单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3981 - 4000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3981 | 2024-08-08 |
scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab795
PMID:34508354
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scAPAdb的综合数据库，该数据库提供了单细胞分辨率下的替代多聚腺苷酸化（APA）信息 | scAPAdb是首个提供单细胞分辨率APA信息的数据库，填补了现有APA数据库在这一领域的空白 | NA | 旨在为研究单细胞水平上APA异构体使用和APA介导的基因调控提供有价值的资源 | 单细胞分辨率下的APA信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据库 | 超过360个scRNA-seq实验，涵盖六种物种，包括人类、小鼠和其他几种植物物种 |
| 3982 | 2024-08-08 |
VeloViz: RNA velocity-informed embeddings for visualizing cellular trajectories
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab653
PMID:34500455
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研究论文 | 本文介绍了VeloViz工具，该工具利用RNA速度分析信息创建单细胞转录组数据的2D和3D嵌入，以可视化细胞轨迹 | VeloViz通过考虑RNA速度分析预测的未来转录状态，能够更可靠地捕捉和展示细胞轨迹，即使在缺失中间细胞状态的情况下 | NA | 开发一种新的方法来可视化从RNA速度分析推断的细胞状态变化，以更好地理解细胞轨迹 | 单细胞转录组数据及其通过RNA速度分析推断的细胞状态变化 | 生物信息学 | NA | RNA速度分析 | NA | 转录组数据 | 使用真实和模拟数据进行验证 |
| 3983 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals the transcriptional landscape in ischemic stroke
2022-01, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X211026770
PMID:34496660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了缺血性中风中的转录组图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了小鼠MCAO模型中脑细胞群的细胞类型特异性基因表达模式及其在不同通路中的功能 | NA | 探索缺血性中风的疾病机制及基于细胞亚型特异性分子的药物发现 | 缺血性中风中的脑细胞群及其基因表达模式 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠MCAO模型中的脑细胞群 |
| 3984 | 2024-08-08 |
Cancer stem cells in hepatocellular carcinoma - from origin to clinical implications
2022-01, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-021-00508-3
PMID:34504325
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综述 | 本文综述了肝细胞癌中癌症干细胞（CSC）的起源及其临床意义 | 探讨了肝CSC的异质性和独特的免疫生物学特性，为新的研究方向和潜在疗法提供了机会 | NA | 总结当前对肝CSC标记物和肝细胞癌中干细胞调控因子的认识，并描述肝CSC领域的最新进展 | 肝细胞癌中的癌症干细胞 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 3985 | 2024-08-08 |
Delineating chromatin accessibility re-patterning at single cell level during early stage of direct cardiac reprogramming
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.002
PMID:34509499
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术，探讨了心脏重编程早期阶段染色质可及性的重塑模式及其对转录组重塑的影响 | 首次揭示了Smad3作为双模态转录因子在心脏重编程中的作用，并发现了心脏基因在重编程轨迹中的顺式调控相互作用的全球重构 | NA | 探讨心脏重编程早期阶段染色质景观的改变如何驱动转录组重塑 | 心脏成纤维细胞向诱导心肌细胞（iCMs）的直接转化过程中的染色质可及性变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 早期重编程的诱导心肌细胞（iCMs） |
| 3986 | 2024-08-08 |
The Role of Innate Immune Cells in Nonalcoholic Fatty Liver Disease
2022, Journal of innate immunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1159/000518407
PMID:34515137
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研究论文 | 本文探讨了先天免疫细胞在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和非酒精性脂肪肝炎（NASH）中的作用 | 利用单细胞RNA测序等新技术揭示了肝脏中巨噬细胞群体的显著异质性，并探讨了肝脏驻留的Kupffer细胞和招募的单核细胞源性巨噬细胞在调节肝脏炎症和NASH发病机制中的不同功能 | NA | 研究先天免疫细胞在NAFLD和NASH中的功能 | 先天免疫细胞如中性粒细胞和巨噬细胞在NAFLD和NASH中的作用 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3987 | 2024-08-08 |
Residual homing of α4β7-expressing β1+PI16+ regulatory T cells with potent suppressive activity correlates with exposure-efficacy of vedolizumab
2022-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-324868
PMID:34462337
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研究论文 | 研究探讨了抗α4β7整合素抗体vedolizumab在治疗炎症性肠病（IBD）中的非线性暴露-疗效特性及其机制 | 发现了vedolizumab治疗中一种具有显著调节特性的'抵抗'α4β7表达β1+PI16+调节T细胞亚群 | NA | 确定vedolizumab在治疗炎症性肠病中非线性暴露-疗效特性的机制 | 超过500个样本，来自300多名受试者的T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过500个样本，来自300多名受试者 |
| 3988 | 2024-08-08 |
IL-37 regulates allergic inflammation by counterbalancing pro-inflammatory IL-1 and IL-33
2022-03, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15072
PMID:34460953
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研究论文 | 本研究探讨了IL-37通过平衡促炎性IL-1和IL-33的作用来调节过敏性炎症的机制 | 首次揭示了IL-37在过敏性哮喘中的抑制作用及其机制 | 研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床研究验证 | 旨在识别IL-37控制过敏性炎症的机制 | IL-37的目标细胞、基因表达变化以及在哮喘患者中的表达/生产比率 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序、激光捕获显微切割、微阵列基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 包括野生型、IL-1R1和IL-33缺陷的小鼠模型，以及哮喘患者的痰液和鼻分泌物样本 |
| 3989 | 2024-08-08 |
Rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome shared megakaryocyte expansion in peripheral blood
2022-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220066
PMID:34462261
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研究论文 | 本研究旨在识别类风湿关节炎（RA）、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）等自身免疫疾病在周围血中的共同转录谱和免疫细胞组成 | 发现了在这些自身免疫疾病中，巨核细胞（MK）的扩张是一个共同特征，这为理解这些疾病的病理机制提供了新的视角 | NA | 识别类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征等自身免疫疾病在周围血中的共同转录谱和免疫细胞组成 | 类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、原发性干燥综合征和多重自身免疫疾病患者的周围血单个核细胞（PBMCs） | NA | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮, 原发性干燥综合征 | RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA | 119名未经治疗的患者（41名RA，38名pSS，28名SLE和12名多重自身免疫）和20名健康对照 |
| 3990 | 2024-08-08 |
ScCAEs: deep clustering of single-cell RNA-seq via convolutional autoencoder embedding and soft K-means
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab321
PMID:34472585
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序深度嵌入聚类方法scCAEs，通过卷积自编码器嵌入和软K均值同时学习特征表示和聚类 | scCAEs方法结合深度学习和卷积自编码器来表征单细胞RNA测序数据，并提出了一种正则化的软K均值算法在学习的潜在空间中聚类细胞群体 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类和细胞类型分类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 卷积自编码器 | CNN | RNA-seq数据 | 数据集中的聚类数从4到46，细胞数从90到30,302 |
| 3991 | 2024-08-08 |
A comparison of deep learning-based pre-processing and clustering approaches for single-cell RNA sequencing data
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab345
PMID:34472590
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综述 | 本文系统回顾了基于深度学习模型的单细胞RNA测序数据分析方法和工具，涉及数据预处理和聚类任务 | 深度学习技术与单细胞RNA测序数据的高维度、高稀疏性、高噪声和大规模特性相匹配，提供了前所未有的潜力 | 讨论了这些方法的数据偏好和局限性，并为用户选择合适的方法和工具提供建议和指导 | 评估基于深度模型的数据校正和聚类分析方法在11个黄金标准数据集上的表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | RNA测序数据 | 11个黄金标准数据集 |
| 3992 | 2024-08-08 |
Single-Cell DNA Sequencing Reveals Punctuated and Gradual Clonal Evolution in Hepatocellular Carcinoma
2022-01, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.08.052
PMID:34481846
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序揭示了肝细胞癌中拷贝数变异的阶段性进化模式 | 提出了双相拷贝数进化模型，即先爆发后渐进的模式，并发现CAD基因与肝细胞癌的快速形成和生存率降低相关 | NA | 探究肝细胞癌中拷贝数变异的进化模式 | 肝细胞癌中的单细胞DNA和RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序 | 统计拟合模型 | DNA和RNA | 1275个细胞来自10名患者，356个细胞来自1名患者，27,344个细胞来自3名患者 |
| 3993 | 2024-08-08 |
Epigenetic promoter alterations in GI tumour immune-editing and resistance to immune checkpoint inhibition
2022-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-324420
PMID:34433583
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研究论文 | 研究通过表观遗传学改变的替代启动子使用，探讨其在胃癌及其他胃肠道肿瘤中对肿瘤免疫微环境的影响及其与免疫检查点抑制剂治疗反应的关系 | 使用了一种新的生物信息学算法（proActiv）来量化替代启动子负担（APB），并通过单细胞RNA测序分析肿瘤内免疫微环境 | NA | 研究表观遗传学改变在胃癌及其他胃肠道肿瘤中的作用，以及其对肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的影响 | 胃癌及其他胃肠道肿瘤 | 数字病理学 | 胃肠道肿瘤 | 短读RNA测序 | NA | RNA | 多个胃肠道肿瘤治疗队列 |
| 3994 | 2024-08-08 |
Bottom-up proteomic analysis of human adult cardiac tissue and isolated cardiomyocytes
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.08.008
PMID:34437879
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研究论文 | 本文介绍了一种从冷冻保存的人类心脏组织中分离心肌细胞的方法，并描述了用于自下而上蛋白质组分析的样品制备流程 | 首次描述了从冷冻保存的人类心脏组织中分离心肌细胞的方法，并提供了用于蛋白质组分析的样品制备流程 | NA | 促进未来针对人类心脏的细胞类型特异性分析 | 人类成年心脏组织和分离的心肌细胞 | 蛋白质组学 | NA | 自下而上蛋白质组分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 3995 | 2024-08-08 |
Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing
2022-03, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-021-00868-1
PMID:34405376
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序在解析肿瘤生态系统及其在肿瘤发生、癌症干细胞模型、治疗抵抗和癌症转移中的应用 | 单细胞转录组测序技术使得能够详细剖析肿瘤生态系统，并在单细胞分辨率上促进对肿瘤发生的理解 | NA | 探讨单细胞RNA测序在近期癌症研究中的主要应用 | 癌症细胞及其微环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组 | NA |
| 3996 | 2024-08-08 |
Comparative description of the mRNA expression profile of Na+ /K+ -ATPase isoforms in adult mouse nervous system
2022-02, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25234
PMID:34415061
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研究论文 | 研究分析了成年小鼠神经系统中Na+/K+-ATPase异构体的mRNA表达谱 | 首次在单细胞水平上分析了不同脑区和神经元群体中Na+/K+-ATPase异构体的表达模式 | NA | 为了更好地理解这些疾病的病理机制，确定不同Na+/K+-ATPase亚基在大脑和特定细胞类型中的表达模式 | 成年小鼠神经系统中的Na+/K+-ATPase异构体的mRNA表达 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | scRNA-Seq | NA | mRNA | 使用了两个来自成年小鼠神经系统的scRNA-Seq数据库 |
| 3997 | 2024-08-08 |
Heat-inactivated Escherichia coli promotes hematopoietic regeneration after irradiation with IL-1β
2022-02, Cytotherapy
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.jcyt.2021.07.003
PMID:34426082
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研究论文 | 本文研究了热灭活的大肠杆菌（HIEC）与IL-1β联合使用对辐射后造血再生的促进作用及其潜在机制 | 首次探讨了HIEC与IL-1β联合使用对辐射后造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的再生促进作用 | NA | 研究HIEC与IL-1β联合使用对辐射后造血再生的促进作用及其潜在机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序, RT-PCR, 蛋白质印迹 | NA | 细胞 | 辐射致死的小鼠 |
| 3998 | 2024-08-08 |
UBCH5 Family Members Differentially Impact Stabilization of Mutant p53 via RNF128 Iso1 During Barrett's Progression to Esophageal Adenocarcinoma
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.08.003
PMID:34416429
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研究论文 | 研究探讨了UBCH5家族成员在Barrett's食管进展至食管腺癌过程中通过RNF128 Iso1对突变型p53稳定性的不同影响。 | 发现UBE2D1（UBCH5A）和RNF128 Iso1在异常增生Barrett's食管和食管腺癌中形成不活跃的E2-E3复合体，稳定突变型p53，为治疗提供了新策略。 | NA | 研究突变型p53在Barrett's食管进展至食管腺癌中的稳定性及其调控机制。 | UBCH5家族成员、RNF128 Iso1、突变型p53。 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 配对的正常食管和Barrett's食管组织样本 |
| 3999 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal Immune Landscape of Colorectal Cancer Liver Metastasis at Single-Cell Level
2022-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0316
PMID:34417225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了结直肠癌肝转移的时空免疫景观，并开发了计算工具scMetabolism来量化单细胞代谢活性 | 首次揭示了结直肠癌肝转移微环境中M2样巨噬细胞的代谢活化状态，并探讨了新辅助化疗对此状态的影响 | NA | 描述结直肠癌肝转移的免疫演化过程，并揭示肿瘤如何响应新辅助化疗 | 结直肠癌肝转移的免疫微环境及M2样巨噬细胞的代谢活性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 97个匹配样本 |
| 4000 | 2024-08-08 |
Developmental Origins of Human Cortical Oligodendrocytes and Astrocytes
2022-Jan, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-021-00759-9
PMID:34374948
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研究论文 | 本文通过整合分析已发表的人类皮质单细胞RNA测序数据和免疫组织化学分析，揭示了人类皮质放射状胶质细胞在妊娠第18周左右产生基底多能中间前体细胞（bMIPCs），进而生成皮质少突胶质细胞、星形胶质细胞和嗅球GABA能中间神经元的过程 | 本文首次展示了人类皮质截短的放射状胶质细胞（tRGs）如何产生基底多能中间前体细胞（bMIPCs），并进一步生成皮质少突胶质细胞和星形胶质细胞 | NA | 揭示人类皮质放射状胶质细胞的谱系进展，这是发育中的人类大脑皮质的一个基本过程 | 人类皮质放射状胶质细胞及其产生的少突胶质细胞和星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |