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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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801 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations
2022, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2022.848693
PMID:35372115
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化 | 揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化,并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调 | 未提及 | 旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用 | 体外感染布氏锥虫的宿主细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
802 | 2024-08-07 |
Spatially resolved transcriptomics of high-grade serous ovarian carcinoma
2022-Mar-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103923
PMID:35252817
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研究论文 | 本研究首次全面采用空间转录组学方法分析高级别浆液性卵巢癌,通过分析治疗前肿瘤组织样本,揭示了化疗反应者之间的肿瘤组成差异 | 首次采用空间转录组学方法全面分析高级别浆液性卵巢癌,揭示了细胞集群组织和定位对化疗反应的影响 | 研究样本量较小,仅包括少数经过详细注释的高级别浆液性卵巢癌患者 | 深入分析高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织,探讨细胞集群的空间交互作用对化疗反应的影响 | 高级别浆液性卵巢癌患者,特别是化疗反应不同的患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 小样本量,具体数量未明确 |
803 | 2024-08-07 |
Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.1086276
PMID:36686449
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综述 | 本文综述了睾丸间质细胞(Leydig细胞)在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义 | 利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术,揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异 | NA | 总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解,强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞(祖细胞/干细胞)起源及其功能意义 | Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能 | NA | NA | 细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
804 | 2024-08-07 |
Profibrotic properties of C1q+ interstitial macrophages in silica-induced pulmonary fibrosis in mice
2022-04-09, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.037
PMID:35180470
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研究论文 | 研究探讨了C1q+间质巨噬细胞在硅尘诱导的小鼠肺纤维化中的促纤维化特性 | 首次揭示了间质巨噬细胞在肺纤维化中的具体作用,并提出了针对这些细胞的潜在治疗策略 | 研究主要集中在小鼠模型上,需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗策略 | 硅尘诱导的小鼠肺纤维化模型中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
805 | 2024-08-07 |
CEBPβ regulation of endogenous IGF-1 in adult sensory neurons can be mobilized to overcome diabetes-induced deficits in bioenergetics and axonal outgrowth
2022-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04201-9
PMID:35298717
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研究论文 | 本研究探讨了CEBPβ调控内源性IGF-1在成年感觉神经元中的作用,以及如何通过上调IGF-1来克服糖尿病引起的生物能量和轴突生长的缺陷 | 首次详细描述了CEBPβ在糖尿病模型中对内源性IGF-1表达的调控作用,并证明了CEBPβ过表达可以促进神经突生长和线粒体呼吸 | 研究主要基于体外细胞培养系统和动物模型,尚未在人体中进行验证 | 研究内源性IGF-1在感觉神经元中的表达及其在糖尿病神经病变中的作用 | 感觉神经元、卫星胶质细胞(SGCs)和背根神经节(DRG) | 神经科学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、原位杂交 | NA | RNA | 包括STZ诱导的1型糖尿病大鼠、Zucker糖尿病肥胖(ZDF)大鼠、高脂/高糖饮食的小鼠和db/db 2型糖尿病小鼠 |
806 | 2024-08-07 |
In vivo development and single-cell transcriptome profiling of human brain organoids
2022-Mar, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13201
PMID:35141969
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研究论文 | 本文通过将小型未成熟的人脑类器官注射到成年SCID小鼠的纹状体中,创新性地在体内开发了人脑类器官,并对其进行了单细胞转录组分析 | 本文创新性地在体内开发了人脑类器官,并发现这些类器官具有更多的支持细胞,如周细胞样细胞和脉络丛细胞,以及较低的细胞应激和凋亡水平 | 文中提到,由于移植手术引起的损伤等技术问题仍然限制了人脑类器官的应用 | 提供一种新方法来生成人脑类器官,以应用于疾病模型和治疗 | 人脑类器官及其在神经系统疾病中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 6131个GFP标记的人类细胞 |
807 | 2024-08-07 |
Cellular architecture of human brain metastases
2022-02-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.12.043
PMID:35063085
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、质谱流式细胞术以及结合小鼠模型和计算机模拟方法,对15个人类脑转移瘤中的超过10万个恶性与非恶性细胞进行了综合分析 | 揭示了脑转移瘤微环境的组成,分子层面定义了血瘤界面,并发现了富含浸润性T细胞和巨噬细胞的基质免疫抑制状态 | NA | 旨在深入理解人类脑转移瘤的生物学基础及其与肿瘤细胞内在特性和宿主环境的关系 | 人类脑转移瘤中的恶性与非恶性细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学,质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 超过10万个细胞来自15个人类脑转移瘤 |
808 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of antibody- and lipid-based multiplexing methods for single-cell RNA-seq
2022-02-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02628-8
PMID:35172874
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研究论文 | 本文比较了基于抗体和脂质的多种复用方法在单细胞RNA测序中的应用效果 | 首次全面比较了不同复用策略在单细胞和单核RNA测序中的性能,并评估了其在临床样本中的应用潜力 | 研究主要集中在特定的细胞系和组织类型,可能需要进一步验证在更广泛的样本类型中的适用性 | 评估和比较不同复用技术在单细胞RNA测序中的效率和适用性 | 四种细胞系、人外周血单个核细胞(PBMCs)和初级小鼠组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括健康和SARS-CoV-2感染患者的PBMCs,以及多种小鼠组织 |
809 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of LepR-positive skeletal cells reveals heterogeneous stress-dependent stem and progenitor pools
2022-02-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108415
PMID:34957577
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研究论文 | 本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,分析了LepR阳性骨骼细胞在稳态和应激条件下的异质性和谱系层次结构 | 发现了一个与血管紧密相关的Notch3骨髓亚群,以及促进骨软骨分化的关键转录网络,并识别出一个具有高克隆活性的Sca-1骨膜亚群 | NA | 揭示LepR阳性骨骼干细胞和前体细胞的维护和谱系特化的细胞和分子机制 | LepR阳性骨骼细胞的异质性和谱系层次结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年长骨中的骨髓间质细胞和成骨谱系细胞 |
810 | 2024-08-07 |
Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches
2022-01-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018
PMID:35021063
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研究论文 | 本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学,构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱,以揭示肝脏细胞的特性和定位 | 首次整合多组学数据,提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞,包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞(LAMs),并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序 | NA | 揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境 | 健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 蛋白质组学, 转录组学 | 人类和小鼠的肝脏样本 |
811 | 2024-08-07 |
Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis
2022-01-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.72579
PMID:35014606
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研究论文 | 本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用 | 首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制 | NA | 探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响 | KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)和单细胞ATAC测序(scATACseq) | NA | 基因表达数据 | 使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究 |
812 | 2024-08-07 |
HB-EGF Plays a Pivotal Role in Mucosal Hyperplasia During Otitis Media Induced by a Viral Analog
2022, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2022.823714
PMID:35281434
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研究论文 | 研究HB-EGF在模拟病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生中的作用 | 使用单细胞RNA测序识别表达HB-EGF及相关基因的中耳细胞,并通过特定抑制剂阻断HB-EGF效应 | NA | 探讨病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生的机制及HB-EGF的作用 | 中耳黏膜细胞及其在病毒感染下的增生反应 | NA | 中耳炎 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫染色 | NA | RNA | NA |
813 | 2024-08-07 |
Characterization of the microenvironment of diabetic foot ulcers and potential drug identification based on scRNA-seq
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.997880
PMID:36686438
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡(DFUs)的微环境,并通过机器学习算法和免疫荧光技术识别潜在的治疗药物。 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法详细分析了DFUs的微环境,并识别了新的潜在药物靶点。 | 研究主要基于已有的数据库数据,未涉及大规模的临床试验验证。 | 揭示糖尿病足溃疡的微环境特征并识别潜在的治疗药物。 | 糖尿病足溃疡的微环境和潜在药物靶点。 | 数字病理学 | 糖尿病 | scRNA-seq | 逻辑回归机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及两个数据集GSE165816和GSE199939,具体样本数量未详细说明。 |
814 | 2024-08-07 |
Dysregulated Cell-Cell Communication Characterizes Pulmonary Fibrosis
2022-10-21, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11203319
PMID:36291184
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研究论文 | 本研究使用NicheNet R包和公开的单细胞RNA测序数据,探讨了基因变异如何影响肺纤维化的发生,并分析了肺泡上皮细胞在不同环境中的变化 | 本研究首次验证了肺泡上皮细胞类型I的丢失与肺纤维化中单细胞RNA转录组的关系,并发现了ADAM17蛋白在肺纤维化中的潜在作用 | NA | 探讨基因变异如何影响肺纤维化的发生 | 肺泡上皮细胞在不同环境中的变化 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 控制组、基因变异组和纤维化环境中的样本 |
815 | 2024-08-07 |
Single cell multi-omics characterise discrete human tendon cells populations that persist in vitro and on fibrous scaffolds
2022-08-02, European cells & materials
IF:3.2Q1
DOI:10.22203/eCM.v044a01
PMID:35916474
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研究论文 | 本文通过单细胞表面蛋白质组学和无偏倚的单细胞转录组学(CITE-Seq)技术,研究了体外培养的健康人腿筋成纤维细胞在组织培养塑料或可吸收聚二恶烷酮电纺纤维上的持久性及其细胞亚群特征。 | 首次使用CITE-Seq技术结合单细胞表面蛋白质组学,识别并描述了体外培养的人类腱细胞的多个离散亚群及其在电纺纤维上的生存情况。 | 研究仅限于体外实验,未涉及体内环境,且样本量较小,可能影响结果的普遍性。 | 旨在识别和分离关键的致病性和修复性细胞,以开发精准治疗和可植入材料,改善腱愈合。 | 健康人腿筋成纤维细胞及其在不同培养条件下的细胞亚群。 | 数字病理学 | 腱病 | CITE-Seq | NA | 细胞 | 未明确提及具体样本数量 |
816 | 2024-08-07 |
Development of a single-cell atlas for woodland strawberry (Fragaria vesca) leaves during early Botrytis cinerea infection using single cell RNA-seq
2022-Jan-19, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhab055
PMID:35043166
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术,构建了林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的单细胞图谱,并分析了不同细胞类型的基因表达模式 | 首次报道了植物病原入侵过程中单细胞转录组景观,为宿主-病原体相互作用的全面动态提供了新见解 | NA | 研究植物在病原体入侵时的防御反应及信号转导过程 | 林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的细胞类型及基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过50,000个单细胞 |
817 | 2024-08-07 |
Cell Layers: uncovering clustering structure in unsupervised single-cell transcriptomic analysis
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac051
PMID:35967929
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研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Layers的交互式Sankey工具,用于在不同聚类分辨率下定量研究基因表达、共表达、生物过程和聚类完整性 | Cell Layers工具通过链接分子数据和聚类评估指标,增强了单细胞聚类的可解释性,并提供了对细胞群体的新见解 | NA | 开发一种新的工具来提高单细胞转录组无监督聚类的解释性 | 单细胞转录组数据及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
818 | 2024-08-07 |
ScRNA-seq expression of IFI27 and APOC2 identifies four alveolar macrophage superclusters in healthy BALF
2022-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201458
PMID:35820705
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和未发炎的囊性纤维化患者的支气管肺泡灌洗细胞,识别出四种肺泡巨噬细胞超级集群 | 首次通过ScRNA-seq技术识别出四种肺泡巨噬细胞超级集群,并揭示了它们在不同个体中的功能特化和比例保守性 | 研究样本仅包括健康个体和未发炎的囊性纤维化患者,可能限制了结果的普遍性 | 探究肺泡巨噬细胞的异质性和多样性角色,以更好地治疗呼吸道疾病 | 肺泡巨噬细胞、间质巨噬细胞和招募的单核细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 113,213个支气管肺泡灌洗细胞 |
819 | 2024-08-07 |
The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches
2022-Dec-22, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-022-02428-7
PMID:36550351
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研究论文 | 本文探讨了支气管肺发育不良(BPD)的血管表型,并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法 | 利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭,并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略 | 需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究 | 探索BPD中血管表型的分子机制,并开发新的治疗策略 | BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压 | 生物医学 | 新生儿疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
820 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors
2022-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac044
PMID:36473726
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响 | 首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响 | 仅限于B细胞和T细胞的研究,未涉及其他细胞类型 | 探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用 | B细胞和T细胞 | 基因组学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |