单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 4050 篇文献,本页显示第 4021 - 4040 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
4021 2024-08-08
High-dimensional and single-cell transcriptome analysis of the tumor microenvironment in angioimmunoblastic T cell lymphoma (AITL)
2022-01, Leukemia IF:12.8Q1
研究论文 本研究利用质谱流式细胞术和单细胞转录组分析技术,探讨了血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)肿瘤微环境(TME)中的细胞组成和特征 首次详细描述了AITL TME中B细胞和CD8+ T细胞的特定表型和功能状态,揭示了非恶性细胞在AITL生物学中的重要作用 NA 深入理解AITL肿瘤微环境中非恶性细胞的作用和特征 AITL肿瘤微环境中的细胞组成和功能 数字病理学 淋巴瘤 质谱流式细胞术,单细胞转录组分析 NA 转录组 NA
4022 2024-08-08
Unsupervised Cluster Analysis and Gene Marker Extraction of scRNA-seq Data Based On Non-Negative Matrix Factorization
2022-01, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文提出了一种基于非负矩阵分解的多子空间细胞相似性学习框架MscNMF,用于无监督的scRNA-seq数据分析,包括数据分解、相似性学习和相似性融合三个部分 MscNMF能够学习不同子空间的基因特征和细胞特征,通过多子空间突出细胞间的相关性和异质性,消除低维特征空间中的冗余信息和噪声,并合理计算细胞类型数量和非负矩阵分解的秩 NA 解决scRNA-seq数据中细胞异质性的识别问题 scRNA-seq数据中的基因表达水平和细胞特征 数字病理学 NA scRNA-seq 非负矩阵分解(NMF) 基因表达数据 八个真实scRNA-seq数据集
4023 2024-08-08
Identification of Monocytes Associated with Severe COVID-19 in the PBMCs of Severely Infected Patients Through Single-Cell Transcriptome Sequencing
2022-Oct, Engineering (Beijing, China)
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序分析了严重COVID-19患者外周血样本中的单核细胞特征 发现了两种与严重COVID-19相关的新型单核细胞亚群:Mono 0和Mono 5,这些亚群表现出促纤维化和促炎症特征 样本量相对较小,需要进一步的大规模研究验证 探究严重COVID-19中单核细胞的免疫学特征及其与疾病机制的关系 严重COVID-19患者的单核细胞 数字病理学 COVID-19 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 6名健康对照和14名COVID-19患者样本
4024 2024-08-08
Cancer stem cells in TNBC
2022-07, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1
综述 本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)中癌症干细胞(CSCs)的作用及其在治疗中的潜在意义 利用单细胞分析技术,如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和蛋白质组学,来揭示患者水平肿瘤内异质性,识别CSCs群体和CSC生物标志物 TNBC在细胞系组成和分子特性上高度异质性,缺乏有效的治疗靶点 探讨CSCs在驱动TNBC发生中的作用及通过操纵分子信号对抗这一罕见细胞群体以控制这种致命疾病的疗法 三阴性乳腺癌中的癌症干细胞及其在肿瘤生长和转移中的作用 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA NA
4025 2024-08-08
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the M2 Macrophages and Exhausted T Cells and Intratumoral Heterogeneity in Triple-Negative Breast Cancer
2022, Anti-cancer agents in medicinal chemistry IF:2.6Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了三阴性乳腺癌中的M2巨噬细胞和耗竭T细胞以及肿瘤内异质性 发现了在三阴性乳腺癌患者中极化的M2巨噬细胞和耗竭的CD8+ T细胞,并识别出潜在的免疫治疗靶点 NA 分析肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞,以识别具有治疗潜力的靶点 三阴性乳腺癌患者的单细胞序列数据 数字病理学 乳腺癌 单细胞测序 NA 转录组数据 来自GSE118389数据集的三阴性乳腺癌患者样本
4026 2024-08-08
Single-cell transcriptomic analyses of cardiac immune cells reveal that Rel-driven CD72-positive macrophages induce cardiomyocyte injury
2022-03-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序分析了心脏免疫细胞的异质性,特别是识别出与心脏损伤相关的CD72阳性巨噬细胞。 首次揭示了Rel驱动的CD72阳性巨噬细胞在心脏损伤中的作用,并提出了这些细胞可能作为多种心血管疾病治疗的新靶点。 研究主要基于小鼠模型,尚需在人类中进行进一步验证。 研究心脏巨噬细胞的异质性及其在心脏损伤中的作用。 心脏巨噬细胞及其在心脏损伤中的作用。 数字病理学 心血管疾病 单细胞mRNA测序 NA 转录组数据 涉及小鼠和人类心脏组织样本
4027 2024-08-08
Interaction of long non-coding RNAs and circular RNAs with microRNAs for the regulation of immunological responses in human cancers
2022-04, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1
研究论文 本文探讨了长非编码RNA、环状RNA与微小RNA在人类癌症免疫反应调控中的相互作用 文章揭示了非编码RNA在免疫调节中的新角色,特别是通过外泌体传递非编码RNA重塑接收细胞中的不同通路和蛋白质网络 NA 深入理解非编码RNA在免疫系统中的调控机制,以期将实验室发现转化为临床有效的治疗方法 长非编码RNA、环状RNA和微小RNA在免疫反应中的调控作用 数字病理学 癌症 单细胞RNA测序 NA RNA NA
4028 2024-08-08
Neoplastic and immune single-cell transcriptomics define subgroup-specific intra-tumoral heterogeneity of childhood medulloblastoma
2022-02-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、免疫组化和转录组数据解卷积,分析了儿童髓母细胞瘤中肿瘤细胞和免疫细胞的异质性。 发现了与特定分子亚型相关的新的髓母细胞瘤亚群,并揭示了这些亚群在神经发育过程中的作用。 NA 旨在确定肿瘤细胞和免疫细胞多样性对髓母细胞瘤生物学的影响。 儿童髓母细胞瘤中的肿瘤细胞和免疫细胞。 数字病理学 儿童疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 包括患者样本和动物模型
4029 2024-08-09
Single-cell RNA sequencing reveals Nestin+ active neural stem cells outside the central canal after spinal cord injury
2022-02, Science China. Life sciences
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了脊髓损伤后中央管外Nestin+活跃神经干细胞的存在 首次发现脊髓损伤后中央管外的Nestin细胞能被激活为活跃的神经干细胞 NA 探究脊髓损伤后神经干细胞的激活情况及其在再生治疗中的潜在作用 脊髓损伤后的神经干细胞及其子代细胞 数字病理学 脊髓损伤 单细胞RNA测序 NA RNA 具体样本数量未提及
4030 2024-08-09
Pseudo Heparin Resistance After Pulmonary Endarterectomy: Role of Thrombus Production of Factor VIII
2022, Seminars in thoracic and cardiovascular surgery IF:2.6Q2
研究论文 本文研究了肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗现象,并评估了因子VIII的影响 首次使用单细胞RNA测序技术分析肺动脉内膜切除术标本中的因子VIII基因表达 样本量较小,仅包括13名患者和5个标本 探讨肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗的原因及其对术后肝素化的影响 肺动脉内膜切除术后的患者及其血液样本 数字病理学 肺高血压 单细胞RNA测序 NA 血液样本 13名患者和5个标本
4031 2024-08-09
Caspases and therapeutic potential of caspase inhibitors in moderate-severe SARS-CoV-2 infection and long COVID
2022-01, Allergy IF:12.6Q1
研究论文 研究了caspase在COVID-19疾病中的表达及其在治疗中的潜在作用 首次探讨了caspase在COVID-19中的表达模式及其对疾病进程的影响,并提出了使用pan-caspase抑制剂作为治疗策略 研究结果为初步结果,需要进一步的临床相关性研究来验证 探讨caspase在COVID-19中的作用及其治疗潜力 COVID-19患者和非COVID-19患者的免疫细胞 NA COVID-19 流式细胞术,单细胞RNA测序 NA RNA 包括COVID-19患者和非COVID-19患者的血液样本
4032 2024-08-09
Evolutionary Multiobjective Clustering Algorithms With Ensemble for Patient Stratification
2022-Oct, IEEE transactions on cybernetics IF:9.4Q1
研究论文 本文提出了两种新的基于集合的进化多目标聚类算法(NSGA-II-ECFE和MOEA/D-ECFE),用于解决患者分层问题,通过四个聚类有效性指标作为目标函数 开发了一种有效的集合构建方法以增强集合多样性,并提出了集合聚类适应度评估(ECFE)方法来评估集合,通过测量这四个目标函数下的共识聚类 NA 解决患者分层中的亚型诊断问题,构建具有高诊断能力和良好泛化能力的分层模型 患者分层问题 机器学习 NA 进化多目标聚类算法 NSGA-II-ECFE, MOEA/D-ECFE 数据集 55个合成数据集和35个真实患者分层数据集,以及五个癌症相关的单细胞RNA-seq数据集
4033 2024-08-09
Single-cell Transcriptomics Uncover a Novel Role of Myeloid Cells and T-lymphocytes in the Fibrotic Microenvironment in Peyronie's Disease
2022-05, European urology focus IF:4.8Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术揭示了 Peyronie 病纤维化微环境中髓系细胞和 T 淋巴细胞的新作用 首次使用单细胞转录组学技术研究 Peyronie 病的免疫机制 单细胞 RNA 测序样本量较小,但由于有较大的历史石蜡包埋样本队列,研究结果具有一定的可靠性 探究 Peyronie 病患者斑块的免疫特征 Peyronie 病患者的阴茎白膜 数字病理学 NA 单细胞 RNA 测序 NA 细胞 12 名 Peyronie 病患者和 6 名对照组患者
4034 2024-08-09
Integration, exploration, and analysis of high-dimensional single-cell cytometry data using Spectre
2022-03, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
研究论文 介绍了一个名为Spectre的R包,用于高维单细胞流式数据的综合集成和分析 Spectre提供了一个端到端的分析流程,包括数据预处理、批次对齐、数据集成、聚类、降维、可视化、群体标记以及定量和统计分析 NA 开发一个全面的、可扩展的计算分析方法,以处理和分析高维单细胞流式数据 高维单细胞流式数据,包括流式细胞术、质谱细胞术或光谱细胞术生成的数据 生物信息学 NA 机器学习 NA 高维数据 大量样本、批次或实验
4035 2024-08-09
Isolation and characterization of human embryonic stem cell-derived heart field-specific cardiomyocytes unravels new insights into their transcriptional and electrophysiological profiles
2022-02-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本文通过使用双报告基因线从人类胚胎干细胞中分离和表征第一和第二心场及节点样心肌细胞,揭示了它们转录和电生理特征的新见解 本文解决了从诱导多能干细胞生成心场特异性心肌细胞的先前工作的不足,并提供了这些三个人群的早期发育转录组和电生理的综合分析 NA 旨在分离和表征人类胚胎干细胞衍生的心场特异性和节点样心肌细胞,以提高基因表达分析的分辨率,并促进针对特定心脏区域疾病的干细胞治疗的发展 人类胚胎干细胞衍生的第一和第二心场及节点样心肌细胞 干细胞 先天性心脏病 RNA测序 NA RNA 多个心肌细胞亚群
4036 2024-08-09
Modeling dynamic correlation in zero-inflated bivariate count data with applications to single-cell RNA sequencing data
2022-06, Biometrics IF:1.4Q2
研究论文 本文针对单细胞RNA测序数据中的零膨胀和过度分散特性,提出了一种新的零膨胀负二项动态相关模型(ZENCO),用于探索动态依赖结构。 提出了ZENCO模型,该模型通过引入潜在变量来模拟协变量依赖的相关结构,并能处理零膨胀和过度分散的计数数据。 NA 探索单细胞RNA测序数据中的动态基因共表达模式。 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式。 生物信息学 黑色素瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 零膨胀负二项动态相关模型(ZENCO) 计数数据 具体样本数量未在摘要中提及
4037 2024-08-09
TiC2D: Trajectory Inference From Single-Cell RNA-Seq Data Using Consensus Clustering
2022 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文介绍了一种名为TiC2D的新算法,用于从单细胞RNA测序数据中进行细胞轨迹推断,采用共识聚类策略精确聚类细胞 TiC2D算法采用共识聚类策略,能够准确推断单细胞转录组的发展轨迹,并识别细胞命运决定中的关键基因 NA 开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞轨迹,以揭示正常发育和疾病的机制 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 共识聚类 转录组数据 四个独立的单细胞RNA测序数据集
4038 2024-08-09
Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics
2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本文开发了一种名为RCTD的计算方法,用于分解空间转录组学中的细胞类型混合物,并校正不同测序技术间的差异 RCTD方法利用单细胞RNA-seq学到的细胞类型特征来分解细胞类型混合物,并能准确再现已知的细胞类型和亚型定位模式 NA 开发一种新的计算方法来分解空间转录组学中的细胞类型混合物 空间转录组学中的细胞类型混合物 生物信息学 NA 单细胞RNA-seq RCTD 转录组数据 模拟数据集、Slide-seq和Visium的小鼠脑数据集
4039 2024-08-09
Advanced single-cell pooled CRISPR screening identifies C19orf53 required for cell proliferation based on mTORC1 regulators
2022-02, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1
研究论文 本文介绍了一种名为DoNick-seq的高级单细胞CRISPR筛选方法,用于促进基因敲除并减少脱靶活性,并通过该方法研究了mTORC1调控因子和细胞增殖机制。 DoNick-seq方法能够同时评估多个基因相互作用和氨基酸耗竭效应,提高了CRISPR单细胞转录组学的准确性。 CRISPR基因敲除技术本身存在效率限制。 开发和应用DoNick-seq方法,以深入解析细胞生物学发现,特别是mTORC1调控因子和细胞增殖机制。 mTORC1调控因子、细胞增殖能力以及C19orf53基因在细胞代谢和氧化应激中的作用。 基因编辑 NA CRISPR筛选 NA 转录组 超过20,000个细胞,来自两种细胞系
4040 2024-08-09
Shades of white: new insights into tissue-resident leukocyte heterogeneity
2022-01, The FEBS journal
研究论文 本文讨论了组织驻留白细胞的异质性及其在健康和疾病状态下的功能多样性 通过单细胞RNA测序技术揭示了组织驻留白细胞前所未有的异质性水平 NA 探讨组织驻留白细胞的异质性及其在不同器官中的多样性 组织驻留白细胞 NA NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA
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