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当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-09-05 |
Deregulation of ceRNA Networks in Frontal Cortex and Choroid Plexus of Brain during SARS-CoV-2 Infection Aggravates Neurological Manifestations: An Insight from Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analyses
2022-08, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202101310
PMID:35661455
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研究论文 | 本研究通过分析SARS-CoV-2感染大脑前额叶皮质和脉络丛的批量和单细胞转录组数据，揭示了ceRNA网络失调对神经系统表现的影响 | 首次详细阐述了SARS-CoV-2感染大脑中特定细胞类型调控电路的失调情况，并追踪了可能的治疗性miRNAs | 研究主要集中在特定的lncRNA和miRNA的调控作用，可能忽略了其他潜在的调控因子 | 探讨SARS-CoV-2感染后神经系统表现的潜在机制并开发相应的治疗策略 | SARS-CoV-2感染的大脑前额叶皮质和脉络丛中的ceRNA网络 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多种细胞类型的前额叶皮质和脉络丛样本 | NA | NA | NA | NA |
| 582 | 2024-09-05 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935749
PMID:36186467
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与鼻咽癌（NPC）相关的潜在分子标志物PKP1和肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs），并探讨其在NPC治疗中的潜在价值 | 首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞在鼻咽癌发展中的相互作用及其治疗潜力 | NA | 旨在通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别鼻咽癌中的新型生物标志物 | 鼻咽癌（NPC）中的分子标志物和免疫细胞 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 583 | 2024-09-05 |
Tumor vessel co-option: The past & the future
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.965277
PMID:36119528
|
综述 | 本文综述了肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用，并探讨了利用新一代技术如单细胞RNA测序来研究VCO的可能性 | 提出利用单细胞RNA测序等新技术来深入研究VCO过程中肿瘤内皮细胞（ECs）和其他细胞类型的生物学特性 | 目前对VCO的分子机制和共选血管细胞类型的特征了解不足，缺乏抑制VCO的治疗策略 | 探讨VCO的分子机制，并利用新技术研究VCO过程中的细胞类型，以开发新的治疗策略 | 肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 584 | 2024-09-05 |
TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0272302
PMID:36084081
|
research paper | 本文介绍了TMExplorer，一个用于肿瘤微环境单细胞RNA测序数据的数据库和搜索工具 | TMExplorer提供了一个易于访问的界面，用于收集和展示多种癌症类型的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据 | NA | 构建一个全面的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据库，并创建相应的R包TMExplorer以促进对肿瘤微环境的研究 | 肿瘤微环境中的各种细胞类型，包括间质成纤维细胞、免疫细胞和恶性细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 涉及多种癌症类型的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 585 | 2024-09-04 |
miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104962
PMID:36060076
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研究论文 | 介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达 | miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性 | NA | 旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达 | miRNA在细胞分辨率下的活性 | 生物信息学 | 胰腺癌, 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 586 | 2024-09-04 |
Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104900
PMID:36039299
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析 | 构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞 | 本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果 | 揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制 | 免疫后小鼠肺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 免疫后小鼠肺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 587 | 2024-09-04 |
Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies
2022-Sep, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-022-00289-y
PMID:36061826
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研究论文 | 本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物 | 首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应 | NA | 旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制 | 动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 基因表达数据 | 611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证 | NA | NA | NA | NA |
| 588 | 2024-09-04 |
Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis
2022-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211080
PMID:36065846
|
research paper | 本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构 | Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构 | NA | 旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病 | 主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织 | digital pathology | NA | image processing technology | NA | spatial transcriptomics data | 涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 589 | 2024-09-04 |
Macrophage-Specific, Mafb-Deficient Mice Showed Delayed Skin Wound Healing
2022-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23169346
PMID:36012611
|
研究论文 | 研究了巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠的皮肤伤口愈合过程 | 首次揭示了MAFB在巨噬细胞中的表达对伤口愈合过程的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MAFB在巨噬细胞中的作用及其对伤口愈合的影响 | 巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠的皮肤伤口愈合 | NA | NA | 流式细胞术，免疫组织化学染色，蛋白质组分析，RT-qPCR | NA | 细胞 | 巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 590 | 2024-09-04 |
Integrated Analysis of Cortex Single-Cell Transcriptome and Serum Proteome Reveals the Novel Biomarkers in Alzheimer's Disease
2022-Aug-01, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci12081022
PMID:36009085
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研究论文 | 本研究通过整合阿尔茨海默病（AD）中的单核RNA测序和血清蛋白质组数据，识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物 | 本研究首次通过整合多组学数据，从大脑和血清中识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物，并通过ELISA验证 | NA | 旨在通过整合多组学方法，探索阿尔茨海默病的新型潜在生物标志物 | 阿尔茨海默病中的神经细胞和血清蛋白质 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、血清蛋白质组学 | NA | RNA、蛋白质 | 30个人类大脑皮质样本和11个血清样本 | NA | NA | NA | NA |
| 591 | 2024-09-04 |
Ordered and deterministic cancer genome evolution after p53 loss
2022-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05082-5
PMID:35978189
|
研究论文 | 本文通过小鼠模型研究了p53失活后的癌症基因组进化模式 | 发现p53失活后的癌症基因组进化具有可预测的顺序性和确定性 | NA | 探究p53失活后的癌症基因组进化模式及其对肿瘤发生的影响 | 小鼠胰腺导管腺癌模型中的单细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 592 | 2024-09-04 |
Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029
PMID:36090815
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构 | RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构 | NA | 开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区 | 人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，卷积神经网络 | 基因表达数据 | 基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 593 | 2024-09-04 |
Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964138
PMID:36091018
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因 | 首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用 | 探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制 | 巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 594 | 2024-09-04 |
Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.959705
PMID:36032085
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力 | 介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用 | NA | 探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力 | 结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 595 | 2024-09-04 |
Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912813
PMID:36035139
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研究论文 | 本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构 | 提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性 | NA | 开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性 | 空间转录组数据嵌入的选择和排名 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 16个来自人类大脑的空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 596 | 2024-09-04 |
SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935601
PMID:36035179
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研究论文 | 研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联 | 首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究 | 识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学 | 肺腺癌及其放射敏感性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 597 | 2024-09-04 |
Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01131-y
PMID:34931002
|
研究论文 | 本文利用单细胞技术研究SARS-CoV-2感染的免疫学机制，并提供标准化数据集和可视化工具 | 采用单细胞技术深入分析个体细胞间的免疫反应异质性，揭示COVID-19发病机制的分子机制 | NA | 深入理解与SARS-CoV-2保护性或病理性免疫相关的免疫细胞亚群和分子因子，促进COVID-19疫苗和治疗药物的开发 | SARS-CoV-2感染的免疫细胞亚群和分子因子 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组学、单细胞多组学分析 | NA | 单细胞数据 | 超过320万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 598 | 2024-09-02 |
In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection
2022-07-27, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00505-22
PMID:35867557
|
研究论文 | 本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。 | 研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。 | 旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。 | 急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个的小鼠肺上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 599 | 2024-09-02 |
Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis
2022-07-26, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01081-3
PMID:35879783
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。 | 本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。 | NA | 揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。 | 滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | Seurat和ArchR软件包 | 转录组和表观基因组数据 | 来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 600 | 2024-09-02 |
ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data
2022-Jul-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04814-8
PMID:35869420
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研究论文 | 本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件 | ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声 | NA | 解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达矩阵 | 包含M个基因和N个细胞样本的矩阵 | NA | NA | NA | NA |