单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-27	Identification of germline monoallelic mutations in IKZF2 in patients with immune dysregulation 2022-04-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006367 PMID:34920454	研究论文	本文报道了在免疫失调患者中发现的IKZF2基因的种系单等位基因突变，并探讨了这些突变对人类造血和免疫功能的影响	首次鉴定出IKZF2基因的种系突变，并揭示了这些突变导致T滤泡辅助细胞和NK细胞数量减少以及免疫功能障碍的机制	NA	研究IKZF2基因种系突变对人类造血和免疫功能的影响	患有系统性红斑狼疮、免疫性血小板减少症或EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的患者	免疫学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序，蛋白质组分析	NA	RNA，蛋白质	6名患者
462	2024-08-27	Single-cell transcriptomic analysis of the immune cell landscape in the aged mouse brain after ischemic stroke 2022-Apr-07, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02447-5 PMID:35392936	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞景观	首次在单细胞分辨率下描绘了老年中风脑部的免疫细胞群体，并发现至少6种微胶质细胞亚型，包括一种潜在的中风特异性亚型	NA	旨在确定中风如何影响老年脑部的免疫细胞群体	老年小鼠脑部缺血性中风后的免疫细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
463	2024-08-27	Characterization of the treatment-naive immune microenvironment in melanoma with BRAF mutation 2022-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004095 PMID:35383113	研究论文	本研究探讨了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并分析了其与免疫检查点阻断疗法反应差异的关系。	首次详细描述了BRAF突变型黑色素瘤在未经治疗情况下的免疫微环境特征，并探讨了其与免疫疗法反应差异的潜在机制。	研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，可能需要更多实验验证和临床数据支持。	探讨BRAF突变型黑色素瘤的免疫微环境特征及其与免疫疗法反应差异的关系。	BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的免疫微环境。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	RNA	涉及BRAF突变型和野生型黑色素瘤患者的多个样本
464	2024-08-27	Clinical and translational values of spatial transcriptomics 2022-04-01, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-00960-w PMID:35365599	研究论文	本文综述了空间转录组学（ST）的发展及其与单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了人类组织病理表型与分子改变之间的联系，定义了细胞间分子通信和时空分子医学知识	讨论了基于测序和基于成像技术的优缺点，并强调了空间转录组学面临的机会和挑战	评估空间转录组学在理解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物中的临床和转化价值	空间转录组学技术及其在神经学、胚胎发育、肿瘤学和炎症等领域的应用	分子医学	NA	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
465	2024-08-27	Single Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Inflammatory Macrophage Subset as a Druggable Target for Alleviating Acute Kidney Injury 2022-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202103675 PMID:35112806	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在缺血再灌注损伤诱导的急性肾损伤（IRI-AKI）小鼠模型中，识别出一种独特的炎症性巨噬细胞亚群S100a9 Ly6c IMs，并探讨了其作为药物靶点缓解AKI的潜力。	首次在IRI-AKI模型中识别出S100a9 Ly6c IMs这一早期响应AKI的独特巨噬细胞亚群，并验证了针对S100A8/A9信号通路的小分子抑制剂在保护肾脏功能和减少炎症反应方面的效果。	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AKI中进行临床试验验证。	探索急性肾损伤的治疗新策略，特别是通过靶向特定巨噬细胞亚群来调节炎症反应。	急性肾损伤（AKI）中的巨噬细胞异质性及其在炎症和组织修复中的作用。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠IRI模型中的单核吞噬细胞系统
466	2024-08-27	Ontogeny and Vulnerabilities of Drug-Tolerant Persisters in HER2+ Breast Cancer 2022-04-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1265 PMID:34911733	研究论文	研究探讨了HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞（DTP）的发育及其脆弱性	首次详细描述了HER2酪氨酸激酶抑制剂暴露后DTP的特征，并揭示了其通过雌激素受体依赖性诱导SGK3来重塑PI3K/AKT/mTORC1通路以实现AKT非依赖性mTORC1激活的机制	NA	研究HER2阳性乳腺癌中药物耐受持久细胞的特性和耐药机制	HER2阳性乳腺癌细胞及其对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性	数字病理学	乳腺癌	慢病毒条码/单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
467	2024-08-27	Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment 2022-03-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.02.015 PMID:35290801	研究论文	本文开发了一种名为Perturb-map的空间功能基因组学方法，用于在肺肿瘤小鼠模型中并行敲除多个基因，并评估这些敲除对肿瘤生长、组织病理学和免疫组成的影响。	Perturb-map方法能够在保持空间结构的同时，以单细胞分辨率进行组织内的功能基因组学研究。	NA	探索CRISPR筛选技术在识别组织环境中细胞外基因功能方面的应用。	肺肿瘤小鼠模型中的基因敲除及其对肿瘤微环境的影响。	数字病理学	肺癌	CRISPR	NA	基因组数据	数十个基因在小鼠模型中被敲除
468	2024-08-27	Single-cell genomics revolutionizes plant development studies across scales 2022-03-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200179 PMID:35285482	研究论文	本文探讨了单细胞基因组学在植物发育研究中的应用及其技术发展	介绍了单细胞和单核分离技术在植物物种中的广泛应用，以及这些技术如何促进了植物器官中单细胞基因组学的研究	NA	强调单细胞基因组学在揭示植物器官内不同细胞类型发育轨迹中的贡献，并展示单细胞水平上组织和器官比较分析的努力	植物的组织、器官和整个生物体的发育	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA
469	2024-08-27	Precision medicine in rheumatoid arthritis 2022-03, Best practice & research. Clinical rheumatology DOI:10.1016/j.berh.2022.101742 PMID:35248489	综述	本文综述了类风湿性关节炎（RA）的病理新见解，并讨论了将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤	应用单细胞转录组学和空间转录组学等细胞分析技术，揭示了RA关节组织中新的致病细胞类型和患者间细胞组成的显著异质性	NA	旨在强调RA病理学的新见解，并讨论将这些发现转化为临床实践中的可操作变化的关键步骤	类风湿性关节炎的病理机制及临床应用	NA	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	细胞数据	NA
470	2024-08-27	Computational exploration of cellular communication in skin from emerging single-cell and spatial transcriptomic data 2022-02-28, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20210863 PMID:35191953	综述	本文综述了利用单细胞转录组学和空间转录组学数据推断细胞间通信的计算工具，并强调了这些工具在探索皮肤发育、稳态、疾病和衰老中的细胞通信方面的生物学见解	利用空间转录组学数据结合细胞间通信分析，为理解组织结构和功能提供了新的方向	单细胞转录组学数据 inherently 丢失了细胞的空间信息	探索细胞间通信在组织发育和稳态中的作用	皮肤中的细胞间通信机制	生物信息学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
471	2024-08-27	Single-cell eQTL analysis of activated T cell subsets reveals activation and cell type-dependent effects of disease-risk variants 2022-02-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abm2508 PMID:35213211	研究论文	本文通过激活来自89名健康供体的CD4 T细胞并进行单细胞RNA测序，研究了遗传变异在细胞类型特异性和激活依赖性效应中的作用。	首次在单细胞水平上探讨了遗传变异对激活T细胞亚群的影响，并发现了新的疾病风险变异基因关联。	研究样本仅限于健康供体，可能限制了对疾病相关遗传变异效应的全面理解。	探索遗传变异在生物学相关背景下对细胞的影响。	CD4 T细胞及其亚群。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89名健康供体的CD4 T细胞，超过100万个细胞
472	2024-08-27	Single-Cell RNA Sequencing of Urinary Cells Reveals Distinct Cellular Diversity in COVID-19-Associated AKI 2022-01-27, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0005522021 PMID:35368565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞，揭示了其细胞多样性和基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序技术非侵入性地研究COVID-19相关急性肾损伤的细胞变化，并提供了尿液膀胱细胞直接被SARS-CoV-2感染的初步证据	样本量较小，且仅包括住院患者	探究COVID-19相关急性肾损伤在尿液细胞中的表现和机制	COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	细胞	共分析了30,076个细胞，来自8名COVID-19患者和4名非COVID-19急性肾损伤患者
473	2024-08-27	Loss of Function of the Neural Cell Adhesion Molecule NrCAM Regulates Differentiation, Proliferation and Neurogenesis in Early Postnatal Hypothalamic Tanycytes 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.832961 PMID:35464310	研究论文	本文研究了神经细胞粘附分子NrCAM在早期新生小鼠下丘脑tanycytes中的功能丧失对分化、增殖和神经发生的影响	首次提供了NrCAM在成年小鼠tanycytes中调控作用的证据，并使用单细胞RNA测序技术揭示了tanycyte特异性基因表达的变化	NrCAM缺陷小鼠中观察到的tanycyte减少和标记物丢失仅与轻微的代谢表型相关，可能需要进一步研究以揭示更深层次的影响	探讨NrCAM在tanycytes中的功能及其对细胞稳态的调控作用	下丘脑tanycytes及NrCAM的功能	神经科学	NA	免疫组织化学分析、杂交分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠及E16胚胎小鼠
474	2024-08-27	Next-Generation and Single-Cell Sequencing Approaches to Study Atherosclerosis and Vascular Inflammation Pathophysiology: A Systematic Review 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.849675 PMID:35419441	综述	本文综述了利用单细胞和下一代测序技术研究动脉粥样硬化和血管炎症病理生理学的现有数据	单细胞和下一代测序方法提供了比以往方法更高分辨率的阐明动脉粥样硬化的新手段	研究主要集中在平滑肌细胞、巨噬细胞和干细胞/祖细胞对疾病的贡献上，而对其他细胞类型如淋巴细胞和内皮细胞的贡献关注较少	旨在全面评估利用单细胞和下一代测序技术发表的数据，以识别动脉粥样硬化和血管炎症的关键细胞和分子贡献	动脉粥样硬化和血管炎症的病理生理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序和下一代测序	NA	基因组数据	34项研究符合叙事综合分析，其中16篇文章仅使用单细胞测序，10篇使用下一代测序，8篇使用这两种方法的组合
475	2024-08-27	Analysis of Half a Billion Datapoints Across Ten Machine-Learning Algorithms Identifies Key Elements Associated With Insulin Transcription in Human Pancreatic Islet Cells 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.853863 PMID:35399953	研究论文	本研究通过分析超过4.9亿个数据点，比较了10种不同的机器学习工作流程，以识别与人类胰腺单细胞转录组中胰岛素转录相关基因	本研究首次在大规模数据集上比较了多种机器学习算法，特别是随机森林算法显示出高预测能力和敏感性	NA	比较不同机器学习工作流程在大数据分析中的表现，并识别与胰岛素转录相关的关键元素	人类胰腺单细胞转录组数据	机器学习	糖尿病	机器学习	随机森林	转录组数据	训练数据集包含11,652个样本，验证数据集包含2,913个样本
476	2024-08-26	Identification and validation of a seven-gene prognostic marker in colon cancer based on single-cell transcriptome analysis 2022-04, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12041 PMID:35352485	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在结肠癌中识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物。	通过单细胞RNA测序技术，本研究首次识别并验证了一个包含七个基因的预后标志物，为结肠癌的预后预测提供了新的潜在标志物。	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别并验证结肠癌的预后标志物。	结肠癌患者的单细胞RNA测序数据、体细胞变异数据和临床报告。	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析和最小绝对收缩与选择算子方法	转录组数据	结肠癌患者的数据，包括治疗前后的样本
477	2024-08-26	Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02660-8 PMID:35361256	研究论文	本文优化并验证了一种早期条形码批量RNA测序方法——prime-seq，展示了其与标准批量RNA测序方法TruSeq性能相当，但成本效率高出四倍	prime-seq方法通过早期条形码技术，实现了成本效率的显著提升，且库成本降低了近50倍	NA	优化和验证一种成本效率高的早期条形码批量RNA测序方法	prime-seq方法的性能和成本效率	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
478	2024-08-26	Decoding the multicellular ecosystem of vena caval tumor thrombus in clear cell renal cell carcinoma by single-cell RNA sequencing 2022-03-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02651-9 PMID:35361264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了8名透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的19个手术组织样本，揭示了肿瘤血栓形成的多细胞生态系统及其机制。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤血栓中的细胞类型和它们之间的相互作用，特别是肿瘤血栓中CD8+ T细胞和巨噬细胞的特征。	研究样本量较小，仅包括8名患者，可能影响结果的普遍性。	深入了解肿瘤血栓形成的机制，为设计有效的辅助治疗提供依据。	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤血栓组织。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	19个手术组织样本来自8名患者
479	2024-08-26	Hand2 delineates mesothelium progenitors and is reactivated in mesothelioma 2022-03-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29311-7 PMID:35354817	研究论文	本文通过斑马鱼模型追踪了间皮细胞在侧板中胚层（LPM）中的起源，并发现hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，同时探讨了hand2在人和小鼠间皮瘤中的重新激活现象。	首次揭示了hand2基因在间皮前体细胞中的表达特征，并证实了其在人和小鼠间皮瘤中的重新激活，为理解间皮病理提供了新的视角。	研究主要基于斑马鱼模型，对人类和小鼠的验证尚需进一步的临床数据支持。	探究间皮细胞的起源及其在间皮瘤中的作用机制。	间皮细胞的前体细胞及其在间皮瘤中的表达特征。	数字病理学	间皮瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎和人类及小鼠的间皮瘤组织
480	2024-08-26	The landscape of receptor-mediated precision cancer combination therapy via a single-cell perspective 2022-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29154-2 PMID:35338126	研究论文	本研究利用组合优化技术，通过单细胞转录组学数据分析，探索了癌症精准联合治疗的最佳组合策略	首次通过单细胞转录组学数据，利用组合优化技术，确定了针对癌症精准治疗的个性化组合策略	研究中使用的组合优化技术可能需要进一步验证其在临床应用中的有效性	旨在通过计算方法确定癌症精准治疗所需的靶点和数量	研究对象为1269个编码细胞表面受体的基因，这些基因可能是CAR-T、偶联抗体或涂层纳米粒子疗法的靶点	数字病理学	癌症	单细胞转录组学	组合优化	转录组数据	大规模单细胞转录组学数据集