单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-08-28	scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation 2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2022.100434 PMID:35510185	research paper	本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测	scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能	NA	开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能	基因功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
502	2024-08-28	Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01316-6 PMID:34789849	研究论文	本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变	首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制	研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织	探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志	精神分裂症患者来源的大脑类器官	数字病理学	精神疾病	单细胞测序	NA	细胞	未具体说明样本数量
503	2024-08-28	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文介绍了一种名为SINGE的算法，用于从有序的单细胞基因表达数据中推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果回归来平滑不规则的伪时间点和缺失的表达值，并通过集成回归分析的预测来编译转录调控因子和目标基因之间的候选交互列表	在详细检查中，发现个别调控因子的性能较差和无信息的伪时间点	开发一种新的算法用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	单细胞基因表达数据和基因调控网络	生物信息学	NA	Granger因果分析	回归分析	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
504	2024-08-28	Extrinsic KRAS Signaling Shapes the Pancreatic Microenvironment Through Fibroblast Reprogramming 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.016 PMID:35245687	研究论文	研究了致癌KRAS信号如何通过重编程胰腺成纤维细胞来塑造胰腺肿瘤微环境	揭示了非细胞自主的致癌KRAS信号如何重编程胰腺成纤维细胞，激活炎症基因表达程序，从而影响肿瘤微环境	NA	探讨致癌KRAS在胰腺肿瘤微环境中的作用机制	胰腺肿瘤微环境和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用遗传工程小鼠模型
505	2024-08-28	An Optimized Tissue Dissociation Protocol for Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Fresh and Cultured Human Skin Biopsies 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.872688 PMID:35573685	研究论文	本文介绍了一种优化的组织解离协议，用于从新鲜和培养的人类皮肤活检中制备高质量的皮肤细胞悬浮液，以便进行深入的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。	该协议能够从新鲜解离的小型皮肤活检中持续分离出大量高存活率的皮肤细胞，并成功识别了罕见的细胞群，如肥大细胞。	NA	旨在开发一种高效的组织解离协议，以促进对人类皮肤病理和皮肤移植实验的单细胞RNA测序发现。	新鲜和培养的人类皮肤活检。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	小型新鲜解离的皮肤活检和培养的皮肤活检碎片
506	2024-08-28	The Comprehensive Analysis Identified an Autophagy Signature for the Prognosis and the Immunotherapy Efficiency Prediction in Lung Adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.749241 PMID:35529878	研究论文	本研究通过综合分析鉴定出一种自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	本研究首次发现并验证了一种基于自噬相关基因的特征，能够预测肺腺癌患者的预后和免疫检查点治疗的效率	NA	鉴定一种新的自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	肿瘤样本2181个，正常样本419个，独立验证队列70个肺腺癌患者
507	2024-08-28	Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.845942 PMID:35498045	综述	本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解	采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制	单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战	总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
508	2024-08-28	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Inter-Tumor Heterogeneity in Bilateral Papillary Thyroid Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.840811 PMID:35515000	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了双侧乳头状甲状腺癌中的肿瘤间异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境，揭示了其细胞组成和表型特征	研究样本量相对较小，且仅限于特定的甲状腺癌类型	探究双侧乳头状甲状腺癌肿瘤微环境中的细胞组成和表型特征	双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,561个细胞来自3对双侧乳头状甲状腺癌和1个非肿瘤甲状腺样本
509	2024-08-27	Spatial transcriptomics and the kidney 2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000781 PMID:35125393	综述	本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展	空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本	需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中	探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力	肾脏组织及其细胞类型和结构	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
510	2024-08-27	TNF is a potential therapeutic target to suppress prostatic inflammation and hyperplasia in autoimmune disease 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29719-1 PMID:35440548	研究论文	本研究通过分析医疗记录数据、患者样本和体内模型，评估了炎症对前列腺组织的影响，并探讨了通过靶向炎症来限制前列腺炎症和增生的可能性	首次揭示了自身免疫疾病患者中良性前列腺增生（BPH）的高发性，并证明了肿瘤坏死因子（TNF）拮抗剂治疗可以显著降低BPH的发生	研究主要基于医疗记录数据和实验室模型，可能需要更多的临床试验来验证结果	探讨自身免疫疾病中前列腺炎症和增生的治疗靶点	自身免疫疾病患者的前列腺组织	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	医疗记录数据、组织样本	112,152份医疗记录，人类和小鼠组织样本
511	2024-08-27	High-resolution Slide-seqV2 spatial transcriptomics enables discovery of disease-specific cell neighborhoods and pathways 2022-Apr-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104097 PMID:35372810	研究论文	本文利用高分辨率的Slide-seqV2空间转录组技术，在健康和疾病状态下的小鼠和人肾脏组织中进行研究，揭示了疾病特异性的细胞邻域和通路	首次应用Slide-seqV2技术于疾病过程和治疗相关通路的阐明	NA	探索高分辨率空间转录组技术在疾病过程中的应用	小鼠和人的肾脏组织，包括健康和疾病状态	数字病理学	肾脏疾病	Slide-seqV2	NA	转录组数据	九个不同的人类肾脏组织样本和多个小鼠模型
512	2024-08-27	Dirichlet process mixture models for single-cell RNA-seq clustering 2022-04-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059001 PMID:35237784	研究论文	本文比较了贝叶斯隐狄利克雷分配（LDA）方法与其非参数对应方法——分层狄利克雷过程（HDP）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类中的应用	首次详细比较了LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	LDA和HDP的性能依赖于数据集，且HDP有时会过度细分聚类	提高单细胞RNA测序数据分析中定义有意义聚类分辨率的过程	比较LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	隐狄利克雷分配（LDA），分层狄利克雷过程（HDP）	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集（免疫细胞、肾脏、胰腺和绒毛膜/胎盘）
513	2024-08-27	Explainable multiview framework for dissecting spatial relationships from highly multiplexed data 2022-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02663-5 PMID:35422018	研究论文	本文介绍了MISTy框架，一个灵活、可扩展且可解释的机器学习框架，用于从高度多重化的空间组学数据中提取关系	MISTy框架通过构建多个关注不同空间或功能上下文的视图来解析不同效应	NA	开发一种可扩展的方法，利用空间信息从高度多重化的空间技术中提取关系	高度多重化的空间组学数据	机器学习	乳腺癌	NA	机器学习框架	空间组学数据	数十到数千个测量标记
514	2024-08-27	Identification of germline monoallelic mutations in IKZF2 in patients with immune dysregulation 2022-04-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006367 PMID:34920454	研究论文	本文报道了在免疫失调患者中发现的IKZF2基因的种系单等位基因突变，并探讨了这些突变对人类造血和免疫功能的影响	首次鉴定出IKZF2基因的种系突变，并揭示了这些突变导致T滤泡辅助细胞和NK细胞数量减少以及免疫功能障碍的机制	NA	研究IKZF2基因种系突变对人类造血和免疫功能的影响	患有系统性红斑狼疮、免疫性血小板减少症或EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的患者	免疫学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序，蛋白质组分析	NA	RNA，蛋白质	6名患者
515	2024-08-27	Single-cell transcriptomic analysis of the immune cell landscape in the aged mouse brain after ischemic stroke 2022-Apr-07, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02447-5 PMID:35392936	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞景观	首次在单细胞分辨率下描绘了老年中风脑部的免疫细胞群体，并发现至少6种微胶质细胞亚型，包括一种潜在的中风特异性亚型	NA	旨在确定中风如何影响老年脑部的免疫细胞群体	老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
516	2024-08-27	Characterization of the treatment-naive immune microenvironment in melanoma with BRAF mutation 2022-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004095 PMID:35383113	研究论文	本研究探讨了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并分析了其与免疫检查点阻断疗法反应差异的关系。	首次详细描述了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并探讨了其与免疫疗法反应差异的潜在机制。	研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，可能需要更多实验验证和临床数据支持。	探讨BRAF突变型黑色素瘤的免疫微环境特征及其与免疫疗法反应差异的关系。	BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的免疫微环境。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	RNA	涉及BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的多个样本
517	2024-08-27	Clinical and translational values of spatial transcriptomics 2022-04-01, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-00960-w PMID:35365599	研究论文	本文综述了空间转录组学（ST）的发展及其与单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了人类组织病理表型与分子改变之间的联系，定义了细胞间分子通信和时空分子医学知识	讨论了基于测序和基于成像技术的优缺点，并强调了空间转录组学面临的机会和挑战	评估空间转录组学在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	空间转录组学技术及其在神经学、胚胎发育、肿瘤学和炎症等领域的应用	分子医学	NA	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
518	2024-08-27	Single Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Inflammatory Macrophage Subset as a Druggable Target for Alleviating Acute Kidney Injury 2022-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202103675 PMID:35112806	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在缺血再灌注损伤诱导的急性肾损伤（IRI-AKI）小鼠模型中，识别出一种独特的炎症性巨噬细胞亚群S100a9 Ly6c IMs，并探讨了其作为药物靶点缓解AKI的潜力。	首次在IRI-AKI模型中识别出S100a9 Ly6c IMs这一早期响应AKI的独特巨噬细胞亚群，并验证了针对S100A8/A9信号通路的小分子抑制剂在保护肾脏功能和减少炎症反应方面的效果。	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AKI中进行临床试验验证。	探索急性肾损伤的治疗新策略，特别是通过靶向特定巨噬细胞亚群来调节炎症反应。	急性肾损伤（AKI）中的巨噬细胞异质性及其在炎症和组织修复中的作用。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠IRI模型中的单核吞噬细胞系统
519	2024-08-27	Ontogeny and Vulnerabilities of Drug-Tolerant Persisters in HER2+ Breast Cancer 2022-04-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1265 PMID:34911733	研究论文	研究探讨了HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞（DTP）的发育及其脆弱性	首次详细描述了HER2酪氨酸激酶抑制剂暴露后DTP的特征，并揭示了其通过雌激素受体依赖性诱导SGK3来重塑PI3K/AKT/mTORC1通路以实现AKT非依赖性mTORC1激活的机制	NA	研究HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞的特性和耐药机制	HER2阳性乳腺癌细胞及其对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性	数字病理学	乳腺癌	慢病毒条码/单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
520	2024-08-27	Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment 2022-03-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.02.015 PMID:35290801	研究论文	本文开发了一种名为Perturb-map的空间功能基因组学方法，用于在肺肿瘤小鼠模型中并行敲除多个基因，并评估这些敲除对肿瘤生长、组织病理学和免疫组成的影响。	Perturb-map方法能够在保持空间结构的同时，以单细胞分辨率进行组织内的功能基因组学研究。	NA	探索CRISPR筛选技术在识别组织环境中细胞外基因功能方面的应用。	肺肿瘤小鼠模型中的基因敲除及其对肿瘤微环境的影响。	数字病理学	肺癌	CRISPR	NA	基因组数据	数十个基因在小鼠模型中被敲除