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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Identifies Dynamic Cardiac Transition Program from ADCs Induced by Leukemia Inhibitory Factor
2022-10-21, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxac048
PMID:35896368
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示白血病抑制因子诱导的脂肪来源细胞向心脏细胞转变的动态过程 | 首次在单细胞分辨率下解析ADC向心脏细胞转变的异质性和细胞动力学,发现Nrf2信号通路的瞬时变化是心肌生成起始的关键 | 研究主要关注LIF诱导的转变过程,其他因子可能的影响尚未探索 | 探究脂肪来源细胞向心脏细胞转变的机制和细胞异质性 | 脂肪来源细胞(ADCs)及其向心脏细胞的转变过程 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 39,432个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
New insights into tuft cell formation: Implications for structure-function relationships
2022-06, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2022.102082
PMID:35468541
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综述 | 总结簇细胞形成与功能的最新研究进展,重点关注不同疾病状态和器官系统中的发育机制 | 利用单细胞转录组学和计算生物学方法揭示簇细胞形成与成熟的遗传和环境调控机制 | NA | 探讨簇细胞的发育过程及其在不同器官系统中的功能作用 | 簇细胞(哨兵化学感应细胞) | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.979745
PMID:36247423
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术发现SOX13是一种新型流动敏感转录因子,能够抑制内皮细胞中炎症趋化因子的表达 | 首次鉴定SOX13为流动敏感转录因子,并揭示其在稳定血流条件下抑制内皮细胞炎症反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养的人主动脉内皮细胞,需要在更复杂的体内环境中进一步验证 | 探索血流动力学调节内皮细胞炎症反应的分子机制,寻找新的动脉粥样硬化治疗靶点 | 小鼠颈动脉模型和培养的人主动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, RNA干扰, RNA测序, qPCR, ELISA | 小鼠部分颈动脉结扎模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics
2022-07-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02729-4
PMID:35879727
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研究论文 | 开发用于分析二维高通量数据的Zeta统计量和ZetaSuite软件包 | 提出新的Zeta统计量,专门用于分析二维高通量数据,并开发配套软件工具 | NA | 解决功能基因组学中二维高通量数据分析的挑战 | 二维RNAi筛选数据、癌症依赖性筛选数据、单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNAi筛选、单细胞转录组学 | 统计模型 | 高通量功能数据、单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning
2022-01-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02581-y
PMID:35101061
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研究论文 | 开发了一种名为tricycle的R/Bioconductor软件包,通过迁移学习实现细胞周期位置的通用预测 | 利用细胞周期生物学特性、周期性函数主成分分析的数学特性和迁移学习,克服了数据集依赖嵌入的学习限制 | NA | 从单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置 | 细胞周期 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习,主成分分析 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac563
PMID:35980155
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研究论文 | 提出一种整合多个单细胞参考集和先验生物知识的稳健反卷积算法InteRD,用于从批量RNA测序数据推断细胞类型比例 | 开发了带惩罚回归和新评估标准的反卷积算法,能有效整合多个单细胞数据集并利用先验生物信息进行校准 | 算法性能仍依赖于外部数据源的质量和先验信息的准确性 | 开发更准确和稳健的细胞类型反卷积方法 | 批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets
2022-01, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 开发了一个增强的单细胞RNA测序分析工作流程,用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点 | 整合了自动化细胞标记、伪时序排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的用户友好型工作流程,并开发了交互式网络应用PlaqView | 基于已发表的单细胞数据集进行二次分析,需要进一步实验验证 | 开发单细胞RNA测序分析工作流程以研究动脉粥样硬化斑块微环境和发现潜在治疗方法 | 人类冠状动脉单细胞数据集中的细胞类型,特别是平滑肌细胞来源的成纤维样细胞 | 单细胞分析 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析,配体-受体相互作用分析 | 单细胞RNA测序数据 | 基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain
2022-09-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004
PMID:36179668
|
研究论文 | 本研究揭示了产前人类大脑中内皮细胞和周细胞协同促进血管生成的新机制 | 首次在人类产前大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型组成的功能性集合体,并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中动蛋白等信号机制促进血管成熟 | 研究主要聚焦于妊娠中期的发育阶段,缺乏对其他发育时期的比较分析 | 探索产前人类大脑血管细胞成熟阶段的分子机制和细胞相互作用 | 产前人类大脑血管系统中的内皮细胞和周细胞 | 单细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选, 单细胞转录组学, 组织学分析, 超微结构分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 妊娠中期人类大脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth
2022-11-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200909
PMID:36239312
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示肺内皮细胞异质性,发现CXCL12信号对远端血管发育的关键作用 | 首次利用Cxcl12转基因小鼠报告系统结合单细胞测序技术解析肺动脉内皮细胞的功能异质性 | 研究局限于小鼠胚胎发育模型,尚未在人类样本中验证 | 探索肺血管系统在胚胎发育过程中的形态发生和生长机制 | 小鼠肺内皮细胞,特别是Cxcl12-DsRed+动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 儿科肺疾病 | 单细胞RNA测序,转基因报告系统,基因本体分析,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 转基因小鼠肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing
2022-Aug, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-022-03406-9
PMID:35759181
|
综述 | 本文综述了红细胞谱系发育过程中特殊细胞周期的作用,重点关注CFU-e向红细胞终末分化的转变机制 | 揭示了CFU-e/ETD转变是一个快速的S期依赖性转录开关,并发现细胞周期速度和S期缩短在细胞命运决定中的新发育作用 | NA | 探讨红细胞谱系发育过程中细胞周期调控的机制 | 红细胞祖细胞(CFU-e)和红细胞终末分化(ETD)过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses
2022-Dec-05, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01064-3
PMID:36464714
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研究论文 | 比较半自动与手动封闭系统对人类姐妹卵母细胞玻璃化冷冻的效果,包括存活率和转录组分析 | 首次使用单细胞RNA-seq技术评估卵母细胞玻璃化冷冻的转录组后果,并比较新型半自动化系统与传统手动方法的差异 | 研究样本量有限,且不同研究间未观察到一致的转录组特征 | 评估半自动化卵母细胞玻璃化冷冻系统的效率及其对卵母细胞转录组的影响 | 人类姐妹卵母细胞 | 生殖医学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 玻璃化冷冻技术 | NA | 基因表达数据, 形态测量数据 | 人类姐妹卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2022-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039
PMID:35430299
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和不良反应的免疫轨迹机制 | 首次在肝细胞癌中识别出与抗PD-1治疗应答和不良反应相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞,并提出了抗PD-1与抗TNFR2联合治疗新策略 | 样本量相对有限(新加坡队列32例,韩国队列29例),需要在更大规模研究中验证 | 解析肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和免疫相关不良反应的免疫机制 | 肝细胞癌患者和小鼠肝细胞癌模型 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 流式细胞术验证, 批量RNA测序 | 小鼠肝细胞癌模型 | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 批量RNA测序数据 | 新加坡队列32例患者60份外周血样本,韩国队列29例患者,20份治疗前后肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术分析黑色素瘤患者外周血样本,发现与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 首次发现循环中活化的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个治疗前因素与严重免疫相关不良事件的发生相关 | 样本量相对有限(共3个队列,n=27、26和18),需要更大规模研究验证 | 探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 接受抗PD-1单药或抗PD-1联合抗CTLA-4治疗的黑色素瘤患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 飞行时间质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序 | NA | 单细胞测序数据,质谱流式数据,RNA测序数据 | 93份治疗前和早期治疗血液样本,3个患者队列(n=27、26和18) | NA | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Generation of human islet cell type-specific identity genesets
2022-04-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29588-8
PMID:35440614
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学元分析构建人类胰岛细胞类型特异性基因集 | 开发了比现有基因集更能准确定义胰岛细胞身份的新型基因集,并展示了其在追踪细胞身份变化和揭示遗传机制方面的有效性 | NA | 开发可靠工具评估胰岛细胞身份,为基于细胞的糖尿病治疗提供支持 | 人类α细胞、β细胞、γ细胞和δ细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298
PMID:35127252
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研究论文 | 本研究揭示MUC1-C蛋白通过整合II型干扰素通路和染色质重塑机制促进前列腺癌免疫抑制 | 首次发现MUC1-C通过调控ARID1A/BAF和NuRD复合物协调II型干扰素通路与染色质重塑的机制关联 | 研究主要基于细胞模型和生物信息学分析,缺乏体内实验验证 | 阐明MUC1-C在前列腺癌免疫抑制中的分子机制 | 去势抵抗性前列腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment
2022-12-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019
PMID:36516855
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的变化 | 首次在单细胞水平揭示脑脊液免疫系统随年龄和认知状态的变化,发现单核细胞脂质转运基因表达模式改变及CXCL16-CXCR6信号通路在认知障碍中的作用 | 样本量相对有限(共59名受试者),未涵盖更广泛年龄范围或不同神经退行性疾病类型 | 探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的调控机制 | 45名54-82岁认知正常受试者和14名认知障碍受试者的脑脊液样本 | 单细胞基因组学 | 认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 59名受试者(45名认知正常,14名认知障碍) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states
2022-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01180-9
PMID:36303069
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研究论文 | 本研究通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学系统解析了人类iPSC来源星形胶质细胞炎症反应状态的调控机制 | 首次建立人iPSC来源星形胶质细胞的CRISPRi筛选平台,发现STAT3调控两种不同炎症反应状态的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型,体内验证数据相对有限 | 系统研究炎症性星形胶质细胞反应状态的分子调控机制 | 人诱导多能干细胞分化的星形胶质细胞 | 单细胞生物学 | 神经退行性疾病 | CRISPR干扰筛选,单细胞RNA测序 | CRISPRi | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01091-3
PMID:34764492
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞和批量测序数据识别表型相关细胞亚群的方法Scissor | 首次提出通过整合表型相关的批量表达数据和单细胞数据来识别与特定表型相关的细胞亚群 | NA | 开发识别与表型相关的细胞亚群的计算方法 | 单细胞RNA测序数据和批量表达数据 | 生物信息学 | 肺癌,黑色素瘤,面肩肱型肌营养不良症,阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Aging compromises human islet beta cell function and identity by decreasing transcription factor activity and inducing ER stress
2022-Oct-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo3932
PMID:36197983
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了衰老导致人类胰岛β细胞功能衰退和身份特征改变的分子机制 | 首次系统揭示衰老过程中β细胞转录因子网络重组、内质网应激激活与细胞功能衰退的关联机制 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证因果关系 | 探究衰老对人类胰岛β细胞功能和分子特征的影响 | 非糖尿病供体的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 转录因子调控网络分析, 高分辨率共聚焦显微镜, 胰岛素分泌检测 | NA | 单细胞转录组数据, 显微镜图像, 生理功能数据 | 覆盖人类大部分生命周期的非糖尿病供体样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19
2022-04-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157255
PMID:35175937
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研究论文 | 开发了TrendCatcher R软件包用于识别和可视化时间序列转录组数据中的动态基因表达模式和生物过程 | 开发了新的开源工具TrendCatcher,能够识别动态差异表达基因的不同时间模式并可视化生物学通路的时间进程 | NA | 开发时间序列转录组数据分析工具并应用于COVID-19研究 | COVID-19患者外周血转录组数据 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 平滑样条ANOVA模型, 断点搜索策略 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |