单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-09-01 |
Bookend: precise transcript reconstruction with end-guided assembly
2022-06-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02700-3
PMID:35768836
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研究论文 | 开发了Bookend软件包，用于结合不同RNA-seq技术数据的转录本组装，特别关注RNA的5'和3'端识别与利用 | Bookend通过利用端标记读取数据，显著提高了单细胞中转录本组装的精确度，并展示了跨短读、长读和端捕获RNA-seq数据集的混合组装能力 | NA | 旨在提高转录本组装的精确度，并探索不同RNA-seq技术数据的整合应用 | RNA-seq数据中的转录本组装，特别是RNA的5'和3'端识别 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 序列数据 | 涉及拟南芥和单个小鼠胚胎干细胞的RNA-seq数据集 |
| 382 | 2024-09-01 |
TAS-Seq is a robust and sensitive amplification method for bead-based scRNA-seq
2022-06-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03536-0
PMID:35760847
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研究论文 | 本文介绍了一种基于终止子、末端转移酶和纳米孔/珠基平台的单细胞RNA测序方法TAS-Seq，该方法在鼠和人类肺样本中显示出比10X Chromium v2和Smart-seq2更高的基因检测灵敏度和更稳健的细胞间相互作用及生长因子/白细胞介素表达检测 | TAS-Seq方法对末端转移酶反应的变化具有高度耐受性，提高了单细胞RNA测序数据的准确性和细胞组成的分析 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高细胞组成的准确性和细胞间相互作用的检测 | 鼠和人类肺样本的单细胞RNA测序 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠和人类肺样本 |
| 383 | 2024-09-01 |
The immune cell atlas of human neuroblastoma
2022-06-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100657
PMID:35688160
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组织化学技术，分析了19个人类神经母细胞瘤样本的免疫细胞组成，并与正常胎儿肾上腺数据进行比较 | 本研究揭示了神经母细胞瘤中27种免疫细胞亚型，并发现与成人癌症和先前研究不同，神经母细胞瘤中炎症性单核细胞状态增加，而T细胞的细胞毒性和耗竭评分以及Treg活性没有差异 | NA | 旨在理解人类神经母细胞瘤的完整免疫细胞组成，为开发免疫治疗提供依据 | 人类神经母细胞瘤的免疫细胞组成 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19个人类神经母细胞瘤样本 |
| 384 | 2024-09-01 |
Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived treatment of severe pulmonary arterial hypertension
2022-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00083-z
PMID:39195868
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研究论文 | 本文报道了人脐带间充质干细胞（HUCMSC）衍生的治疗方法在肺动脉高压（PAH）中的应用 | 首次使用HUCMSC的条件培养基（CM）进行连续血管内输注治疗PAH，并展示了其显著的临床和血流动力学改善效果 | 需要进一步的前瞻性临床研究来确认和探索HUCMSC衍生治疗对PAH的益处 | 探索HUCMSC衍生治疗在PAH中的应用及其潜在机制 | HUCMSC的条件培养基（CM）及其在PAH治疗中的效果 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据 | 涉及三个人脐带间充质干细胞（HUCMSC）和两个人脐带静脉内皮细胞（HUVEC）的控制样本 |
| 385 | 2024-09-01 |
Single-cell RNA sequencing in silent corticotroph tumors confirms impaired POMC processing and provides new insights into their invasive behavior
2022-May-12, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1530/EJE-21-1183
PMID:35521707
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组，揭示了POMC加工缺陷及其侵袭行为的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术深入研究了静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制 | NA | 探究静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制 | 静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组 | 数字病理学 | 垂体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 386 | 2024-09-01 |
Spatial mapping of protein composition and tissue organization: a primer for multiplexed antibody-based imaging
2022-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01316-y
PMID:34811556
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perspective | 本文探讨了多重抗体成像技术在组织蛋白质组成和结构组织空间映射中的应用 | 介绍了多重蛋白成像方法的最新进展，这些方法能够提供复杂组织的空间和功能详细图谱 | 目前的方法主要依赖于单细胞测序，缺乏理解细胞间通信和相关结构组织所需的空间背景 | 旨在为多重抗体成像技术提供必要的资源和关键考虑，以促进其广泛应用和数据标准化 | 组织和器官中的细胞类型及其在生理功能中的协同作用 | NA | NA | 多重蛋白成像 | NA | 图像 | NA |
| 387 | 2024-09-01 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Changes of Tumor Immune Microenvironment in Oral Squamous Cell Carcinoma After Chemotherapy
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.914120
PMID:35784460
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research paper | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤免疫微环境的变化 | 本研究首次在单细胞转录组水平揭示了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤微环境的特征 | NA | 研究化疗对口腔鳞状细胞癌中肿瘤细胞和肿瘤微环境的影响 | 口腔鳞状细胞癌化疗后的肿瘤微环境 | digital pathology | 口腔癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 388 | 2024-09-01 |
Applications and Achievements of Single-Cell Sequencing in Gastrointestinal Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.905571
PMID:35785171
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用及其最新进展 | 单细胞测序技术提供了比大规模测序技术更准确的数据，能够解析细胞和分子层面的单细胞分辨率特征 | NA | 探讨单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用 | 胃肠癌的来源、异质性、微环境信息以及诊断和治疗方法 | 数字病理学 | 胃肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA |
| 389 | 2024-09-01 |
Progress and Prospect of Immunotherapy for Triple-Negative Breast Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.919072
PMID:35795050
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗的进展和前景 | 介绍了基于免疫分子疗法、溶瘤病毒疗法和过继免疫细胞转移疗法等多种新型免疫治疗方法 | 目前免疫治疗在乳腺癌患者中的总体反应不强，且存在一系列挑战和机遇 | 探讨三阴性乳腺癌免疫治疗的新发现、临床试验结果及未来发展方向 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫治疗策略 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 免疫检查点抑制剂（ICIs）、单细胞测序、CRISPR基因编辑 | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-08-31 |
Connecting past and present: single-cell lineage tracing
2022-11, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-022-00913-7
PMID:35441356
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review | 本文综述了单细胞谱系追踪技术的发展，主要特点，应用以及技术考虑和局限性 | 利用克隆分析和单细胞RNA测序技术，单细胞谱系追踪提供了新的机会来探究细胞状态和谱系历史 | 尽管上述策略已在动物发育和干细胞研究中得到证明，但实施这些方法仍需谨慎和努力 | 描绘细胞的历史、状态和命运是现代生物学的基本目标 | 单细胞的谱系追踪 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-08-31 |
Single-cell transcriptomics reveals conserved cell identities and fibrogenic phenotypes in zebrafish and human liver
2022-07, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1930
PMID:35315595
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，比较了斑马鱼和人类肝脏中的细胞类型和纤维化表型，揭示了两者之间的高度保守性。 | 首次建立了成年斑马鱼肝脏的单细胞转录组图谱，并发现了斑马鱼肝星状细胞的新型保守标记物colec11。 | NA | 旨在通过单细胞转录组测序技术，评估成年斑马鱼肝脏作为研究肝纤维化模型的有效性。 | 成年斑马鱼和人类肝脏的单细胞转录组。 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 392 | 2024-08-31 |
An introduction to spatial transcriptomics for biomedical research
2022-06-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01075-1
PMID:35761361
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review | 本文介绍了空间转录组学的方法，包括记录杂交mRNA分子位置、细胞位置成像以及使用空间阵列mRNA探针等，并讨论了组织保存对平台选择的影响以及生物信息学方法在分析空间转录组数据中的应用 | 介绍了多种商业可用的空间转录组学平台，并讨论了它们在发现筛选和假设检验中的适用性 | NA | 旨在为希望在其生物医学研究中使用空间转录组学的研究人员提供入门级指导 | 空间转录组学方法及其在生物医学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因转录数据 | NA |
| 393 | 2024-08-31 |
scDART: integrating unmatched scRNA-seq and scATAC-seq data and learning cross-modality relationship simultaneously
2022-06-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02706-x
PMID:35761403
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研究论文 | 提出了一种名为scDART的深度学习框架，用于整合不匹配的scRNA-seq和scATAC-seq数据，并同时学习跨模态关系 | scDART框架能够保留连续细胞群体中的细胞轨迹，并可应用于整合数据上的轨迹推断 | NA | 整合不同批次的scRNA-seq和scATAC-seq数据，并学习跨模态关系 | scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习框架 | scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA |
| 394 | 2024-08-31 |
Pseudomonas aeruginosa: pathogenesis, virulence factors, antibiotic resistance, interaction with host, technology advances and emerging therapeutics
2022-06-25, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-01056-1
PMID:35752612
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综述 | 本文综述了铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及技术进步和新兴疗法 | 介绍了生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选和噬菌体疗法等技术在铜绿假单胞菌研究中的应用 | 仍需探索铜绿假单胞菌与宿主免疫反应之间的相互作用，包括已知或未注释的细菌毒力因子的耐药机制以及哺乳动物细胞信号传导途径 | 全面回顾铜绿假单胞菌的生物物理特性、行为、毒力因子、侵入调节因子以及宿主防御模式，指出未来研究的新方向，并为设计新型或替代疗法提供依据 | 铜绿假单胞菌的致病性、毒力因子、抗生素抗性、与宿主的相互作用以及新兴疗法 | NA | 囊性纤维化、烧伤伤口、免疫缺陷、慢性阻塞性肺疾病、癌症、严重感染（如COVID-19） | 生物信息学、代谢组学、单细胞RNA测序、纳米颗粒、药物筛选、噬菌体疗法 | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-08-31 |
Efficacy and limitations of senolysis in atherosclerosis
2022-06-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab208
PMID:34142149
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research paper | 研究了血管平滑肌细胞中衰老标志物的特异性以及遗传或药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的影响 | 探讨了遗传和药物性衰老溶解对动脉粥样硬化的不同影响，并指出传统衰老标志物如p16在识别和去除动脉粥样硬化中的衰老细胞方面存在显著局限 | 遗传和药物性衰老溶解可能促进炎症和非特异性效应，且传统衰老标志物在识别和去除衰老细胞方面存在局限 | 研究衰老溶解在动脉粥样硬化中的疗效和局限性 | 血管平滑肌细胞和动脉粥样硬化 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类和老鼠的血管平滑肌细胞及动脉粥样硬化样本 |
| 396 | 2024-08-31 |
Forest Fire Clustering for single-cell sequencing combines iterative label propagation with parallelized Monte Carlo simulations
2022-06-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31107-8
PMID:35725981
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research paper | 本文介绍了一种名为森林火灾聚类的高效且可解释的单细胞测序数据细胞类型发现方法 | 森林火灾聚类方法计算每个细胞的非参数后验概率，评估标签置信度并计算“标签熵”，突出沿发育轨迹的转变，并能在在线学习环境中进行稳健的归纳推理 | NA | 开发一种新的单细胞测序数据聚类方法，用于细胞类型发现 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 森林火灾聚类 | 单细胞数据 | 数百万个细胞 |
| 397 | 2024-08-31 |
Magnitude and breadth of antibody cross-reactivity induced by recombinant influenza hemagglutinin trimer vaccine is enhanced by combination adjuvants
2022-06-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-12727-y
PMID:35654904
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研究论文 | 本研究系统评估了不同 Toll 样受体（TLR）激动剂与角鲨烯水乳剂组合对重组三聚体血凝素（HA）疫苗在小鼠中免疫原性的影响，并使用蛋白质微阵列方法评估了抗体交叉反应性。 | 研究发现，IVAX-1 组合佐剂能更快且更大幅度地诱导广泛的 IgG 反应，并优先刺激 CD4 T 细胞产生 Th1>Th2 型（IgG2c>IgG1）抗体和细胞因子反应。 | 研究主要在实验室小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 探讨不同佐剂组合对流感疫苗免疫原性和抗体交叉反应性的影响。 | 重组三聚体血凝素（HA）疫苗及其佐剂在小鼠中的免疫反应。 | 疫苗学 | NA | 蛋白质微阵列 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 398 | 2024-08-31 |
scAmpi-A versatile pipeline for single-cell RNA-seq analysis from basics to clinics
2022-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010097
PMID:35658001
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAmpi的单细胞RNA测序分析工作流程，该流程从原始读取处理到样本组成分析，再到临床相关基因和通路改变的提取和展示，以及个性化候选药物治疗的计算机识别 | scAmpi工作流程旨在为临床环境中的scRNA-seq数据分析提供标准化和可重复的流程 | NA | 设计一个适用于临床环境的单细胞RNA测序数据分析工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA |
| 399 | 2024-08-31 |
Multimodal Single-Cell Analyses Outline the Immune Microenvironment and Therapeutic Effectors of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome
2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202106063
PMID:35470584
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和图像质谱细胞仪技术，系统地描述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境，并揭示了其治疗效应器 | 首次通过多模态单细胞分析技术，详细阐述了间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境特征，并识别了关键的炎症介质 | NA | 揭示间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的病理发生机制及其治疗效应器 | 间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱微环境 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和图像质谱细胞仪（IMC） | NA | 生物样本 | 来自间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者的膀胱活检样本，共识别出42个不同的细胞集群 |
| 400 | 2024-08-31 |
Universal Surface Biotinylation: a simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis
2022-May-27, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsac017
PMID:35652718
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Universal Surface Biotinylation (USB)的新型通用标记技术，用于单细胞RNA测序分析中的样本多重化 | USB技术不依赖于特定的细胞表面蛋白，通过引入生物素到任何细胞表面蛋白的氨基团中，实现了对多种细胞类型的良好标记 | NA | 开发一种新的样本多重化技术，以降低实验成本并提高实验准确性 | 多种细胞类型的单细胞RNA测序分析 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千至数万个细胞 |