单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-31 |
Multimodal Single-Cell Analyses Outline the Immune Microenvironment and Therapeutic Effectors of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome
2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202106063
PMID:35470584
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和图像质谱细胞仪技术，系统地描述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境，并揭示了其治疗效应器 | 首次通过多模态单细胞分析技术，详细阐述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境特征，并识别了关键的炎症介质 | NA | 揭示间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的病理发生机制及其治疗效应器 | 间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和图像质谱细胞仪（IMC） | NA | 生物样本 | 来自间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱活检样本，共识别出42个不同的细胞集群 |
| 442 | 2024-08-31 |
Universal Surface Biotinylation: a simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis
2022-May-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsac017
PMID:35652718
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Universal Surface Biotinylation (USB)的新型通用标记技术，用于单细胞RNA测序分析中的样本多重化 | USB技术不依赖于特定的细胞表面蛋白，通过引入生物素到任何细胞表面蛋白的氨基团中，实现了对多种细胞类型的良好标记 | NA | 开发一种新的样本多重化技术，以降低实验成本并提高实验准确性 | 多种细胞类型的单细胞RNA测序分析 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千至数万个细胞 |
| 443 | 2024-08-31 |
Oo-site: A dashboard to visualize gene expression during Drosophila oogenesis suggests meiotic entry is regulated post-transcriptionally
2022-05-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059286
PMID:35579517
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研究论文 | 开发了一个名为Oo-site的工具，用于可视化果蝇卵巢中不同阶段生殖细胞分化的批量RNA测序、单细胞RNA测序和翻译效率数据 | Oo-site工具使得非生物信息学专家也能访问和理解这些数据，并发现了一些有丝分裂基因的翻译调控 | NA | 探索干细胞分化控制的机制，并开发工具以更好地可视化和理解相关数据 | 果蝇卵巢中的生殖细胞和体细胞干细胞及其分化后代 | 生物信息学 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序, 翻译效率测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 444 | 2024-08-31 |
The biology of time: dynamic responses of cell types to developmental, circadian and environmental cues
2022-02, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.15589
PMID:34797944
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综述 | 本文综述了植物细胞类型对发育、昼夜和环境信号的动态响应，并探讨了单细胞测序和时间生物信息学算法在这些响应中的应用 | 利用单细胞测序和时间生物信息学算法揭示了植物细胞和组织中基于时间的响应动态 | NA | 探讨植物细胞类型对不同时间尺度信号的响应机制 | 植物细胞类型及其对发育、昼夜和环境信号的响应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 445 | 2024-08-31 |
Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis Constructed the Ubiquitination-Related Signature in Glioma and Identified USP4 as a Novel Biomarker
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.915709
PMID:35774799
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞测序分析构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并鉴定了USP4作为新的生物标志物。 | 首次构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并发现了USP4作为潜在的胶质瘤生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，需要进一步的临床验证和实验支持。 | 探讨泛素化基因在胶质瘤中的作用，并寻找新的胶质瘤生物标志物。 | 胶质瘤患者的泛素化基因及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的胶质瘤患者数据，分为训练组和验证组。 |
| 446 | 2024-08-31 |
Somatic variant calling from single-cell DNA sequencing data
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.013
PMID:35782734
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综述 | 本文综述了单细胞DNA测序数据中体细胞变异识别的当前方法 | NA | NA | 帮助用户根据自身数据选择合适的工具 | 单细胞DNA测序数据中的体细胞变异识别方法 | 测序技术 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | DNA测序数据 | NA |
| 447 | 2024-08-31 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: a 2021 update
2022, Therapeutic advances in gastroenterology
IF:3.9Q1
DOI:10.1177/17562848221104951
PMID:35757383
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综述 | 本文综述了2021年关于克罗恩病（CD）肠道狭窄的最新进展，重点讨论了纤维化机制、诊断和治疗的新技术 | 介绍了单细胞测序、多组学和人工智能等新技术在肠道狭窄研究中的应用 | 目前尚无特定的抗纤维化治疗方法，且肠道纤维化的评估方法不够可靠 | 旨在提供关于纤维化的及时信息，并为改善肠道狭窄的诊断、治疗和预后奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序、多组学、人工智能 | NA | NA | NA |
| 448 | 2024-08-31 |
Emerging artificial intelligence applications in Spatial Transcriptomics analysis
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.056
PMID:35765645
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综述 | 本文综述了当前用于空间转录组学分析的人工智能方法 | 介绍了利用机器学习和深度学习技术处理空间转录组学数据分析的新型计算方法 | NA | 综述空间转录组学分析中的人工智能应用 | 空间转录组学数据分析 | 机器学习 | NA | 机器学习, 深度学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 449 | 2024-08-31 |
Detection of infiltrating fibroblasts by single-cell transcriptomics in human kidney allografts
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0267704
PMID:35657798
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析人肾移植活检样本，以揭示不同的细胞类型和状态，并深入了解同种异体免疫损伤的复杂异质性 | 通过单细胞转录组学技术，首次揭示了肾移植后不同时间点纤维化与非纤维化组织中成纤维细胞的来源差异，以及这些细胞在移植后免疫反应中的作用 | 研究未涉及T细胞介导的排斥反应 | 探索单细胞RNA测序技术在人肾移植活检中的应用，以揭示细胞类型和状态，并为移植受者的个性化护理提供新机制见解 | 来自三个个体的肾皮质活检样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 7217个高质量的单细胞转录组 |
| 450 | 2024-08-30 |
Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels
2022-06-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-13812-y
PMID:35701452
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研究论文 | 本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响 | 开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用 | 多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量 | 克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应 | 肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 涉及不同解离协议的多种样本 |
| 451 | 2024-08-30 |
Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30755-0
PMID:35680885
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研究论文 | 本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性 | 首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法 | 未提及 | 探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响 | 单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 452 | 2024-08-30 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31003-1
PMID:35680954
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱 | 首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | NA | 揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | 家蚕丝腺及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 14,972个高质量细胞 |
| 453 | 2024-08-30 |
CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data
2022-06-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02693-z
PMID:35681161
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研究论文 | 本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据 | CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化 | NA | 研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象 | 拷贝数事件的进化树和拷贝数调用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 概率模型 | 单细胞数据 | 两个乳腺癌样本 |
| 454 | 2024-08-30 |
Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data
2022-06-08, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjac008
PMID:35102420
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研究论文 | 本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性 | 通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的特征基因选择 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 内在熵（IE）模型 | scRNA-seq数据 | 模拟数据集和真实单细胞数据集 |
| 455 | 2024-08-30 |
Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro
2022-06-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11111820
PMID:35681516
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化 | NA | 探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征 | 肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞 |
| 456 | 2024-08-30 |
Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro
2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00254.2021
PMID:35438006
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研究论文 | 本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。 | 本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。 | 研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。 | 阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。 | 人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA测序 | NA | RNA | 8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。 |
| 457 | 2024-08-30 |
Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease
2022-06-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008
PMID:35381189
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研究论文 | 本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化 | 本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位 | 研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献 | 深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性 | 阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本 |
| 458 | 2024-08-30 |
Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation
2022-06, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1895
PMID:35084807
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研究论文 | 本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。 | 发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。 | 研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。 | 定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。 | 雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。 | NA | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq） | NA | RNA序列数据 | 雄性和雌性小鼠的肝脏细胞 |
| 459 | 2024-08-30 |
Mapping the cardiac vascular niche in heart failure
2022-05-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30682-0
PMID:35641541
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研究论文 | 本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。 | 本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。 | NA | 研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。 | 心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 460 | 2024-08-30 |
Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning
2022-05-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02683-1
PMID:35637521
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研究论文 | 本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞 | ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性 | NA | 旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题 | 肿瘤细胞和正常细胞的区分 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习管道 | 单细胞数据集 | 多个单细胞数据集 |