单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-09-04 |
Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029
PMID:36090815
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构 | RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构 | NA | 开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区 | 人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，卷积神经网络 | 基因表达数据 | 基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本 |
| 402 | 2024-09-04 |
Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964138
PMID:36091018
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因 | 首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用 | 探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制 | 巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据 |
| 403 | 2024-09-04 |
Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.959705
PMID:36032085
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力 | 介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用 | NA | 探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力 | 结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 404 | 2024-09-04 |
Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912813
PMID:36035139
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研究论文 | 本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构 | 提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性 | NA | 开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性 | 空间转录组数据嵌入的选择和排名 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 16个来自人类大脑的空间转录组样本 |
| 405 | 2024-09-04 |
SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935601
PMID:36035179
|
研究论文 | 研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联 | 首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究 | 识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学 | 肺腺癌及其放射敏感性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序 |
| 406 | 2024-09-04 |
Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01131-y
PMID:34931002
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研究论文 | 本文利用单细胞技术研究SARS-CoV-2感染的免疫学机制，并提供标准化数据集和可视化工具 | 采用单细胞技术深入分析个体细胞间的免疫反应异质性，揭示COVID-19发病机制的分子机制 | NA | 深入理解与SARS-CoV-2保护性或病理性免疫相关的免疫细胞亚群和分子因子，促进COVID-19疫苗和治疗药物的开发 | SARS-CoV-2感染的免疫细胞亚群和分子因子 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组学、单细胞多组学分析 | NA | 单细胞数据 | 超过320万个细胞 |
| 407 | 2024-09-02 |
In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection
2022-07-27, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00505-22
PMID:35867557
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研究论文 | 本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。 | 研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。 | 旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。 | 急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个的小鼠肺上皮细胞 |
| 408 | 2024-09-02 |
Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis
2022-07-26, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01081-3
PMID:35879783
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。 | 本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。 | NA | 揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。 | 滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | Seurat和ArchR软件包 | 转录组和表观基因组数据 | 来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本 |
| 409 | 2024-09-02 |
ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics
2022-07-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02729-4
PMID:35879727
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研究论文 | 介绍了一种新的统计方法Zeta及其软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据，并在功能基因组学研究中展示了其广泛应用 | 开发了一种新的统计方法Zeta和相应的软件包ZetaSuite，用于处理二维高通量数据，特别是在识别全局剪接调控因子方面 | NA | 开发新的统计方法和软件工具，以应对功能基因组学中二维高通量数据分析的新挑战 | 二维高通量数据，包括大规模癌症依赖性筛选和单细胞转录组学研究的数据 | 功能基因组学 | 癌症 | 二维高通量筛选 | Zeta统计方法 | 二维高通量数据 | NA |
| 410 | 2024-09-02 |
ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data
2022-Jul-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04814-8
PMID:35869420
|
研究论文 | 本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件 | ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声 | NA | 解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达矩阵 | 包含M个基因和N个细胞样本的矩阵 |
| 411 | 2024-09-02 |
Choroidal endothelial and macrophage gene expression in atrophic and neovascular macular degeneration
2022-07-21, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddac043
PMID:35181781
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期萎缩性或新生血管性年龄相关性黄斑变性（AMD）患者，鉴定了新的基因表达特征并免疫组化表征了脉络膜中的特定免疫细胞群体。 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了AMD中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的新分子特征，并发现了与AMD遗传风险因子相关的独特表达模式。 | 研究样本数量有限，且仅限于早期AMD患者，可能无法全面代表所有AMD阶段的分子特征。 | 旨在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的分子特征。 | 人类脉络膜样本中的内皮细胞和单核吞噬细胞。 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期AMD患者 |
| 412 | 2024-09-02 |
Spacemake: processing and analysis of large-scale spatial transcriptomics data
2022-07-19, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac064
PMID:35852420
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spacemake的模块化、稳健且可扩展的空间转录组学数据处理和分析管道，该管道基于Snakemake和Python构建 | spacemake能够处理和分析来自不同技术的多种空间转录组学数据集，并提供样本合并、饱和度分析和长读取分析等额外功能 | NA | 开发一种能够处理和分析大规模空间转录组学数据的新工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种样本，包括来自不同实验方法的数据 |
| 413 | 2024-09-02 |
Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future?
2022-Jul-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147610
PMID:35886957
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综述 | 本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向 | 介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力 | NA | 探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性 | 尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用 | 生物医学技术 | 慢性肾脏病 | 多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术 | NA | 细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA | NA |
| 414 | 2024-09-02 |
Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer
2022-Jul-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14143326
PMID:35884393
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研究论文 | 本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型 | 首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征 | 研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 风险评分和诺模图 | 基因表达数据 | 884名结直肠癌患者 |
| 415 | 2024-09-02 |
Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology
2022-Jul, Evolutionary applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/eva.13424
PMID:35899258
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研究论文 | 本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。 | 发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。 | 文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。 | 探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。 | NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。 | NA | 甲状腺疾病 | 单细胞转录组学（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本 |
| 416 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage
2022-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.951
PMID:35859355
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 417 | 2024-09-02 |
The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells
2022-06-15, Journal of neuroimmunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860
PMID:35405431
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增 | 首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同 | 研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性 | 识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应 | 神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞 | 免疫学 | 神经类肉瘤 | 单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 418 | 2024-09-02 |
Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer
2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde
IF:2.4Q2
DOI:10.1055/a-1811-6106
PMID:35903719
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综述 | 本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用 | 介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用 | 对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确 | 总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新 | 早期乳腺癌患者及其治疗 | NA | 乳腺癌 | 空间基因表达分析（spatial transcriptomics） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 419 | 2024-09-02 |
Alignment and integration of spatial transcriptomics data
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01459-6
PMID:35577957
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据 | PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐 | NA | 开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据 | 空间转录组数据的对齐和整合 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输模型 | 转录组数据 | 数千个来自组织切片的斑点 |
| 420 | 2024-09-02 |
Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus
2022-04-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1970
PMID:35389781
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射 | NA | 探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（mux-seq） | NA | 基因表达数据 | 162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞 |