单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2024-08-05 |
Understanding the cellular interactome of non-alcoholic fatty liver disease
2022-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2022.100524
PMID:35845296
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综述 | 本文主要描述了非酒精性脂肪肝疾病的细胞相互作用网络。 | 介绍了快速发展的技术如何改变我们对NAFLD/NASH中细胞相互作用网络的理解，并利用这些信息开发新疗法。 | 未提及具体的实验数据和结果，只是综述现有的研究和技术。 | 探讨非酒精性脂肪肝疾病中的细胞相互作用及其对病理的影响。 | 主要关注非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）及其相关病理。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝疾病 | 单细胞基因组学、空间转录组学、单细胞配体-受体分析 | NA | NA | NA |
| 562 | 2024-08-05 |
Fundamental and practical approaches for single-cell ATAC-seq analysis
2022-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-022-00082-5
PMID:36313930
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综述 | 本文提供了关于单细胞ATAC-seq数据处理的实用指南，从质量评估到下游分析。 | 本文探讨了单细胞ATAC-seq在表观基因组分析中的应用及其对非编码变异功能的研究。 | 由于scATAC-seq数据的稀疏和噪声性质，处理数据需要不同的方法论和经验。 | 本研究旨在提供单细胞ATAC-seq数据处理的实用方法，以便于各种应用的研究。 | 研究对象包括单细胞水平测量的开放染色质区域及其在表观遗传调控中的作用。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 563 | 2024-08-05 |
Activated B cells suppress T-cell function through metabolic competition
2022-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005644
PMID:36543374
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研究论文 | 本研究揭示了活化B细胞的代谢活性对T细胞功能的抑制作用 | 首次揭示了活化B细胞的代谢活性对免疫调节及抗肿瘤T细胞反应的抑制作用 | 该研究可能未涵盖所有类型的肿瘤及B细胞的不同表现 | 探讨活化B细胞通过代谢竞争抑制T细胞功能的机制 | 活化B细胞及其对T细胞的影响 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 质量细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床样本 | NA |
| 564 | 2024-08-05 |
High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq
2022-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01361-8
PMID:35760914
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研究论文 | 本文开发了VASA-seq技术，以检测单细胞中的整体转录组 | VASA-seq能够捕获所有RNA分子的总转录组，克服了传统方法无法检测许多长非编码 RNA及非多腺苷酸化转录本的限制 | 本文未提到具体的限制因素 | 研究单细胞转录组，并分析不同发育阶段的RNA动态 | 在小鼠胚胎的胚胎发生和器官发生早期阶段研究超过30,000个单细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA数据 | 超过30,000个单细胞 |
| 565 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of senescent epithelia reveals targetable mechanisms promoting fibrosis
2022-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154124
PMID:36509292
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了促纤维化的可靶向机制。 | 首次使用单细胞RNA测序揭示了衰老上皮细胞在促进纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点。 | 研究主要集中在小鼠模型，具体在人类疾病中的机制需要进一步验证。 | 探讨衰老细胞如何影响器官纤维化和修复的机制。 | 研究对象包括小鼠模型和人类的肾脏与肝脏疾病。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了2个小鼠模型及验证人类样本 |
| 566 | 2024-08-05 |
Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression
2022-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01342-x
PMID:35697807
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研究论文 | 本文提出了一种从肿瘤样本中量化特定肿瘤总mRNA表达的方法 | 该研究开发了一种考虑转录物比例、纯度和倍性的新方法，以量化肿瘤特异性总mRNA表达 | 技术和分析挑战仍然存在，可能会影响大规模的全癌症总mRNA内容检查 | 研究总mRNA表达与肿瘤表型和临床结果之间的关系 | 6,590个患者肿瘤，涵盖15种癌症类型 | 数字病理学 | NA | bulk sequencing | NA | 转录组数据 | 6,590例患者肿瘤 |
| 567 | 2024-08-05 |
Distinct functional properties of murine perinatal and adult adipose progenitor subpopulations
2022-08, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-022-00613-w
PMID:35982290
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研究论文 | 本文揭示了小鼠外源性与成年脂肪前体细胞亚群的功能差异 | 本研究首先通过单细胞转录组学揭示了围产期和成年脂肪前体细胞之间在分子和功能上的重要差异 | 研究仅集中于小鼠模型，结果的可推广性仍需进一步验证 | 探讨围产期和成年白色脂肪组织中的脂肪前体细胞的功能特性 | 研究对象为小鼠中围产期和成年白色脂肪组织中的脂肪前体细胞 | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | NA | 男性小鼠的围产期和成年脂肪组织亚群 |
| 568 | 2024-08-05 |
Integration of Single-Cell Transcriptomics With a High Throughput Functional Screening Assay to Resolve Cell Type, Growth Kinetics, and Stemness Heterogeneity Within the Comma-1D Cell Line
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.894597
PMID:36630696
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研究论文 | 本研究利用高通量单细胞测序与功能筛选，分析Comma-1D细胞系的细胞类型、生长动力学和干性异质性 | 首次集成高通量单细胞 assays 研究细胞系内的克隆异质性，并提出了一种新的自动化细胞识别平台 | 当前细胞分离方法在功能上存在显著局限性，影响了对细胞特性的深入理解 | 研究Comma-1D细胞系中的细胞异质性及其生长动力学特征 | Comma-1D小鼠细胞系以及其中的细胞亚群 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, 单细胞功能表型检测 | NA | 基因组数据 | 5,195个测序细胞 |
| 569 | 2024-08-05 |
A new gene set identifies senescent cells and predicts senescence-associated pathways across tissues
2022-08-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32552-1
PMID:35974106
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研究论文 | 本研究生成了一组基因集(SenMayo)，用于识别衰老细胞并预测组织中的衰老相关通路 | 该基因集能在不同组织和物种中高效识别衰老细胞，具有重要的临床应用潜力 | 尚未讨论SenMayo在其他组织类型的识别能力 | 研究衰老细胞的识别和衰老相关通路的预测 | 研究对象包括人类和小鼠的骨髓及骨组织的衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因数据 | 来自两个老年人类队列的骨组织活检和小鼠的基因样本 |
| 570 | 2024-08-05 |
Cellular reprogramming with ATOH1, GFI1, and POU4F3 implicate epigenetic changes and cell-cell signaling as obstacles to hair cell regeneration in mature mammals
2022-11-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79712
PMID:36445327
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研究论文 | 该研究探讨了使用ATOH1、GFI1和POU4F3进行耳蜗再编程，以克服在成熟哺乳动物中毛细胞再生的障碍 | 揭示了老年动物毛细胞再编程的表观遗传障碍和细胞间信号传导的影响 | 只在特定的转录因子组合下进行了研究，未充分评估其他可能的因素 | 研究耳蜗中毛细胞特异性转录因子对听力恢复的影响 | 使用Cre诱导小鼠模型来比较不同转录因子的毛细胞再编程效果 | 数字病理学 | 听力损失 | scRNA-seq和ATAC-seq | NA | 细胞 | 新生小鼠与1周龄小鼠的比较 |
| 571 | 2024-08-05 |
Anti-diabetic drug canagliflozin hinders skeletal muscle regeneration in mice
2022-Oct, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-022-00878-7
PMID:35217814
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研究论文 | 这篇文章探讨了抗糖尿病药物canagliflozin对小鼠骨骼肌再生的影响 | 首次揭示了canagliflozin在骨骼肌再生中的负面作用以及LARS2在肌肉干细胞中的关键角色 | 主要研究了小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 研究canagliflozin对小鼠缺血性下肢肌肉再生的影响 | 小鼠和C2C12肌母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 肌肉组织和细胞数据 | 小鼠模型和细胞实验的具体样本量未提及 |
| 572 | 2024-08-05 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in mouse and human tissues
2022-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05094-1
PMID:35978191
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研究论文 | 本文描述了一种通过空间-ATAC-seq方法对组织切片进行空间分辨的染色质可及性分析 | 创新之处在于结合了原位Tn5转座化学和微流体确定性条形码，能够在细胞水平和基因组规模上捕捉组织的空间表观遗传信息 | NA | 研究目的在于改善对细胞身份、状态及命运决策的理解，尤其是与表观遗传基础相关的部分 | 研究对象包括小鼠和人类的脑组织以及扁桃体组织 | 空间生物学 | NA | 下一代测序 | NA | 组织切片 | 使用了小鼠胚胎和扁桃体组织样本 |
| 573 | 2024-08-05 |
Hermansky-Pudlak syndrome type 1 causes impaired anti-microbial immunity and inflammation due to dysregulated immunometabolism
2022-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-022-00572-1
PMID:36302964
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研究论文 | 本研究探讨了Hermansky-Pudlak综合症1型中免疫代谢失调对抗微生物免疫和炎症的影响 | 揭示了HPS1缺乏如何通过Rab32介导的mTOR信号通路改变代谢程序，并影响抗微生物反应 | 该研究的细胞机制和临床显著性仍需进一步验证 | 理解Hermansky-Pudlak综合症1型中炎症的细胞基础 | 研究HPS-1患者的外周血细胞和血清 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 大规模细胞测定、蛋白组学和转录组学分析 | NA | 血液样本、组织样本 | HPS-1患者的外周血细胞和血清样本 |
| 574 | 2024-08-05 |
High-resolution transcriptomics informs glial pathology in human temporal lobe epilepsy
2022-10-23, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-022-01453-1
PMID:36274170
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研究论文 | 本研究验证了一种从人类大脑皮层中同时分离神经元、星形胶质细胞和少突胶质前体细胞的方法，并研究了与颞叶癫痫相关的转录组特征 | 首次揭示了颞叶癫痫中特异性混合胶质亚群的存在，并表明其表达反应性星形胶质细胞和少突胶质细胞的特征 | 样本数量较小，可能影响结果的广泛适用性 | 研究癫痫中的神经元和胶质细胞之间的复杂相互作用及其转录组特征 | 从癫痫手术样本中分离的神经元和胶质细胞群体 | 数字病理学 | 癫痫 | RNA-seq，单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 包含四个额外的人类TLE样本和对照样本 |
| 575 | 2024-08-05 |
Degradation-resistant implanted biomaterials establish an immunosuppressive microenvironment that induces T cell exhaustion by recruiting myeloid cells
2022-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2021.10.007
PMID:38933993
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研究论文 | 研究表明，耐降解的钛基植入材料通过招募髓系细胞建立免疫抑制微环境，从而诱导T细胞耗竭 | 首次揭示了钛基植入物如何通过招募髓系细胞形成免疫抑制微环境 | 对植入物周围免疫环境的影响机制尚需进一步探索 | 探索植入生物材料对局部免疫环境的影响 | 耐降解的钛基植入材料及其对周围免疫环境的影响 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 576 | 2024-08-05 |
Multi-tissue scRNA-seq reveals immune cell landscape of turbot (Scophthalmus maximus)
2022-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2021.12.015
PMID:38933994
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研究论文 | 本文开发了一个鲽鱼的动态细菌感染模型，并创建了鱼类免疫细胞景观。 | 首次系统性解析了鲽鱼中的免疫细胞亚群及其在细菌感染中的双重功能 | 主要集中于鲽鱼，结果可能不适用于其他鱼类 | 阐明骨鱼类免疫细胞的细致分布和功能 | 鲽鱼（Scophthalmus maximus） | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 表达谱数据 | NA |
| 577 | 2024-08-05 |
Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease
2022-11-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01136-5
PMID:36447241
|
研究论文 | 本研究综述了阿尔茨海默病中细胞类型特异性变更的主要发现 | 首次将多个阿尔茨海默病相关研究的结果汇总，并将其置于大规模组学研究的整体背景中 | 虽然研究涵盖了多种主要细胞类型，但每项研究均聚焦于特定细胞类型的变化 | 考察阿尔茨海默病中细胞类型组成和分子特征的变化 | 阿尔茨海默病患者与未诊断捐献者的脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq | 多项研究涉及了不同的脑组织样本 |
| 578 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state
2022-04-29, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awab446
PMID:34919646
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研究论文 | 该研究揭示了人类中脑的胶质细胞激活和特定于帕金森病的神经元状态 | 首次通过单核RNA测序揭示了特定于帕金森病的神经元细胞集群及其在运动障碍中的作用 | 研究仍需更多探讨以确认免疫信号和免疫调节治疗在帕金森病中的作用 | 表征所有中脑细胞类型在帕金森病病理中的贡献 | 来自六例特发性帕金森病患者及五例年龄/性别匹配对照的中脑单核样本 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41,000多单核转录组，来自六例特发性帕金森病患者和五例匹配对照 |
| 579 | 2024-08-05 |
Reconstructing codependent cellular cross-talk in lung adenocarcinoma using REMI
2022-Mar-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abi4757
PMID:35302849
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研究论文 | 本研究提出REMI，一个图形算法，通过考虑配体-受体依赖性来重建肺腺癌中的细胞交互作用 | 提出了一种新型算法REMI，能够处理高维小样本数据集并考虑配体-受体交互之间的依赖性 | 当前方法依赖于小样本数据，可能在推广性和准确性上存在限制 | 研究细胞交互作用在肺腺癌中的重建，以识别与临床相关的交互 | 关注人类肺腺癌（LUAD）的配体-受体交互作用及其在肿瘤-基质-免疫亚群中的前景特征 | 计算机视觉 | 肺癌 | RNA测序 | 图算法 | 转录组数据 | 使用了来自流式分选的RNA测序数据集和单细胞转录组数据 |
| 580 | 2024-08-05 |
The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage
2022-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28497-0
PMID:35149721
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学定义了小鼠肠道在稳态和愈合过程中的转录组景观 | 揭示了结肠在稳态条件下的分子区域化特征，及其在粘膜愈合过程中的显著变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全代表人类的相应机制 | 探讨小鼠肠道在愈合过程中转录组的空间组织 | 小鼠结肠的转录组及其在愈合过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |