单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-08-28	scMAGIC: accurately annotating single cells using two rounds of reference-based classification 2022-05-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1275 PMID:34986249	研究论文	本文介绍了一种名为scMAGIC的新方法，该方法通过两轮基于参考的分类来准确注释单细胞	scMAGIC引入了第二轮基于参考的分类，使用第一轮中自信验证的查询细胞作为新参考，从而消除参考数据和查询数据之间的批次效应	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的注释准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基于参考的分类	RNA测序数据	涉及86个基准测试
442	2024-08-28	Mapping the epithelial-immune cell interactome upon infection in the gut and the upper airways 2022-05-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-022-00224-x PMID:35501398	研究论文	本文提出了一种综合计算生物学框架，用于模拟感染如何改变上皮细胞的细胞内信号传导，并通过修改上皮细胞与局部免疫细胞群的相互作用来影响全身免疫反应	本文创新性地整合了细胞内和细胞间网络与单细胞RNA测序数据，以揭示感染期间驱动炎症的特定上皮-免疫相互作用	NA	研究病毒感染如何改变上皮-免疫细胞相互作用，从而调控炎症反应	肠道和上呼吸道上皮感染	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及SARS-CoV-2感染的人回肠和结肠类器官以及感染的呼吸道纤毛上皮细胞
443	2024-08-28	Characterization of cell-cell communication in autistic brains with single-cell transcriptomes 2022-05-02, Journal of neurodevelopmental disorders IF:4.1Q2 DOI:10.1186/s11689-022-09441-1 PMID:35501678	研究论文	本研究利用单细胞转录组技术分析自闭症患者大脑中的细胞间通讯	采用先进的计算和模式识别方法分析单细胞RNA测序数据，推断和比较自闭症大脑与对照组之间的细胞类型间信号通讯	研究结果显示的变化幅度中等，且并非所有细胞间信号通路中的基因都显示出差异表达	揭示自闭症大脑中潜在的细胞间信号通路中断情况	自闭症患者大脑中的细胞间通讯	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
444	2024-08-28	Neuronal apoptosis drives remodeling states of microglia and shifts in survival pathway dependence 2022-04-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76564 PMID:35481836	研究论文	研究探讨了凋亡神经元如何影响小胶质细胞的状态，包括溶酶体和脂质代谢基因表达以及对集落刺激因子1受体（CSF1R）生存依赖性的影响。	通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了小胶质细胞在与凋亡神经元相互作用时的多样性和基因表达变化，发现这些相互作用推动了小胶质细胞的多种重塑状态，并改变了其对生存途径CSF1R的依赖性。	研究主要集中在早期幼鼠视网膜的小胶质细胞上，可能不完全代表所有神经系统的情况。	探究凋亡神经元与小胶质细胞相互作用如何影响小胶质细胞的状态和生存途径依赖性。	早期幼鼠视网膜的小胶质细胞，包括野生型、缺乏神经元凋亡（Bax KO）和CSF1R抑制剂处理的小鼠。	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及野生型、Bax KO和PLX3397处理的小鼠视网膜小胶质细胞样本
445	2024-08-28	Single-Cell RNA Sequencing for Plant Research: Insights and Possible Benefits 2022-Apr-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23094497 PMID:35562888	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物研究中的应用，强调了其在揭示细胞类型和状态方面的潜力	scRNA-seq技术提高了生物系统分析的时空分辨率，能够全面表征常见和稀有细胞类型及细胞状态	文章未明确提及具体限制	探讨scRNA-seq在植物科学中的应用及其在环境应激适应中的作用	植物细胞类型和状态	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	NA
446	2024-08-28	A mesenchymal to epithelial switch in Fgf10 expression specifies an evolutionary-conserved population of ionocytes in salivary glands 2022-04-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110663 PMID:35417692	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型，揭示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并探讨了这一转变对唾液腺离子细胞功能的影响。	首次展示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并发现上皮FGF10细胞表达古代离子细胞标志物，表明这些细胞可能是唾液腺中的特化离子细胞。	NA	探讨FGF10在唾液腺发育中的作用及其在上皮细胞中的表达变化。	唾液腺中的FGF10细胞及其在发育过程中的表达变化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用tamoxifen诱导的Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型进行研究
447	2024-08-28	Cellular and molecular atlas of the placenta from a COVID-19 pregnant woman infected at midgestation highlights the defective impacts on foetal health 2022-Apr, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13204 PMID:35141964	研究论文	本研究跟踪了一名在孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇，通过对其胎盘和胎儿组织的组织学检查及单细胞RNA测序，揭示了COVID-19对胎盘和胎儿健康的缺陷影响。	首次详细描述了孕中期SARS-CoV-2感染对胎盘和胎儿健康的细胞和分子层面的影响。	研究样本仅为一例，可能不足以代表所有孕中期COVID-19感染的情况。	探讨孕中期SARS-CoV-2感染对母婴健康的影响。	孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘和胎儿组织。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	组织	1例
448	2024-08-28	scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation 2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2022.100434 PMID:35510185	research paper	本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测	scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能	NA	开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能	基因功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
449	2024-08-28	Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01316-6 PMID:34789849	研究论文	本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变	首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制	研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织	探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志	精神分裂症患者来源的大脑类器官	数字病理学	精神疾病	单细胞测序	NA	细胞	未具体说明样本数量
450	2024-08-28	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文介绍了一种名为SINGE的算法，用于从有序的单细胞基因表达数据中推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果回归来平滑不规则的伪时间点和缺失的表达值，并通过集成回归分析的预测来编译转录调控因子和目标基因之间的候选交互列表	在详细检查中，发现个别调控因子的性能较差和无信息的伪时间点	开发一种新的算法用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	单细胞基因表达数据和基因调控网络	生物信息学	NA	Granger因果分析	回归分析	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
451	2024-08-28	Extrinsic KRAS Signaling Shapes the Pancreatic Microenvironment Through Fibroblast Reprogramming 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.016 PMID:35245687	研究论文	研究了致癌KRAS信号如何通过重编程胰腺成纤维细胞来塑造胰腺肿瘤微环境	揭示了非细胞自主的致癌KRAS信号如何重编程胰腺成纤维细胞，激活炎症基因表达程序，从而影响肿瘤微环境	NA	探讨致癌KRAS在胰腺肿瘤微环境中的作用机制	胰腺肿瘤微环境和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用遗传工程小鼠模型
452	2024-08-28	An Optimized Tissue Dissociation Protocol for Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Fresh and Cultured Human Skin Biopsies 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.872688 PMID:35573685	研究论文	本文介绍了一种优化的组织解离协议，用于从新鲜和培养的人类皮肤活检中制备高质量的皮肤细胞悬浮液，以便进行深入的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。	该协议能够从新鲜解离的小型皮肤活检中持续分离出大量高存活率的皮肤细胞，并成功识别了罕见的细胞群，如肥大细胞。	NA	旨在开发一种高效的组织解离协议，以促进对人类皮肤病理和皮肤移植实验的单细胞RNA测序发现。	新鲜和培养的人类皮肤活检。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	小型新鲜解离的皮肤活检和培养的皮肤活检碎片
453	2024-08-28	The Comprehensive Analysis Identified an Autophagy Signature for the Prognosis and the Immunotherapy Efficiency Prediction in Lung Adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.749241 PMID:35529878	研究论文	本研究通过综合分析鉴定出一种自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	本研究首次发现并验证了一种基于自噬相关基因的特征，能够预测肺腺癌患者的预后和免疫检查点治疗的效率	NA	鉴定一种新的自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	肿瘤样本2181个，正常样本419个，独立验证队列70个肺腺癌患者
454	2024-08-28	Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.845942 PMID:35498045	综述	本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解	采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制	单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战	总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
455	2024-08-28	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Inter-Tumor Heterogeneity in Bilateral Papillary Thyroid Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.840811 PMID:35515000	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了双侧乳头状甲状腺癌中的肿瘤间异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境，揭示了其细胞组成和表型特征	研究样本量相对较小，且仅限于特定的甲状腺癌类型	探究双侧乳头状甲状腺癌肿瘤微环境中的细胞组成和表型特征	双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,561个细胞来自3对双侧乳头状甲状腺癌和1个非肿瘤甲状腺样本
456	2024-08-27	Spatial transcriptomics and the kidney 2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000781 PMID:35125393	综述	本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展	空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本	需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中	探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力	肾脏组织及其细胞类型和结构	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
457	2024-08-27	TNF is a potential therapeutic target to suppress prostatic inflammation and hyperplasia in autoimmune disease 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29719-1 PMID:35440548	研究论文	本研究通过分析医疗记录数据、患者样本和体内模型，评估了炎症对前列腺组织的影响，并探讨了通过靶向炎症来限制前列腺炎症和增生的可能性	首次揭示了自身免疫疾病患者中良性前列腺增生（BPH）的高发性，并证明了肿瘤坏死因子（TNF）拮抗剂治疗可以显著降低BPH的发生	研究主要基于医疗记录数据和实验室模型，可能需要更多的临床试验来验证结果	探讨自身免疫疾病中前列腺炎症和增生的治疗靶点	自身免疫疾病患者的前列腺组织	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	医疗记录数据、组织样本	112,152份医疗记录，人类和小鼠组织样本
458	2024-08-27	High-resolution Slide-seqV2 spatial transcriptomics enables discovery of disease-specific cell neighborhoods and pathways 2022-Apr-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104097 PMID:35372810	研究论文	本文利用高分辨率的Slide-seqV2空间转录组技术，在健康和疾病状态下的小鼠和人肾脏组织中进行研究，揭示了疾病特异性的细胞邻域和通路	首次应用Slide-seqV2技术于疾病过程和治疗相关通路的阐明	NA	探索高分辨率空间转录组技术在疾病过程中的应用	小鼠和人的肾脏组织，包括健康和疾病状态	数字病理学	肾脏疾病	Slide-seqV2	NA	转录组数据	九个不同的人类肾脏组织样本和多个小鼠模型
459	2024-08-27	Dirichlet process mixture models for single-cell RNA-seq clustering 2022-04-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059001 PMID:35237784	研究论文	本文比较了贝叶斯隐狄利克雷分配（LDA）方法与其非参数对应方法——分层狄利克雷过程（HDP）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类中的应用	首次详细比较了LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	LDA和HDP的性能依赖于数据集，且HDP有时会过度细分聚类	提高单细胞RNA测序数据分析中定义有意义聚类分辨率的过程	比较LDA和HDP在scRNA-seq数据聚类中的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	隐狄利克雷分配（LDA），分层狄利克雷过程（HDP）	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集（免疫细胞、肾脏、胰腺和绒毛膜/胎盘）
460	2024-08-27	Explainable multiview framework for dissecting spatial relationships from highly multiplexed data 2022-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02663-5 PMID:35422018	研究论文	本文介绍了MISTy框架，一个灵活、可扩展且可解释的机器学习框架，用于从高度多重化的空间组学数据中提取关系	MISTy框架通过构建多个关注不同空间或功能上下文的视图来解析不同效应	NA	开发一种可扩展的方法，利用空间信息从高度多重化的空间技术中提取关系	高度多重化的空间组学数据	机器学习	乳腺癌	NA	机器学习框架	空间组学数据	数十到数千个测量标记