单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2024-08-07	Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development 2022-01-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28067-4 PMID:35075189	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据，揭示了驱动咽器官发育的调控程序。	本文首次应用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，生成涵盖咽内胚层模式化至发育中胚胎器官特异性上皮出现的多组学发育资源。	NA	旨在填补对咽内胚层发育分子基础和基因调控网络的全面和整合性理解的空白。	咽内胚层的发育及其在人类发育综合征中的作用。	基因组学	发育障碍	单细胞测序	NA	转录组数据，染色质可及性数据	涉及发育中的小鼠胚胎样本
742	2024-08-07	Dynamics and Pathways of Chromosome Structural Organizations during Cell Transdifferentiation 2022-Jan-24, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.1c00416 PMID:35098228	研究论文	研究细胞转分化过程中染色体结构组织的动态变化和路径	开发了一种非平衡景观切换模型，用于研究人成纤维细胞和神经元细胞之间状态转换过程中染色体结构的动态变化	NA	揭示细胞转分化的分子机制	人成纤维细胞和神经元细胞的染色体结构	NA	NA	非平衡景观切换模型	NA	染色体结构数据	NA
743	2024-08-07	Expression of the transcription factor PU.1 induces the generation of microglia-like cells in human cortical organoids 2022-01-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28043-y PMID:35058453	研究论文	本文开发了一种在人皮质类器官（hCOs）中生成功能性小胶质细胞的方法，并研究了小胶质细胞在由淀粉样β（Aβ）诱导的炎症中的作用。	通过过表达髓系特异性转录因子PU.1，在hCOs中生成小胶质细胞样细胞，并将其移植到小鼠大脑中，利用单细胞转录组学分析其功能。	NA	研究小胶质细胞在神经发育和神经退行性疾病中的作用。	人皮质类器官（hCOs）中的小胶质细胞。	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
744	2024-08-07	Developmental single-cell transcriptomics of hypothalamic POMC neurons reveal the genetic trajectories of multiple neuropeptidergic phenotypes 2022-01-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72883 PMID:35044906	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）技术，探讨了下丘脑弓状核中的POMC神经元在发育过程中的转录组和翻译组特征	本研究首次揭示了POMC神经元在发育过程中多样化的遗传轨迹，以及这些神经元在成熟过程中形成的多种神经肽能表型	NA	探究下丘脑POMC神经元的发育转录程序，以及这些程序如何指定神经元的身份和功能	下丘脑弓状核中的POMC神经元	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）	NA	转录组数据	多个发育阶段的下丘脑POMC神经元
745	2024-08-07	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了25种深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用，并探讨了它们在单细胞RNA测序处理流程中特定步骤的适用性	本文建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	旨在为读者提供选择适合其特定目标的算法，并启发深度学习在多组学和空间单细胞测序中的创新应用	深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
746	2024-08-07	SIGNET: single-cell RNA-seq-based gene regulatory network prediction using multiple-layer perceptron bagging 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab547 PMID:34962260	研究论文	本文介绍了SIGNET框架，利用深度学习方法从单细胞RNA测序数据中预测基因调控网络	SIGNET框架能够捕捉复杂的非线性或非单调的基因调控关系，并在多种真实和模拟的单细胞RNA测序数据集中显示出更高的敏感性	NA	旨在从单细胞RNA测序数据中推断复杂的基因调控关系	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	多层感知器	RNA测序数据	多种真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
747	2024-08-07	A deep generative model for multi-view profiling of single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2022-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02595-6 PMID:35022082	研究论文	本文介绍了一种多模态深度生成模型scMVP，用于处理同时测量基因表达和染色质可及性的单细胞测序数据	scMVP能够生成共同的潜在表示进行降维、细胞聚类和发展轨迹推断，并生成单独的插补用于差异分析和顺式调控元件识别	NA	开发一种新的深度生成模型，用于处理多视角的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	机器学习	NA	深度生成模型	深度生成模型	测序数据	多个真实数据集
748	2024-08-07	Phiclust: a clusterability measure for single-cell transcriptomics reveals phenotypic subpopulations 2022-01-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02590-x PMID:35012604	研究论文	本文介绍了一种名为phiclust（ϕ）的聚类性度量方法，该方法基于随机矩阵理论，用于识别具有非随机子结构的细胞聚类，有助于发现先前被忽视的表型亚群。	提出了基于随机矩阵理论的phiclust（ϕ）聚类性度量方法，用于识别具有非随机子结构的细胞聚类。	NA	旨在通过无监督聚类方法发现新的细胞表型。	单细胞转录组数据中的细胞聚类。	生物信息学	NA	随机矩阵理论	NA	转录组数据	NA
749	2024-08-07	Lifelong single-cell profiling of cranial neural crest diversification in zebrafish 2022-01-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27594-w PMID:35013168	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性 profiles，研究了斑马鱼一生中颅神经嵴细胞的分化过程	发现了神经嵴细胞逐步和区域特异性建立增强子可及性，支持了多样性潜能的逐步和区域特异性染色质重塑	NA	探究神经嵴细胞如何获得如此非凡的谱系潜能	斑马鱼颅神经嵴细胞的分化和多样性	NA	NA	单细胞转录组和染色质可及性分析	NA	单细胞转录组和染色质可及性 profiles	NA
750	2024-08-07	Single cell transcriptomic landscape of diabetic foot ulcers 2022-01-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27801-8 PMID:35013299	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了糖尿病足溃疡患者的足部、前臂和外周血单个核细胞的转录组图谱	发现了在糖尿病足溃疡患者中，表达MMP1、MMP3、MMP11、HIF1A、CHI3L1和TNFAIP6的独特纤维母细胞群以及M1巨噬细胞的富集，这些细胞在伤口愈合中起关键作用	NA	深入了解糖尿病足溃疡的伤口愈合微环境，并识别可能促进伤口愈合的关键细胞类型	糖尿病足溃疡患者的足部、前臂和外周血单个核细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组	174,962个单细胞
751	2024-08-07	VThunter: a database for single-cell screening of virus target cells in the animal kingdom 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab894 PMID:34634807	研究论文	本研究构建了一个名为VThunter的数据库，用于单细胞水平上筛选动物界中病毒目标细胞的病毒受体表达特征	通过手动整理和分析最新的动物单细胞RNA测序数据，全面注释了107种病毒受体在142种病毒中的表达特征	NA	旨在为科研社区提供一个用户友好的界面，以便探索病毒受体的表达特征	病毒受体在不同动物组织中的表达	生物信息学	病毒感染疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	2,100,962个细胞来自47种动物物种
752	2024-08-07	Hepatocellular carcinoma patients with high circulating cytotoxic T cells and intra-tumoral immune signature benefit from pembrolizumab: results from a single-arm phase 2 trial 2022-01-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00995-8 PMID:34986867	研究论文	本文通过单臂II期试验，研究了肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后的肿瘤生物标志物变化，以及这些变化与治疗反应的关系	首次详细描述了肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后，循环和肿瘤内细胞毒性T细胞的变化及其与治疗效果的关系	研究样本量较小，且为单臂试验，缺乏对照组	探讨肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后的分子特征及其与治疗反应的关系	60名索拉非尼治疗失败的肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	全外显子测序、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	60名患者
753	2024-08-07	scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation 2022-01-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02593-8 PMID:34991671	研究论文	本文开发了scDALI计算框架，结合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，以表征细胞状态特异性的遗传效应	scDALI框架能够整合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，从而捕捉细胞类型和状态间的遗传变异功能影响多样性	NA	研究遗传变异在不同细胞类型和状态中的功能影响	果蝇胚胎发育中的scATAC-seq数据和人类iPSCs分化中的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞测序	计算框架	测序数据	果蝇胚胎和人类iPSCs的单细胞测序数据
754	2024-08-07	Mammalian Digit Tip Regeneration: Moving from Phenomenon to Molecular Mechanism 2022-01-04, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a040857 PMID:34312249	综述	本文综述了哺乳动物指尖再生的当前知识状态，讨论了胚芽的来源和形成以及单细胞RNA测序带来的分子标记和细胞组成的最新见解	探讨了指尖再生的分子机制，并讨论了已知的分子途径在肢体发育中如何为指尖再生研究提供信息	NA	深入理解哺乳动物指尖再生的分子机制	指尖再生的胚芽结构及其分子标记和细胞组成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
755	2024-08-07	Sensei: how many samples to tell a change in cell type abundance? 2022-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04526-5 PMID:34983369	research paper	本文开发了一种名为Sensei的新方法，用于确定在单细胞研究中检测细胞类型丰度变化所需的样本数量和细胞数量	Sensei扩展了t检验并使用beta-二项分布模型来模拟细胞丰度，为确定样本大小提供了数学准确性和实用指南	NA	解决在受控研究中确定检测细胞类型丰度变化所需样本大小的统计挑战	细胞类型丰度变化	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, mass cytometry	beta-binomial distribution	single-cell data	超过20种细胞类型和30种癌症类型
756	2024-08-07	Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis 2022-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01006-2 PMID:34489600	研究论文	本文通过应用基于图像的单细胞转录组学方法seqFISH，结合空间上下文和多重转录测量，研究了小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程	本文首次将空间上下文与单细胞转录组数据整合，揭示了细胞类型在胚胎中的分布，并展示了通过seqFISH未测序基因的空间表达可以被推断	NA	研究小鼠胚胎发育的分子基础	小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程	数字病理学	NA	seqFISH	NA	图像	387个目标基因
757	2024-08-07	Dexamethasone modulates immature neutrophils and interferon programming in severe COVID-19 2022-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01576-3 PMID:34782790	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和血浆蛋白质组学技术，探讨了地塞米松在严重COVID-19中对未成熟中性粒细胞和干扰素编程的调节作用	发现COVID-19相关ARDS中存在由干扰素和前列腺素信号调节的特定中性粒细胞状态，地塞米松能改变这些中性粒细胞状态并重塑细胞间相互作用	研究主要集中在男性患者，可能影响结果的普遍性	揭示地塞米松在严重COVID-19中的作用机制，为开发针对性的免疫疗法提供依据	严重COVID-19患者中的中性粒细胞及其对地塞米松的反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，血浆蛋白质组学	NA	RNA序列，蛋白质	具体样本数量未在摘要中明确
758	2024-08-07	An immunodominant NP105-113-B*07:02 cytotoxic T cell response controls viral replication and is associated with less severe COVID-19 disease 2022-01, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-01084-z PMID:34853448	研究论文	研究了NP105-113-B*07:02特异性CD8 T细胞反应在SARS-CoV-2感染者中的主导作用及其与轻度COVID-19疾病的关系	展示了NP-B*07:02特异性T细胞在COVID-19疾病进展中的有益关联，并指出其在感染后6个月仍保持抗病毒效力	NA	探讨NP-B*07:02特异性T细胞反应与COVID-19疾病严重程度的关系，并为未来疫苗设计提供依据	NP-B*07:02特异性T细胞反应及其在SARS-CoV-2感染中的作用	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	T细胞受体使用、转录组特征和疾病严重程度数据	急性期77例，恢复期52例
759	2024-08-07	Long non-coding RNAs (lncRNAs) NEAT1 and MALAT1 are differentially expressed in severe COVID-19 patients: An integrated single-cell analysis 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0261242 PMID:35007307	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了长非编码RNA NEAT1和MALAT1在重症COVID-19患者中的差异表达情况	首次综合分析了来自重症和轻症COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，揭示了NEAT1和MALAT1在不同病情中的差异表达	研究仅限于特定的细胞类型和基因，可能需要更广泛的细胞和基因分析以全面理解其在COVID-19中的作用	揭示重症与轻症COVID-19患者之间的关键炎症差异因子	长非编码RNA NEAT1和MALAT1在COVID-19患者中的表达情况	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括来自重症和轻症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗细胞和外周血单个核细胞
760	2024-08-07	Optimization of Long-Term Human iPSC-Derived Spinal Motor Neuron Culture Using a Dendritic Polyglycerol Amine-Based Substrate 2022 Jan-Dec, ASN neuro IF:3.9Q2 DOI:10.1177/17590914211073381 PMID:35023784	研究论文	本文介绍了一种基于树枝状聚甘油胺（dPGA）基质的方法，用于延长人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）的长期培养	使用dPGA涂层培养皿，使得MNs更适合长期研究细胞活力、分子身份和自发网络电生理活动	目前hiPSC衍生的MN应用常受限于我们监测MN形态、存活和其他功能特性的能力	改善hiPSC衍生的MN的长期培养条件，以促进人类MN生物学和疾病的研究	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）	NA	脊髓性肌萎缩症，肌萎缩侧索硬化症	NA	NA	NA	NA