单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-08-07 |
The human myocardium harbors a population of naive B-cells with a distinctive gene expression signature conserved across species
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.973211
PMID:36248879
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研究论文 | 本文通过免疫组织化学染色和单细胞测序技术，研究了人类心肌中的B细胞数量、分布及其基因表达特征，并与小鼠数据进行了比较 | 首次详细描述了人类心肌中B细胞的分布和基因表达特征，并发现这些特征在不同物种间具有保守性 | 研究主要基于公开数据集和少量心脏辅助设备接受者的样本，可能需要更多临床样本以验证结果 | 探讨人类心肌中B细胞的生物学特性及其在心脏疾病治疗中的潜在应用 | 人类心肌中的B细胞及其基因表达特征 | 免疫学 | 心脏疾病 | 免疫组织化学染色，单细胞测序 | NA | 组织样本，基因表达数据 | 分析了健康人类心脏样本中的B细胞与T细胞比例，以及心脏辅助设备接受者的心脏和外周血样本 |
| 542 | 2024-08-07 |
A molecular atlas of the human postmenopausal fallopian tube and ovary from single-cell RNA and ATAC sequencing
2022-12-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111838
PMID:36543131
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，构建了人类绝经后输卵管和卵巢的分子图谱 | 首次提供了绝经后输卵管和卵巢的单细胞转录组和染色质可及性图谱，揭示了不同细胞类型在基因表达和调控上的差异 | NA | 生成绝经后卵巢和输卵管的单细胞转录组和调控组学图谱，以增进对更年期妇科疾病的理解 | 绝经后的人类卵巢和输卵管 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 转录组和染色质可及性数据 | 86,708个细胞用于scRNA-seq，59,830个细胞用于scATAC-seq |
| 543 | 2024-08-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics of the infarcted heart define the dynamic onset of the border zone in response to mechanical destabilization
2022-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00160-3
PMID:39086770
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研究论文 | 本文通过单细胞/核RNA测序、空间转录组学和多重RNA荧光原位杂交技术，重新定义了心肌梗死边界区（BZ）的细胞和分子机制。 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术详细描述了心肌梗死边界区的动态变化，并提出了‘邻居丢失’假说来解释其转录反应的机制。 | NA | 深入理解心肌梗死边界区的细胞和分子机制。 | 心肌梗死边界区的细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重RNA荧光原位杂交 | NA | 转录组数据 | NA |
| 544 | 2024-08-05 |
Perspectives on Bulk-Tissue RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing for Cardiac Transcriptomics
2022, Frontiers in molecular medicine
DOI:10.3389/fmmed.2022.839338
PMID:39086967
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评论 | 本文探讨了心脏转录组学中对大规模组织RNA测序和单细胞RNA测序的看法 | 提出了单细胞测序在心脏功能和衰竭研究中的应用潜力 | 尚未完全理解心脏内细胞类型之间的复杂相互作用 | 旨在为使用NGS技术进行转录组研究的研究人员提供入门指南 | 关注心脏在功能和衰竭中的遗传和转录组贡献 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 下一代测序 (NGS) | NA | NA | NA |
| 545 | 2024-08-05 |
Mesenchymal cell replacement corrects thymic hypoplasia in murine models of 22q11.2 deletion syndrome
2022-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI160101
PMID:36136514
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研究论文 | 该文章探讨了在22q11.2缺失综合症小鼠模型中，间充质细胞替代如何纠正胸腺发育不良的机制。 | 发现间充质细胞是造成22q11.2缺失综合症小鼠模型中胸腺发育不良的原因，并通过正常间充质细胞替代进行纠正。 | 没有提到该研究的具体局限性 | 研究22q11.2缺失综合症导致的胸腺发育不良的分子基础及其纠正方法。 | 使用22q11.2缺失综合症的小鼠模型作为研究对象。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括小鼠模型的胚胎胸腺 |
| 546 | 2024-08-05 |
Construction of Prediction Model for Atrial Fibrillation with Valvular Heart Disease Based on Machine Learning
2022-Jul, Reviews in cardiovascular medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.31083/j.rcm2307247
PMID:39076905
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研究论文 | 本研究探讨了瓣膜性心脏病进展的分子机制并提供了房颤-瓣膜性心脏病的候选治疗靶点 | 使用机器学习方法筛选了与AF-VHD相关的核心基因，为房颤的生物标志物和治疗靶点提供了新的见解 | 未提及具体的样本特征和临床数据的多样性 | 探讨瓣膜性心脏病进展的分子机制 | 重点分析与房颤-瓣膜性心脏病相关的核心基因 | 机器学习 | 房颤 | RNA微阵列分析、机器学习、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 819个差异表达基因 |
| 547 | 2024-08-05 |
Unsupervised cell functional annotation for single-cell RNA-seq
2022-Sep-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276609.122
PMID:35764397
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研究论文 | 本文章介绍了一种新的神经网络方法UNIFAN，用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据进行细胞功能注释和聚类 | UNIFAN将细胞聚类和注释结合在一起，利用已知基因集来改善细胞类型分配，具有创新性 | 缺乏对不同细胞类型间复杂相互作用的深入分析 | 开发一种新的无监督方法来提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型分配准确性 | 人类和小鼠的单细胞RNA-seq数据集，来源于多个不同的器官 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同器官的不同样本 |
| 548 | 2024-08-05 |
Identifying cell state-associated alternative splicing events and their coregulation
2022-Jul-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276109.121
PMID:35858747
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研究论文 | 本研究提出了一种新的方法Psix，以识别单细胞中的替代剪接事件及其共调控 | Psix方法利用稳健的概率模型，能够在数据限制下自信地识别替代剪接，从而揭示细胞类型依赖的剪接模式和调控网络 | 该方法依赖于单细胞RNA测序的质量和数据，可能受到样本质量的限制 | 揭示替代剪接如何影响单细胞转录组和细胞身份 | 使用小鼠大脑发育过程中的数据来研究替代剪接模式 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 概率模型 | RNA序列数据 | NA |
| 549 | 2024-08-05 |
Zebrafish transposable elements show extensive diversification in age, genomic distribution, and developmental expression
2022-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.275655.121
PMID:34987056
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼转座元件（TEs）的群体学特征和基因组分布及其在胚胎发育中的表达 | 揭示了斑马鱼中近2000个不同TE家族的多样性，并显示出TE在发育过程中的动态表达模式 | 目前对斑马鱼TE的研究仍然不足，表征还不够详细 | 探讨转座元件对脊椎动物发育的影响 | 斑马鱼转座元件及其在胚胎发育中的表达 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了大量和单细胞RNA测序数据 |
| 550 | 2024-08-05 |
TNFR2 pathways are fully active in cancer regulatory T cells
2022-Feb-24, Bioscience, biotechnology, and biochemistry
DOI:10.1093/bbb/zbab226
PMID:35015831
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研究论文 | 本研究阐明了肿瘤坏死因子受体2 (TNFR2) 在癌症调节性T细胞中的信号传导机制 | 研究首次揭示了TNFR2在癌症Treg中的多个通路的全面激活 | 信号机制尚未完全阐明，可能影响结果的全面性 | 旨在明确TNFR2在人体调节性T细胞中的信号传导 | 研究对象为接受TNFR2激动剂抗体处理的人类调节性T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 扩增子测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 551 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq recognized the initiator of epithelial ovarian cancer recurrence
2022-Feb, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-02139-z
PMID:34992217
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别出上皮性卵巢癌复发的初始细胞 | 发现了CYR61“应激”亚群作为复发起始细胞，增进了对上皮性卵巢癌复发机制的理解 | 研究中样本可能存在的异质性未能完全消除 | 探究上皮性卵巢癌复发的起源及机制 | 来自原发、未治疗腹膜转移和复发肿瘤的13369个细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 13369个细胞 |
| 552 | 2024-08-05 |
A neural network-based method for exhaustive cell label assignment using single cell RNA-seq data
2022-Jan-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-04473-4
PMID:35042860
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研究论文 | 本文开发了一种基于神经网络的方法NeuCA，用于使用单细胞RNA-seq数据进行细胞注释。 | 该方法利用细胞类型的层次结构信息来提高注释准确性，特别是对于相似细胞类型的数据。 | 该方法可能对未知细胞类型仍然标记为未分配，特别是在无法预期未知细胞类型的情况下。 | 本文旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞注释准确性。 | 研究对象为单细胞RNA测序数据，特别是来自已研究组织的数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA-seq数据 | 应用于八个真实数据集 |
| 553 | 2024-08-05 |
InterCellar enables interactive analysis and exploration of cell-cell communication in single-cell transcriptomic data
2022-Jan-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02986-2
PMID:35017628
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研究论文 | InterCellar是一个互动平台，支持科学家分析和探索单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信 | Strikingly, InterCellar使实验室科学家能够在无需编程技能的情况下分析和探索细胞-细胞通信 | 尽管InterCellar提供了便捷的分析功能，但其效果仍然依赖用户对生物学信号的理解 | 本研究旨在提供一个无编程需求的工具，帮助分析单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信 | 主要研究COVID-19和黑色素瘤中的细胞-细胞交互 | 数字病理学 | COVID-19, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据驱动分析 | 分析了来自COVID-19和黑色素瘤的细胞-细胞交互数据 |
| 554 | 2024-08-05 |
Morphological characteristics and a single-cell analysis provide insights into function of immune and fat storage in the lamprey supraneural body
2022-Jan, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2021.106131
PMID:34838690
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研究论文 | 本文探讨了灯盏细鱼上神经体的形态特征和单细胞分析，揭示了其在免疫和脂肪储存中的功能 | 首次利用单细胞转录组测序揭示上神经体中至少四种细胞类型及其独特的分子组成 | 对上神经体细胞的生理功能知之甚少，仍需深入研究 | 探究上神经体在免疫和脂肪储存中的生理功能 | 研究了上神经体中的白色脂肪细胞、粒细胞、淋巴细胞和红细胞等多种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 555 | 2024-08-05 |
A zebrafish reporter line reveals immune and neuronal expression of endogenous retrovirus
2022-04-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.048921
PMID:35142349
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研究论文 | 这项研究揭示了斑马鱼内源性逆转录病毒在免疫和神经系统中的表达 | 首个在任何物种中建立的体内逆转录病毒报告线，提供了新工具来研究ERV的功能 | 对哺乳动物基因组中众多复制的研究尚存在工具不足的问题 | 研究内源性逆转录病毒（ERV）在健康和疾病中的作用 | 斑马鱼内源性逆转录病毒zferv的八个拷贝 | 数字病理 | 自体炎症疾病与神经疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、活体成像 | NA | NA | NA |
| 556 | 2024-08-05 |
CTpathway: a CrossTalk-based pathway enrichment analysis method for cancer research
2022-10-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01119-6
PMID:36229842
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研究论文 | CTpathway是一种基于交叉通路的通路富集分析方法，适用于癌症研究 | CTpathway整合了路径交叉、分子相互作用和网络拓扑等关键路径特征，从而提供了一种新的PEA方法 | 现有的PEA方法未能充分整合必要的路径特征，导致许多风险路径未被调查 | 研究通路富集分析方法以识别癌症的风险路径 | 通过基因差异表达和交叉效应分析风险基因及其富集的风险路径 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 基因表达谱 | 超过8300个表达谱覆盖十种癌症组织和血液样本 |
| 557 | 2024-08-05 |
Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair
2022-11, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-022-00919-5
PMID:36127466
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研究论文 | 该文章探讨了巨噬细胞中特异性抑制组蛋白去甲基化酶JMJD3如何减少STING表达及糖尿病伤口修复过程中的病理性炎症 | 文章首次揭示了JMJD3在糖尿病伤口巨噬细胞中的作用及其对炎症的调节机制 | 该研究主要集中在小鼠模型与人类糖尿病伤口巨噬细胞上，可能在其他类型的伤口或免疫细胞中没有通用性 | 研究JMJD3在糖尿病伤口愈合中的作用及其相关机制 | 研究对象为糖尿病状况下的伤口巨噬细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自小鼠和人类的糖尿病伤口巨噬细胞 |
| 558 | 2024-08-05 |
Critical changes in hypothalamic gene networks in response to pancreatic cancer as found by single-cell RNA sequencing
2022-04, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2022.101441
PMID:35031523
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研究论文 | 本研究探讨了胰腺癌对下丘脑基因网络的影响，特别是在癌症恶病质中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序分析了下丘脑在胰腺癌引起的恶病质响应中的细胞类型特异性变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，临床转化仍需更多研究 | 揭示胰腺癌导致的恶病质对下丘脑的分子影响 | 小鼠模型的下丘脑及其对胰腺癌的响应 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型的具体样本数量未在摘要中提供 |
| 559 | 2024-08-05 |
Celda: a Bayesian model to perform co-clustering of genes into modules and cells into subpopulations using single-cell RNA-seq data
2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac066
PMID:36110899
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研究论文 | 本文开发了一种名为Celda的新型贝叶斯模型，用于对单细胞RNA-seq数据中的基因和细胞进行共同聚类 | Celda能够量化每个基因对每个模块的概率贡献，并在其他常用流程中遗漏的细胞亚群中取得新的发现 | 未提及 | 揭示复杂组织的分子和细胞构建块，并表征转录程序及细胞异质性 | 使用单细胞RNA-seq数据进行基因和细胞的共同聚类分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 贝叶斯层次模型 | 基因表达数据 | 外周血单核细胞数据集 |
| 560 | 2024-08-05 |
A time-resolved, multi-symbol molecular recorder via sequential genome editing
2022-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04922-8
PMID:35794474
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研究论文 | 本文描述了DNA打字机的系统，作为一种体内分子记录的通用方法 | 提出了一种新的分子记录方法，克服了现有DNA记忆设备的限制，能够捕捉事件的顺序和同时记录多个符号 | 尚未提及具体的限制因素 | 实现体内分子记录，记录复杂事件历史和短文本信息 | 使用单细胞RNA测序重建3,257个细胞的单系谱 | 数字病理学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 3,257个细胞 |