单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-11-04	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计	NA	解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题	单细胞昼夜节律相位和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
42	2024-11-02	Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation 2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a039099 PMID:35817509	review	本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异	本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制	NA	探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制	啮齿动物大脑中的性别差异	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达	NA
43	2024-10-30	Derivation of extra-embryonic and intra-embryonic macrophage lineages from human pluripotent stem cells 2022-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200016 PMID:35178561	研究论文	本文研究了从人类多能干细胞中衍生出的胚外和胚内巨噬细胞谱系	开发了一种系统，能够生成类似于组织驻留或单核细胞来源的巨噬细胞的纯培养物，并揭示了这些巨噬细胞在形态学、转录和功能上的差异	NA	研究组织驻留巨噬细胞的发育和功能，并探索其在组织工程和再生医学中的应用潜力	人类多能干细胞衍生的胚外和胚内巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
44	2024-10-26	Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk 2022-12-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2200086 PMID:36547387	研究论文	研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）通过乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话增强髓系造血的作用	首次揭示了Acly通过调节染色质可及性限制髓系分化的机制，并发现Acly缺乏通过改变C/EBP家族转录因子的表达和活性来促进髓系造血	研究主要在Mus musculus模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Acly在髓系造血中的作用及其机制	Acly在Mus musculus造血干细胞和祖细胞中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	来自Mus musculus的造血干细胞和祖细胞
45	2024-10-26	The Dynamic Role of Cardiac Macrophages in Aging and Disease 2022-08, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-022-01714-4 PMID:35595950	综述	本文综述了心脏免疫景观在衰老、血流动力学应激和心肌损伤中的动态变化，重点介绍了心脏免疫细胞类型及其在心肌损伤后重塑细胞景观和促进组织重塑中的作用	通过单细胞转录组学和效应机制的阐明，提供了关于多种心脏疾病发病机制的新见解，并可能为治疗提供新的靶点	NA	探讨心脏免疫细胞在衰老和疾病中的动态作用及其在心脏病理中的机制	心脏巨噬细胞及其在心肌损伤后的功能	NA	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
46	2024-10-26	Towards precision medicine in lymphoid malignancies 2022-08, Journal of internal medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1111/joim.13423 PMID:34875132	综述	本文综述了淋巴恶性肿瘤中临床相关的诊断、预后和预测生物标志物，并讨论了综合分子分析的诊断方法如何为精准诊断/医学方法的实施铺平道路	讨论了单细胞测序和其他组学技术在解析淋巴恶性肿瘤克隆动态和进化中的应用	NA	探讨淋巴恶性肿瘤中的精准医学方法	B细胞恶性肿瘤中的诊断、预后和预测生物标志物	数字病理	淋巴瘤	单细胞测序	NA	基因组和表观基因组数据	NA
47	2024-10-24	DETECTING MULTIPLE REPLICATING SIGNALS USING ADAPTIVE FILTERING PROCEDURES 2022-Aug, Annals of statistics IF:3.2Q1 DOI:10.1214/21-aos2139 PMID:39421244	研究论文	本文介绍了一种新的多重测试程序AdaFilter，用于检测多个研究中重复出现的信号	AdaFilter通过自适应过滤不可能是PC零假设的候选者来提高检测能力，并证明在研究间数据独立的情况下可以控制FWER和FDR	仅在研究间数据独立的情况下有效	开发一种新的多重测试方法，以提高在多个研究中检测重复信号的能力	在不同实验室、不同人群、不同时间等条件下重复出现的信号	生物信息学	NA	多重测试	AdaFilter	基因数据	涉及多个微阵列研究、单细胞RNA测序和GWAS研究
48	2024-10-21	Developmental dynamics of two bipotent thymic epithelial progenitor types 2022-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04752-8 PMID:35614226	研究论文	研究了胸腺上皮祖细胞的发育动态，识别出两种主要的祖细胞群体	结合单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9细胞条形码系统，首次揭示了胸腺上皮祖细胞的发育动态和身份	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨胸腺上皮祖细胞的发育动态及其在胸腺微环境中的作用	胸腺上皮祖细胞及其在胸腺微环境中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR-Cas9	NA	RNA	年轻和老年成年小鼠
49	2024-10-20	Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics 2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2206938119 PMID:36508663	研究论文	本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块	提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块	NA	通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解	单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	同质细胞群体中的多个单细胞样本
50	2024-10-17	Macrophages in intestinal fibrosis and regression 2022-11, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2022.104614 PMID:36182587	综述	本文综述了肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用	基于最新进展的谱系追踪和单细胞测序技术，详细描述了肠道巨噬细胞的特征，并提出了针对巨噬细胞的潜在抗肠道纤维化疗法	NA	探讨肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用，并提出潜在的治疗策略	肠道巨噬细胞及其在肠道纤维化中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
51	2024-10-16	Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease 2022-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35233-1 PMID:36463283	研究论文	本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究	本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测	NA	研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究	研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组技术	图自编码器	图像和基因表达数据	NA
52	2024-10-16	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	研究探讨了CD38在促进肺纤维化中的作用及其对肺泡上皮细胞衰老的影响	首次揭示了CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用，并提出了通过靶向CD38作为治疗肺纤维化的新策略	研究主要集中在实验动物模型和体外实验，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗策略	肺泡上皮细胞（AEC）和CD38在肺纤维化中的作用	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术和Western blotting	NA	基因表达数据	包括人类IPF肺组织和年轻及老年小鼠的肺纤维化模型
53	2024-10-16	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析方法研究了猕猴肺肉芽肿中的结核杆菌控制机制	本文首次结合正电子发射断层扫描和计算机断层扫描成像、单细胞RNA测序以及细菌清除测量，揭示了肺肉芽肿中细菌控制的细胞相关性	NA	研究肺肉芽肿中结核杆菌控制的细胞机制	猕猴肺肉芽肿中的免疫细胞和细菌	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	图像和基因数据	NA
54	2024-10-16	Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model 2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021081150 PMID:34853151	研究论文	研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态	首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式	研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种	研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态	雌性小鼠急性肾损伤模型	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组测序	NA	基因表达数据	16,856个独特基因
55	2024-10-12	Single-cell spatial transcriptomics reveals a dynamic control of metabolic zonation and liver regeneration by endothelial cell Wnt2 and Wnt9b 2022-10-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100754 PMID:36220068	研究论文	研究揭示了内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的动态调控作用	首次明确内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的关键作用，并展示了Wnt激活剂作为急性肝衰竭再生疗法的潜力	NA	探讨Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的作用	内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的调控机制	NA	NA	单细胞分析	NA	基因表达数据	NA
56	2024-10-12	Differential responses to immune checkpoint inhibitor dictated by pre-existing differential immune profiles in squamous cell carcinomas caused by same initial oncogenic drivers 2022-Apr-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02337-x PMID:35366939	研究论文	研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）对免疫检查点抑制剂（ICI）的不同反应，发现肿瘤内在的免疫微环境差异是决定ICI敏感性的关键因素	揭示了肿瘤内在的免疫微环境差异如何影响ICI的敏感性，并提出了通过评估肿瘤内在信号和免疫微环境来预测ICI反应的新方法	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和适用性需要进一步验证	探讨头颈部鳞状细胞癌对免疫检查点抑制剂的不同反应机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两个KPPA肿瘤细胞系（TAb2和TCh3）移植到C57BL/6小鼠中进行研究
57	2024-10-09	Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.837842 PMID:35392082	研究论文	本文报道了人类B细胞通过同时激活多个TNF超家族配体介导固有的抗癌细胞毒性	首次发现B细胞也具有固有的抗癌免疫机制，并展示了其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性	研究主要集中在B细胞的细胞毒性机制上，未深入探讨其在临床治疗中的应用潜力	探讨B细胞在固有免疫中的抗癌机制	人类B细胞及其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性	NA	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序分析和流式细胞术	NA	RNA	从健康个体和头颈部鳞状细胞癌患者中分离的B细胞
58	2024-10-06	Epstein-Barr virus perpetuates B cell germinal center dynamics and generation of autoimmune-associated phenotypes in vitro 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1001145 PMID:36248899	研究论文	研究EB病毒如何通过体外实验维持B细胞生发中心动态并产生与自身免疫相关表型	首次通过单细胞方法揭示EB病毒感染和LCLs中的B细胞异质性，并提出EB病毒持续驱动B细胞进入、通过和退出生发中心反应的模型	研究主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探讨EB病毒如何影响B细胞的动态变化及其与自身免疫疾病的关系	EB病毒感染的B细胞及其在生发中心中的动态变化	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	从LCLs中分离的多个亚群B细胞
59	2024-10-06	Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis 2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S380986 PMID:36200061	研究论文	研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响	首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用	仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证	探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制	OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型
60	2024-10-04	Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.161078 PMID:36066976	研究论文	研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化	研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制	探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化	肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像	NA	基因表达数据	NA