单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-25 |
Ligand-mediated PAI-1 inhibition in a mouse model of peritoneal carcinomatosis
2022-02-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100526
PMID:35243423
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研究论文 | 本研究通过功能和转录组实验，识别出STAT3信号通路在腹膜癌病（PC）中的关键作用，并通过综合分析公共数据库和临床队列数据，验证了基于PAI-1水平的分子分层在PC治疗中的潜在应用 | 首次揭示了PAI-1在腹膜癌病中的分泌来源及其作为预后生物标志物的潜力，并提出了基于旁分泌依赖性的治疗新策略 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需要进一步的临床试验验证 | 探索腹膜癌病中的关键信号通路及其治疗潜力 | 腹膜癌病细胞、STAT3信号通路、PAI-1水平 | 数字病理学 | 腹膜癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 临床队列研究涉及7,359例患者，前瞻性研究涉及149例患者 |
| 502 | 2024-08-25 |
Novel Insights into the Stemness and Immune Privilege of Mesenchymal Stem Cells from Human Wharton Jelly by Single-Cell RNA Sequencing
2022-Feb-14, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.934660
PMID:35153292
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs）的基因表达，以探讨其干细胞特性和免疫特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了WJ-MSCs的基因表达异质性，并发现只有部分细胞具有真正的干细胞特性，同时质疑了WJ-MSCs的免疫特权 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证 | 探究WJ-MSCs的干细胞特性和免疫特性 | 人脐带华通胶间充质干细胞（WJ-MSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及的WJ-MSCs细胞数量未在摘要中明确提及 |
| 503 | 2024-08-25 |
IQCELL: A platform for predicting the effect of gene perturbations on developmental trajectories using single-cell RNA-seq data
2022-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009907
PMID:35213533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为IQCELL的平台，该平台利用单细胞RNA测序数据直接推断、模拟和研究可执行的逻辑基因调控网络（GRN） | IQCELL平台能够从单细胞RNA测序数据中直接推断出可执行的逻辑基因调控网络，并模拟基本假设以控制干细胞命运 | NA | 开发一个平台，用于从单细胞RNA测序数据中推断、模拟和研究可执行的基因调控网络 | 早期小鼠T细胞和红细胞发育的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 逻辑基因调控网络（GRN） | 单细胞RNA测序数据 | 早期小鼠T细胞和红细胞发育的数据 |
| 504 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the multi-cellular ecosystem in different radiological components of pulmonary part-solid nodules
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.723
PMID:35184398
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺部部分实性结节中不同放射学成分的多细胞生态系统 | 首次在单细胞分辨率下全面剖析了部分实性结节中磨玻璃和实性成分的多细胞生态系统，并揭示了恶性细胞和肿瘤微环境中关键信号通路的转录差异 | 研究样本量较小，仅包括12名未经治疗的患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨早期肺腺癌中不同放射学表型的肿瘤微环境和转录特征 | 肺部部分实性结节的磨玻璃和实性成分 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat v3.1.5 | 单细胞数据 | 12名患者的部分实性结节和5名患者的正常肺组织 |
| 505 | 2024-08-25 |
Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing
2022-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.730
PMID:35184420
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胃癌器官特异性转移的转录异质性 | 发现了与侵袭特征、腹腔内转移倾向、上皮-间质转化诱导的肿瘤干细胞表型或休眠样特征相关的恶性上皮亚群，并揭示了免疫和基质细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 解析胃癌及其转移的肿瘤内和肿瘤间异质性，识别有效的治疗靶点 | 来自6名患者的10个新鲜人体组织样本，包括原发肿瘤、邻近非肿瘤样本及不同器官或组织的转移瘤 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 407个样本的胃癌队列 |
| 506 | 2024-08-25 |
Autism genes converge on asynchronous development of shared neuron classes
2022-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04358-6
PMID:35110736
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研究论文 | 本文利用人脑皮质类器官模型，通过单细胞RNA测序和蛋白质组分析，研究了三个自闭症谱系障碍（ASD）风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。 | 首次揭示了这些基因突变导致的特定神经元类型发育不同步，并展示了这些异常如何受个体基因组背景的精细调节。 | 研究主要集中在类器官模型上，可能与真实人脑环境存在差异。 | 探究自闭症谱系障碍风险基因在人脑皮质中的细胞类型特异性发育异常。 | 三个自闭症谱系障碍风险基因SUV420H1、ARID1B和CHD8的半合子不足对神经元发育的影响。 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组分析 | NA | 细胞、蛋白质 | 超过745,000个细胞和多个来自不同捐赠者的细胞系 |
| 507 | 2024-08-25 |
Adaptation of the Oxygen Sensing System during Lung Development
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/9714669
PMID:35242281
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研究论文 | 研究了在肺发育过程中氧气感应系统的适应性及其目标，即缺氧诱导因子（HIF）调控基因（HRGs） | 通过整合qPCR、免疫印迹、杂交和单细胞RNA测序数据，详细描绘了氧气感应系统在肺发育中的变化 | 系统性缺氧或roxadustat治疗仅显示出HRGs的有限反应 | 理解肺发育从囊状到肺泡阶段的氧气感应系统组件的相互作用，以对抗与早产相关的疾病 | 肺发育中的氧气感应系统和HIF调控基因 | NA | 早产相关疾病 | qPCR、免疫印迹、杂交、单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 508 | 2024-08-25 |
Insights Gained and Future Outlook From scRNAseq Studies in Autoimmune Rheumatic Diseases
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.849050
PMID:35251048
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在自身免疫性风湿病研究中的主要发现，并展望了新兴的单细胞技术（如免疫组库测序和空间转录组学）在扩展对免疫和基质细胞行为的理解方面的潜力。 | scRNAseq作为一种强大的新工具，能够评估风湿病中的生物异质性和单个细胞功能，揭示了新的细胞群和关键分子特征。 | 目前scRNAseq在风湿病领域的应用尚未充分利用新兴的单细胞技术，如免疫组库测序和空间转录组学。 | 探讨scRNAseq在自身免疫性风湿病研究中的应用，并展望新兴单细胞技术在扩展对免疫和基质细胞行为理解方面的潜力。 | 自身免疫性风湿病及其相关细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 509 | 2024-08-25 |
A Necroptosis-Related Prognostic Model of Uveal Melanoma Was Constructed by Single-Cell Sequencing Analysis and Weighted Co-Expression Network Analysis Based on Public Databases
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.847624
PMID:35242144
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析和加权共表达网络分析，构建了一个与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型 | 首次通过单细胞测序和加权共表达网络分析，构建了与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型，并通过细胞实验验证了模型中关键基因ITPA的作用 | NA | 研究坏死性凋亡在葡萄膜黑色素瘤中的临床意义，并构建预后模型 | 葡萄膜黑色素瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞测序分析，加权共表达网络分析 | COX回归，Lasso回归 | 基因表达数据 | 使用GEO数据库的GSE139829数据集和TCGA数据进行分析，具体样本数量未详细说明 |
| 510 | 2024-08-25 |
The Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Atherosclerotic Disease
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.826103
PMID:35211529
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化疾病研究中的应用 | 利用单细胞转录组学技术深入分析动脉粥样硬化斑块的细胞组成，提供更精细的信息 | NA | 探讨单细胞转录组学如何影响我们对动脉粥样硬化的当前理解 | 动脉粥样硬化斑块的细胞组成 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 511 | 2024-08-24 |
Integrated multi-omics analyses identify key anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection
2022-Aug-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-1910932/v1
PMID:36032971
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR敲除筛选和多组学数据的综合分析，揭示了控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径 | 本研究发现了先前研究中遗漏的多个宿主因子，包括V-ATP酶、ESCRT和N-糖基化途径的成分，以及作为新型抗病毒途径的凝聚体复合物 | NA | 揭示控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径 | SARS-CoV-2感染的抗病毒宿主因子和途径 | 基因组学 | COVID-19 | CRISPR, 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 宿主-病毒蛋白质或蛋白质/RNA相互作用组 | NA | 多组学数据 | NA |
| 512 | 2024-08-24 |
Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab508
PMID:34726737
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综述 | 本文综述了空间转录组学和三维成像技术在植物学中的集成应用 | 探讨了将空间转录组学与三维成像技术结合，以提供高分辨率、空间有序的植物组织转录图谱的可能性 | NA | 旨在探讨如何通过集成空间转录组学和三维成像技术，全面理解植物基因在组织和器官层面的调控 | 植物细胞间的信息交流及其对发育和外部压力响应的调控机制 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 三维成像技术 | NA | 基因表达数据, 细胞形态数据 | NA |
| 513 | 2024-08-23 |
Toward modeling metabolic state from single-cell transcriptomics
2022-03, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101396
PMID:34785394
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研究论文 | 本文总结了单细胞代谢测量和建模方法的当前状态，并探讨了计算技术在预测单细胞代谢中的应用 | 提出利用先验代谢网络知识结合可测量组学层数据进行代谢状态预测，并探讨了潜在的模型扩展和计算方法 | 单细胞水平的代谢测量存在可扩展性和敏感性不足的问题，且目前无法与测量转录状态同时进行 | 探索单细胞代谢建模的新方法，以更好地理解细胞功能 | 单细胞代谢状态的测量和建模 | 生物信息学 | NA | 计算建模 | 路径级分析、基于约束的建模和动力学建模 | 转录组数据 | NA |
| 514 | 2024-08-23 |
Multiomic characterization of pancreatic cancer-associated macrophage polarization reveals deregulated metabolic programs driven by the GM-CSF-PI3K pathway
2022-02-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73796
PMID:35156921
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研究论文 | 本文通过体外培养肿瘤教育巨噬细胞（TEMs）并进行多组学分析，揭示了胰腺癌相关巨噬细胞极化的独特遗传和代谢特征 | 本文首次揭示了胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）的独特遗传和代谢特征，并确定了新的代谢标记物，如ARG1、ACLY和TXNIP | 本文主要依赖于体外模型系统，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于体内环境 | 研究胰腺癌相关巨噬细胞的极化特征及其在疾病进展中的作用 | 胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）及其极化特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 515 | 2024-08-23 |
Benchmarking clustering algorithms on estimating the number of cell types from single-cell RNA-sequencing data
2022-02-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02622-0
PMID:35135612
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研究论文 | 本文系统地评估了多种流行的聚类算法在估计单细胞RNA测序数据中细胞类型数量的性能 | 首次系统地比较了多种聚类算法在不同设置下单细胞RNA测序数据中细胞类型数量估计的性能 | 研究主要基于Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，可能需要进一步验证在其他数据集上的适用性 | 评估和比较不同聚类算法在单细胞RNA测序数据中估计细胞类型数量的性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型数量估计 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | 使用Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，包含不同数量和比例的细胞类型 |
| 516 | 2024-08-23 |
Abnormal respiratory progenitors in fibrotic lung injury
2022-02-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02737-y
PMID:35130980
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和上皮细胞系标记技术在识别纤维化肺损伤后肺泡再生过程中异常上皮祖细胞群体方面的最新进展 | 识别了多种在肺泡II型细胞向I型细胞分化过程中出现的异常上皮祖细胞群体，包括基底样细胞、II型细胞过渡细胞和持续性上皮祖细胞 | NA | 深入理解这些新发现的、由损伤诱导的异常行为上皮祖细胞的特征和功能，以及调控其表型的信号通路，以期为纤维化肺疾病提供独特的治疗靶点 | 异常上皮祖细胞及其在肺泡再生中的作用 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 517 | 2024-08-23 |
SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids
2022-02-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.12.010
PMID:35032430
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研究论文 | 本文报道了SARS-CoV-2直接感染人类肾脏细胞，并在患者尸检样本中观察到与肾小管间质纤维化增加相关。通过感染人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官，研究了病毒对肾脏的直接影响，发现感染细胞出现损伤和去分化，激活了促纤维化信号通路，并增加了胶原蛋白1的表达。 | 首次揭示了SARS-CoV-2直接感染肾脏细胞并诱导细胞损伤和纤维化的机制，并发现SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂能减轻肾脏细胞的感染。 | 研究主要集中在体外肾脏类器官模型，尚未在临床试验中验证这些发现。 | 探究SARS-CoV-2对人类肾脏的直接影响及其与肾脏纤维化的关系。 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官和患者尸检样本。 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 518 | 2024-08-23 |
Single-cell transcriptomics identifies Gadd45b as a regulator of herpesvirus-reactivating neurons
2022-02-03, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202153543
PMID:34842321
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH）技术，探讨了人类神经亲和性病毒——单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 首次识别出应激传感器Gadd45b作为调节HSV-1再激活事件的关键抗病毒宿主因子，并揭示了Gadd45b在亚群潜伏感染初级神经元中的独特亚细胞定位特征 | NA | 探究宿主细胞与潜伏感染细胞中病毒病原体之间的相互作用 | 单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH） | NA | 转录组 | 潜伏感染的初级神经元亚群 |
| 519 | 2024-08-23 |
New horizons in the stormy sea of multimodal single-cell data integration
2022-01-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2021.12.012
PMID:35063095
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综述 | 本文综述了多模态单细胞数据整合的生物信息学挑战和实验设计挑战 | 探讨了整合多模态单细胞数据以识别高度特异的细胞亚群和推断因果生物机制的新方法 | NA | 设计、执行和分析多模态单细胞实验，以学习新的因果和机制生物学 | 多模态单细胞数据整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 多模态数据 | NA |
| 520 | 2024-08-23 |
Single-cell sequencing reveals lineage-specific dynamic genetic regulation of gene expression during human cardiomyocyte differentiation
2022-01, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009666
PMID:35061661
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从诱导多能干细胞到心肌细胞分化过程中基因表达的动态遗传调控 | 本研究采用灵活的方法来映射动态eQTL，这些eQTL的效果在分叉分化轨迹的过程中显著变化，并且特定于某一谱系 | NA | 揭示人类心肌细胞分化过程中基因表达的谱系特异性动态遗传调控 | 从诱导多能干细胞到心肌细胞的分化过程中的基因调控变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 19个人类细胞系，在7个独特的时间点采样 |