单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2024-08-31	Oo-site: A dashboard to visualize gene expression during Drosophila oogenesis suggests meiotic entry is regulated post-transcriptionally 2022-05-15, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.059286 PMID:35579517	研究论文	开发了一个名为Oo-site的工具，用于可视化果蝇卵巢中不同阶段生殖细胞分化的批量RNA测序、单细胞RNA测序和翻译效率数据	Oo-site工具使得非生物信息学专家也能访问和理解这些数据，并发现了一些有丝分裂基因的翻译调控	NA	探索干细胞分化控制的机制，并开发工具以更好地可视化和理解相关数据	果蝇卵巢中的生殖细胞和体细胞干细胞及其分化后代	生物信息学	NA	RNA测序, 单细胞RNA测序, 翻译效率测序	NA	基因表达数据	NA
402	2024-08-31	The biology of time: dynamic responses of cell types to developmental, circadian and environmental cues 2022-02, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.15589 PMID:34797944	综述	本文综述了植物细胞类型对发育、昼夜和环境信号的动态响应，并探讨了单细胞测序和时间生物信息学算法在这些响应中的应用	利用单细胞测序和时间生物信息学算法揭示了植物细胞和组织中基于时间的响应动态	NA	探讨植物细胞类型对不同时间尺度信号的响应机制	植物细胞类型及其对发育、昼夜和环境信号的响应	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
403	2024-08-31	Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis Constructed the Ubiquitination-Related Signature in Glioma and Identified USP4 as a Novel Biomarker 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.915709 PMID:35774799	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞测序分析构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并鉴定了USP4作为新的生物标志物。	首次构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并发现了USP4作为潜在的胶质瘤生物标志物。	研究主要基于TCGA数据库的数据，需要进一步的临床验证和实验支持。	探讨泛素化基因在胶质瘤中的作用，并寻找新的胶质瘤生物标志物。	胶质瘤患者的泛素化基因及其在肿瘤微环境中的作用。	数字病理学	脑瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	TCGA数据库中的胶质瘤患者数据，分为训练组和验证组。
404	2024-08-31	Somatic variant calling from single-cell DNA sequencing data 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.013 PMID:35782734	综述	本文综述了单细胞DNA测序数据中体细胞变异识别的当前方法	NA	NA	帮助用户根据自身数据选择合适的工具	单细胞DNA测序数据中的体细胞变异识别方法	测序技术	NA	单细胞DNA测序	NA	DNA测序数据	NA
405	2024-08-31	Intestinal strictures in Crohn's disease: a 2021 update 2022, Therapeutic advances in gastroenterology IF:3.9Q1 DOI:10.1177/17562848221104951 PMID:35757383	综述	本文综述了2021年关于克罗恩病（CD）肠道狭窄的最新进展，重点讨论了纤维化机制、诊断和治疗的新技术	介绍了单细胞测序、多组学和人工智能等新技术在肠道狭窄研究中的应用	目前尚无特定的抗纤维化治疗方法，且肠道纤维化的评估方法不够可靠	旨在提供关于纤维化的及时信息，并为改善肠道狭窄的诊断、治疗和预后奠定基础	克罗恩病患者的肠道狭窄	NA	克罗恩病	单细胞测序、多组学、人工智能	NA	NA	NA
406	2024-08-31	Emerging artificial intelligence applications in Spatial Transcriptomics analysis 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.056 PMID:35765645	综述	本文综述了当前用于空间转录组学分析的人工智能方法	介绍了利用机器学习和深度学习技术处理空间转录组学数据分析的新型计算方法	NA	综述空间转录组学分析中的人工智能应用	空间转录组学数据分析	机器学习	NA	机器学习, 深度学习	NA	转录组数据	NA
407	2024-08-31	Detection of infiltrating fibroblasts by single-cell transcriptomics in human kidney allografts 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0267704 PMID:35657798	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析人肾移植活检样本，以揭示不同的细胞类型和状态，并深入了解同种异体免疫损伤的复杂异质性	通过单细胞转录组学技术，首次揭示了肾移植后不同时间点纤维化与非纤维化组织中成纤维细胞的来源差异，以及这些细胞在移植后免疫反应中的作用	研究未涉及T细胞介导的排斥反应	探索单细胞RNA测序技术在人肾移植活检中的应用，以揭示细胞类型和状态，并为移植受者的个性化护理提供新机制见解	来自三个个体的肾皮质活检样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	7217个高质量的单细胞转录组
408	2024-08-30	Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels 2022-06-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-13812-y PMID:35701452	研究论文	本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响	开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用	多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量	克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应	肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及不同解离协议的多种样本
409	2024-08-30	Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30755-0 PMID:35680885	研究论文	本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性	首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法	未提及	探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响	单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
410	2024-08-30	A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31003-1 PMID:35680954	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱	首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态	NA	揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态	家蚕丝腺及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,972个高质量细胞
411	2024-08-30	CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data 2022-06-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02693-z PMID:35681161	研究论文	本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据	CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化	NA	研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象	拷贝数事件的进化树和拷贝数调用	数字病理学	乳腺癌	单细胞全基因组测序	概率模型	单细胞数据	两个乳腺癌样本
412	2024-08-30	Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data 2022-06-08, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac008 PMID:35102420	研究论文	本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性	通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的特征基因选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	内在熵（IE）模型	scRNA-seq数据	模拟数据集和真实单细胞数据集
413	2024-08-30	Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro 2022-06-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11111820 PMID:35681516	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化	NA	探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征	肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞
414	2024-08-30	Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro 2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00254.2021 PMID:35438006	研究论文	本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。	本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。	研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。	阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。	人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	RNA	8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。
415	2024-08-30	Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease 2022-06-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008 PMID:35381189	研究论文	本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化	本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位	研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献	深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性	阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本
416	2024-08-30	Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1895 PMID:35084807	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。	发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。	定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。	NA	酒精相关肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）	NA	RNA序列数据	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞
417	2024-08-30	Mapping the cardiac vascular niche in heart failure 2022-05-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30682-0 PMID:35641541	研究论文	本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。	本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。	NA	研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。	心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
418	2024-08-30	Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning 2022-05-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02683-1 PMID:35637521	研究论文	本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞	ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性	NA	旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题	肿瘤细胞和正常细胞的区分	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习管道	单细胞数据集	多个单细胞数据集
419	2024-08-30	Modern venomics-Current insights, novel methods, and future perspectives in biological and applied animal venom research 2022-05-18, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac048 PMID:35640874	综述	本文综述了现代毒液学领域的最新进展和新策略，探讨了技术革新和多组学方法如何显著提升对有毒动物毒液的研究	文章介绍了CRISPR和敲降技术在研究基因组及其修饰中的应用，以及质谱成像与空间转录组学、原位杂交技术和现代计算机断层扫描技术在毒液系统空间分布和功能研究中的应用	NA	探讨毒液成分的进化、功能及其在不同发育阶段的生物学意义，以及毒液在农业化学、制药、治疗和诊断等领域的应用	有毒动物的毒液及其成分	生物学	NA	CRISPR, 质谱成像, 空间转录组学, 原位杂交技术, 计算机断层扫描	NA	基因组, 转录组, 蛋白质	NA
420	2024-08-30	Distinct phenotypic states and spatial distribution of CD8+ T cell clonotypes in human brain metastases 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100620 PMID:35584630	研究论文	本文分析了人脑转移瘤中CD8+ T细胞克隆型的不同表型状态和空间分布	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了增殖和耗竭的CD8 T细胞之间存在显著的克隆重叠，但与其他肿瘤浸润CD8 T细胞和循环中的CD8 T细胞克隆重叠最小	NA	研究脑转移瘤中CD8 T细胞的表型状态和空间分布，以探索针对脑转移瘤的免疫治疗新靶点	人脑转移瘤中的CD8+ T细胞	数字病理学	脑转移瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA