单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-09-07	scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02785-w PMID:36253801	研究论文	本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程	scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力	开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞）
382	2024-09-07	Telocytes regulate macrophages in periodontal disease 2022-10-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72128 PMID:36193890	研究论文	研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用	首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用	成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用	NA	牙周病	scRNA-seq和谱系追踪	NA	细胞数据	鼠类牙周组织样本
383	2024-09-07	LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001805 PMID:36228039	研究论文	研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达	NA	呼吸系统疾病	CRISPR激活筛选技术	NA	RNA测序数据	人类肺部单细胞RNA测序数据
384	2024-09-07	Single-cell multi-omics of human preimplantation embryos shows susceptibility to glucocorticoids 2022-Sep-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276665.122 PMID:35948369	研究论文	研究了人类胚胎植入前暴露于糖皮质激素对单细胞多组学特征的影响	首次展示了人类胚胎第7天的单细胞转录组、甲基组和小RNA图谱，并揭示了糖皮质激素暴露对滋养层细胞系分子特征的重编程作用	研究仅限于第7天的胚胎，未涵盖整个植入前阶段	探讨糖皮质激素暴露对人类胚胎植入前发育的分子影响	人类胚胎植入前的单细胞转录组、甲基组和小RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	第7天的人类胚胎样本
385	2024-09-07	Gliotransmission of D-serine promotes thirst-directed behaviors in Drosophila 2022-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.07.038 PMID:35963239	研究论文	本文研究了果蝇在缺水条件下大脑中的分子和细胞适应性变化，特别是星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸促进饮水行为	首次揭示了星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸在果蝇饮水行为中的作用，并发现D-丝氨酸通过结合神经元NMDA型谷氨酸受体来增强饮水行为	研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证	探究缺水条件下果蝇大脑中的分子和细胞适应性变化及其对饮水行为的影响	果蝇在缺水条件下的星形胶质细胞及其释放的D-丝氨酸	神经科学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	缺水果蝇的脑细胞
386	2024-09-07	The spatiotemporal dynamics of microglia across the human lifespan 2022-09-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.07.015 PMID:35977545	研究论文	本文研究了人类一生中微胶质细胞在人脑中的时空动态变化	首次在人类大脑中详细分析了微胶质细胞的发育过程，填补了这一领域的知识空白	研究主要基于尸检组织，样本数量有限	探讨微胶质细胞在人类一生中的发育和动态变化	微胶质细胞在人脑中的时空动态	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	97个尸检组织样本
387	2024-09-07	Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level 2022-06-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31388-z PMID:35750885	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了包含超过20万头猪细胞的多器官单细胞转录组图谱，并深入分析了内皮细胞和微胶质细胞的异质性	首次在单细胞水平上揭示了猪细胞的多器官转录组图谱，并发现了内皮细胞的高度异质性和微胶质细胞的进化保守调控网络	NA	研究猪细胞在单细胞水平上的转录组异质性	猪的多器官细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过20万头猪细胞
388	2024-09-07	Embigin is a fibronectin receptor that affects sebaceous gland differentiation and metabolism 2022-06-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.011 PMID:35671757	研究论文	研究了embigin蛋白在皮脂腺分化和代谢中的作用	首次揭示了embigin作为纤维连接蛋白受体，通过调节细胞粘附和代谢影响皮脂腺分化	NA	探讨embigin在皮脂腺分化和代谢中的作用机制	embigin蛋白及其在皮脂腺中的表达和功能	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、转基因小鼠模型	NA	RNA-seq数据	转基因小鼠模型
389	2024-09-07	Establishment of inclusive single-cell transcriptome atlases from mouse and human tooth as powerful resource for dental research 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1021459 PMID:36299483	研究论文	本文通过整合人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，为牙科研究提供了强大的资源	本文首次整合了人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，并发现了小鼠牙釉质细胞谱系的新候选转录调控因子以及人类牙齿特定上皮区室之间的发育联系	NA	建立全面的单细胞转录组图谱，以促进对牙齿生物学、发育和疾病的创新研究	人和小鼠的牙齿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同类型的牙齿组织（健康和疾病）的人和小鼠样本
390	2024-09-07	Analysis on heterogeneity of hepatocellular carcinoma immune cells and a molecular risk model by integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1012303 PMID:36311759	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性，并构建了一个分子风险模型	本研究首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了HCC免疫细胞的异质性，并构建了一个基于异质性的八基因预后分层签名	本研究仅使用了Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，可能存在数据来源的局限性	研究HCC免疫细胞的异质性，并构建一个分子风险模型以精确评估预后风险	肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性及分子风险模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	使用了GSE149614、HCCDB18、GSA14520和GSE76427数据集中的样本
391	2024-09-07	Recent advances in deciphering oligodendrocyte heterogeneity with single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.1025012 PMID:36313617	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析少突胶质细胞异质性方面的最新进展	引入单细胞和单核RNA测序技术揭示了健康中枢神经系统和多种疾病中少突胶质细胞的广泛异质性	NA	总结当前对哺乳动物中枢神经系统中少突胶质细胞异质性的理解	少突胶质细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	NA
392	2024-09-07	Spatial transcriptomics technology in cancer research 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1019111 PMID:36313703	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的最新进展和应用前景，并探讨了其面临的挑战	空间转录组学技术能够构建空间组织图谱，并表征癌症的时空异质性，有助于识别和理解肿瘤界面和三级淋巴结构等特殊空间区域	本文未具体提及空间转录组学技术的局限性	探讨空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其前景	空间转录组学技术在多种癌症类型中的空间异质性分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
393	2024-09-07	From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.994069 PMID:36263428	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成和分析的最新进展	介绍了从批量RNA测序到当前能够生成数十万细胞的单细胞技术的演变，以及计算工作流程的改进	未提及具体的技术或计算方法的局限性	探讨scRNA-seq技术在生物医学研究中的应用及其发展	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	数十万细胞
394	2024-09-06	AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac073 PMID:36225530	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究	提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积	NA	开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型	人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据	空间转录组学	NA	RNA-seq	前馈神经网络	RNA表达谱	人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本
395	2024-09-06	Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer 2022-10-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009 PMID:36220074	研究论文	本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用	开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号	NA	研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响	胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	两个胰腺癌患者队列
396	2024-09-06	Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression 2022-Oct-07, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14194915 PMID:36230839	研究论文	本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强	本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性	本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证	研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和人类数据集
397	2024-09-06	Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia 2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01167-9 PMID:36202780	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制	首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式	研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较	探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制	ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本
398	2024-09-06	SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression 2022-10-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04020-5 PMID:36202992	研究论文	本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达	SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性	NA	开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达	转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	多个数据集
399	2024-09-06	Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 2022-10-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248 PMID:35849783	研究论文	研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹	首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布	研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型	生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本
400	2024-09-06	Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer 2022-10-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01150-4 PMID:36195615	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了小细胞肺癌的肿瘤异质性	揭示了小细胞肺癌中恶性细胞的多样性状态，并发现了非神经内分泌肿瘤与免疫检查点抑制剂反应的关系	样本量相对较小，仅包括11名患者	深入理解小细胞肺癌的生物学特性，并为开发新的治疗方法提供基础	小细胞肺癌患者的原发肿瘤和匹配的正常邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约5000个单细胞，来自11名小细胞肺癌患者