单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2024-08-07	LRcell: detecting the source of differential expression at the sub-cell-type level from bulk RNA-seq data 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac063 PMID:35272348	研究论文	本文介绍了一种名为LRcell的计算方法，用于从批量RNA-seq数据中识别导致差异表达的具体（亚）细胞类型	LRcell方法通过预嵌入的标记基因和模拟研究，有效识别了与精神疾病相关的已知细胞类型	LRcell主要依赖于批量RNA-seq数据，未涉及单细胞RNA测序技术	旨在解决批量RNA-seq分析中未解决的问题，即识别差异表达发生的具体（亚）细胞类型	批量RNA-seq数据中的（亚）细胞类型	生物信息学	精神疾病	RNA-seq	计算方法	RNA-seq数据	使用了三个不同的真实数据集
762	2024-08-07	Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen 2022-Sep, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35996834	研究论文	本文建立了COVID-19患者的大规模纵向多组学数据集，并提供了数据概况和生物样本信息	本研究收集了300名COVID-19患者和120名健康对照的全面生物样本和纵向多组学数据，包括全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序等	NA	旨在帮助管理当前和未来的病毒介导的流行病，并促进对COVID-19感染中涉及的生物相互作用的理解	COVID-19患者的生物样本和多组学数据	数字病理学	COVID-19	全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序、批量TCR/BCR测序、细胞因子 profiling	NA	生物样本和多组学数据	300名COVID-19患者和120名健康对照
763	2024-08-07	Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities 2022-Mar, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35168703	综述	本文综述了空间分辨转录组学技术的最新进展，探讨了其在生物医学研究中的应用和潜力	介绍了能够保留空间信息的创新转录组平台，以及结合其他数据模式的集成计算方法	现有的空间分辨转录组技术仍无法完全揭示组织中的空间转录组全景，需要平衡实验通量和空间分辨率	探讨空间分辨转录组技术在生物医学研究中的应用和潜力	空间分辨转录组技术及其在生物学领域的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
764	2024-08-07	Human Retinal Organoids Provide a Suitable Tool for Toxicological Investigations: A Comprehensive Validation Using Drugs and Compounds Affecting the Retina 2022-03-17, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szab010 PMID:35298655	研究论文	本研究使用源自人类多能干细胞（hPSCs）的视网膜类器官进行药物和化合物毒性筛选，验证其作为毒理学研究工具的适用性	首次提供了视网膜类器官在毒理学研究中适用性的强有力实验证据	NA	验证视网膜类器官作为毒理学研究工具的适用性	视网膜类器官对多种药物和化合物的反应	NA	NA	单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）	NA	细胞	两个hPSC细胞系分化成的视网膜类器官
765	2024-08-07	Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.848693 PMID:35372115	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化	揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化，并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调	未提及	旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用	体外感染布氏锥虫的宿主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
766	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics of high-grade serous ovarian carcinoma 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103923 PMID:35252817	研究论文	本研究首次全面采用空间转录组学方法分析高级别浆液性卵巢癌，通过分析治疗前肿瘤组织样本，揭示了化疗反应者之间的肿瘤组成差异	首次采用空间转录组学方法全面分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了细胞集群组织和定位对化疗反应的影响	研究样本量较小，仅包括少数经过详细注释的高级别浆液性卵巢癌患者	深入分析高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织，探讨细胞集群的空间交互作用对化疗反应的影响	高级别浆液性卵巢癌患者，特别是化疗反应不同的患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	NA	组织样本	小样本量，具体数量未明确
767	2024-08-07	Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands 2022-Jul-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147884 PMID:35887230	研究论文	研究了从小鼠新生到成年阶段睑板腺的脂质组和转录组变化	揭示了睑板腺发育和成熟过程中基因表达模式和脂质谱的动态变化	NA	阐明睑板腺发育和成熟过程中的生理变化	睑板腺的脂质组和转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从小鼠新生到成年的睑板腺样本
768	2024-08-07	[Investigation on the growth factor regulatory network of dermal fibroblasts in mouse full-thickness skin defect wounds based on single-cell RNA sequencing] 2022-Jul-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20220215-00029 PMID:35899330	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠全层皮肤缺损伤口中成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠全层皮肤缺损伤口中成纤维细胞的异质性和生长因子调控网络	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索小鼠全层皮肤缺损伤口中成纤维细胞的异质性和生长因子调控网络	小鼠全层皮肤缺损伤口中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	10只8周龄雄性C57BL/6小鼠
769	2024-08-07	Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1086276 PMID:36686449	综述	本文综述了睾丸间质细胞（Leydig细胞）在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义	利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术，揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异	NA	总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解，强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞（祖细胞/干细胞）起源及其功能意义	Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能	NA	NA	细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
770	2024-08-07	Profibrotic properties of C1q+ interstitial macrophages in silica-induced pulmonary fibrosis in mice 2022-04-09, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.037 PMID:35180470	研究论文	研究探讨了C1q+间质巨噬细胞在硅尘诱导的小鼠肺纤维化中的促纤维化特性	首次揭示了间质巨噬细胞在肺纤维化中的具体作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗策略	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗策略	硅尘诱导的小鼠肺纤维化模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
771	2024-08-07	CEBPβ regulation of endogenous IGF-1 in adult sensory neurons can be mobilized to overcome diabetes-induced deficits in bioenergetics and axonal outgrowth 2022-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04201-9 PMID:35298717	研究论文	本研究探讨了CEBPβ调控内源性IGF-1在成年感觉神经元中的作用，以及如何通过上调IGF-1来克服糖尿病引起的生物能量和轴突生长的缺陷	首次详细描述了CEBPβ在糖尿病模型中对内源性IGF-1表达的调控作用，并证明了CEBPβ过表达可以促进神经突生长和线粒体呼吸	研究主要基于体外细胞培养系统和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究内源性IGF-1在感觉神经元中的表达及其在糖尿病神经病变中的作用	感觉神经元、卫星胶质细胞（SGCs）和背根神经节（DRG）	神经科学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、原位杂交	NA	RNA	包括STZ诱导的1型糖尿病大鼠、Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠、高脂/高糖饮食的小鼠和db/db 2型糖尿病小鼠
772	2024-08-07	In vivo development and single-cell transcriptome profiling of human brain organoids 2022-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13201 PMID:35141969	研究论文	本文通过将小型未成熟的人脑类器官注射到成年SCID小鼠的纹状体中，创新性地在体内开发了人脑类器官，并对其进行了单细胞转录组分析	本文创新性地在体内开发了人脑类器官，并发现这些类器官具有更多的支持细胞，如周细胞样细胞和脉络丛细胞，以及较低的细胞应激和凋亡水平	文中提到，由于移植手术引起的损伤等技术问题仍然限制了人脑类器官的应用	提供一种新方法来生成人脑类器官，以应用于疾病模型和治疗	人脑类器官及其在神经系统疾病中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	6131个GFP标记的人类细胞
773	2024-08-07	Cellular architecture of human brain metastases 2022-02-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.043 PMID:35063085	研究论文	本文通过单细胞转录组学、质谱流式细胞术以及结合小鼠模型和计算机模拟方法，对15个人类脑转移瘤中的超过10万个恶性与非恶性细胞进行了综合分析	揭示了脑转移瘤微环境的组成，分子层面定义了血瘤界面，并发现了富含浸润性T细胞和巨噬细胞的基质免疫抑制状态	NA	旨在深入理解人类脑转移瘤的生物学基础及其与肿瘤细胞内在特性和宿主环境的关系	人类脑转移瘤中的恶性与非恶性细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学，质谱流式细胞术	NA	细胞	超过10万个细胞来自15个人类脑转移瘤
774	2024-08-07	Comparative analysis of antibody- and lipid-based multiplexing methods for single-cell RNA-seq 2022-02-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02628-8 PMID:35172874	研究论文	本文比较了基于抗体和脂质的多种复用方法在单细胞RNA测序中的应用效果	首次全面比较了不同复用策略在单细胞和单核RNA测序中的性能，并评估了其在临床样本中的应用潜力	研究主要集中在特定的细胞系和组织类型，可能需要进一步验证在更广泛的样本类型中的适用性	评估和比较不同复用技术在单细胞RNA测序中的效率和适用性	四种细胞系、人外周血单个核细胞（PBMCs）和初级小鼠组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括健康和SARS-CoV-2感染患者的PBMCs，以及多种小鼠组织
775	2024-08-07	Single-cell transcriptomics of LepR-positive skeletal cells reveals heterogeneous stress-dependent stem and progenitor pools 2022-02-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021108415 PMID:34957577	研究论文	本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，分析了LepR阳性骨骼细胞在稳态和应激条件下的异质性和谱系层次结构	发现了一个与血管紧密相关的Notch3骨髓亚群，以及促进骨软骨分化的关键转录网络，并识别出一个具有高克隆活性的Sca-1骨膜亚群	NA	揭示LepR阳性骨骼干细胞和前体细胞的维护和谱系特化的细胞和分子机制	LepR阳性骨骼细胞的异质性和谱系层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年长骨中的骨髓间质细胞和成骨谱系细胞
776	2024-08-07	Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches 2022-01-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018 PMID:35021063	研究论文	本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱，以揭示肝脏细胞的特性和定位	首次整合多组学数据，提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞，包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序	NA	揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境	健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	蛋白质组学, 转录组学	人类和小鼠的肝脏样本
777	2024-08-07	Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis 2022-01-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72579 PMID:35014606	研究论文	本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用	首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制	NA	探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响	KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）和单细胞ATAC测序（scATACseq）	NA	基因表达数据	使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究
778	2024-08-07	HB-EGF Plays a Pivotal Role in Mucosal Hyperplasia During Otitis Media Induced by a Viral Analog 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.823714 PMID:35281434	研究论文	研究HB-EGF在模拟病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生中的作用	使用单细胞RNA测序识别表达HB-EGF及相关基因的中耳细胞，并通过特定抑制剂阻断HB-EGF效应	NA	探讨病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生的机制及HB-EGF的作用	中耳黏膜细胞及其在病毒感染下的增生反应	NA	中耳炎	单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫染色	NA	RNA	NA
779	2024-08-07	Characterization of the microenvironment of diabetic foot ulcers and potential drug identification based on scRNA-seq 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.997880 PMID:36686438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡（DFUs）的微环境，并通过机器学习算法和免疫荧光技术识别潜在的治疗药物。	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法详细分析了DFUs的微环境，并识别了新的潜在药物靶点。	研究主要基于已有的数据库数据，未涉及大规模的临床试验验证。	揭示糖尿病足溃疡的微环境特征并识别潜在的治疗药物。	糖尿病足溃疡的微环境和潜在药物靶点。	数字病理学	糖尿病	scRNA-seq	逻辑回归机器学习算法	单细胞RNA测序数据	涉及两个数据集GSE165816和GSE199939，具体样本数量未详细说明。
780	2024-08-07	Dysregulated Cell-Cell Communication Characterizes Pulmonary Fibrosis 2022-10-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11203319 PMID:36291184	研究论文	本研究使用NicheNet R包和公开的单细胞RNA测序数据，探讨了基因变异如何影响肺纤维化的发生，并分析了肺泡上皮细胞在不同环境中的变化	本研究首次验证了肺泡上皮细胞类型I的丢失与肺纤维化中单细胞RNA转录组的关系，并发现了ADAM17蛋白在肺纤维化中的潜在作用	NA	探讨基因变异如何影响肺纤维化的发生	肺泡上皮细胞在不同环境中的变化	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	控制组、基因变异组和纤维化环境中的样本