单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-09-19 |
Microenvironmental Landscape of Human Melanoma Brain Metastases in Response to Immune Checkpoint Inhibition
2022-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0870
PMID:35706413
|
研究论文 | 研究了黑色素瘤脑转移瘤（MBM）在免疫检查点抑制剂（ICI）作用下的肿瘤微环境（TME）特征 | 首次对MBM的TME进行了单细胞RNA测序和T细胞受体克隆型分析，揭示了TME中髓系细胞的异质性和中性粒细胞的不同状态，以及这些特征与ICI反应的关系 | 样本量较小，仅收集了32个新鲜MBM样本 | 探讨MBM在ICI作用下的TME特征及其与ICI反应的关系 | 黑色素瘤脑转移瘤（MBM）的肿瘤微环境（TME）和T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 32个新鲜MBM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 422 | 2024-09-19 |
Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods
2022, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0011
PMID:39285948
|
综述 | 本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接 | 本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节 | 综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景 | 生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 机器学习 | NA | NA | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 423 | 2024-09-17 |
Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing
2022-11-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34590-1
PMID:36371428
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异 | 本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异 | 本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种 | 研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异 | 猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 133,454个猕猴视觉皮层细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 424 | 2024-09-17 |
Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01179-9
PMID:36138229
|
研究论文 | 本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响 | 首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制 | 研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小 | 探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应 | DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 基因型、转录组、甲基化组 | 少量DNMT3A R882突变个体 | NA | NA | NA | NA |
| 425 | 2024-09-17 |
Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac263
PMID:35758799
|
研究论文 | 本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法 | 利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像 | NA | 改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别 | 免疫组化图像中的细胞类型特异性 | 计算机视觉 | NA | 免疫组化 | 卷积神经网络 | 图像 | 数千个抗体在人体组织中的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 426 | 2024-09-17 |
Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands
2022-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30934-z
PMID:35672412
|
研究论文 | 本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法 | 首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力 | 未提及具体限制 | 开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学 | 小鼠和人类唾液腺类器官 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因和蛋白质表达数据 | 小鼠和人类唾液腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 427 | 2024-09-15 |
TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012
PMID:36549467
|
研究论文 | 提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式 | TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式 | NA | 开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率 | 空间转录组数据和匹配的组织病理学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 马尔可夫随机场（MRF） | 图像和转录组数据 | 32个真实样本 | NA | NA | NA | NA |
| 428 | 2024-09-15 |
Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011
PMID:36528240
|
综述 | 本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法 | 综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 429 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis
2022-Nov-17, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202203069
PMID:36816792
|
研究论文 | 研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联 | 首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用 | 探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响 | 人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本 | NA | NA | NA | NA |
| 430 | 2024-09-13 |
CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac599
PMID:36063454
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响 | CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解 | 现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响 | 揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响 | 高变异基因的细胞间表达变异性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组 | 偏最小二乘回归 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 431 | 2024-09-13 |
ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer
2022-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33521-4
PMID:36207295
|
研究论文 | 研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响 | 首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性 | NA | 探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响 | ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 432 | 2024-09-13 |
Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics
2022-Sep-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100166
PMID:36204155
|
研究论文 | 本文通过应用scATAC-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，研究了静息和刺激状态下的人类血液细胞的基因调控功能 | 开发了功能性基因调控推断框架（FigR），用于整合多组学数据，推断基因调控网络（GRN）并识别候选转录因子（TF）调控因子 | NA | 研究细胞在环境刺激下基因表达的协调控制 | 静息和刺激状态下的人类血液细胞 | 基因组学 | NA | scATAC-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 功能性基因调控推断框架（FigR） | 单细胞多组学数据 | 约91,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 433 | 2024-09-13 |
Single-cell analysis of endometriosis reveals a coordinated transcriptional programme driving immunotolerance and angiogenesis across eutopic and ectopic tissues
2022-08, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00961-5
PMID:35864314
|
研究论文 | 研究分析了子宫内膜异位症中单细胞转录组，揭示了驱动免疫耐受和血管生成的协调转录程序 | 首次在单细胞转录组水平上全面分析了子宫内膜异位症的微环境，识别了新的细胞亚群和功能 | 研究样本仅限于接受激素治疗的个体，可能限制了结果的普适性 | 揭示子宫内膜异位症的病理生理机制，为早期诊断和治疗提供新线索 | 子宫内膜异位症的腹膜和卵巢病变及其与正常子宫内膜的比较 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名个体，共122,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 434 | 2024-09-13 |
The eternal quest for self-improvement of somatic cells
2022-Feb-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094
PMID:36778659
|
研究论文 | 本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化 | 体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足 | 研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 体细胞克隆的进化 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 435 | 2024-09-11 |
Clustering Deviation Index (CDI): a robust and accurate internal measure for evaluating scRNA-seq data clustering
2022-12-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02825-5
PMID:36575517
|
研究论文 | 本文提出了一种新的聚类偏差指数（CDI），用于评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性 | CDI能够测量任何聚类标签集与观测到的单细胞数据之间的偏差，并通过模拟和实验验证了其选择最优聚类标签集的能力 | NA | 开发一种新的内部指标来评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据的聚类标签集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 436 | 2024-09-11 |
Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics
2022-12-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02820-w
PMID:36575523
|
研究论文 | 本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架，用于单细胞转录组学中的科学发现 | 本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架，能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制，同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 437 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization
2022-12-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04351-3
PMID:36572749
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化 | 首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化 | NA | 研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化 | 金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据 | 11,444个ohnolog对 | NA | NA | NA | NA |
| 438 | 2024-09-11 |
SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369
PMID:36590683
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集 | SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的 | NA | 开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构 | 空间转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 439 | 2024-09-11 |
Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes?
2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society
IF:3.0Q2
DOI:10.1210/jendso/bvac188
PMID:36578881
|
研究论文 | 研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用 | 研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱 | 探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达 | NA | NA | 原位杂交 | NA | mRNA | 雄性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 440 | 2024-09-11 |
DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning
2022-12-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac901
PMID:36250636
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域 | DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据 | NA | 开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 空间转录组数据 | 涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |