单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2024-08-23	Multiomic characterization of pancreatic cancer-associated macrophage polarization reveals deregulated metabolic programs driven by the GM-CSF-PI3K pathway 2022-02-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73796 PMID:35156921	研究论文	本文通过体外培养肿瘤教育巨噬细胞（TEMs）并进行多组学分析，揭示了胰腺癌相关巨噬细胞极化的独特遗传和代谢特征	本文首次揭示了胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）的独特遗传和代谢特征，并确定了新的代谢标记物，如ARG1、ACLY和TXNIP	本文主要依赖于体外模型系统，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于体内环境	研究胰腺癌相关巨噬细胞的极化特征及其在疾病进展中的作用	胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）及其极化特征	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学）	NA	单细胞RNA测序数据	未具体说明样本数量
602	2024-08-23	Benchmarking clustering algorithms on estimating the number of cell types from single-cell RNA-sequencing data 2022-02-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02622-0 PMID:35135612	研究论文	本文系统地评估了多种流行的聚类算法在估计单细胞RNA测序数据中细胞类型数量的性能	首次系统地比较了多种聚类算法在不同设置下单细胞RNA测序数据中细胞类型数量估计的性能	研究主要基于Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，可能需要进一步验证在其他数据集上的适用性	评估和比较不同聚类算法在单细胞RNA测序数据中估计细胞类型数量的性能	单细胞RNA测序数据中的细胞类型数量估计	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	使用Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，包含不同数量和比例的细胞类型
603	2024-08-23	Abnormal respiratory progenitors in fibrotic lung injury 2022-02-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02737-y PMID:35130980	综述	本文综述了单细胞RNA测序和上皮细胞系标记技术在识别纤维化肺损伤后肺泡再生过程中异常上皮祖细胞群体方面的最新进展	识别了多种在肺泡II型细胞向I型细胞分化过程中出现的异常上皮祖细胞群体，包括基底样细胞、II型细胞过渡细胞和持续性上皮祖细胞	NA	深入理解这些新发现的、由损伤诱导的异常行为上皮祖细胞的特征和功能，以及调控其表型的信号通路，以期为纤维化肺疾病提供独特的治疗靶点	异常上皮祖细胞及其在肺泡再生中的作用	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
604	2024-08-23	SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids 2022-02-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.12.010 PMID:35032430	研究论文	本文报道了SARS-CoV-2直接感染人类肾脏细胞，并在患者尸检样本中观察到与肾小管间质纤维化增加相关。通过感染人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官，研究了病毒对肾脏的直接影响，发现感染细胞出现损伤和去分化，激活了促纤维化信号通路，并增加了胶原蛋白1的表达。	首次揭示了SARS-CoV-2直接感染肾脏细胞并诱导细胞损伤和纤维化的机制，并发现SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂能减轻肾脏细胞的感染。	研究主要集中在体外肾脏类器官模型，尚未在临床试验中验证这些发现。	探究SARS-CoV-2对人类肾脏的直接影响及其与肾脏纤维化的关系。	人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官和患者尸检样本。	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
605	2024-08-23	Single-cell transcriptomics identifies Gadd45b as a regulator of herpesvirus-reactivating neurons 2022-02-03, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202153543 PMID:34842321	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH）技术，探讨了人类神经亲和性病毒——单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化	首次识别出应激传感器Gadd45b作为调节HSV-1再激活事件的关键抗病毒宿主因子，并揭示了Gadd45b在亚群潜伏感染初级神经元中的独特亚细胞定位特征	NA	探究宿主细胞与潜伏感染细胞中病毒病原体之间的相互作用	单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH）	NA	转录组	潜伏感染的初级神经元亚群
606	2024-08-23	New horizons in the stormy sea of multimodal single-cell data integration 2022-01-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.12.012 PMID:35063095	综述	本文综述了多模态单细胞数据整合的生物信息学挑战和实验设计挑战	探讨了整合多模态单细胞数据以识别高度特异的细胞亚群和推断因果生物机制的新方法	NA	设计、执行和分析多模态单细胞实验，以学习新的因果和机制生物学	多模态单细胞数据整合	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	多模态数据	NA
607	2024-08-23	Single-cell sequencing reveals lineage-specific dynamic genetic regulation of gene expression during human cardiomyocyte differentiation 2022-01, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009666 PMID:35061661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从诱导多能干细胞到心肌细胞分化过程中基因表达的动态遗传调控	本研究采用灵活的方法来映射动态eQTL，这些eQTL的效果在分叉分化轨迹的过程中显著变化，并且特定于某一谱系	NA	揭示人类心肌细胞分化过程中基因表达的谱系特异性动态遗传调控	从诱导多能干细胞到心肌细胞的分化过程中的基因调控变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个人类细胞系，在7个独特的时间点采样
608	2024-08-23	Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Acute Myocardial Infarction 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.908815 PMID:35844519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了急性心肌梗死患者外周血单个核细胞的转录组特征	首次揭示了在斑块破裂和非破裂情况下，不同免疫细胞亚群在急性心肌梗死中的具体作用	样本量较小，仅包括10名患者	探讨急性心肌梗死患者中斑块破裂与非破裂情况下循环免疫细胞的差异	急性心肌梗死患者的外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10名急性心肌梗死患者
609	2024-08-23	RNA-Seq of Single Fish Cells - Seeking Out the Leukocytes Mediating Immunity in Teleost Fishes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.798712 PMID:35140719	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统研究中的应用，特别是揭示白细胞亚群及其相互作用对整体免疫反应的贡献	单细胞RNA测序技术揭示了白细胞群体的意外可塑性和异质性，改变了免疫学的几个长期范式	NA	探讨单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统中的应用，揭示白细胞亚群的个体贡献及其相互作用	硬骨鱼类的白细胞及其在免疫反应中的作用	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个鱼细胞
610	2024-08-22	Integrated hepatic single-cell RNA sequencing and untargeted metabolomics reveals the immune and metabolic modulation of Qing-Fei-Pai-Du decoction in mice with coronavirus-induced pneumonia 2022-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2021.153922 PMID:35032732	研究论文	本研究通过整合肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学，探讨了清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。	首次将肝单细胞RNA测序和非靶向代谢组学整合应用于中药配方中，揭示了清肺排毒汤对免疫功能和肝脏损伤的改善作用。	NA	研究清肺排毒汤在治疗冠状病毒诱导的小鼠肺炎中的作用机制。	清肺排毒汤对冠状病毒诱导的小鼠肺炎的免疫和代谢调节机制。	数字病理学	冠状病毒感染	单细胞RNA测序, 非靶向代谢组学	NA	RNA序列, 代谢数据	BALB/c小鼠模型
611	2024-08-22	A matter of space and time: Emerging roles of disease-associated proteins in neural development 2022-01-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.10.035 PMID:34847355	研究论文	本文探讨了神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的新兴角色	新证据表明，这些蛋白质在未成熟细胞中具有新颖的、不同的作用，特别是在神经系统在产前发育中的组装过程中	NA	探讨神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的作用	神经发育障碍中的突触蛋白和离子通道	NA	神经发育障碍	单细胞测序	NA	NA	NA
612	2024-08-22	Challenges and Opportunities for the Translation of Single-Cell RNA Sequencing Technologies to Dermatology 2022-Jan-04, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life12010067 PMID:35054460	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在皮肤生物学领域的最新进展，特别关注皮肤病理学及其向临床的转化	本文总结了单细胞分析的优势和局限性，有助于将这些新技术的新见解转化为临床应用	目前这些新技术的临床转化尚不足	总结单细胞RNA测序技术在皮肤生物学中的应用现状，并探讨其向临床转化的挑战与机遇	人类皮肤细胞类型及其在稳态和多种皮肤病中的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	数据集	大量
613	2024-08-22	A growth factor-expressing macrophage subpopulation orchestrates regenerative inflammation via GDF-15 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210420 PMID:34846534	研究论文	本文研究了肌肉再生过程中，一种表达生长因子的巨噬细胞亚群通过GDF-15调控再生性炎症的机制	首次揭示了GDF-15在肌肉再生中的作用及其调控机制，并识别出一种新的巨噬细胞亚群——生长因子表达巨噬细胞（GFEMs）	NA	探讨肌肉再生过程中巨噬细胞亚群的特化及其在再生性炎症中的作用	肌肉再生过程中的巨噬细胞及其表达的GDF-15	NA	NA	基因表达动力学聚类分析，免疫单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	受伤肌肉中分离的Ly6Chigh和Ly6Clow巨噬细胞
614	2024-08-21	Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell levels 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab878 PMID:34591957	research paper	本文介绍了一个名为Gene Expression Nebulas（GEN）的综合数据门户，该门户整合了多个物种在批量和单细胞层面的转录组数据	GEN通过使用标准化的数据处理流程和结构化的管理模型，收集了高质量的批量和单细胞RNA测序数据集	NA	旨在提供一个全面的转录组数据集，以更好地理解从组织到细胞的遗传调控结构和功能机制	多个物种的转录组数据	NA	NA	RNA sequencing	NA	transcriptomic profiles	50,500个样本和15,540,169个细胞，涵盖30个物种
615	2024-08-19	Diminished function of cytotoxic T- and NK- cells in severe alcohol-associated hepatitis 2022-Dec, Metabolism and target organ damage DOI:10.20517/mtod.2022.13 PMID:39148503	研究论文	本研究探讨了严重酒精相关肝炎（sAH）患者中细胞毒性T细胞和NK细胞的功能减退及其机制	首次使用单细胞RNA测序和多面板细胞内流式细胞术分析sAH患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了NK细胞和CD8 T细胞中关键受体的下调	样本量较小，仅为4例sAH患者和7-8例健康对照者	理解代谢性肝病患者免疫反应的机制，特别是sAH患者中细胞毒性细胞的功能减退	严重酒精相关肝炎患者的细胞毒性NK细胞和CD8 T细胞	免疫学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多面板细胞内流式细胞术	NA	RNA	4例sAH患者和7-8例健康对照者
616	2024-08-19	Single-cell RNA sequencing to characterize the response of pancreatic cancer to anti-PD-1 immunotherapy 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101262 PMID:34768100	研究论文	本研究通过建立四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术分析了αPD-1抗体治疗对胰腺癌的响应，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞的差异及其与免疫治疗响应的关系	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制，特别是肿瘤相关巨噬细胞与效应CD8 T细胞的失衡对治疗响应的影响	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床样本中验证这些发现	探究胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制	胰腺癌及其对αPD-1免疫治疗的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型
617	2024-08-18	Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge 2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac563 PMID:35980155	研究论文	本文介绍了一种名为Integrated and Robust Deconvolution (InteRD)的算法，用于从目标批量RNA测序数据中推断细胞类型比例	InteRD算法通过创新的惩罚回归和新的评估标准，能够有效整合来自多个单细胞RNA测序数据集的去卷积结果，并考虑额外的生物信息作为先验，从而校准基于参考的去卷积估计	NA	开发一种新的去卷积方法，以提高从批量RNA测序数据中推断细胞类型比例的准确性和鲁棒性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	惩罚回归	RNA测序数据	NA
618	2024-08-17	Quantification of extracellular proteins, protein complexes and mRNAs in single cells by proximity sequencing 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01684-z PMID:36456784	研究论文	本文介绍了近端测序（Prox-seq）技术，该技术能够在数千个单细胞中同时测量蛋白质、蛋白质复合物和mRNA	Prox-seq结合了近端连接 assay 和单细胞测序，能够从所有目标蛋白质的成对组合中测量蛋白质及其复合物，提供了平方级扩展的多重分析能力	NA	验证Prox-seq技术并分析其在不同细胞类型中的应用，探索蛋白质相互作用	T细胞、B细胞、人外周血单个核细胞、人巨噬细胞	生物技术	NA	近端测序（Prox-seq）	NA	蛋白质、蛋白质复合物、mRNA	数千个单细胞
619	2024-08-17	Unsupervised discovery of tissue architecture in multiplexed imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01657-2 PMID:36316562	研究论文	本文开发了一种名为UTAG的方法，用于在无监督的情况下识别和量化多重成像中的微解剖组织结构	UTAG方法能够结合细胞表型信息和细胞物理接近度，准确识别健康和疾病组织中的器官特异性微解剖域	NA	解决多重成像和空间转录组学中对组织高阶模式理解不足的问题	多重成像中的微解剖组织结构	数字病理学	NA	多重成像	NA	图像	多种健康和疾病状态的图像
620	2024-08-17	Targeting Glutamine Metabolism to Enhance Immunoprevention of EGFR-Driven Lung Cancer 2022-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202105885 PMID:35861366	研究论文	本文报道了一种口服活性谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，其在EGFR驱动的肺癌小鼠模型中显示出强大的抗癌效果，并与EGFR肽疫苗EVax联合使用时显著抑制肺癌发展	JHU083通过抑制谷氨酰胺代谢，增加CD8 T细胞和CD4 Th1细胞的浸润，减少免疫抑制细胞，从而增强EVax的免疫预防效果	NA	研究谷氨酰胺代谢在EGFR驱动的肺癌免疫预防中的作用	EGFR驱动的肺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠模型