单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 4001 - 4020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4001 | 2024-08-08 |
UBCH5 Family Members Differentially Impact Stabilization of Mutant p53 via RNF128 Iso1 During Barrett's Progression to Esophageal Adenocarcinoma
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.08.003
PMID:34416429
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研究论文 | 研究探讨了UBCH5家族成员在Barrett's食管进展至食管腺癌过程中通过RNF128 Iso1对突变型p53稳定性的不同影响。 | 发现UBE2D1（UBCH5A）和RNF128 Iso1在异常增生Barrett's食管和食管腺癌中形成不活跃的E2-E3复合体，稳定突变型p53，为治疗提供了新策略。 | NA | 研究突变型p53在Barrett's食管进展至食管腺癌中的稳定性及其调控机制。 | UBCH5家族成员、RNF128 Iso1、突变型p53。 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 配对的正常食管和Barrett's食管组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4002 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal Immune Landscape of Colorectal Cancer Liver Metastasis at Single-Cell Level
2022-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0316
PMID:34417225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了结直肠癌肝转移的时空免疫景观，并开发了计算工具scMetabolism来量化单细胞代谢活性 | 首次揭示了结直肠癌肝转移微环境中M2样巨噬细胞的代谢活化状态，并探讨了新辅助化疗对此状态的影响 | NA | 描述结直肠癌肝转移的免疫演化过程，并揭示肿瘤如何响应新辅助化疗 | 结直肠癌肝转移的免疫微环境及M2样巨噬细胞的代谢活性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 97个匹配样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4003 | 2024-08-08 |
Developmental Origins of Human Cortical Oligodendrocytes and Astrocytes
2022-Jan, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-021-00759-9
PMID:34374948
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研究论文 | 本文通过整合分析已发表的人类皮质单细胞RNA测序数据和免疫组织化学分析，揭示了人类皮质放射状胶质细胞在妊娠第18周左右产生基底多能中间前体细胞（bMIPCs），进而生成皮质少突胶质细胞、星形胶质细胞和嗅球GABA能中间神经元的过程 | 本文首次展示了人类皮质截短的放射状胶质细胞（tRGs）如何产生基底多能中间前体细胞（bMIPCs），并进一步生成皮质少突胶质细胞和星形胶质细胞 | NA | 揭示人类皮质放射状胶质细胞的谱系进展，这是发育中的人类大脑皮质的一个基本过程 | 人类皮质放射状胶质细胞及其产生的少突胶质细胞和星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4004 | 2024-08-08 |
Regulatory mechanisms ensuring coordinated expression of functionally related genes
2022-01, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2021.07.008
PMID:34376301
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研究论文 | 本文探讨了生物体如何通过多种策略确保功能相关基因的协调表达 | 结合基因编辑工具和计算模型，研究了相邻基因对和集群的优势 | NA | 探讨不同协调表达策略在多种生物过程中的功能重要性 | 功能相关基因的协调表达机制 | NA | NA | 基因编辑 | 计算模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4005 | 2024-08-08 |
SLUG-related partial epithelial-to-mesenchymal transition is a transcriptomic prognosticator of head and neck cancer survival
2022-01, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13075
PMID:34382739
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，开发了一种基于细胞类型依赖性反卷积的pEMT量化方法，用于预测头颈癌患者的生存率 | 首次提出pEMT-Singscores作为头颈癌的新风险预测指标，并发现SLUG转录因子在pEMT中的关键作用 | NA | 研究部分上皮-间质转化（pEMT）在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的预后价值 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的生存率和治疗反应 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | RNA测序数据 | 大型HNSCC队列，包括TCGA、MD Anderson癌症中心和Fred Hutchinson癌症研究中心的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4006 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals innate lymphoid cell lineage infidelity in atopic dermatitis
2022-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.07.025
PMID:34363841
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了特应性皮炎中先天淋巴细胞谱系的不忠实性 | 首次通过单细胞RNA测序展示了特应性皮炎病变皮肤中先天淋巴细胞谱系的不忠实性 | NA | 更好地理解皮肤先天淋巴细胞（ILCs）在生理和病理条件下的表型和分子特征 | 皮肤先天淋巴细胞（ILCs） | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞样本 | 来自特应性皮炎患者和健康个体的皮肤穿刺活检、减薄片和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4007 | 2024-08-08 |
Advances and Challenges in Kidney Organoids
2022, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
|
综述 | 本文综述了肾脏类器官的最新进展、应用及面临的挑战 | 介绍了单细胞RNA测序、3D生物打印和微流控技术在肾脏类器官研究中的应用 | 目前缺乏针对肾脏类器官方法学的全面综述 | 总结肾脏类器官的分化方法、应用及挑战 | 肾脏类器官的生成及其在体外细胞培养系统中的应用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、3D生物打印、微流控技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4008 | 2024-08-08 |
NMFLRR: Clustering scRNA-Seq Data by Integrating Nonnegative Matrix Factorization With Low Rank Representation
2022-03, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3099127
PMID:34310328
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架NMFLRR，通过整合低秩表示（LRR）和非负矩阵分解（NMF）来识别细胞类型，并使用九个真实的scRNA-seq数据集测试了其性能 | NMFLRR框架通过引入局部约束图正则化项来捕获数据的局部几何信息，并使用交替方向乘子法（ADMM）算法同时获得数据的相似矩阵和低维特征 | NA | 开发一种新的计算方法，以准确识别单细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF），低秩表示（LRR） | 基因表达数据 | 九个真实的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4009 | 2024-08-08 |
Generation of functional human thymic cells from induced pluripotent stem cells
2022-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.07.021
PMID:34331993
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研究论文 | 本文研究了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成功能性人类胸腺细胞的方法 | 开发了一种直接分化协议，能够从多个iPSC系生成患者来源的胸腺上皮祖细胞，并在移植到无胸腺裸鼠后进一步分化为功能性胸腺上皮细胞 | NA | 系统评估信号通路，开发一种精炼的直接分化协议，生成患者来源的胸腺上皮祖细胞 | 诱导多能干细胞（iPSCs）生成的胸腺上皮祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术，定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系生成的胸腺上皮祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4010 | 2024-08-08 |
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab549
PMID:34320637
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研究论文 | 介绍了一个名为rPanglaoDB的R包，用于从PanglaoDB数据库下载和合并标记的单细胞RNA测序数据 | 首次提供了纤维细胞的无偏转录组图谱报告，并通过比较纤维细胞与同一组织样本中收集的成纤维细胞的转录组图谱，确认了它们与组织损伤和感染愈合过程的关联 | NA | 通过整合多个公共单细胞实验数据，增加目标细胞类型的样本量，实现稳健的细胞类型转录组特征描述 | 纤维细胞，一种罕见的单核细胞衍生细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 157个纤维细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4011 | 2024-08-08 |
Molecular Fingerprinting by Single Cell Clone Analysis in Adverse Drug Reaction (ADR) Assessment
2022, Current drug safety
IF:1.1Q4
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研究论文 | 本文通过单细胞克隆分析技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），对药物不良反应（ADR）进行分子指纹识别，以区分不同克隆细胞在个体器官中的差异敏感性 | 利用scRNA-seq技术对ADR进行分子指纹识别，识别特定克隆中直接表达的基因（DEG），为靶向治疗策略提供机会 | 成本效益、ADR的频率/严重程度和人群差异等因素仍需考虑 | 开发一种新的框架，用于使用scRNA-seq技术对ADR进行潜在评估，并探讨其对药物警戒和药物开发的潜在监管影响 | 药物不良反应（ADR）的分子指纹识别 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及可活检/采样的组织（如皮肤、肝脏、肾脏、血液、干细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 4012 | 2024-08-08 |
Role of laminin and collagen chains in human spermatogenesis - Insights from studies in rodents and scRNA-Seq transcriptome profiling
2022-01, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2021.07.011
PMID:34325997
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综述 | 本文综述了在啮齿动物和单细胞RNA测序转录组分析中，层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用 | 通过分析公开的单细胞RNA测序转录组数据集，揭示了不同类型的人类睾丸中胶原蛋白链和层粘连蛋白链的差异表达，提出了人类睾丸中可能存在的局部调节网络 | NA | 探讨层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用及其在不同类型睾丸疾病中的潜在影响 | 人类睾丸中的层粘连蛋白和胶原蛋白链 | NA | 男性不育症 | scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4013 | 2024-08-08 |
scRAE: Deterministic Regularized Autoencoders With Flexible Priors for Clustering Single-Cell Gene Expression Data
2022 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3098394
PMID:34288873
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研究论文 | 本文提出了一种改进的正则化自编码器框架（scRAE），用于单细胞RNA测序数据的有效聚类 | scRAE包含一个确定性的自编码器和一个灵活的可学习先验生成网络，共同训练，以在潜在空间中更好地权衡偏差和方差 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中的统计和计算挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 正则化自编码器（RAE） | 自编码器（AE） | 基因表达数据 | 多个真实世界的单细胞基因表达数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4014 | 2024-08-08 |
i2dash: Creation of Flexible, Interactive, and Web-based Dashboards for Visualization of Omics Data
2022-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.01.007
PMID:34280547
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研究论文 | 本文介绍了一个名为i2dash的R包，用于程序化创建自定义的网络化、交互式仪表盘，以可视化组学数据 | i2dash支持跨预定义图形布局的交互式和响应式可视化，并能与任何基于R的分析管道兼容，促进了数据可视化与数据分析任务的分离 | NA | 开发一种工具，用于简化组学数据处理管道与动态生成交互式仪表盘的结合 | 组学数据的可视化和交互式探索 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4015 | 2024-08-08 |
Exploring the role of autophagy during early human embryonic development through single-cell transcriptome and methylome analyses
2022-05, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-021-1948-1
PMID:34302606
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和甲基组分析，系统探讨了自噬在早期人类胚胎发育中的作用 | 首次全面揭示了自噬在早期人类胚胎发育中的特征 | NA | 探索自噬在早期人类胚胎发育中的调控作用 | 早期人类胚胎细胞中的自噬相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组和甲基组分析 | NA | 转录组和甲基组数据 | 365个细胞的转录组数据和265个细胞的甲基组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4016 | 2024-08-08 |
Exploring the choroidal vascular labyrinth and its molecular and structural roles in health and disease
2022-03, Progress in retinal and eye research
IF:18.6Q1
DOI:10.1016/j.preteyeres.2021.100994
PMID:34280556
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综述 | 本文综述了脉络膜在生理和病理生理机制中的作用，特别是脉络膜内皮细胞（CECs）的角色 | 讨论了CECs的表型特性、亚群以及从尸检眼中提取的原代CEC培养物中测量转录组学的价值 | 对于这些脉络膜视网膜疾病的临床特征和分子途径的理解仍然相对有限 | 深入了解脉络膜的特定临床和分子特性，以揭示广泛的脉络膜视网膜疾病的发病机制 | 脉络膜及其在健康和疾病中的分子和结构作用 | NA | 脉络膜视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学数据 | 从尸检眼中提取的原代CEC培养物 | NA | NA | NA | NA |
| 4017 | 2024-08-08 |
Identification and characterization of relapse-initiating cells in MLL-rearranged infant ALL by single-cell transcriptomics
2022-01, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-021-01341-y
PMID:34304246
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病（MLL-r iALL）中对糖皮质激素药物泼尼松的反应，以识别和表征复发启动细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术量化了对治疗敏感和抵抗的癌细胞群体，以更好地预测个体患者的未来复发情况 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别和表征MLL-r iALL中的复发启动细胞，以改善风险分层和理解白血病治疗抵抗亚群 | MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病中的复发启动细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 诊断性骨髓和外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4018 | 2024-08-08 |
Immune cell profiling in atherosclerosis: role in research and precision medicine
2022-01, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-021-00589-2
PMID:34267377
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综述 | 本文综述了单细胞技术在动脉粥样硬化免疫细胞图谱构建及精准免疫治疗发现中的应用 | 探讨了单细胞技术如单细胞质谱细胞仪、单细胞RNA测序和细胞转录组及表位索引测序在动脉粥样硬化斑块细胞和分子组成图谱中的应用，并强调了这些数据在发现新型精准免疫治疗中的作用 | 需要进一步在相关实验模型中严格验证来自人类研究的单细胞数据 | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究及精准医学中的作用 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞及其在精准医疗中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4019 | 2024-08-08 |
Similarity and Dissimilarity Regularized Nonnegative Matrix Factorization for Single-Cell RNA-seq Analysis
2022-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-021-00457-0
PMID:34231183
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研究论文 | 本文提出了一种新的聚类方法——相似性与相异性正则化的非负矩阵分解（SDCNMF），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | SDCNMF方法同时施加相似性和相异性约束于低维表示，既能保持相似细胞在低维空间中更接近，也能将不相似的细胞彼此推开 | NA | 探索单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 五个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4020 | 2024-08-08 |
An active learning approach for clustering single-cell RNA-seq data
2022-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1038/s41374-021-00639-w
PMID:34244616
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据聚类的主动学习框架 | 该框架采用主动学习算法，能够主动向生物学家查询标签，并仅对部分细胞进行手动标记，从而提高聚类的生物学解释性 | NA | 解决现有单细胞RNA测序数据聚类方法中生物学解释性差的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主动学习模型 | 数据 | 四个真实单细胞RNA测序数据集，每个数据集少于1000个标记细胞 | NA | NA | NA | NA |