单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2024-08-07 |
Tipping the balance between erythroid cell differentiation and induction of anemia in response to the inflammatory pathology associated with chronic trypanosome infections
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1051647
PMID:36420267
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研究论文 | 本研究通过筛选10个不同毒力的野外分离株，建立了一个模拟慢性动物锥虫病的实验疾病模型，并深入分析了脾脏巨噬细胞在调节脾脏髓外造血中的作用。 | 本研究揭示了组织驻留巨噬细胞（TRMs）在调节脾脏髓外造血中的双重作用，并展示了在慢性感染过程中，巨噬细胞激活状态的复杂性。 | NA | 研究慢性锥虫感染引起的炎症病理与红细胞分化及贫血诱导之间的平衡。 | 慢性锥虫感染的实验模型及脾脏巨噬细胞在其中的作用。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 10个不同毒力的野外分离株 |
| 922 | 2024-08-07 |
The purinergic P2Y14 receptor links hepatocyte death to hepatic stellate cell activation and fibrogenesis in the liver
2022-04-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe5795
PMID:35385339
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研究论文 | 本文探讨了嘌呤能受体P2Y14在肝细胞死亡与肝星状细胞激活及纤维化中的作用 | 首次揭示了P2Y14受体及其配体在肝细胞死亡与肝纤维化之间的直接联系 | NA | 研究肝纤维化的机制及潜在的治疗靶点 | 肝细胞、肝星状细胞及P2Y14受体 | NA | 肝病 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、RNA | 多个小鼠模型及人类样本 |
| 923 | 2024-08-07 |
Development and Optimization of a Prognostic Model Associated with Stemness Genes in Hepatocellular Carcinoma
2022, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2022/9168441
PMID:36246969
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研究论文 | 本研究旨在开发一种基于干细胞相关基因的预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）患者的预后，以优化治疗方案 | 本研究通过单细胞测序数据筛选与干细胞相关的差异表达基因，并利用LASSO回归分析构建了一个包含18个干细胞相关基因的预测模型，该模型能有效预测HCC患者的总体生存率 | NA | 开发和优化与干细胞基因相关的肝细胞癌预后模型 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后评估 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 使用了TCGA和GSE14520两个队列的数据 |
| 924 | 2024-08-07 |
Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci
2022-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33212-0
PMID:36171194
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。 | CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。 | NA | 提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。 | 多组织和单细胞RNA-seq数据集。 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。 |
| 925 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomic reconstruction of the mouse olfactory glomerular map suggests principles of odor processing
2022-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01030-8
PMID:35314823
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习技术，生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的地图 | 本研究首次生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的详细地图，并提出了可能的组织原则，有助于大脑进行气味解码 | 研究仅限于小鼠嗅球中的glomeruli位置，未涉及其他物种或更广泛的嗅觉系统功能 | 探究小鼠嗅球中glomeruli位置与气味辨别之间的关系 | 小鼠嗅球中的glomeruli位置及其在气味处理中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 926 | 2024-08-07 |
Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics
2022-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01575-3
PMID:36050488
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为C-SIDE的统计方法，用于在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达基因 | C-SIDE方法考虑了其他细胞类型的定位，并能应用于多种情境，如病理、解剖区域、细胞间相互作用和细胞微环境 | NA | 开发一种新的统计方法，用于在空间转录组学中准确识别细胞类型特异性的差异表达基因 | 空间转录组学中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 使用了Slide-seq、MERFISH和Visium数据集进行模拟和验证实验 |
| 927 | 2024-08-07 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
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研究论文 | 介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在处理大量细胞和突变数据时，运行时间呈线性增长，且在模拟和真实肿瘤测序数据中显示出比现有方法更快的速度和相当的或更好的准确性 | NA | 开发一种快速且准确的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的肿瘤内异质性 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 计算方法 | 基因型矩阵 | NA |
| 928 | 2024-08-07 |
Graphing cell relations in spatial transcriptomics
2022-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00269-2
PMID:38177581
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 929 | 2024-08-07 |
Cell clustering for spatial transcriptomics data with graph neural networks
2022-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00266-5
PMID:38177586
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图卷积网络的无监督细胞聚类方法，用于空间转录组数据中的细胞聚类和细胞亚型发现 | 利用空间转录组学和图神经网络，有效整合了基因表达信息和空间信息，提高了细胞聚类和细胞亚型发现的准确性 | NA | 改进基于空间转录组数据的细胞聚类和细胞亚型发现 | 空间转录组数据中的细胞聚类和细胞亚型 | 机器学习 | NA | 图神经网络 | 图卷积网络 | 空间转录组数据 | 五个体外和体内的空间数据集 |
| 930 | 2024-08-07 |
Adversarial domain translation networks for integrating large-scale atlas-level single-cell datasets
2022-May, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00251-y
PMID:38177826
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Portal的统一框架，利用对抗域翻译网络来学习大规模图谱级别单细胞RNA-seq数据集的协调表示 | Portal框架在集成过程中能更好地保留生物变异，且在低内存消耗下快速集成数百万个细胞 | NA | 开发一种能够有效集成和协调大规模单细胞RNA-seq数据集的方法 | 大规模图谱级别的单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗域翻译网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 数百万个细胞 |
| 931 | 2024-08-07 |
sciCNV: high-throughput paired profiling of transcriptomes and DNA copy number variations at single-cell resolution
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab413
PMID:34655292
|
研究论文 | 本文介绍了一种高吞吐量的单细胞RNA测序分析流程，能够为单个细胞提供配对的CNV和转录组图谱，从而探索CNV对细胞程序的影响 | 提出了sciCNV工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断单细胞CNV，提高了CNV检测的灵敏度和特异性 | NA | 研究CNV对细胞功能的影响，并开发新的工具用于单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据和CNV | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 932 | 2024-08-07 |
Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases
2022-12-31, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxac104
PMID:36617261
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综述 | 本文综述了人类血液中B细胞亚群的识别及其在炎症疾病中的变化 | 利用高维表型工具如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了先前被认为是均质的B细胞群体的异质性 | 关于B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和研究间的差异 | 探讨人类血液中常见的B细胞亚群及其在炎症和自身免疫疾病中的频率和功能变化 | 人类血液中的B细胞亚群及其在炎症疾病中的变化 | NA | 炎症疾病 | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 933 | 2024-08-07 |
Singling out motor neurons in the age of single-cell transcriptomics
2022-09, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2022.03.016
PMID:35487823
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research paper | 本文讨论了利用单细胞转录组学技术揭示成年动物运动神经元内在异质性的新兴技术及其对疾病和脊髓损伤的潜在影响 | 利用高吞吐量的单细胞转录组学技术，快速分离和分析运动神经元核，揭示了骨骼和自主神经系统的显著转录多样性 | NA | 定义成年运动系统中运动神经元的异质性，并探讨其对疾病和脊髓损伤的影响 | 运动神经元的异质性及其在健康和退化状态下的特性 | digital pathology | neuromuscular disease | single-cell transcriptomics | NA | transcriptomic data | NA |
| 934 | 2024-08-07 |
Expression Profile of Inflammation Response Genes and Potential Regulatory Mechanisms in Dilated Cardiomyopathy
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/1051652
PMID:36035223
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研究论文 | 本研究分析了扩张型心肌病（DCM）中的炎症反应基因表达谱及其潜在调控机制 | 首次详细描述了DCM中炎症反应基因的表达情况及其调控机制，包括转录因子和非编码RNA的调控网络 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨DCM中炎症反应基因的表达及其调控机制 | DCM患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 27,665个细胞样本，包括4个DCM样本和2个健康对照样本；166个DCM患者和166个健康对照的批量测序数据 |
| 935 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Analysis of the Pathogenesis of Tendon Injury
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/7887782
PMID:36148412
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序数据挖掘，分析了肌腱组织中的细胞组成及其在肌腱修复中的作用 | 首次揭示了肌腱组织中M1巨噬细胞和T细胞的异质性，及其在肌腱损伤和修复中的不同生理过程 | NA | 探索肌腱组织的细胞组成及与肌腱修复相关的细胞群体和信号通路 | 肌腱组织的细胞组成及肌腱修复机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 包含七种细胞亚群的肌腱组织样本 |
| 936 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals Low-Level Tragus Stimulation Improves Sepsis-Induced Myocardial Dysfunction by Promoting M2 Macrophage Polarization
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/3327583
PMID:36285297
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了低水平耳屏刺激通过促进M2巨噬细胞极化改善脓毒症引起的心肌功能障碍 | 首次探讨了低水平耳屏刺激对脓毒症心肌功能障碍的影响及其机制，通过单细胞mRNA测序揭示了心脏细胞景观图 | NA | 探讨低水平耳屏刺激对脓毒症引起的心肌功能障碍的影响及其机制 | 脓毒症引起的心肌功能障碍及低水平耳屏刺激的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | NA |
| 937 | 2024-08-07 |
Functionalized Lineage Tracing for the Study and Manipulation of Heterogeneous Cell Populations
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1811-0_8
PMID:35094325
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研究论文 | 本文介绍了COLBERT方法，通过使用独特的单引导RNA（sgRNA）条形码作为功能标签来识别和召回特定的细胞谱系 | COLBERT方法利用sgRNA条形码稳定整合并主动转录，使得所有细胞后代都包含亲本条形码并产生功能性sgRNA，从而实现对异质细胞群中特定谱系的追踪和分离 | NA | 研究并操控异质细胞群 | 异质细胞群中的独特细胞谱系 | NA | NA | CRISPR | NA | NA | NA |
| 938 | 2024-08-07 |
Titration of 124 antibodies using CITE-Seq on human PBMCs
2022-12-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-24371-7
PMID:36460735
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研究论文 | 研究使用CITE-Seq技术在人外周血单个核细胞（PBMCs）上滴定124种抗体的最佳浓度 | 首次系统地评估了188种CITE-Seq抗体在PBMCs上的检测能力，并找到了最佳的染色浓度 | 研究仅限于人外周血单个核细胞，未涉及其他细胞类型 | 确定哪些CITE-Seq抗体能在PBMCs上检测到其抗原，并找到最佳的染色浓度 | 188种CITE-Seq抗体及其在PBMCs上的检测能力 | 单细胞测序 | NA | CITE-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人外周血单个核细胞（PBMCs） |
| 939 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomes and T cell receptors of vaccine-expanded apolipoprotein B-specific T cells
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.1076808
PMID:36684560
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接种ApoB肽P6疫苗的小鼠中ApoB特异性T细胞的转录组和T细胞受体 | 首次深入表征了疫苗扩增的ApoB特异性T细胞，并揭示了T细胞受体与ApoB肽P6:MHC-II相互作用的特异性 | 研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究疫苗接种对ApoB表位的诱导反应 | ApoB特异性T细胞的单细胞转录组和T细胞受体 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠接种ApoB肽P6疫苗后的T细胞 |
| 940 | 2024-08-07 |
The effects of H22 tumor on the quality of oocytes and the development of early embryos from host mice: A single-cell RNA sequencing approach
2022-Feb, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究探讨了H22肿瘤对宿主小鼠卵母细胞质量和早期胚胎发育的影响，通过单细胞RNA测序方法进行分析 | 首次揭示了H22肿瘤通过改变与生殖相关基因的表达模式，影响卵母细胞质量和早期胚胎发育 | NA | 研究癌症与女性生殖之间的关联 | H22肿瘤携带小鼠的卵母细胞和合子发育潜力 | NA | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 202个差异表达基因中，45个与卵母细胞质量密切相关 |