单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-08-27	Next-Generation and Single-Cell Sequencing Approaches to Study Atherosclerosis and Vascular Inflammation Pathophysiology: A Systematic Review 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.849675 PMID:35419441	综述	本文综述了利用单细胞和下一代测序技术研究动脉粥样硬化和血管炎症病理生理学的现有数据	单细胞和下一代测序方法提供了比以往方法更高分辨率的阐明动脉粥样硬化的新手段	研究主要集中在平滑肌细胞、巨噬细胞和干细胞/祖细胞对疾病的贡献上，而对其他细胞类型如淋巴细胞和内皮细胞的贡献关注较少	旨在全面评估利用单细胞和下一代测序技术发表的数据，以识别动脉粥样硬化和血管炎症的关键细胞和分子贡献	动脉粥样硬化和血管炎症的病理生理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序和下一代测序	NA	基因组数据	34项研究符合叙事综合分析，其中16篇文章仅使用单细胞测序，10篇使用下一代测序，8篇使用这两种方法的组合
562	2024-08-27	Analysis of Half a Billion Datapoints Across Ten Machine-Learning Algorithms Identifies Key Elements Associated With Insulin Transcription in Human Pancreatic Islet Cells 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.853863 PMID:35399953	研究论文	本研究通过分析超过4.9亿个数据点，比较了10种不同的机器学习工作流程，以识别与人类胰腺单细胞转录组中胰岛素转录相关基因	本研究首次在大规模数据集上比较了多种机器学习算法，特别是随机森林算法显示出高预测能力和敏感性	NA	比较不同机器学习工作流程在大数据分析中的表现，并识别与胰岛素转录相关的关键元素	人类胰腺单细胞转录组数据	机器学习	糖尿病	机器学习	随机森林	转录组数据	训练数据集包含11,652个样本，验证数据集包含2,913个样本
563	2024-08-26	Identification and validation of a seven-gene prognostic marker in colon cancer based on single-cell transcriptome analysis 2022-04, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12041 PMID:35352485	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在结肠癌中识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物。	通过单细胞RNA测序技术，本研究首次识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物，为结肠癌的预后预测提供了新的潜在标志物。	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别并验证结肠癌的预后标志物。	结肠癌患者的单细胞RNA测序数据、体细胞变异数据和临床报告。	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析和最小绝对收缩与选择算子方法	转录组数据	结肠癌患者的数据，包括治疗前后的样本
564	2024-08-26	Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02660-8 PMID:35361256	研究论文	本文优化并验证了一种早期条形码批量RNA测序方法——prime-seq，展示了其与标准批量RNA测序方法TruSeq性能相当，但成本效率高出四倍	prime-seq方法通过早期条形码技术，实现了成本效率的显著提升，且库成本降低了近50倍	NA	优化和验证一种成本效率高的早期条形码批量RNA测序方法	prime-seq方法的性能和成本效率	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
565	2024-08-26	Decoding the multicellular ecosystem of vena caval tumor thrombus in clear cell renal cell carcinoma by single-cell RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02651-9 PMID:35361264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了8名透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的19个手术组织样本，揭示了肿瘤血栓形成的多细胞生态系统及其机制。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤血栓中的细胞类型和它们之间的相互作用，特别是肿瘤血栓中CD8+ T细胞和巨噬细胞的特征。	研究样本量较小，仅包括8名患者，可能影响结果的普遍性。	深入了解肿瘤血栓形成的机制，为设计有效的辅助治疗提供依据。	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤血栓组织。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	19个手术组织样本来自8名患者
566	2024-08-26	Hand2 delineates mesothelium progenitors and is reactivated in mesothelioma 2022-03-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29311-7 PMID:35354817	研究论文	本文通过斑马鱼模型追踪了间皮细胞在侧板中胚层（LPM）中的起源，并发现hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，同时探讨了hand2在人和小鼠间皮瘤中的重新激活现象。	首次揭示了hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，并证实了其在人和小鼠间皮瘤中的重新激活，为理解间皮病理提供了新的视角。	研究主要基于斑马鱼模型，对人类和小鼠的验证尚需进一步的临床数据支持。	探究间皮细胞的起源及其在间皮瘤中的作用机制。	间皮细胞的前体细胞及其在间皮瘤中的表达特征。	数字病理学	间皮瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎和人类及小鼠的间皮瘤组织
567	2024-08-26	The landscape of receptor-mediated precision cancer combination therapy via a single-cell perspective 2022-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29154-2 PMID:35338126	研究论文	本研究利用组合优化技术，通过单细胞转录组学数据分析，探索了癌症精准联合治疗的最佳组合策略	首次通过单细胞转录组学数据，利用组合优化技术，确定了针对癌症精准治疗的个性化组合策略	研究中使用的组合优化技术可能需要进一步验证其在临床应用中的有效性	旨在通过计算方法确定癌症精准治疗所需的靶点和数量	研究对象为1269个编码细胞表面受体的基因，这些基因可能是CAR-T、偶联抗体或涂层纳米粒子疗法的靶点	数字病理学	癌症	单细胞转录组学	组合优化	转录组数据	大规模单细胞转录组学数据集
568	2024-08-26	Dynamic single-cell RNA sequencing reveals BCG vaccination curtails SARS-CoV-2 induced disease severity and lung inflammation 2022-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.15.484018 PMID:35313583	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术探讨BCG疫苗对COVID-19的影响，发现BCG疫苗能减轻SARS-CoV-2引起的疾病严重性和肺部炎症	首次通过单细胞RNA测序揭示BCG疫苗如何通过调节免疫细胞和基因表达来减轻COVID-19的严重性	研究仅在叙利亚金仓鼠模型中进行，可能需要进一步的人体试验验证	探讨BCG疫苗对COVID-19的影响及其免疫机制	BCG疫苗对COVID-19的免疫保护作用及其对肺部炎症的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	叙利亚金仓鼠模型
569	2024-08-26	The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery 2022-03-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030502 PMID:35328055	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在表达数量性状位点（eQTL）发现中的应用	单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上评估基因表达的时空变化，揭示了使用传统批量RNA测序方法可能忽略的不同细胞类型、发育阶段和刺激下的eQTL	文章指出单细胞eQTL研究在实验和分析方面仍需考虑未来的发展	探讨单细胞eQTL研究在大型群体遗传学中的应用，以更接近理解疾病的分子机制	单细胞RNA测序技术在eQTL发现中的方法学原理、优势、局限性及未来实验和分析考虑	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	NA
570	2024-08-26	A Phase II Study of Pembrolizumab in Combination with Capecitabine and Oxaliplatin with Molecular Profiling in Patients with Advanced Biliary Tract Carcinoma 2022-03-11, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyab073 PMID:35274717	研究论文	本研究评估了帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	本研究强调了针对个体化胆道癌肿瘤精确表征的设计框架	NA	评估帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	晚期胆道癌患者	NA	胆道癌	免疫组织化学（IHC）	NA	肿瘤活检样本	11名患者
571	2024-08-26	Deciphering tissue structure and function using spatial transcriptomics 2022-03-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03175-5 PMID:35273328	综述	本文综述了空间转录组学（ST）数据分析中的关键问题和当前应用的方法，并探讨了未来的发展方向	NA	NA	探讨空间转录组学数据分析中的问题和未来发展	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
572	2024-08-26	Single-cell RNA-seq reveals clonal diversity and prognostic genes of relapsed multiple myeloma 2022-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.757 PMID:35297204	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性多发性骨髓瘤的克隆多样性和预后基因	首次通过单细胞RNA测序和可变多样性结合区域靶向测序技术，分析了多发性骨髓瘤细胞的克隆类型，并识别了与疾病进展和复发相关的潜在生物标志物	研究样本仅包括18名患者，可能不足以全面代表所有多发性骨髓瘤患者的情况	旨在通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的疾病异质性，并识别新的生物标志物以改善患者分层和治疗结果预测	新诊断的多发性骨髓瘤和难治性/复发性多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和可变多样性结合区域靶向测序（scVDJ-seq）	CCA算法	基因表达数据	18名患者，其中12名新诊断的多发性骨髓瘤患者和6名难治性/复发性多发性骨髓瘤患者
573	2024-08-26	Molecular divergence of mammalian astrocyte progenitor cells at early gliogenesis 2022-03-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199985 PMID:35253855	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哺乳动物大脑发育早期星形胶质细胞前体细胞（APCs）的分子分化	首次揭示了哺乳动物大脑发育早期APCs的分子分化，并发现了两个分子上不同的APC亚群，分别标记为Sparc和Sparcl1	NA	探究哺乳动物大脑发育过程中星形胶质细胞前体细胞的分子分化	胚胎小鼠前脑的前体细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
574	2024-08-26	Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2022-02-25, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030428 PMID:35327982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的异质性，并识别了94个在肿瘤和周边细胞中差异表达的基因，构建了组织特异性的共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络	本研究仅分析了四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者的3389个细胞，样本量较小	理解胶质母细胞瘤的异质性和疾病预后机制	胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3389个细胞，来自四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者
575	2024-08-26	Diversification of multipotential postmitotic mouse retinal ganglion cell precursors into discrete types 2022-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73809 PMID:35191836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了新生（后有丝分裂）小鼠视网膜神经节细胞（RGC）前体细胞如何分化成约45种不同类型	研究表明RGC转录组类型身份并非在有丝分裂退出时指定，而是通过后有丝分裂多潜能前体细胞的逐步、非同步限制获得	NA	研究神经元类内离散类型的分子分化	小鼠视网膜神经节细胞前体细胞的分化	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约45种不同类型的小鼠视网膜神经节细胞前体细胞
576	2024-08-26	The Transcriptional Cell Atlas of Testis Development in Sheep at Pre-Sexual Maturity 2022-Jan-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44020033 PMID:35723319	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium单细胞RNA测序技术，对三只三个月大的公羊睾丸发育过程中的12,843个睾丸细胞进行了测序，并鉴定了多种细胞类型及其特定标记基因	首次在羊的睾丸发育过程中使用单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型及其在不同分化状态下的特定标记基因	NA	探索羊睾丸在性成熟前的发育过程及其细胞类型和分化状态	羊睾丸中的细胞类型及其在性成熟前的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	12,843个睾丸细胞
577	2024-08-26	Basal-Like Cell-Conditioned Medium Exerts Anti-Fibrotic Effects In Vitro and In Vivo 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.844119 PMID:35350187	研究论文	研究证实基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的抑制作用	首次通过单细胞RNA测序和体外实验证实基底样细胞通过旁分泌机制抑制特发性肺纤维化中的纤维化过程	NA	验证基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的影响	特发性肺纤维化中的基底样细胞及其对纤维化的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织样本及受博来霉素损伤的实验鼠
578	2024-08-26	Exploring the Genomic Patterns in Human and Mouse Cerebellums Via Single-Cell Sequencing and Machine Learning Method 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.857851 PMID:35309141	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索人鼠小脑的基因组模式	使用基因表达谱作为特征，实现了对不同小脑细胞类型的高效分类，揭示了人鼠小脑基因组模式的显著差异	NA	识别人鼠小脑四种亚细胞类型之间的转录差异	人鼠小脑的四种亚细胞类型：Golgi、颗粒、中间神经元和单极刷细胞	机器学习	NA	单细胞测序	分类模型	基因表达数据	共使用了321,387个单细胞测序数据，包括四种细胞类型：Golgi（5,048个，1.57%）、颗粒（250,307个，77.88%）、中间神经元（60,526个，18.83%）和单极刷细胞（5,506个，1.72%）
579	2024-08-25	A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies 2022-Mar-08, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-00893-x PMID:35260564	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗（单独或联合使用）后的肿瘤微环境中的免疫景观	首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应	三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两种三阴性乳腺癌小鼠模型
580	2024-08-25	Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis 2022-03-03, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac017 PMID:35143654	研究论文	本文展示了单细胞等位序列测序（Iso-Sequencing）与单细胞RNA测序结合使用，能快速提升3'-UTR注释的效率	首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性，从而改善单细胞RNA测序数据的解读	研究仅基于刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的数据，其普适性有待进一步验证	探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用	刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据