单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2024-08-21	Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell levels 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab878 PMID:34591957	research paper	本文介绍了一个名为Gene Expression Nebulas（GEN）的综合数据门户，该门户整合了多个物种在批量和单细胞层面的转录组数据	GEN通过使用标准化的数据处理流程和结构化的管理模型，收集了高质量的批量和单细胞RNA测序数据集	NA	旨在提供一个全面的转录组数据集，以更好地理解从组织到细胞的遗传调控结构和功能机制	多个物种的转录组数据	NA	NA	RNA sequencing	NA	transcriptomic profiles	50,500个样本和15,540,169个细胞，涵盖30个物种
582	2024-08-19	Diminished function of cytotoxic T- and NK- cells in severe alcohol-associated hepatitis 2022-Dec, Metabolism and target organ damage DOI:10.20517/mtod.2022.13 PMID:39148503	研究论文	本研究探讨了严重酒精相关肝炎（sAH）患者中细胞毒性T细胞和NK细胞的功能减退及其机制	首次使用单细胞RNA测序和多面板细胞内流式细胞术分析sAH患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了NK细胞和CD8 T细胞中关键受体的下调	样本量较小，仅为4例sAH患者和7-8例健康对照者	理解代谢性肝病患者免疫反应的机制，特别是sAH患者中细胞毒性细胞的功能减退	严重酒精相关肝炎患者的细胞毒性NK细胞和CD8 T细胞	免疫学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多面板细胞内流式细胞术	NA	RNA	4例sAH患者和7-8例健康对照者
583	2024-08-19	Single-cell RNA sequencing to characterize the response of pancreatic cancer to anti-PD-1 immunotherapy 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101262 PMID:34768100	研究论文	本研究通过建立四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术分析了αPD-1抗体治疗对胰腺癌的响应，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞的差异及其与免疫治疗响应的关系	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制，特别是肿瘤相关巨噬细胞与效应CD8 T细胞的失衡对治疗响应的影响	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床样本中验证这些发现	探究胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制	胰腺癌及其对αPD-1免疫治疗的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型
584	2024-08-18	Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge 2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac563 PMID:35980155	研究论文	本文介绍了一种名为Integrated and Robust Deconvolution (InteRD)的算法，用于从目标批量RNA测序数据中推断细胞类型比例	InteRD算法通过创新的惩罚回归和新的评估标准，能够有效整合来自多个单细胞RNA测序数据集的去卷积结果，并考虑额外的生物信息作为先验，从而校准基于参考的去卷积估计	NA	开发一种新的去卷积方法，以提高从批量RNA测序数据中推断细胞类型比例的准确性和鲁棒性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	惩罚回归	RNA测序数据	NA
585	2024-08-17	Quantification of extracellular proteins, protein complexes and mRNAs in single cells by proximity sequencing 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01684-z PMID:36456784	研究论文	本文介绍了近端测序（Prox-seq）技术，该技术能够在数千个单细胞中同时测量蛋白质、蛋白质复合物和mRNA	Prox-seq结合了近端连接 assay 和单细胞测序，能够从所有目标蛋白质的成对组合中测量蛋白质及其复合物，提供了平方级扩展的多重分析能力	NA	验证Prox-seq技术并分析其在不同细胞类型中的应用，探索蛋白质相互作用	T细胞、B细胞、人外周血单个核细胞、人巨噬细胞	生物技术	NA	近端测序（Prox-seq）	NA	蛋白质、蛋白质复合物、mRNA	数千个单细胞
586	2024-08-17	Unsupervised discovery of tissue architecture in multiplexed imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01657-2 PMID:36316562	研究论文	本文开发了一种名为UTAG的方法，用于在无监督的情况下识别和量化多重成像中的微解剖组织结构	UTAG方法能够结合细胞表型信息和细胞物理接近度，准确识别健康和疾病组织中的器官特异性微解剖域	NA	解决多重成像和空间转录组学中对组织高阶模式理解不足的问题	多重成像中的微解剖组织结构	数字病理学	NA	多重成像	NA	图像	多种健康和疾病状态的图像
587	2024-08-17	Targeting Glutamine Metabolism to Enhance Immunoprevention of EGFR-Driven Lung Cancer 2022-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202105885 PMID:35861366	研究论文	本文报道了一种口服活性谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，其在EGFR驱动的肺癌小鼠模型中显示出强大的抗癌效果，并与EGFR肽疫苗EVax联合使用时显著抑制肺癌发展	JHU083通过抑制谷氨酰胺代谢，增加CD8 T细胞和CD4 Th1细胞的浸润，减少免疫抑制细胞，从而增强EVax的免疫预防效果	NA	研究谷氨酰胺代谢在EGFR驱动的肺癌免疫预防中的作用	EGFR驱动的肺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠模型
588	2024-08-12	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	本文提出了一种名为MuSiC2的迭代估计程序，用于在多临床条件下对bulk RNA-seq数据进行细胞类型反卷积分析	MuSiC2是MuSiC的扩展，能够在单细胞参考与bulk样本临床条件不同时，提高细胞类型比例估计的准确性	现有的细胞类型反卷积方法通常需要与bulk RNA-seq数据临床条件相匹配的单细胞RNA-seq数据作为参考，这在疾病样本中获取较为困难	旨在解决在不同临床条件下，使用单细胞RNA-seq参考数据进行bulk RNA-seq数据反卷积时可能导致的细胞类型比例估计偏差问题	研究对象包括来自人类胰腺胰岛和视网膜的两个bulk RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	MuSiC2	RNA-seq数据	涉及两个bulk RNA-seq数据集，一个来自人类胰腺胰岛，另一个来自人类视网膜
589	2024-08-09	Concurrent delivery of immune checkpoint blockade modulates T cell dynamics to enhance neoantigen vaccine-generated antitumor immunity 2022-04, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00352-7 PMID:35393580	研究论文	本文研究了新抗原疫苗与免疫检查点阻断联合治疗对肿瘤特异性T细胞反应的影响	通过单细胞测序揭示了联合治疗诱导的特定CD8 T细胞群体的特征，这些细胞具有活跃的趋化因子信号、较低的共抑制受体表达和较高的细胞毒性	NA	探讨新抗原疫苗与免疫检查点阻断联合治疗对肿瘤控制的有效性及其机制	新抗原疫苗生成的T细胞与免疫检查点阻断的协同作用	免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	细胞数据	超过100,000个T细胞
590	2024-08-09	Blocking LAIR1 signaling in immune cells inhibits tumor development 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996026 PMID:36211388	研究论文	本文研究了通过阻断免疫细胞中的LAIR1信号来抑制肿瘤发展的效果	开发了特异性的拮抗性抗LAIR1单克隆抗体，并研究了其在癌症治疗中的免疫激活作用	NA	探索新的癌症免疫学分子靶点和治疗策略	免疫细胞中的LAIR1信号阻断对肿瘤发展的影响	癌症免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了同源人类LAIR1转基因小鼠模型
591	2024-08-07	Transcriptional and Immune Landscape of Cardiac Sarcoidosis 2022-09-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320449 PMID:36111531	研究论文	本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并识别了其与其它炎症性心脏疾病的差异	本研究首次通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中免疫细胞的多样性和独特的分子特征	NA	阐明心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并区分其与其它炎症性心脏疾病的差异	心脏肉瘤病中的免疫细胞类型及其转录组景观	数字病理学	心脏肉瘤病	空间转录组学（GeoMx数字空间分析仪）和单核RNA测序	NA	转录组数据	人类心脏肉瘤病样本
592	2024-08-07	Brain cancer stem cells: resilience through adaptive plasticity and hierarchical heterogeneity 2022-09, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-022-00486-x PMID:35710946	综述	本文综述了脑癌干细胞如何通过适应性可塑性和层次异质性在脑肿瘤生态系统中维持其动态特性，并探讨了单细胞测序等技术进步如何帮助我们更好地理解这些机制以用于治疗目的	利用单细胞测序等技术深入探讨脑癌干细胞的生物机制，并探索这些机制如何被用于治疗	NA	探讨脑癌干细胞的生物机制及其在治疗中的应用潜力	脑癌干细胞及其在脑肿瘤中的作用	数字病理学	脑癌	单细胞测序	NA	细胞	NA
593	2024-08-07	The human myocardium harbors a population of naive B-cells with a distinctive gene expression signature conserved across species 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.973211 PMID:36248879	研究论文	本文通过免疫组织化学染色和单细胞测序技术，研究了人类心肌中的B细胞数量、分布及其基因表达特征，并与小鼠数据进行了比较	首次详细描述了人类心肌中B细胞的分布和基因表达特征，并发现这些特征在不同物种间具有保守性	研究主要基于公开数据集和少量心脏辅助设备接受者的样本，可能需要更多临床样本以验证结果	探讨人类心肌中B细胞的生物学特性及其在心脏疾病治疗中的潜在应用	人类心肌中的B细胞及其基因表达特征	免疫学	心脏疾病	免疫组织化学染色，单细胞测序	NA	组织样本，基因表达数据	分析了健康人类心脏样本中的B细胞与T细胞比例，以及心脏辅助设备接受者的心脏和外周血样本
594	2024-08-07	A molecular atlas of the human postmenopausal fallopian tube and ovary from single-cell RNA and ATAC sequencing 2022-12-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111838 PMID:36543131	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，构建了人类绝经后输卵管和卵巢的分子图谱	首次提供了绝经后输卵管和卵巢的单细胞转录组和染色质可及性图谱，揭示了不同细胞类型在基因表达和调控上的差异	NA	生成绝经后卵巢和输卵管的单细胞转录组和调控组学图谱，以增进对更年期妇科疾病的理解	绝经后的人类卵巢和输卵管	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组和染色质可及性数据	86,708个细胞用于scRNA-seq，59,830个细胞用于scATAC-seq
595	2024-08-07	Single-cell and spatial transcriptomics of the infarcted heart define the dynamic onset of the border zone in response to mechanical destabilization 2022-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00160-3 PMID:39086770	研究论文	本文通过单细胞/核RNA测序、空间转录组学和多重RNA荧光原位杂交技术，重新定义了心肌梗死边界区（BZ）的细胞和分子机制。	首次通过单细胞和空间转录组学技术详细描述了心肌梗死边界区的动态变化，并提出了‘邻居丢失’假说来解释其转录反应的机制。	NA	深入理解心肌梗死边界区的细胞和分子机制。	心肌梗死边界区的细胞和分子机制。	数字病理学	心血管疾病	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重RNA荧光原位杂交	NA	转录组数据	NA
596	2024-08-05	Perspectives on Bulk-Tissue RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing for Cardiac Transcriptomics 2022, Frontiers in molecular medicine DOI:10.3389/fmmed.2022.839338 PMID:39086967	评论	本文探讨了心脏转录组学中对大规模组织RNA测序和单细胞RNA测序的看法	提出了单细胞测序在心脏功能和衰竭研究中的应用潜力	尚未完全理解心脏内细胞类型之间的复杂相互作用	旨在为使用NGS技术进行转录组研究的研究人员提供入门指南	关注心脏在功能和衰竭中的遗传和转录组贡献	数字病理学	心血管疾病	下一代测序 (NGS)	NA	NA	NA
597	2024-08-05	Mesenchymal cell replacement corrects thymic hypoplasia in murine models of 22q11.2 deletion syndrome 2022-11-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI160101 PMID:36136514	研究论文	该文章探讨了在22q11.2缺失综合症小鼠模型中，间充质细胞替代如何纠正胸腺发育不良的机制。	发现间充质细胞是造成22q11.2缺失综合症小鼠模型中胸腺发育不良的原因，并通过正常间充质细胞替代进行纠正。	没有提到该研究的具体局限性	研究22q11.2缺失综合症导致的胸腺发育不良的分子基础及其纠正方法。	使用22q11.2缺失综合症的小鼠模型作为研究对象。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括小鼠模型的胚胎胸腺
598	2024-08-05	Construction of Prediction Model for Atrial Fibrillation with Valvular Heart Disease Based on Machine Learning 2022-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/j.rcm2307247 PMID:39076905	研究论文	本研究探讨了瓣膜性心脏病进展的分子机制并提供了房颤-瓣膜性心脏病的候选治疗靶点	使用机器学习方法筛选了与AF-VHD相关的核心基因，为房颤的生物标志物和治疗靶点提供了新的见解	未提及具体的样本特征和临床数据的多样性	探讨瓣膜性心脏病进展的分子机制	重点分析与房颤-瓣膜性心脏病相关的核心基因	机器学习	房颤	RNA微阵列分析、机器学习、单细胞测序	NA	基因表达数据	819个差异表达基因
599	2024-08-05	Unsupervised cell functional annotation for single-cell RNA-seq 2022-Sep-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276609.122 PMID:35764397	研究论文	本文章介绍了一种新的神经网络方法UNIFAN，用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据进行细胞功能注释和聚类	UNIFAN将细胞聚类和注释结合在一起，利用已知基因集来改善细胞类型分配，具有创新性	缺乏对不同细胞类型间复杂相互作用的深入分析	开发一种新的无监督方法来提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型分配准确性	人类和小鼠的单细胞RNA-seq数据集，来源于多个不同的器官	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	基因表达数据	多个不同器官的不同样本
600	2024-08-05	Identifying cell state-associated alternative splicing events and their coregulation 2022-Jul-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276109.121 PMID:35858747	研究论文	本研究提出了一种新的方法Psix，以识别单细胞中的替代剪接事件及其共调控	Psix方法利用稳健的概率模型，能够在数据限制下自信地识别替代剪接，从而揭示细胞类型依赖的剪接模式和调控网络	该方法依赖于单细胞RNA测序的质量和数据，可能受到样本质量的限制	揭示替代剪接如何影响单细胞转录组和细胞身份	使用小鼠大脑发育过程中的数据来研究替代剪接模式	数字病理学	NA	scRNA-seq	概率模型	RNA序列数据	NA