单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-26	Dynamic single-cell RNA sequencing reveals BCG vaccination curtails SARS-CoV-2 induced disease severity and lung inflammation 2022-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.15.484018 PMID:35313583	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术探讨BCG疫苗对COVID-19的影响，发现BCG疫苗能减轻SARS-CoV-2引起的疾病严重性和肺部炎症	首次通过单细胞RNA测序揭示BCG疫苗如何通过调节免疫细胞和基因表达来减轻COVID-19的严重性	研究仅在叙利亚金仓鼠模型中进行，可能需要进一步的人体试验验证	探讨BCG疫苗对COVID-19的影响及其免疫机制	BCG疫苗对COVID-19的免疫保护作用及其对肺部炎症的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	叙利亚金仓鼠模型
482	2024-08-26	The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery 2022-03-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030502 PMID:35328055	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在表达数量性状位点（eQTL）发现中的应用	单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上评估基因表达的时空变化，揭示了使用传统批量RNA测序方法可能忽略的不同细胞类型、发育阶段和刺激下的eQTL	文章指出单细胞eQTL研究在实验和分析方面仍需考虑未来的发展	探讨单细胞eQTL研究在大型群体遗传学中的应用，以更接近理解疾病的分子机制	单细胞RNA测序技术在eQTL发现中的方法学原理、优势、局限性及未来实验和分析考虑	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	NA
483	2024-08-26	A Phase II Study of Pembrolizumab in Combination with Capecitabine and Oxaliplatin with Molecular Profiling in Patients with Advanced Biliary Tract Carcinoma 2022-03-11, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyab073 PMID:35274717	研究论文	本研究评估了帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	本研究强调了针对个体化胆道癌肿瘤精确表征的设计框架	NA	评估帕博利珠单抗与卡培他滨和奥沙利铂联合治疗晚期胆道癌的反应率和临床疗效	晚期胆道癌患者	NA	胆道癌	免疫组织化学（IHC）	NA	肿瘤活检样本	11名患者
484	2024-08-26	Deciphering tissue structure and function using spatial transcriptomics 2022-03-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03175-5 PMID:35273328	综述	本文综述了空间转录组学（ST）数据分析中的关键问题和当前应用的方法，并探讨了未来的发展方向	NA	NA	探讨空间转录组学数据分析中的问题和未来发展	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
485	2024-08-26	Single-cell RNA-seq reveals clonal diversity and prognostic genes of relapsed multiple myeloma 2022-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.757 PMID:35297204	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了复发性多发性骨髓瘤的克隆多样性和预后基因	首次通过单细胞RNA测序和可变多样性结合区域靶向测序技术，分析了多发性骨髓瘤细胞的克隆类型，并识别了与疾病进展和复发相关的潜在生物标志物	研究样本仅包括18名患者，可能不足以全面代表所有多发性骨髓瘤患者的情况	旨在通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的疾病异质性，并识别新的生物标志物以改善患者分层和治疗结果预测	新诊断的多发性骨髓瘤和难治性/复发性多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和可变多样性结合区域靶向测序（scVDJ-seq）	CCA算法	基因表达数据	18名患者，其中12名新诊断的多发性骨髓瘤患者和6名难治性/复发性多发性骨髓瘤患者
486	2024-08-26	Molecular divergence of mammalian astrocyte progenitor cells at early gliogenesis 2022-03-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199985 PMID:35253855	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哺乳动物大脑发育早期星形胶质细胞前体细胞（APCs）的分子分化	首次揭示了哺乳动物大脑发育早期APCs的分子分化，并发现了两个分子上不同的APC亚群，分别标记为Sparc和Sparcl1	NA	探究哺乳动物大脑发育过程中星形胶质细胞前体细胞的分子分化	胚胎小鼠前脑的前体细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
487	2024-08-26	Tumor Heterogeneity and Molecular Characteristics of Glioblastoma Revealed by Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2022-02-25, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13030428 PMID:35327982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胶质母细胞瘤的异质性，并识别了94个在肿瘤和周边细胞中差异表达的基因，构建了组织特异性的共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络	本研究仅分析了四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者的3389个细胞，样本量较小	理解胶质母细胞瘤的异质性和疾病预后机制	胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和分子特征	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3389个细胞，来自四个原发性IDH-WT胶质母细胞瘤患者
488	2024-08-26	Diversification of multipotential postmitotic mouse retinal ganglion cell precursors into discrete types 2022-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73809 PMID:35191836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了新生（后有丝分裂）小鼠视网膜神经节细胞（RGC）前体细胞如何分化成约45种不同类型	研究表明RGC转录组类型身份并非在有丝分裂退出时指定，而是通过后有丝分裂多潜能前体细胞的逐步、非同步限制获得	NA	研究神经元类内离散类型的分子分化	小鼠视网膜神经节细胞前体细胞的分化	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约45种不同类型的小鼠视网膜神经节细胞前体细胞
489	2024-08-26	The Transcriptional Cell Atlas of Testis Development in Sheep at Pre-Sexual Maturity 2022-Jan-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44020033 PMID:35723319	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium单细胞RNA测序技术，对三只三个月大的公羊睾丸发育过程中的12,843个睾丸细胞进行了测序，并鉴定了多种细胞类型及其特定标记基因	首次在羊的睾丸发育过程中使用单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型及其在不同分化状态下的特定标记基因	NA	探索羊睾丸在性成熟前的发育过程及其细胞类型和分化状态	羊睾丸中的细胞类型及其在性成熟前的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	12,843个睾丸细胞
490	2024-08-26	Basal-Like Cell-Conditioned Medium Exerts Anti-Fibrotic Effects In Vitro and In Vivo 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.844119 PMID:35350187	研究论文	研究证实基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的抑制作用	首次通过单细胞RNA测序和体外实验证实基底样细胞通过旁分泌机制抑制特发性肺纤维化中的纤维化过程	NA	验证基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的影响	特发性肺纤维化中的基底样细胞及其对纤维化的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织样本及受博来霉素损伤的实验鼠
491	2024-08-26	Exploring the Genomic Patterns in Human and Mouse Cerebellums Via Single-Cell Sequencing and Machine Learning Method 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.857851 PMID:35309141	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索人鼠小脑的基因组模式	使用基因表达谱作为特征，实现了对不同小脑细胞类型的高效分类，揭示了人鼠小脑基因组模式的显著差异	NA	识别人鼠小脑四种亚细胞类型之间的转录差异	人鼠小脑的四种亚细胞类型：Golgi、颗粒、中间神经元和单极刷细胞	机器学习	NA	单细胞测序	分类模型	基因表达数据	共使用了321,387个单细胞测序数据，包括四种细胞类型：Golgi（5,048个，1.57%）、颗粒（250,307个，77.88%）、中间神经元（60,526个，18.83%）和单极刷细胞（5,506个，1.72%）
492	2024-08-25	A single-cell transcriptomic landscape of innate and adaptive intratumoral immunity in triple negative breast cancer during chemo- and immunotherapies 2022-Mar-08, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-00893-x PMID:35260564	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了两种三阴性乳腺癌小鼠模型在未治疗及化疗或免疫治疗（单独或联合使用）后的肿瘤微环境中的免疫景观	首次提供了化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中主要免疫细胞群体的清晰概览	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨化疗和免疫治疗在三阴性乳腺癌中的免疫反应	三阴性乳腺癌小鼠模型的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两种三阴性乳腺癌小鼠模型
493	2024-08-25	Single-cell Iso-Sequencing enables rapid genome annotation for scRNAseq analysis 2022-03-03, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac017 PMID:35143654	研究论文	本文展示了单细胞等位序列测序（Iso-Sequencing）与单细胞RNA测序结合使用，能快速提升3'-UTR注释的效率	首次证明单细胞等位序列测序能显著提高3'-UTR注释的完整性，从而改善单细胞RNA测序数据的解读	研究仅基于刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的数据，其普适性有待进一步验证	探索单细胞等位序列测序在提升单细胞RNA测序基因注释准确性方面的应用	刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用刺鱼的胚胎单细胞等位序列测序数据和已发表的成体批量Iso-Seq数据
494	2024-08-25	Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior 2022-03-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.12.002 PMID:34982958	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠腹侧内侧下丘脑（VMHvl）中两种不同的雌激素受体-1阳性神经元亚型，这些亚型分别控制着雌性小鼠的性接受性和攻击性行为	首次阐明了雌性小鼠在不同生殖状态下对同种刺激产生不同行为反应的神经机制	NA	探究雌性小鼠在不同生殖状态下社会行为的神经基础	雌性小鼠的神经元亚型及其在不同生殖状态下的行为控制	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	神经元活动数据	NA
495	2024-08-25	Single-cell gene fusion detection by scFusion 2022-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28661-6 PMID:35228538	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因融合检测计算工具scFusion，并通过模拟和真实数据集评估了其性能	scFusion能够高效且敏感地检测基因融合，具有较低的假发现率，并能在单细胞水平上检测到其他方法无法发现的融合事件	NA	开发和评估一种新的计算工具，用于在单细胞水平上检测基因融合	基因融合在肿瘤发生和进展中的作用	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五个真实单细胞RNA测序数据集
496	2024-08-25	Klf4 methylated by Prmt1 restrains the commitment of primitive endoderm 2022-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac054 PMID:35137179	研究论文	研究报告了Prmt1在原始内胚层（PrE）形成中的重要作用，以及Prmt1介导的Klf4甲基化在细胞命运决定中的机制	首次揭示了Prmt1通过甲基化Klf4来调控原始内胚层形成的分子机制	NA	探索哺乳动物胚胎发育早期原始内胚层形成的分子机制	Prmt1在原始内胚层形成中的作用及Klf4甲基化的影响	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞（mESCs）
497	2024-08-25	Single-cell transcriptomics analysis reveals intratumoral heterogeneity and identifies a gene signature associated with prognosis of hepatocellular carcinoma 2022-02-25, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20212560 PMID:35169832	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者的肿瘤组织，揭示了肿瘤内异质性并识别出与肝细胞癌预后相关的基因特征	首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌的肿瘤内异质性，并识别出与预后相关的基因特征	研究仅基于一名肝细胞癌患者的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	揭示肝细胞癌的肿瘤内异质性并识别与预后相关的基因特征	肝细胞癌患者的肿瘤组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5753个细胞，来自一名肝细胞癌患者
498	2024-08-25	A Primer for Single-Cell Sequencing in Non-Model Organisms 2022-02-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020380 PMID:35205423	研究论文	本文介绍了在非模式生物中进行单细胞测序研究的一般工作流程和注意事项	探讨了在非模式生物中应用单细胞测序技术的可能性，这有助于深入理解基因型与表型之间的关系及生物变异的基础	研究仅限于多细胞动物	探索在非模式生物中应用单细胞测序技术，以解决传统模式生物无法触及的问题	非模式生物中的单细胞测序	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
499	2024-08-25	scInTime: A Computational Method Leveraging Single-Cell Trajectory and Gene Regulatory Networks to Identify Master Regulators of Cellular Differentiation 2022-02-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13020371 PMID:35205415	研究论文	本文介绍了一种名为scInTime的无监督机器学习框架，该框架结合单细胞基因调控网络（scGRNs）和推断的细胞轨迹，用于识别细胞分化的主调控基因	scInTime框架通过整合不同伪时间点的基因调控网络信息，提供了更易解释的轨迹推断结果	NA	开发一种新的计算方法，通过结合单细胞轨迹和基因调控网络来识别细胞分化的主调控基因	单细胞RNA测序数据中的细胞分化主调控基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	无监督机器学习框架	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
500	2024-08-25	T-cell dysfunction in the glioblastoma microenvironment is mediated by myeloid cells releasing interleukin-10 2022-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28523-1 PMID:35177622	研究论文	本文通过应用一个集成空间解析和单细胞基因表达数据的计算多维模型，研究了胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的原因	本文首次展示了通过集成单细胞和空间转录组学数据的多维模型来探究肿瘤免疫微环境	NA	研究胶质母细胞瘤微环境中T细胞功能障碍的机制	胶质母细胞瘤中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	脑癌	单细胞和空间转录组学	多维模型	基因表达数据	45,615个免疫细胞来自12个肿瘤样本