单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 681 - 700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2024-08-05 |
scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.981859
PMID:36238687
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研究论文 | 提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道，用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据 | 开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道，填补了当前的工具和管道之间的空白 | 没有明显提到的局限性 | 旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道 | 针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 使用公共数据集进行验证，未具体说明样本数量 |
| 682 | 2024-08-05 |
Comprehensive characterization of tumor immune landscape following oncolytic virotherapy by single-cell RNA sequencing
2022-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-03084-2
PMID:34716463
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序全面描述了肿瘤免疫微环境在肿瘤溶瘤病毒治疗后的变化 | 首次全面分析了溶瘤病毒治疗引起的癌症中免疫变化 | 缺乏对长期治疗效果和不同类型肿瘤的研究 | 探究溶瘤病毒治疗如何改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成 | 分析了使用HSV-2基础的溶瘤病毒处理的癌瘤中的免疫细胞组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 处理过和未处理的肿瘤样本 |
| 683 | 2024-08-05 |
Immunosuppressive TREM2(+) macrophages are associated with undesirable prognosis and responses to anti-PD-1 immunotherapy in non-small cell lung cancer
2022-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03173-w
PMID:35278107
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研究论文 | 这项研究探讨了TREM2阳性巨噬细胞在非小细胞肺癌中的免疫抑制作用及其与免疫治疗反应的关系 | 首次识别出TREM2阳性巨噬细胞亚型与免疫疗法反应相关，并揭示其在肿瘤进展中的作用 | 未在外周血中发现TREM2+ TAMs，可能限制了其作为通用生物标志物的适用性 | 研究TAM亚型与非小细胞肺癌免疫治疗反应之间的关系 | 涉及341个手术样本和40个接受免疫治疗的NSCLC患者的组织样本 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 341个手术样本和40个免疫治疗组织样本 |
| 684 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on B cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2022-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03143-2
PMID:35152302
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研究论文 | 研究分析了B细胞标记基因的表达谱，并基于这些基因构建了肺腺癌的预后标记。 | 提出了一种基于B细胞标记基因的新型预后标记，能够有效预测肺腺癌患者的生存率和免疫治疗反应。 | 研究可能存在样本来源的限制，尽管已在多个独立队列中进行验证。 | 探索B细胞标记基因在肺腺癌中的表达特征，并构建预后标记。 | 研究对象为1268名不同队列的肺腺癌患者。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 1268名肺腺癌患者 |
| 685 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling reveals intra-tumoral heterogeneity in human chordomas
2022-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03152-1
PMID:35084549
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研究论文 | 这项研究探讨了人类软骨瘤中的肿瘤异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了软骨瘤的转录组特征及其异质性 | 仅涉及6个软骨瘤样本，样本量较小 | 评估软骨瘤的肿瘤异质性并识别潜在的治疗靶点 | 六个软骨瘤样本和分析的33,737个细胞 | 数字病理 | 软骨瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 6个软骨瘤样本，分析了33,737个细胞 |
| 686 | 2024-08-05 |
MAIT cells accumulate in ovarian cancer-elicited ascites where they retain their capacity to respond to MR1 ligands and cytokine cues
2022-May, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-03118-9
PMID:34854949
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研究论文 | 本研究探讨了卵巢癌引起的腹水中MAIT细胞的特征及其免疫功能 | 揭示了MAIT细胞在卵巢癌腹水中的功能，及其在肿瘤进展中的作用 | 样本量相对较小，且仅展示了功能标志而未进行深入机制研究 | 研究MAIT细胞在卵巢癌中的积累及其免疫反应能力 | 主要研究了卵巢癌患者及小鼠模型中的MAIT细胞 | 免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本 | 23名卵巢癌患者的腹水样本 |
| 687 | 2024-08-05 |
Construction of TME and Identification of crosstalk between malignant cells and macrophages by SPP1 in hepatocellular carcinoma
2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02967-8
PMID:34028567
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了肝细胞癌中的肿瘤微环境及SPP1在恶性细胞与巨噬细胞之间的交互作用 | 提出了一种新的表观遗传免疫评分系统(EIRS)，并揭示SPP1作为HCC患者预后差的免疫相关预测因子 | 研究主要依赖于已有的数据库，可能限制了对内在机制的更深入理解 | 探讨肝细胞癌的免疫微环境及其对疾病进展的影响 | 以肝细胞癌(HCC)患者为研究对象，分析肿瘤微环境的特征及与巨噬细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 688 | 2024-08-05 |
CD74+ macrophages are associated with favorable prognosis and immune contexture in hepatocellular carcinoma
2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02962-z
PMID:34009409
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研究论文 | 本研究探讨了CD74+巨噬细胞在肝细胞癌中的作用及其与预后和免疫环境的关系 | 本研究首次展示了CD74在肝细胞癌肿瘤微环境中的重要作用，并揭示了其与CD8细胞毒性T淋巴细胞浸润之间的关联 | 研究主要依赖于来自单一医院和TCGA的数据，可能存在样本代表性问题 | 探讨CD74在肝细胞癌中的功能及其对肿瘤微环境的影响 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织样本和相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫组化, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本, 单细胞数据 | 来自中山医院的肝细胞癌组织样本和TCGA数据 |
| 689 | 2024-08-07 |
Chronic superphysiologic AMH promotes premature luteinization of antral follicles in human ovarian xenografts
2022-03-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi7315
PMID:35263130
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research paper | 研究探讨了超生理水平的抗穆勒氏管激素（AMH）对人类卵巢异种移植中卵泡黄素化的影响 | 首次通过共移植人卵巢皮质与表达AMH的血管内皮细胞，并进行单细胞RNA测序，揭示了超生理水平AMH对卵泡发育的影响 | 研究样本量较小，且仅限于免疫缺陷小鼠模型 | 探究AMH对卵泡发育的影响及其可能导致的排卵功能障碍 | 人卵巢皮质中的卵泡 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共观察了38个卵泡（19个对照组和19个AMH组） |
| 690 | 2024-08-07 |
Clonal hematopoiesis, myeloid disorders and BAX-mutated myelopoiesis in patients receiving venetoclax for CLL
2022-02-24, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021012775
PMID:34469514
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研究论文 | 研究长期使用BCL2抑制剂venetoclax治疗慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者中出现的骨髓异常和BAX突变情况 | 首次发现BAX突变在venetoclax治疗CLL患者中的骨髓细胞中独立出现，并与BCL2突变在同一患者中同时存在 | 研究样本量有限，且仅限于接受venetoclax治疗的CLL患者 | 探究长期使用venetoclax治疗CLL患者中骨髓细胞的临床和分子异常 | 接受venetoclax治疗的CLL患者及其骨髓细胞 | 血液学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因突变数据 | 89名患者，其中41名患者的骨髓样本进行了详细分析 |
| 691 | 2024-08-07 |
Single-cell genome-wide association reveals that a nonsynonymous variant in ERAP1 confers increased susceptibility to influenza virus
2022-Nov-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100207
PMID:36465279
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研究论文 | 本文开发了一种名为scHi-HOST的单细胞高通量人类易感性测试方法，用于快速识别影响抵抗力和易感性的遗传变异，并应用于流感A病毒的研究 | scHi-HOST方法结合单细胞RNA测序技术，能够在混合感染的细胞系中同时确定遗传身份，揭示与病毒负担相关的遗传变异，并识别表达数量性状位点 | NA | 研究流感A病毒的遗传易感性 | 流感A病毒及相关的遗传变异 | 基因组学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 涉及欧洲、非洲和亚洲起源的细胞系及人类志愿者 |
| 692 | 2024-08-07 |
Fetal vs adult megakaryopoiesis
2022-06-02, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009301
PMID:35108353
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研究论文 | 本文探讨了胎儿与成人巨核细胞生成的差异，并指出这些差异反映了发育过程中增殖、多倍体化和细胞质成熟之间的独特解耦 | 研究挑战了传统的巨核细胞起源范式，并利用单细胞RNA测序技术更好地描述了胚胎、胎儿和成人巨核细胞的特征 | NA | 研究胎儿与成人巨核细胞生成的差异及其分子机制 | 胎儿和成人巨核细胞及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 693 | 2024-08-07 |
Live, die, or regenerate? New insights from multi-omic analyses
2022-08-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.07.026
PMID:35981522
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了视网膜神经保护和视神经再生的新策略 | 通过多组学筛选和单细胞RNA测序技术，发现了轴突损伤信号转导和再生过程中的关键转录调控因子 | NA | 探索视网膜神经保护和视神经再生的分子机制 | 视网膜神经保护和视神经再生中的关键分子 | 数字病理学 | NA | 多组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 694 | 2024-08-07 |
Follicular Lymphoma Microenvironment Characteristics Associated with Tumor Cell Mutations and MHC Class II Expression
2022-09-06, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0075
PMID:35687817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了滤泡性淋巴瘤（FL）的肿瘤微环境，并探讨了肿瘤细胞突变与主要组织相容性复合体II类（MHC II）表达之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了FL的肿瘤和免疫细胞群体，并揭示了MHC II表达与T细胞表型特征的关联 | NA | 研究FL的肿瘤微环境特征及其与肿瘤细胞突变和MHC II表达的关系 | 滤泡性淋巴瘤的肿瘤微环境和免疫细胞群体 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 695 | 2024-08-07 |
The challenges and opportunities of scRNA-seq in COVID-19 research and clinical translation
2022-12-15, Virology journal
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12985-022-01923-x
PMID:36522785
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评论 | 本文讨论了单细胞RNA测序在COVID-19研究中的应用，以及其在加速基础研究和治疗开发方面的挑战和前景 | 单细胞RNA测序技术在COVID-19研究中提高了对疾病发病机制和免疫特性的理解 | 讨论了当前利用单细胞RNA测序技术的挑战和局限性 | 加速COVID-19和其他新兴传染病的基本研究和治疗开发 | COVID-19和其他新兴传染病 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 696 | 2024-08-07 |
Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis
2022-08-09, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201591
PMID:35944930
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研究论文 | 本文提出了一种名为RECODE的高维统计方法，用于解决单细胞RNA测序数据分析中的维度灾难问题 | RECODE方法不涉及维度降低，能够恢复所有基因的表达值，包括低表达基因，实现细胞命运转变的精确描绘和罕见细胞的识别 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中的维度灾难问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 众多单个细胞 |
| 697 | 2024-08-07 |
MAIT and Vδ2 unconventional T cells are supported by a diverse intestinal microbiome and correlate with favorable patient outcome after allogeneic HCT
2022-05-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abj2829
PMID:35613281
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研究论文 | 研究了异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2非传统T细胞数量增加及患者良好预后之间的关系 | 首次揭示了肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2细胞数量增加及患者预后改善之间的免疫学联系 | 研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证 | 探讨异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性对患者免疫细胞和预后的影响 | 异基因造血细胞移植后的患者及其肠道微生物和免疫细胞 | 免疫学 | 血液疾病 | 单细胞转录组学和流式细胞术 | NA | 细胞 | 174名接受异基因造血细胞移植的患者 |
| 698 | 2024-08-07 |
Targeting p21Cip1 highly expressing cells in adipose tissue alleviates insulin resistance in obesity
2022-01-04, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.11.002
PMID:34813734
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学方法，发现并验证了在肥胖状态下脂肪组织中高表达p21的细胞群体，通过清除这些细胞可以缓解胰岛素抵抗。 | 首次发现并验证了p21高表达细胞在肥胖相关胰岛素抵抗中的关键作用，并提出了通过清除这些细胞来治疗胰岛素抵抗的新策略。 | 研究主要在动物模型和小规模人体实验中进行，需要进一步的大规模临床试验验证。 | 探索并验证针对肥胖状态下脂肪组织中p21高表达细胞的治疗策略，以缓解胰岛素抵抗。 | 肥胖状态下脂肪组织中的p21高表达细胞及其在胰岛素抵抗中的作用。 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了p21-Cre小鼠模型和人体脂肪样本进行实验。 |
| 699 | 2024-08-07 |
Characterization of transcript enrichment and detection bias in single-nucleus RNA-seq for mapping of distinct human adipocyte lineages
2022-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.275509.121
PMID:35042723
|
研究论文 | 本研究比较了从人类白色和棕色脂肪细胞系中分离的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组景观与全细胞转录组，展示了单核RNA测序（snRNA-seq）在识别脂肪生成各阶段广泛细胞类型的能力 | 提出了针对snRNA-seq技术检测偏差的归一化策略，并展示了scRNA-seq和snRNA-seq数据集的成功整合 | snRNA-seq存在固有的转录本富集和检测偏差，可能不足以映射脂肪组织中的重要转录特征 | 探讨snRNA-seq在脂肪组织细胞多样性表征中的应用 | 人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞 |
| 700 | 2024-08-07 |
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning
2022-01-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02581-y
PMID:35101061
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研究论文 | 本文介绍了tricycle包，利用细胞周期生物学特征、周期函数主成分分析的数学性质和迁移学习，预测单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置 | 提出了一种新的方法tricycle，通过固定参考数据集的细胞周期嵌入，克服了数据集依赖嵌入的局限性 | NA | 开发一种通用方法，以高分辨率从单细胞RNA-seq数据中推断细胞周期位置 | 单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习 | RNA-seq数据 | 多个细胞类型、跨组织、物种和测序方法的数据集 |