单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-08-07	Engineering a niche supporting hematopoietic stem cell development using integrated single-cell transcriptomics 2022-03-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28781-z PMID:35332125	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了从胚胎动脉血管中的造血内皮细胞向造血干细胞过渡的转录组特征，并识别了支持造血干细胞成熟和自我更新的信号分子。	本文通过伪时间排序揭示了造血内皮细胞向造血干细胞过渡过程中的基因表达动态，并识别了特定表达于发育中的造血干细胞的表面受体及其相应的配体。	NA	研究造血干细胞发育所需的信号交互作用，并推进造血干细胞在治疗应用中的工程化目标。	造血干细胞（HSCs）及其发育过程中的信号分子。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎动脉血管区域（AGM）来源的细胞
882	2024-08-07	SCIFER: approach for analysis of LINE-1 mRNA expression in single cells at a single locus resolution 2022-Aug-26, Mobile DNA IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13100-022-00276-0 PMID:36028901	研究论文	介绍了一种名为SCIFER的方法，用于在单细胞RNA测序数据集中以单个位点分辨率量化移动元素的表达	SCIFER通过唯一地比对单细胞RNA测序读取到基因组并提取单细胞的比对，提高了L1位点识别的准确性	NA	研究L1 mRNA在单细胞中的表达模式，特别是在单个位点分辨率下	L1 mRNA在单细胞中的表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了来自人类和小鼠的睾丸的单细胞RNA测序数据集
883	2024-08-07	ESR1 mutant breast cancers show elevated basal cytokeratins and immune activation 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29498-9 PMID:35440136	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
884	2024-08-07	Single-cell multi-omics analysis of human pancreatic islets reveals novel cellular states in type 1 diabetes 2022-02, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-022-00531-x PMID:35228745	研究论文	本文通过单细胞多组学分析，研究了人类胰腺胰岛在1型糖尿病中的细胞状态	开发了一种先进的综合分析策略，用于评估胰腺胰岛并识别典型细胞类型	NA	揭示1型糖尿病中胰腺胰岛的新细胞状态	人类胰腺胰岛中的多种细胞类型	数字病理学	1型糖尿病	单细胞转录组学、飞行时间流式细胞术、原位成像质谱流式细胞术	NA	细胞	24名1型糖尿病、自身抗体阳性和非糖尿病器官捐赠者的胰腺胰岛
885	2024-08-07	Tipping the balance between erythroid cell differentiation and induction of anemia in response to the inflammatory pathology associated with chronic trypanosome infections 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1051647 PMID:36420267	研究论文	本研究通过筛选10个不同毒力的野外分离株，建立了一个模拟慢性动物锥虫病的实验疾病模型，并深入分析了脾脏巨噬细胞在调节脾脏髓外造血中的作用。	本研究揭示了组织驻留巨噬细胞（TRMs）在调节脾脏髓外造血中的双重作用，并展示了在慢性感染过程中，巨噬细胞激活状态的复杂性。	NA	研究慢性锥虫感染引起的炎症病理与红细胞分化及贫血诱导之间的平衡。	慢性锥虫感染的实验模型及脾脏巨噬细胞在其中的作用。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	10个不同毒力的野外分离株
886	2024-08-07	The purinergic P2Y14 receptor links hepatocyte death to hepatic stellate cell activation and fibrogenesis in the liver 2022-04-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe5795 PMID:35385339	研究论文	本文探讨了嘌呤能受体P2Y14在肝细胞死亡与肝星状细胞激活及纤维化中的作用	首次揭示了P2Y14受体及其配体在肝细胞死亡与肝纤维化之间的直接联系	NA	研究肝纤维化的机制及潜在的治疗靶点	肝细胞、肝星状细胞及P2Y14受体	NA	肝病	蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	多个小鼠模型及人类样本
887	2024-08-07	Development and Optimization of a Prognostic Model Associated with Stemness Genes in Hepatocellular Carcinoma 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/9168441 PMID:36246969	研究论文	本研究旨在开发一种基于干细胞相关基因的预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）患者的预后，以优化治疗方案	本研究通过单细胞测序数据筛选与干细胞相关的差异表达基因，并利用LASSO回归分析构建了一个包含18个干细胞相关基因的预测模型，该模型能有效预测HCC患者的总体生存率	NA	开发和优化与干细胞基因相关的肝细胞癌预后模型	肝细胞癌（HCC）患者的预后评估	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了TCGA和GSE14520两个队列的数据
888	2024-08-07	Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci 2022-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33212-0 PMID:36171194	研究论文	本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。	CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。	NA	提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。	多组织和单细胞RNA-seq数据集。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。
889	2024-08-07	Spatial transcriptomic reconstruction of the mouse olfactory glomerular map suggests principles of odor processing 2022-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01030-8 PMID:35314823	research paper	本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习技术，生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的地图	本研究首次生成了小鼠嗅球中大多数glomeruli位置的详细地图，并提出了可能的组织原则，有助于大脑进行气味解码	研究仅限于小鼠嗅球中的glomeruli位置，未涉及其他物种或更广泛的嗅觉系统功能	探究小鼠嗅球中glomeruli位置与气味辨别之间的关系	小鼠嗅球中的glomeruli位置及其在气味处理中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习	转录组数据	未具体说明样本数量
890	2024-08-07	Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics 2022-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01575-3 PMID:36050488	研究论文	本文介绍了一种名为C-SIDE的统计方法，用于在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达基因	C-SIDE方法考虑了其他细胞类型的定位，并能应用于多种情境，如病理、解剖区域、细胞间相互作用和细胞微环境	NA	开发一种新的统计方法，用于在空间转录组学中准确识别细胞类型特异性的差异表达基因	空间转录组学中的差异表达基因	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学技术	NA	转录组数据	使用了Slide-seq、MERFISH和Visium数据集进行模拟和验证实验
891	2024-08-07	Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data 2022-Sep, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-022-00298-x PMID:38177468	研究论文	介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性	HUNTRESS方法在处理大量细胞和突变数据时，运行时间呈线性增长，且在模拟和真实肿瘤测序数据中显示出比现有方法更快的速度和相当的或更好的准确性	NA	开发一种快速且准确的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性	单细胞测序数据中的肿瘤内异质性	生物信息学	肿瘤	单细胞测序	计算方法	基因型矩阵	NA
892	2024-08-07	Graphing cell relations in spatial transcriptomics 2022-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-022-00269-2 PMID:38177581	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
893	2024-08-07	Cell clustering for spatial transcriptomics data with graph neural networks 2022-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-022-00266-5 PMID:38177586	研究论文	本文介绍了一种基于图卷积网络的无监督细胞聚类方法，用于空间转录组数据中的细胞聚类和细胞亚型发现	利用空间转录组学和图神经网络，有效整合了基因表达信息和空间信息，提高了细胞聚类和细胞亚型发现的准确性	NA	改进基于空间转录组数据的细胞聚类和细胞亚型发现	空间转录组数据中的细胞聚类和细胞亚型	机器学习	NA	图神经网络	图卷积网络	空间转录组数据	五个体外和体内的空间数据集
894	2024-08-07	Adversarial domain translation networks for integrating large-scale atlas-level single-cell datasets 2022-May, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-022-00251-y PMID:38177826	研究论文	本文介绍了一种名为Portal的统一框架，利用对抗域翻译网络来学习大规模图谱级别单细胞RNA-seq数据集的协调表示	Portal框架在集成过程中能更好地保留生物变异，且在低内存消耗下快速集成数百万个细胞	NA	开发一种能够有效集成和协调大规模单细胞RNA-seq数据集的方法	大规模图谱级别的单细胞RNA-seq数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗域翻译网络	单细胞RNA-seq数据	数百万个细胞
895	2024-08-07	Mechanotherapy Reprograms Aged Muscle Stromal Cells to Remodel the Extracellular Matrix during Recovery from Disuse 2022, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqac015 PMID:35434632	研究论文	研究探讨了机械疗法在老年肌肉恢复期间对细胞外基质（ECM）重塑的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了机械疗法对老年肌肉恢复期间ECM重塑的影响，并验证了其效果	研究仅限于实验动物模型，尚未在人体中验证	探究机械疗法是否能促进老年肌肉在废用性萎缩恢复期间的ECM重塑	老年和成年大鼠的腓肠肌在废用性萎缩恢复期间的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	成年和老年大鼠的腓肠肌细胞
896	2024-08-07	sciCNV: high-throughput paired profiling of transcriptomes and DNA copy number variations at single-cell resolution 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab413 PMID:34655292	研究论文	本文介绍了一种高吞吐量的单细胞RNA测序分析流程，能够为单个细胞提供配对的CNV和转录组图谱，从而探索CNV对细胞程序的影响	提出了sciCNV工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断单细胞CNV，提高了CNV检测的灵敏度和特异性	NA	研究CNV对细胞功能的影响，并开发新的工具用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据和CNV	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
897	2024-08-07	Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases 2022-12-31, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxac104 PMID:36617261	综述	本文综述了人类血液中B细胞亚群的识别及其在炎症疾病中的变化	利用高维表型工具如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了先前被认为是均质的B细胞群体的异质性	关于B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和研究间的差异	探讨人类血液中常见的B细胞亚群及其在炎症和自身免疫疾病中的频率和功能变化	人类血液中的B细胞亚群及其在炎症疾病中的变化	NA	炎症疾病	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
898	2024-08-07	Singling out motor neurons in the age of single-cell transcriptomics 2022-09, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2022.03.016 PMID:35487823	research paper	本文讨论了利用单细胞转录组学技术揭示成年动物运动神经元内在异质性的新兴技术及其对疾病和脊髓损伤的潜在影响	利用高吞吐量的单细胞转录组学技术，快速分离和分析运动神经元核，揭示了骨骼和自主神经系统的显著转录多样性	NA	定义成年运动系统中运动神经元的异质性，并探讨其对疾病和脊髓损伤的影响	运动神经元的异质性及其在健康和退化状态下的特性	digital pathology	neuromuscular disease	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	NA
899	2024-08-07	Expression Profile of Inflammation Response Genes and Potential Regulatory Mechanisms in Dilated Cardiomyopathy 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/1051652 PMID:36035223	研究论文	本研究分析了扩张型心肌病（DCM）中的炎症反应基因表达谱及其潜在调控机制	首次详细描述了DCM中炎症反应基因的表达情况及其调控机制，包括转录因子和非编码RNA的调控网络	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探讨DCM中炎症反应基因的表达及其调控机制	DCM患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	27,665个细胞样本，包括4个DCM样本和2个健康对照样本；166个DCM患者和166个健康对照的批量测序数据
900	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Analysis of the Pathogenesis of Tendon Injury 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/7887782 PMID:36148412	研究论文	本研究利用单细胞测序数据挖掘，分析了肌腱组织中的细胞组成及其在肌腱修复中的作用	首次揭示了肌腱组织中M1巨噬细胞和T细胞的异质性，及其在肌腱损伤和修复中的不同生理过程	NA	探索肌腱组织的细胞组成及与肌腱修复相关的细胞群体和信号通路	肌腱组织的细胞组成及肌腱修复机制	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	包含七种细胞亚群的肌腱组织样本