单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2024-08-05	Interspecies Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals the Novel Trajectory of Osteoclast Differentiation and Therapeutic Targets 2022-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1002/jbm4.10631 PMID:35866155	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了破骨细胞分化的新轨迹及治疗靶点	首次建立了人类和小鼠破骨细胞发生的综合命运图谱，并识别了RAB38作为关键分子	样本数量和数据范围的限制可能影响结果的普遍适用性	探索破骨细胞分化的机制并识别骨疾病的治疗靶点	人类和小鼠的破骨细胞谱系细胞	数字病理学	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类和小鼠的破骨细胞样本，具体数量未知
662	2024-08-05	Mouse splenocyte enrichment strategies via negative selection for broadened single-cell transcriptomics 2022-06-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101402 PMID:35600930	研究论文	本研究提出了一种通过负选择策略富集小鼠脾细胞的协议	该方法通过免疫磁性负去ple增强了稀有免疫细胞群体，为单细胞转录组学提供了更广阔的细胞景观	文章中未提及研究的具体局限性	研究的目的是开发一种高效的脾细胞富集策略以提高下游分析的准确性	研究对象为小鼠脾脏的免疫细胞群体	数字病理学	NA	免疫磁性负去ple	NA	单细胞转录组数据	使用了小鼠的脾脏细胞样本
663	2024-08-05	Omega-3/Omega-6 Long-Chain Fatty Acid Imbalance in Phase I Retinopathy of Prematurity 2022-Mar-23, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu14071333 PMID:35405946	研究论文	本研究探讨了ω-3和ω-6长链多不饱和脂肪酸在早产儿童第I期视网膜病变中的作用	研究首次揭示了ω-3和ω-6长链脂肪酸在保护视网膜神经血管功能中的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理反应	探讨ω-3和ω-6长链脂肪酸对早产儿童第I期视网膜病变的影响	研究对象为糖尿病相关的早产小鼠模型	数字病理学	早产视网膜病变	单细胞转录组学	小鼠模型	生物学数据	NA
664	2024-08-05	Culture shock: microglial heterogeneity, activation, and disrupted single-cell microglial networks in vitro 2022-03-28, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00531-1 PMID:35346293	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在离体培养条件下的异质性和激活情况	揭示了培养的微胶质细胞在转录上表现出显著的异质性，并且在激活的表型与其正常状态之间转变的关键驱动因素	离体培养的微胶质细胞不能完全代表体内的微胶质细胞特性	研究离体培养的微胶质细胞是否能够再现体内微胶质细胞的特征	基于单细胞RNA测序比较从大脑新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	CAUSAL PREDICTIVE NETWORK MODELS	基因表达数据	比较了新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物的样本
665	2024-08-05	Lysosomal exocytosis of HSP70 stimulates monocytic BMP6 expression in Sjögren's syndrome 2022-03-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI152780 PMID:35113815	研究论文	本研究揭示了HSP70的溶酶体外排对干燥综合症中的BMP6表达的刺激作用	首次确认HSP70作为TLR4的内源性配体，揭示了LAMP3/HSP70/BMP6在干燥综合症中的作用机制	研究主要依赖于细胞实验和小鼠模型，缺乏大规模临床验证	探讨干燥综合症中BMP6的产生机制及其调控因子	主要研究SS患者的唾液腺以及与之相关的细胞机制	数字病理学	干燥综合症	RNA测序, 反转录PCR	NA	RNA	使用SS患者的唾液腺样本及小鼠实验
666	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals expression profiles of Trypanosoma brucei sexual stages 2022-03, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010346 PMID:35255094	研究论文	本研究揭示了植物瘤虫Trypanosoma brucei性阶段的表达谱。	使用单细胞RNA测序技术分析了感染了茧蝇的三种不同组织中的植物瘤虫，通过电子基因表达来识别组织特异性细胞类型	需要进一步实验以确定未知功能的蛋白质是否在配子形成和/或融合中起到作用	本研究旨在探索植物瘤虫的性生殖分子特征及其进化	研究对象为388个来自感染茧蝇的不同组织的单个植物瘤虫	生物信息学	非洲锥虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	388个植物瘤虫样本
667	2024-08-05	Senolysis induced by 25-hydroxycholesterol targets CRYAB in multiple cell types 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103848 PMID:35198901	研究论文	这篇文章探讨了25-羟基胆固醇诱导的衰老细胞自杀，并确定了CRYAB作为潜在的靶标	首次识别出CRYAB作为一个重要的衰老诱导基因，并发现25-羟基胆固醇是一个有效的衰老细胞自杀药物	尚未在临床试验中验证25-羟基胆固醇的疗效和安全性	探索靶向衰老细胞的药物，寻找能够消除衰老细胞的新方法	以小鼠和人类细胞为研究对象，探讨25-羟基胆固醇的作用	数字病理学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠和人类细胞群体
668	2024-08-05	Development of human alveolar epithelial cell models to study distal lung biology and disease 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103780 PMID:35169685	研究论文	本文开发了人类肺泡上皮细胞模型以研究远端肺生物学和疾病	本文创新性地使用去标识的肾移植人肺建立肺泡上皮细胞系，并展示了2D和3D培养对细胞特性的影响	研究中未具体提及样本的多样性和长期培育的潜在影响	研究肺泡上皮细胞模型以更好地模拟和研究远端肺的疾病	建立和分析人类肺泡上皮细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞培养	使用了去标识的人类肾移植肺样本
669	2024-08-05	Neurons burdened by DNA double-strand breaks incite microglia activation through antiviral-like signaling in neurodegeneration 2022-09-30, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo4662 PMID:36170369	研究论文	该文章研究了含有DNA双链断裂的神经元如何通过抗病毒信号激活小胶质细胞，从而影响与神经退行性变相关的神经炎症	首次揭示了含有双链断裂的神经元在疾病相关神经炎症机制中的新作用	研究的模型仅限于CK-p25小鼠，可能限制了结果的普适性	探索含有DNA双链断裂的神经元对神经炎症的影响	CK-p25小鼠模型中的含有DNA双链断裂的神经元	数字病理学	老年痴呆症	单核、整体和空间转录组技术	NA	转录组数据	CK-p25小鼠脑组织
670	2024-08-05	Single-cell analysis of immune cell transcriptome during HIV-1 infection and therapy 2022-09-29, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-022-00523-2 PMID:36175869	研究论文	本研究对HIV-1感染和治疗期间免疫细胞转录组进行了单细胞分析	通过单细胞转录组测序，我们识别了HIV-1感染后免疫细胞中关键的分子通路和基因，揭示了HIV-1感染和疗法中的潜在治疗靶点	研究主要集中在特定的免疫细胞类型，可能无法全面反映所有免疫细胞的动态变化	理解HIV-1感染及其治疗过程中免疫细胞功能的变化	慢性未治疗HIV-1个体、接受ART的HIV-1感染者以及HIV-1阴性个体的外周血免疫细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个HIV-1感染者和健康供体的免疫细胞样本
671	2024-08-05	Decoding the olfactory map through targeted transcriptomics links murine olfactory receptors to glomeruli 2022-09-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32267-3 PMID:36050313	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉系统中嗅觉受体与嗅球小球之间的映射关系	采用了序列切片结合目标捕获富集测序的方法，成功克服了低丰度嗅觉受体表达的问题	过去低丰度的嗅觉受体表达限制了高通量映射的可能性	理解嗅觉受体如何映射到嗅球小球，以进一步探索嗅觉机制	小鼠的嗅觉受体及其在嗅球小球中的分布	数字病理学	NA	目标捕获富集测序	NA	NA	映射了86%的嗅觉受体
672	2024-08-05	Spatial profiling of early primate gastrulation in utero 2022-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04953-1 PMID:35709828	研究论文	这篇文章展示了早期猕猴胚胎在体内的胚胎层化过程	首次使用空间转录组学概念揭示早期猕猴胚胎的发育过程	研究仅限于猕猴胚胎，可能无法完全推及人类发育	探讨早期胚胎发育中细胞多样性和轴向模式形成的分子机制	猕猴胚胎及其相关的干细胞模型	数字病理学	NA	空间转录组学	高斯过程回归模型	转录组数据	猕猴胚胎样本
673	2024-08-05	Transcriptional variability accelerates preleukemia by cell diversification and perturbation of protein synthesis 2022-08-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn4886 PMID:35921412	研究论文	转录变异通过细胞多样化和蛋白质合成干扰促进了前白血病的发展	探讨了转录变异在前白血病进展中的作用，揭示了其通过影响细胞命运转变促进癌症演变的机制	主要研究集中在小鼠细胞模型中，尚未在人体细胞中验证	研究转录变异如何促进前癌症向癌症的进展	小鼠细胞中的转录变异和前白血病的形成	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
674	2024-08-05	RNA-seq analysis of the human surfactant air-liquid interface culture reveals alveolar type II cell-like transcriptome 2022-Mar-10, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2021.11.006 PMID:34977273	研究论文	该文章描述了一种基于H441细胞的空气-液体界面培养模型的转录组特征	提出了一种新的细胞培养平台SALI模型，能在长时间内维持多种生理特性，并与人类肺泡II型细胞相似	未提及研究模型的长期可持续性和实际应用中的局限性	旨在为研究和修正肺表面活性蛋白B缺乏症提供可靠的细胞培养模型	主要研究H441细胞在空气-液体界面培养下的转录组特征	数字病理学	间质性肺病	RNA-seq	SALI培养模型	转录组数据	未提供具体样本数量
675	2024-08-05	Salivary ZG16B expression loss follows exocrine gland dysfunction related to oral chronic graft-versus-host disease 2022-Jan-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103592 PMID:35005541	研究论文	本研究探讨了慢性移植物抗宿主病(cGVHD)与唾液腺功能障碍相关的唾液ZG16B表达损失	发现ZG16B在口腔cGVHD唾液中显著降低，并可能指示特定的cGVHD活动和唾液腺功能障碍	本文未使用切口活检，因此没有确诊口腔cGVHD的诊断测试	旨在发现口腔cGVHD的生物标志物，以改善早期诊断和治疗	研究对象为唾液和人类唾液腺中的蛋白质表达	数字病理学	慢性移植物抗宿主病	液相色谱-串联质谱	单细胞RNA测序	蛋白质数据	569种蛋白质，其中77种在丰度上显著变化
676	2024-08-05	Single-cell deletion analyses show control of pro-T cell developmental speed and pathways by Tcf7, Spi1, Gata3, Bcl11a, Erg, and Bcl11b 2022-05-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abm1920 PMID:35594339	研究论文	该文章研究了个别转录因子在早期T细胞发育中的控制作用。	揭示了在T细胞承诺前期，不同转录因子之间的动态平衡和意外指导性作用。	该研究主要集中在单细胞分析，可能无法全面反映在整体细胞群体中的复杂交互。	探讨转录因子如何在早期T细胞发育过程中控制发育速度和选择路径。	研究对象为早期T细胞前体及其转录因子的功能。	数字病理	NA	单细胞RNA测序，CRISPR基因破坏	NA	基因表达数据	使用多个单细胞样本进行分析
677	2024-08-05	Determination of the nanoparticle- and cell-specific toxicological mechanisms in 3D liver spheroids using scRNAseq analysis 2022-Dec, Nano today IF:13.2Q1 DOI:10.1016/j.nantod.2022.101652 PMID:36911538	研究论文	本研究探讨了纳米颗粒在3D肝脏类球体中对肝细胞的毒理学机制	使用单细胞RNA测序(scRNAseq)分析不同纳米材料对肝细胞和库普弗细胞的特异性毒性反应	未提及具体的局限性	研究纳米颗粒对肝细胞的影响及其毒理学机制	3D肝脏类球体中的肝细胞和库普弗细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	三种不同材料成分的体外3D肝脏类球体模型
678	2024-08-07	Author Correction: Combined protein and transcript single-cell RNA sequencing in human peripheral blood mononuclear cells 2022-Oct-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01440-x PMID:36266696	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
679	2024-08-05	Detecting retinal neural and stromal cell classes and ganglion cell subtypes based on transcriptome data with deep transfer learning 2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac514 PMID:35876552	研究论文	本研究开发并评估了深度学习模型，通过单细胞RNA测序数据识别不同类型的视网膜细胞和视网膜神经节细胞亚型	使用深度域自适应模型，结合多种损失函数，以提高不同数据集间的准确性	研究中仅基于小鼠的视网膜细胞，可能无法推广到其他物种	旨在提高识别不同视网膜细胞类型及其亚型的准确性	采用不同小鼠来源的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	RNA数据	44,808个视网膜细胞和6,225个及35,699个视网膜神经节细胞
680	2024-08-05	Slow-Cycling Cells in Glioblastoma: A Specific Population in the Cellular Mosaic of Cancer Stem Cells 2022-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14051126 PMID:35267434	研究论文	本研究探讨了胶质母细胞瘤中慢周期细胞的特性和功能异质性	首次揭示了慢周期细胞与表型定义的癌症干细胞之间的显著异质性和独特性	研究中未深入探讨细胞间的交互作用及其对肿瘤微环境的影响	研究胶质母细胞瘤中癌症干细胞群体的异质性	重点比较胶质母细胞瘤中的慢周期细胞与通常富集癌症干细胞的细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	流式细胞术、RNA测序、单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究中解析了22个细胞组成的多个癌症干细胞组