单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2024-08-07	scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation 2022-01-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02593-8 PMID:34991671	研究论文	本文开发了scDALI计算框架，结合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，以表征细胞状态特异性的遗传效应	scDALI框架能够整合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，从而捕捉细胞类型和状态间的遗传变异功能影响多样性	NA	研究遗传变异在不同细胞类型和状态中的功能影响	果蝇胚胎发育中的scATAC-seq数据和人类iPSCs分化中的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞测序	计算框架	测序数据	果蝇胚胎和人类iPSCs的单细胞测序数据
782	2024-08-07	Mammalian Digit Tip Regeneration: Moving from Phenomenon to Molecular Mechanism 2022-01-04, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a040857 PMID:34312249	综述	本文综述了哺乳动物指尖再生的当前知识状态，讨论了胚芽的来源和形成以及单细胞RNA测序带来的分子标记和细胞组成的最新见解	探讨了指尖再生的分子机制，并讨论了已知的分子途径在肢体发育中如何为指尖再生研究提供信息	NA	深入理解哺乳动物指尖再生的分子机制	指尖再生的胚芽结构及其分子标记和细胞组成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
783	2024-08-07	Sensei: how many samples to tell a change in cell type abundance? 2022-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04526-5 PMID:34983369	research paper	本文开发了一种名为Sensei的新方法，用于确定在单细胞研究中检测细胞类型丰度变化所需的样本数量和细胞数量	Sensei扩展了t检验并使用beta-二项分布模型来模拟细胞丰度，为确定样本大小提供了数学准确性和实用指南	NA	解决在受控研究中确定检测细胞类型丰度变化所需样本大小的统计挑战	细胞类型丰度变化	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, mass cytometry	beta-binomial distribution	single-cell data	超过20种细胞类型和30种癌症类型
784	2024-08-07	Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis 2022-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01006-2 PMID:34489600	研究论文	本文通过应用基于图像的单细胞转录组学方法seqFISH，结合空间上下文和多重转录测量，研究了小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程	本文首次将空间上下文与单细胞转录组数据整合，揭示了细胞类型在胚胎中的分布，并展示了通过seqFISH未测序基因的空间表达可以被推断	NA	研究小鼠胚胎发育的分子基础	小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程	数字病理学	NA	seqFISH	NA	图像	387个目标基因
785	2024-08-07	Dexamethasone modulates immature neutrophils and interferon programming in severe COVID-19 2022-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01576-3 PMID:34782790	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和血浆蛋白质组学技术，探讨了地塞米松在严重COVID-19中对未成熟中性粒细胞和干扰素编程的调节作用	发现COVID-19相关ARDS中存在由干扰素和前列腺素信号调节的特定中性粒细胞状态，地塞米松能改变这些中性粒细胞状态并重塑细胞间相互作用	研究主要集中在男性患者，可能影响结果的普遍性	揭示地塞米松在严重COVID-19中的作用机制，为开发针对性的免疫疗法提供依据	严重COVID-19患者中的中性粒细胞及其对地塞米松的反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，血浆蛋白质组学	NA	RNA序列，蛋白质	具体样本数量未在摘要中明确
786	2024-08-07	An immunodominant NP105-113-B*07:02 cytotoxic T cell response controls viral replication and is associated with less severe COVID-19 disease 2022-01, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-01084-z PMID:34853448	研究论文	研究了NP105-113-B*07:02特异性CD8 T细胞反应在SARS-CoV-2感染者中的主导作用及其与轻度COVID-19疾病的关系	展示了NP-B*07:02特异性T细胞在COVID-19疾病进展中的有益关联，并指出其在感染后6个月仍保持抗病毒效力	NA	探讨NP-B*07:02特异性T细胞反应与COVID-19疾病严重程度的关系，并为未来疫苗设计提供依据	NP-B*07:02特异性T细胞反应及其在SARS-CoV-2感染中的作用	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	T细胞受体使用、转录组特征和疾病严重程度数据	急性期77例，恢复期52例
787	2024-08-07	Long non-coding RNAs (lncRNAs) NEAT1 and MALAT1 are differentially expressed in severe COVID-19 patients: An integrated single-cell analysis 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0261242 PMID:35007307	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了长非编码RNA NEAT1和MALAT1在重症COVID-19患者中的差异表达情况	首次综合分析了来自重症和轻症COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，揭示了NEAT1和MALAT1在不同病情中的差异表达	研究仅限于特定的细胞类型和基因，可能需要更广泛的细胞和基因分析以全面理解其在COVID-19中的作用	揭示重症与轻症COVID-19患者之间的关键炎症差异因子	长非编码RNA NEAT1和MALAT1在COVID-19患者中的表达情况	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括来自重症和轻症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗细胞和外周血单个核细胞
788	2024-08-07	Optimization of Long-Term Human iPSC-Derived Spinal Motor Neuron Culture Using a Dendritic Polyglycerol Amine-Based Substrate 2022 Jan-Dec, ASN neuro IF:3.9Q2 DOI:10.1177/17590914211073381 PMID:35023784	研究论文	本文介绍了一种基于树枝状聚甘油胺（dPGA）基质的方法，用于延长人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）的长期培养	使用dPGA涂层培养皿，使得MNs更适合长期研究细胞活力、分子身份和自发网络电生理活动	目前hiPSC衍生的MN应用常受限于我们监测MN形态、存活和其他功能特性的能力	改善hiPSC衍生的MN的长期培养条件，以促进人类MN生物学和疾病的研究	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）	NA	脊髓性肌萎缩症，肌萎缩侧索硬化症	NA	NA	NA	NA
789	2024-08-07	An atlas of dynamic peripheral blood mononuclear cell landscapes in human perioperative anaesthesia/surgery 2022-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.663 PMID:35061932	研究论文	本研究探讨了围手术期麻醉对患者免疫细胞动态变化的影响，通过单细胞测序技术分析了外周血单个核细胞（PBMCs）的响应。	首次报道了围手术期麻醉/手术对循环免疫细胞时间表型的影响，并提供了单细胞层面的解决方案。	NA	研究围手术期麻醉对患者免疫系统的具体影响，特别是免疫细胞的动态变化。	外周血单个核细胞（PBMCs）及其在围手术期对麻醉的响应。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	PBMCs样本在麻醉和手术前1天、麻醉后0小时、24小时和48小时采集。
790	2024-08-07	Extracellular vesicles produced by the human commensal gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron affect host immune pathways in a cell-type specific manner that are altered in inflammatory bowel disease 2022-01, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12189 PMID:35064769	研究论文	研究由人类共生肠道细菌Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡如何影响宿主免疫途径，特别是在炎症性肠病中的细胞类型特异性影响	首次详细分析了特定细菌胞外囊泡在不同免疫细胞类型中的作用，并探讨了健康与疾病状态下这些作用的差异	研究主要基于单细胞RNA测序数据和计算机模拟，需要进一步的实验验证	探讨肠道细菌胞外囊泡与宿主免疫细胞的相互作用，以促进炎症性肠病的治疗	Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡及其对宿主免疫细胞的影响	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
791	2024-08-07	Evaluation of deep convolutional neural networks for in situ hybridization gene expression image representation 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0262717 PMID:35073334	研究论文	本文评估了深度卷积神经网络在原位杂交基因表达图像表示中的应用	提出了一种对比学习任务——基因重识别，以计算原位杂交图像的表示，并在模型中实现了显著的改进	NA	更好地捕捉人类大脑皮层中基因表达的复杂模式	原位杂交图像中的基因表达强度和模式	计算机视觉	精神分裂症	深度卷积神经网络	CNN	图像	约1000个基因的数据集，来自42个个体；第二个数据集包含78个基因，来自53个个体
792	2024-08-07	Single-cell profiling identifies mechanisms of inflammatory heterogeneity in chronic rhinosinusitis 2022-10, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01312-0 PMID:36138182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体和三种慢性鼻窦炎亚型患者的鼻黏膜细胞，识别了与慢性鼻窦炎亚型发病机制相关的特定细胞亚群和分子	首次通过单细胞RNA测序揭示了慢性鼻窦炎亚型的异质性免疫微环境和发病机制，并发现了潜在的治疗靶点	研究主要集中在小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	深入理解慢性鼻窦炎的异质性免疫微环境和发病机制，并探索潜在的治疗方法	健康个体和慢性鼻窦炎患者的鼻黏膜细胞	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	健康个体和三种慢性鼻窦炎亚型患者的鼻黏膜细胞
793	2024-08-07	Early life stress exacerbates obesity in adult female mice via mineralocorticoid receptor-dependent increases in adipocyte triglyceride and glycerol content 2022-Sep-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.120718 PMID:35714704	研究论文	本研究探讨了早期生活压力通过矿物皮质激素受体依赖性增加脂肪细胞甘油三酯和甘油含量，加剧成年雌性小鼠肥胖的现象。	本研究首次揭示了早期生活压力通过矿物皮质激素受体影响脂肪细胞功能，加剧肥胖的具体机制。	研究主要集中在雌性小鼠上，未来研究可以扩展到雄性小鼠或其他动物模型，以验证结果的普遍性。	旨在理解母体分离和早期断奶对脂肪组织基本稳态功能的具体影响，并探究这种影响是否通过矿物皮质激素受体介导。	研究对象包括雌性小鼠的卵巢白色脂肪组织，以及分离的前脂肪细胞和成熟脂肪细胞。	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	转录组学数据，脂质组学数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
794	2024-08-07	Schwann cell precursors represent a neural crest-like state with biased multipotency 2022-09-01, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021108780 PMID:35815410	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了施万细胞前体（SCPs）与神经嵴细胞的转录特征，揭示了SCPs在神经嵴谱系中的多能性及其在不同解剖位置的分化倾向。	首次通过单细胞转录组学技术展示了SCPs与神经嵴细胞的相似转录特征，并利用CRISPR-Cas9技术验证了关键基因Sox8在SCPs分化中的作用。	NA	探讨施万细胞前体在神经嵴谱系中的多能性及其分化机制。	施万细胞前体（SCPs）及其在神经嵴谱系中的分化。	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR-Cas9	NA	基因表达数据	NA
795	2024-08-07	Advancing root developmental research through single-cell technologies 2022-02, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2021.102113 PMID:34562694	研究论文	本文探讨了通过单细胞技术推进根发育研究的可能性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学提高分辨率和特异性，加速根发育调控因子的发现	目前仅触及单细胞RNA测序潜力的表面，仍存在技术挑战	通过单细胞技术深入研究根发育的分子机制	主要研究对象是拟南芥的根分生组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
796	2024-08-07	Progesterone Receptor Membrane Component-1 May Promote Survival of Human Brain Microvascular Endothelial Cells in Alzheimer's Disease 2022 Jan-Dec, American journal of Alzheimer's disease and other dementias DOI:10.1177/15333175221109749 PMID:35730360	研究论文	本研究探讨了孕酮受体膜成分-1（PGRMC1）在阿尔茨海默病（AD）中对脑血管内皮细胞功能的调节作用	首次揭示了PGRMC1在AD中对脑血管内皮细胞功能的影响，为AD治疗提供了新的治疗靶点	NA	探索PGRMC1在调节血管内皮功能中的作用，为AD提供新的治疗选项	人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	细胞	使用了人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）进行实验
797	2024-08-07	Combined protein and transcript single-cell RNA sequencing in human peripheral blood mononuclear cells 2022-09-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01382-4 PMID:36045343	研究论文	本文开发了一种结合蛋白质和转录组单细胞RNA测序（scRNA-seq）的方法，用于分析人外周血单个核细胞（PBMCs）。	该研究首次实现了在PBMCs中同时进行蛋白质和转录组的单细胞RNA测序，这种方法比传统的流式细胞术、质谱细胞术或仅转录组的scRNA-seq具有更高的分辨率。	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高临床研究中PBMCs分析的分辨率和应用范围。	人外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat UMAPs 和 Louvain 聚类	细胞	31名参与者，共测序41,611个细胞
798	2024-08-07	Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04541-3 PMID:35355018	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞分析技术，揭示了人类远端气道的细胞类型和分子特征，包括首次描述的LGR5成纤维细胞和TRB特异性AT0细胞及TRB分泌细胞	首次全面描绘了人类远端气道的细胞图谱，并发现了一种双潜能的AT0细胞状态，这种细胞在肺再生和疾病中起关键作用	研究主要基于非人类灵长类模型和人类器官培养，可能与实际人体肺部情况存在差异	旨在理解人类远端气道的细胞组成和分子身份，以及这些信息在健康和疾病中的应用	人类远端气道，包括终末和呼吸性细支气管（TRBs）的细胞类型和分子特征	数字病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学，单细胞分析	NA	细胞数据	包括非人类灵长类模型、人类器官培养和组织样本
799	2024-08-07	Antimicrobial production by perifollicular dermal preadipocytes is essential to the pathophysiology of acne 2022-02-16, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abh1478 PMID:35171653	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨了皮肤成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	首次揭示了成纤维细胞向脂肪细胞分化过程中产生的抗菌肽cathelicidin在非感染性皮肤病痤疮中的作用	研究主要基于小鼠模型和痤疮患者样本，可能存在种属差异	探究成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	人痤疮病灶和受挑战的小鼠皮肤	NA	痤疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	人痤疮病灶和小鼠皮肤样本
800	2024-08-07	Transcriptome Comparison of Brain and Kidney Endothelial Cells in Homeostasis 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/5239255 PMID:35132377	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了脑和肾内皮细胞的基因表达谱和生物学特征	首次揭示了脑和肾内皮细胞在稳态下的相似性和差异，并识别出七个内皮细胞亚群，其中两个与中风和/或抑郁相关的通路基因上调	NA	旨在深入理解肾病与神经炎症（如中风和抑郁）之间的关系	脑和肾内皮细胞	数字病理学	中风，抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个脑和肾内皮细胞样本