单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-08-26	Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2022-02-25, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030428 PMID:35327982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的异质性，并识别了94个在肿瘤和周边细胞中差异表达的基因，构建了组织特异性的共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络	本研究仅分析了四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者的3389个细胞，样本量较小	理解胶质母细胞瘤的异质性和疾病预后机制	胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3389个细胞，来自四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者
542	2024-08-26	Diversification of multipotential postmitotic mouse retinal ganglion cell precursors into discrete types 2022-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73809 PMID:35191836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了新生（后有丝分裂）小鼠视网膜神经节细胞（RGC）前体细胞如何分化成约45种不同类型	研究表明RGC转录组类型身份并非在有丝分裂退出时指定，而是通过后有丝分裂多潜能前体细胞的逐步、非同步限制获得	NA	研究神经元类内离散类型的分子分化	小鼠视网膜神经节细胞前体细胞的分化	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约45种不同类型的小鼠视网膜神经节细胞前体细胞
543	2024-08-26	The Transcriptional Cell Atlas of Testis Development in Sheep at Pre-Sexual Maturity 2022-Jan-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44020033 PMID:35723319	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium单细胞RNA测序技术，对三只三个月大的公羊睾丸发育过程中的12,843个睾丸细胞进行了测序，并鉴定了多种细胞类型及其特定标记基因	首次在羊的睾丸发育过程中使用单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型及其在不同分化状态下的特定标记基因	NA	探索羊睾丸在性成熟前的发育过程及其细胞类型和分化状态	羊睾丸中的细胞类型及其在性成熟前的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	12,843个睾丸细胞
544	2024-08-26	Basal-Like Cell-Conditioned Medium Exerts Anti-Fibrotic Effects In Vitro and In Vivo 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.844119 PMID:35350187	研究论文	研究证实基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的抑制作用	首次通过单细胞RNA测序和体外实验证实基底样细胞通过旁分泌机制抑制特发性肺纤维化中的纤维化过程	NA	验证基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的影响	特发性肺纤维化中的基底样细胞及其对纤维化的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织样本及受博来霉素损伤的实验鼠
545	2024-08-26	Exploring the Genomic Patterns in Human and Mouse Cerebellums Via Single-Cell Sequencing and Machine Learning Method 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.857851 PMID:35309141	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索人鼠小脑的基因组模式	使用基因表达谱作为特征，实现了对不同小脑细胞类型的高效分类，揭示了人鼠小脑基因组模式的显著差异	NA	识别人鼠小脑四种亚细胞类型之间的转录差异	人鼠小脑的四种亚细胞类型：Golgi、颗粒、中间神经元和单极刷细胞	机器学习	NA	单细胞测序	分类模型	基因表达数据	共使用了321,387个单细胞测序数据，包括四种细胞类型：Golgi（5,048个，1.57%）、颗粒（250,307个，77.88%）、中间神经元（60,526个，18.83%）和单极刷细胞（5,506个，1.72%）
546	2024-08-25	A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies 2022-Mar-08, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-00893-x PMID:35260564	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗（单独或联合使用）后的肿瘤微环境中的免疫景观	首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应	三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两种三阴性乳腺癌小鼠模型
547	2024-08-25	Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis 2022-03-03, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac017 PMID:35143654	研究论文	本文展示了单细胞等位序列测序（Iso-Sequencing）与单细胞RNA测序结合使用，能快速提升3'-UTR注释的效率	首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性，从而改善单细胞RNA测序数据的解读	研究仅基于刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的数据，其普适性有待进一步验证	探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用	刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据
548	2024-08-25	Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior 2022-03-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.12.002 PMID:34982958	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠腹侧内侧下丘脑（VMHvl）中两种不同的雌激素受体-1阳性神经元亚型，这些亚型分别控制着雌性小鼠的性接受性和攻击性行为	首次阐明了雌性小鼠在不同生殖状态下对同种刺激产生不同行为反应的神经机制	NA	探究雌性小鼠在不同生殖状态下社会行为的神经基础	雌性小鼠的神经元亚型及其在不同生殖状态下的行为控制	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	神经元活动数据	NA
549	2024-08-25	Single-cell gene fusion detection by scFusion 2022-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28661-6 PMID:35228538	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因融合检测计算工具scFusion，并通过模拟和真实数据集评估了其性能	scFusion能够高效且敏感地检测基因融合，具有较低的假发现率，并能在单细胞水平上检测到其他方法无法发现的融合事件	NA	开发和评估一种新的计算工具，用于在单细胞水平上检测基因融合	基因融合在肿瘤发生和进展中的作用	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五个真实单细胞RNA测序数据集
550	2024-08-25	Klf4 methylated by Prmt1 restrains the commitment of primitive endoderm 2022-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac054 PMID:35137179	研究论文	研究报告了Prmt1在原始内胚层（PrE）形成中的重要作用，以及Prmt1介导的Klf4甲基化在细胞命运决定中的机制	首次揭示了Prmt1通过甲基化Klf4来调控原始内胚层形成的分子机制	NA	探索哺乳动物胚胎发育早期原始内胚层形成的分子机制	Prmt1在原始内胚层形成中的作用及Klf4甲基化的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞（mESCs）
551	2024-08-25	Single-cell transcriptomics analysis reveals intratumoral heterogeneity and identifies a gene signature associated with prognosis of hepatocellular carcinoma 2022-02-25, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20212560 PMID:35169832	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者的肿瘤组织，揭示了肿瘤内异质性并识别出与肝细胞癌预后相关的基因特征	首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌的肿瘤内异质性，并识别出与预后相关的基因特征	研究仅基于一名肝细胞癌患者的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	揭示肝细胞癌的肿瘤内异质性并识别与预后相关的基因特征	肝细胞癌患者的肿瘤组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5753个细胞，来自一名肝细胞癌患者
552	2024-08-25	A Primer for Single-Cell Sequencing in Non-Model Organisms 2022-02-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020380 PMID:35205423	研究论文	本文介绍了在非模式生物中进行单细胞测序研究的一般工作流程和注意事项	探讨了在非模式生物中应用单细胞测序技术的可能性，这有助于深入理解基因型与表型之间的关系及生物变异的基础	研究仅限于多细胞动物	探索在非模式生物中应用单细胞测序技术，以解决传统模式生物无法触及的问题	非模式生物中的单细胞测序	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
553	2024-08-25	scInTime: A Computational Method Leveraging Single-Cell Trajectory and Gene Regulatory Networks to Identify Master Regulators of Cellular Differentiation 2022-02-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020371 PMID:35205415	研究论文	本文介绍了一种名为scInTime的无监督机器学习框架，该框架结合单细胞基因调控网络（scGRNs）和推断的细胞轨迹，用于识别细胞分化的主调控基因	scInTime框架通过整合不同伪时间点的基因调控网络信息，提供了更易解释的轨迹推断结果	NA	开发一种新的计算方法，通过结合单细胞轨迹和基因调控网络来识别细胞分化的主调控基因	单细胞RNA测序数据中的细胞分化主调控基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	无监督机器学习框架	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
554	2024-08-25	T-cell dysfunction in the glioblastoma microenvironment is mediated by myeloid cells releasing interleukin-10 2022-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28523-1 PMID:35177622	研究论文	本文通过应用一个集成空间解析和单细胞基因表达数据的计算多维模型，研究了胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的原因	本文首次展示了通过集成单细胞和空间转录组学数据的多维模型来探究肿瘤免疫微环境	NA	研究胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的机制	胶质母细胞瘤中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	脑癌	单细胞和空间转录组学	多维模型	基因表达数据	45,615个免疫细胞来自12个肿瘤样本
555	2024-08-25	Ligand-mediated PAI-1 inhibition in a mouse model of peritoneal carcinomatosis 2022-02-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100526 PMID:35243423	研究论文	本研究通过功能和转录组实验，识别出STAT3信号通路在腹膜癌病（PC）中的关键作用，并通过综合分析公共数据库和临床队列数据，验证了基于PAI-1水平的分子分层在PC治疗中的潜在应用	首次揭示了PAI-1在腹膜癌病中的分泌来源及其作为预后生物标志物的潜力，并提出了基于旁分泌依赖性的治疗新策略	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需要进一步的临床试验验证	探索腹膜癌病中的关键信号通路及其治疗潜力	腹膜癌病细胞、STAT3信号通路、PAI-1水平	数字病理学	腹膜癌	单细胞测序	NA	转录组数据	临床队列研究涉及7,359例患者，前瞻性研究涉及149例患者
556	2024-08-25	Novel Insights into the Stemness and Immune Privilege of Mesenchymal Stem Cells from Human Wharton Jelly by Single-Cell RNA Sequencing 2022-Feb-14, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research IF:2.2Q3 DOI:10.12659/MSM.934660 PMID:35153292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）的基因表达，以探讨其干细胞特性和免疫特性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了WJ-MSCs的基因表达异质性，并发现只有部分细胞具有真正的干细胞特性，同时质疑了WJ-MSCs的免疫特权	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证	探究WJ-MSCs的干细胞特性和免疫特性	人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及的WJ-MSCs细胞数量未在摘要中明确提及
557	2024-08-25	IQCELL: A platform for predicting the effect of gene perturbations on developmental trajectories using single-cell RNA-seq data 2022-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009907 PMID:35213533	研究论文	本文介绍了一个名为IQCELL的平台，该平台利用单细胞RNA测序数据直接推断、模拟和研究可执行的逻辑基因调控网络（GRN）	IQCELL平台能够从单细胞RNA测序数据中直接推断出可执行的逻辑基因调控网络，并模拟基本假设以控制干细胞命运	NA	开发一个平台，用于从单细胞RNA测序数据中推断、模拟和研究可执行的基因调控网络	早期小鼠T细胞和红细胞发育的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	逻辑基因调控网络（GRN）	单细胞RNA测序数据	早期小鼠T细胞和红细胞发育的数据
558	2024-08-25	Single-cell RNA sequencing reveals the multi-cellular ecosystem in different radiological components of pulmonary part-solid nodules 2022-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.723 PMID:35184398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺部部分实性结节中不同放射学成分的多细胞生态系统	首次在单细胞分辨率下全面剖析了部分实性结节中磨玻璃和实性成分的多细胞生态系统，并揭示了恶性细胞和肿瘤微环境中关键信号通路的转录差异	研究样本量较小，仅包括12名未经治疗的患者，可能影响结果的普遍性	探讨早期肺腺癌中不同放射学表型的肿瘤微环境和转录特征	肺部部分实性结节的磨玻璃和实性成分	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	Seurat v3.1.5	单细胞数据	12名患者的部分实性结节和5名患者的正常肺组织
559	2024-08-25	Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing 2022-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.730 PMID:35184420	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胃癌器官特异性转移的转录异质性	发现了与侵袭特征、腹腔内转移倾向、上皮-间质转化诱导的肿瘤干细胞表型或休眠样特征相关的恶性上皮亚群，并揭示了免疫和基质细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	NA	解析胃癌及其转移的肿瘤内和肿瘤间异质性，识别有效的治疗靶点	来自6名患者的10个新鲜人体组织样本，包括原发肿瘤、邻近非肿瘤样本及不同器官或组织的转移瘤	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	407个样本的胃癌队列
560	2024-08-25	Autism genes converge on asynchronous development of shared neuron classes 2022-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-04358-6 PMID:35110736	研究论文	本文利用人脑皮质类器官模型，通过单细胞RNA测序和蛋白质组分析，研究了三个自闭症谱系障碍（ASD）风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。	首次揭示了这些基因突变导致的特定神经元类型发育不同步，并展示了这些异常如何受个体基因组背景的精细调节。	研究主要集中在类器官模型上，可能与真实人脑环境存在差异。	探究自闭症谱系障碍风险基因在人脑皮质中的细胞类型特异性发育异常。	三个自闭症谱系障碍风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组分析	NA	细胞、蛋白质	超过745,000个细胞和多个来自不同捐赠者的细胞系