单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2024-08-07	Single cell multi-omics characterise discrete human tendon cells populations that persist in vitro and on fibrous scaffolds 2022-08-02, European cells & materials IF:3.2Q1 DOI:10.22203/eCM.v044a01 PMID:35916474	研究论文	本文通过单细胞表面蛋白质组学和无偏倚的单细胞转录组学（CITE-Seq）技术，研究了体外培养的健康人腿筋成纤维细胞在组织培养塑料或可吸收聚二恶烷酮电纺纤维上的持久性及其细胞亚群特征。	首次使用CITE-Seq技术结合单细胞表面蛋白质组学，识别并描述了体外培养的人类腱细胞的多个离散亚群及其在电纺纤维上的生存情况。	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境，且样本量较小，可能影响结果的普遍性。	旨在识别和分离关键的致病性和修复性细胞，以开发精准治疗和可植入材料，改善腱愈合。	健康人腿筋成纤维细胞及其在不同培养条件下的细胞亚群。	数字病理学	腱病	CITE-Seq	NA	细胞	未明确提及具体样本数量
782	2024-08-07	Development of a single-cell atlas for woodland strawberry (Fragaria vesca) leaves during early Botrytis cinerea infection using single cell RNA-seq 2022-Jan-19, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhab055 PMID:35043166	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，构建了林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的单细胞图谱，并分析了不同细胞类型的基因表达模式	首次报道了植物病原入侵过程中单细胞转录组景观，为宿主-病原体相互作用的全面动态提供了新见解	NA	研究植物在病原体入侵时的防御反应及信号转导过程	林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的细胞类型及基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过50,000个单细胞
783	2024-08-07	Cell Layers: uncovering clustering structure in unsupervised single-cell transcriptomic analysis 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac051 PMID:35967929	研究论文	本文开发了一种名为Cell Layers的交互式Sankey工具，用于在不同聚类分辨率下定量研究基因表达、共表达、生物过程和聚类完整性	Cell Layers工具通过链接分子数据和聚类评估指标，增强了单细胞聚类的可解释性，并提供了对细胞群体的新见解	NA	开发一种新的工具来提高单细胞转录组无监督聚类的解释性	单细胞转录组数据及其聚类结果	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
784	2024-08-07	ScRNA-seq expression of IFI27 and APOC2 identifies four alveolar macrophage superclusters in healthy BALF 2022-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201458 PMID:35820705	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和未发炎的囊性纤维化患者的支气管肺泡灌洗细胞，识别出四种肺泡巨噬细胞超级集群	首次通过ScRNA-seq技术识别出四种肺泡巨噬细胞超级集群，并揭示了它们在不同个体中的功能特化和比例保守性	研究样本仅包括健康个体和未发炎的囊性纤维化患者，可能限制了结果的普遍性	探究肺泡巨噬细胞的异质性和多样性角色，以更好地治疗呼吸道疾病	肺泡巨噬细胞、间质巨噬细胞和招募的单核细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	113,213个支气管肺泡灌洗细胞
785	2024-08-07	The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches 2022-Dec-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-022-02428-7 PMID:36550351	研究论文	本文探讨了支气管肺发育不良（BPD）的血管表型，并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法	利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭，并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略	需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究	探索BPD中血管表型的分子机制，并开发新的治疗策略	BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压	生物医学	新生儿疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
786	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors 2022-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac044 PMID:36473726	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响	首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响	仅限于B细胞和T细胞的研究，未涉及其他细胞类型	探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用	B细胞和T细胞	基因组学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
787	2024-08-07	Dissecting Heterogeneity Reveals a Unique BAMBIhigh MFGE8high Subpopulation of Human UC-MSCs 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202202510 PMID:36373720	研究论文	本研究通过大规模单细胞转录组图谱分析，揭示了人类脐带间充质干细胞（UC-MSCs）的异质性，并鉴定出一个独特的BAMBI高表达和MFGE8高表达的C1亚群	首次实验验证了从scRNA-seq样本中分类的UC-MSC亚群的功能，并发现了一个具有独特表型和转录组特征的BAMBI MFGE8 C1亚群	研究主要集中在体外和体内狼疮小鼠模型中，未来需要进一步在更多疾病模型中验证这些发现	阐明人类UC-MSCs的本质，并选择最优的MSC类型用于未来特定疾病的治疗	人类脐带间充质干细胞及其亚群的功能和特性	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个UC-MSC样本
788	2024-08-07	Electrical responses from human retinal cone pathways associate with a common genetic polymorphism implicated in myopia 2022-05-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2119675119 PMID:35594404	研究论文	本文研究了人类视网膜锥体通路的电反应与近视相关的常见遗传多态性之间的关系	首次探讨了GJD2基因位点的遗传多态性与视网膜电图（ERG）参数之间的关联，特别是在光适应状态下锥体驱动的反应	研究样本仅限于186名成年双胞胎志愿者，可能限制了结果的普遍性	探讨近视相关的遗传多态性与视网膜电反应之间的关系	视网膜锥体通路的电反应与GJD2基因位点的遗传多态性	NA	近视	视网膜电图（ERG）	混合线性模型	电生理数据	186名成年双胞胎志愿者
789	2024-08-07	Single-cell immune profiling reveals a developmentally distinct CD4+ GM-CSF+ T-cell lineage that induces GI tract GVHD 2022-05-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006084 PMID:35015822	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析（scRNAseq）揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）中出现的两种CD4+ GM-CSF+ T细胞群体，它们根据是否共表达干扰素-γ（IFN-γ）而区分	本研究首次识别出一种在GVHD中出现的独特的CD4+ GM-CSF+ IFN-γ- T细胞亚群，该亚群具有独特的转录组特征和T细胞受体库	NA	揭示在GVHD中CD4+ GM-CSF+ T细胞的异质性，并定义一种独特的T辅助细胞亚型	CD4+ GM-CSF+ T细胞在GVHD中的作用和特性	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序分析（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
790	2024-08-07	SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data 2022-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30587-y PMID:35624112	研究论文	本文提出了一种名为SpotClean的概率模型，用于调整空间转录组学数据中的点交换伪影，以提供更准确的基因特异性UMI计数估计	SpotClean模型能够显著改善标记基因分析和聚类效果，特别是在组织区域不易分离的情况下	NA	提高空间转录组学实验中下游分析的效力和精度	空间转录组学数据中的点交换伪影	分子医学	癌症	空间转录组学	概率模型	转录组数据	数千个点
791	2024-08-07	An Overview on Single-Cell Technology for Hepatocellular Carcinoma Diagnosis 2022-01-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23031402 PMID:35163329	综述	本文综述了单细胞技术在肝细胞癌诊断中的应用	单细胞技术能够分析肿瘤组织样本中的每个单细胞，从而深入了解癌症的遗传异质性，有助于识别和评估罕见的细胞群体	文章中提到的挑战包括单细胞技术的局限性和实施中的困难	促进肝细胞癌的个性化诊断和治疗	肝细胞癌的诊断、肿瘤微环境分析、单细胞基因组测序、单细胞转录组学、单细胞组学测序用于生物标志物开发、肝细胞癌的起源和进化	数字病理学	肝细胞癌	单细胞技术	NA	基因表达模式	NA
792	2024-08-07	Imipridones affect tumor bioenergetics and promote cell lineage differentiation in diffuse midline gliomas 2022-09-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noac041 PMID:35157764	research paper	研究伊米普利酮类药物对弥漫中线胶质瘤的肿瘤生物能量学和细胞谱系分化的影响	首次详细描述了ONC201及其衍生物ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制，包括对肿瘤细胞代谢和线粒体损伤的影响，以及诱导细胞谱系分化的能力	NA	探究伊米普利酮类药物ONC201和ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制	弥漫中线胶质瘤的细胞和动物模型，以及患者样本	digital pathology	脑癌	Seahorse XF Cell Mito Stress Test, MitoSOX, TMRM assay, 电子显微镜成像, bulk和单细胞RNA-seq	NA	细胞, 动物模型, 患者样本	体外模型18个, 体内模型包括小鼠和斑马鱼, 患者样本20个
793	2024-08-07	Targeting macrophages for enhancing CD47 blockade-elicited lymphoma clearance and overcoming tumor-induced immunosuppression 2022-06-02, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021013901 PMID:35134139	研究论文	本研究通过高通量筛选发现紫杉醇能增强巨噬细胞对非霍奇金淋巴瘤的吞噬能力，从而提高CD47阻断疗法的疗效	首次发现紫杉醇能直接增强巨噬细胞的吞噬能力，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床试验中验证	探索通过调节肿瘤微环境增强淋巴瘤治疗效果的新策略	非霍奇金淋巴瘤及其相关巨噬细胞	肿瘤学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
794	2024-08-07	Workflow Optimization for Identification of Female Germline or Oogonial Stem Cells in Human Ovarian Cortex Using Single-Cell RNA Sequence Analysis 2022-05-27, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxac015 PMID:35263439	研究论文	本文通过优化单细胞RNA测序分析的工作流程参数，在成人人类卵巢皮质组织中识别出具有OSCs基因表达特征的稀有生殖系细胞，并探讨了PVCs与生殖细胞的区分问题	通过优化分析工作流程参数，成功在成人人类卵巢皮质组织中识别出具有OSCs特征的稀有生殖系细胞，并揭示了PVCs与生殖细胞在scRNA-seq中的不同基因表达模式	NA	优化单细胞RNA测序分析流程，以准确识别成人人类卵巢皮质组织中的女性生殖系或卵原干细胞	成人人类卵巢皮质组织中的女性生殖系或卵原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	成人人类卵巢皮质组织样本
795	2024-08-07	Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl5197 PMID:35549406	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和VDJ测序技术，分析了来自12名成年捐赠者的16种组织的免疫细胞，揭示了组织特异性特征	开发了CellTypist工具，用于快速精确的细胞类型注释，并发现了先前未被重视的组织特异性特征和T细胞及B细胞的克隆结构	NA	揭示人体组织中免疫细胞的组织特异性特征	16种组织的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, VDJ测序	机器学习	细胞数据	约360,000个细胞
796	2024-08-07	Müller Glial Expression of REDD1 Is Required for Retinal Neurodegeneration and Visual Dysfunction in Diabetic Mice 2022-05-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0853 PMID:35167652	研究论文	研究探讨了REDD1蛋白在糖尿病小鼠视网膜病变中的作用，特别是在Müller胶质细胞中的表达。	首次揭示了Müller胶质细胞中REDD1的表达对糖尿病引起的视网膜病变、神经退行性和视觉功能障碍的关键作用。	研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究REDD1在糖尿病视网膜病变中的作用及其机制。	糖尿病小鼠的视网膜和人类Müller细胞在高糖条件下的反应。	NA	糖尿病	单细胞测序	NA	蛋白质表达数据	包括糖尿病控制小鼠和REDD1-mgKO小鼠的视网膜样本，以及暴露于高糖条件下的人类Müller细胞培养物。
797	2024-08-07	Cellular heterogeneity of human fallopian tubes in normal and hydrosalpinx disease states identified using scRNA-seq 2022-04-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.02.017 PMID:35320732	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了来自正常和输卵管积水疾病状态的人类输卵管细胞的异质性	首次构建了包含12种主要细胞类型的输卵管细胞图谱，并识别出四种纤毛和六种非纤毛分泌上皮亚型	仅分析了四名健康和两名输卵管积水患者的样本，样本量有限	探究输卵管稳态在正常发育和疾病中的细胞异质性	人类输卵管细胞	数字病理学	不孕症	scRNA-seq	NA	细胞数据	59,738个细胞来自四名健康受试者，17,798个细胞来自两名输卵管积水患者
798	2024-08-07	A Comprehensive Immune Cell Atlas of Cystic Kidney Disease Reveals the Involvement of Adaptive Immune Cells in Injury-Mediated Cyst Progression in Mice 2022-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021030278 PMID:35110364	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了囊性肾病的免疫细胞图谱，揭示了适应性免疫细胞在损伤介导的囊肿进展中的作用。	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了囊性肾病中免疫细胞的多样性和功能，特别是适应性免疫细胞在损伤加速囊肿疾病中的关键作用。	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小，可能影响结果的普遍性。	旨在无偏见地识别影响囊肿生长速率的修饰细胞，特别是在损伤和非损伤的纤毛突变肾脏中。	囊性肾病中的免疫细胞，特别是适应性免疫细胞。	数字病理学	囊性肾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	79,355个细胞
799	2024-08-07	IL-22 Plays a Dual Role in the Amniotic Cavity: Tissue Injury and Host Defense against Microbes in Preterm Labor 2022-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100439 PMID:35304419	研究论文	本研究探讨了IL-22在早产中对母胎免疫的作用，发现IL-22 T细胞在早产妇女的母胎界面富集，并在体内外实验中展示了IL-22在早产中的双重作用：组织损伤和宿主防御。	首次展示了IL-22 T细胞在早产妇女母胎界面的富集，并通过体内外实验证实了IL-22在早产中的双重作用。	研究主要集中在小鼠模型和体外人系统，可能需要进一步的人体临床研究来验证这些发现。	探讨IL-22在晚期妊娠中母胎免疫的作用及其在早产中的作用机制。	IL-22 T细胞在早产妇女母胎界面的分布及其在早产中的作用。	免疫学	早产	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及早产妇女和小鼠的母胎组织样本
800	2024-08-07	Neuroinflammation creates an immune regulatory niche at the meningeal lymphatic vasculature near the cribriform plate 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01158-6 PMID:35347285	研究论文	研究发现在神经炎症期间，筛板附近的脑膜淋巴管通过淋巴管生成来排出多余液体，并可能获得改变的表型以调节免疫。	首次报道了神经炎症期间，筛板附近的脑膜淋巴管上调与抗原呈递相关的基因，如主要组织相容性复合体II类、粘附分子和免疫调节分子，形成一个免疫调节微环境。	NA	探讨神经炎症期间脑膜淋巴管在免疫调节中的作用。	健康和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中筛板附近的脑膜淋巴管。	NA	神经炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康和EAE小鼠模型的脑膜淋巴管样本