的基因表达或突变，评估癌细胞的克隆起源，并确定不同癌细胞亚群的选择性进化 | 肿瘤微环境中的细胞间相互作用和通信，以及肿瘤内遗传异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 955 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics defines Dot1L interacting partners and downstream target genes in the mouse molar dental pulp
2022, The International journal of developmental biology
DOI:10.1387/ijdb.220141db
PMID:36942693
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠磨牙牙髓中Dot1L基因的表达谱及其在不同细胞群中的分布情况 | 首次揭示了Dot1L在小鼠磨牙牙髓中的表达模式及其与下游靶基因的关系，特别是在间充质基质细胞分化中的作用 | 研究仅限于小鼠磨牙牙髓，且未探讨Dot1L在其他组织或物种中的作用 | 探究Dot1L在牙髓组织中的表达及其对间充质基质细胞分化的影响 | 小鼠磨牙牙髓中的Dot1L基因及其在不同细胞群中的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠磨牙牙髓中的多种细胞群，包括间充质基质细胞、免疫细胞、周细胞、成釉细胞和内皮细胞 |
| 956 | 2024-08-08 |
Mixed Response to Cancer Immunotherapy is Driven by Intratumor Heterogeneity and Differential Interlesion Immune Infiltration
2022-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0050
PMID:36923281
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和单细胞测序分析同一患者淋巴结转移瘤样本，揭示了肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异导致免疫治疗混合反应的机制 | 首次通过临床前模型和临床队列研究，证实肿瘤内异质性改变同一患者中肿瘤浸润淋巴细胞的特征，导致免疫治疗混合反应 | 研究样本量有限，且仅基于PD-1阻断疗法的队列研究，可能限制了结果的普适性 | 探讨肿瘤内异质性和肿瘤间免疫浸润差异如何影响免疫治疗反应 | 淋巴结转移瘤样本及其肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 全外显子测序，单细胞测序 | NA | 基因组数据，细胞数据 | 503名接受PD-1阻断单药治疗的患者 |
| 957 | 2024-08-08 |
A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation
2022-Nov, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-022-00545-w
PMID:36873621
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research paper | 本文介绍了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于CITE-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集成，以及细胞表面蛋白表达预测和插补 | sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据集成，蛋白质表达预测，蛋白质表达插补，预测和插补不确定性的量化，以及从CITE-seq到scRNA-seq的细胞类型标签转移 | NA | 克服CITE-seq和scRNA-seq数据集成中的计算挑战，提高信息内容 | CITE-seq和scRNA-seq数据集成的多用途深度学习方法 | machine learning | NA | CITE-seq, scRNA-seq | deep learning | single-cell multi-omics data | 多个数据集 |
| 958 | 2024-08-08 |
New perspective of skeletal stem cells
2022, Biomaterials translational
|
综述 | 本文综述了骨骼干细胞（SSCs）的空间和时间分布，以及近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 利用荧光激活细胞分选、谱系追踪和单细胞测序技术，研究了具有不同时空分布的SSCs的谱系轨迹 | NA | 探讨骨骼干细胞的空间和时间分布，并总结近年来对SSCs多样性和可塑性的研究进展 | 骨骼干细胞（SSCs）及其在不同组织中的分布和功能 | 干细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选、谱系追踪、单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 959 | 2024-08-08 |
Retinal ganglion cell-specific genetic regulation in primary open-angle glaucoma
2022-Jun-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100142
PMID:36778138
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研究论文 | 研究通过将原发性开角型青光眼（POAG）患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞（iPSCs），并分化为视网膜类器官，与健康个体的细胞进行比较，评估疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 研究利用大规模iPSC研究揭示了遗传复杂疾病的上下文特异性特征，并通过单细胞RNA测序识别了簇特异性分子特征 | NA | 评估原发性开角型青光眼患者疾病特异性细胞群体的转录组特征 | 原发性开角型青光眼患者的成纤维细胞重编程为诱导多能干细胞并分化为视网膜类器官 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 总共247,520个细胞 |
| 960 | 2024-08-08 |
Genetic perturbations go spatial
2022-Apr-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100120
PMID:36776528
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研究论文 | 本文介绍了一种利用蛋白质条码（Pro-Codes）追踪CRISPR修饰细胞并测量其对肿瘤微环境影响的方法 | 首次采用蛋白质条码和空间转录组学技术，对完整组织中的CRISPR修饰细胞进行多重成像和空间转录组学分析 | NA | 研究细胞内在特征及其与环境的相互作用对组织-肿瘤交互作用的影响 | CRISPR修饰细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | NA | CRISPR, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA |