单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-06	Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898 PMID:36007098	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤（TGCT）中的细胞相互作用	使用scRNA-seq技术首次在TGCT中识别出两种复发性肿瘤细胞群，并发现这些细胞与正常滑膜细胞高度相似，且不表达CSF1R	样本量较小，仅分析了3个TGCT和2个骨巨细胞瘤（GCTB）样本	研究TGCT中肿瘤细胞与旁观者巨噬细胞之间的相互作用	腱鞘巨细胞瘤（TGCT）和骨巨细胞瘤（GCTB）样本	数字病理学	腱鞘巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、长读长RNA测序、免疫荧光和免疫组化（IHC）	NA	单细胞RNA测序数据	18,788个单细胞，来自3个TGCT和2个GCTB样本
22	2025-03-06	Sphingolipids control dermal fibroblast heterogeneity 2022-04-15, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abh1623 PMID:35420948	研究论文	本文通过高分辨率质谱成像与单细胞转录组学结合，测量了人类皮肤成纤维细胞的脂质组和转录组，揭示了脂质代谢途径的细胞间差异对皮肤结构组织中的细胞状态的影响	首次揭示了脂质代谢途径的细胞间差异在细胞状态确定中的作用，特别是鞘脂代谢重编程驱动细胞状态转变	研究仅限于皮肤成纤维细胞，未涉及其他细胞类型或组织	研究脂质代谢途径的细胞间差异对细胞状态的影响	人类皮肤成纤维细胞	细胞生物学	NA	高分辨率质谱成像，单细胞转录组学	NA	脂质组数据，转录组数据	未明确提及具体样本数量
23	2025-03-05	Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103784 PMID:35169687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	揭示了成骨祖细胞在再生过程中与上皮-间质转化（EMT）及其反向过程（MET）相关的成分富集，并提供了EMT标记物在去分化细胞和分化成骨细胞中共同表达的证据	研究局限于斑马鱼模型，可能不直接适用于其他物种	阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
24	2025-03-02	Chemotherapy Coupled to Macrophage Inhibition Induces T-cell and B-cell Infiltration and Durable Regression in Triple-Negative Breast Cancer 2022-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3714 PMID:35442423	研究论文	本文通过临床前同基因p53缺失小鼠模型，开发了一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs药理学抑制的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	创新点在于结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，有效治疗多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型，并通过单细胞RNA测序和高维成像技术揭示了治疗后的免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发并验证一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌（TNBC）小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，高维成像技术	NA	RNA测序数据，成像数据	多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型
25	2025-03-02	Oncostatin M expression induced by bacterial triggers drives airway inflammatory and mucus secretion in severe asthma 2022-01-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abf8188 PMID:35020406	研究论文	本文探讨了细菌触发的Oncostatin M（OSM）表达在严重哮喘中驱动气道炎症和黏液分泌的分子机制	揭示了细菌脂多糖（LPS）诱导OSM表达，并证明OSM在严重哮喘中的关键作用，为抑制OSM以预防细菌相关的哮喘进展提供了理论依据	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证OSM抑制的效果	研究细菌感染如何通过OSM驱动严重哮喘的病理生理特征	严重哮喘患者的气道活检样本、人类肺组织、上皮细胞和间充质细胞	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	人类肺活检样本、小鼠巨噬细胞
26	2025-03-01	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了在RNA测序中使用oligo(dT)引物进行mRNA富集和逆转录引发的系统性偏差问题，并开发了一种计算算法来识别和去除这些偏差	首次全面描述了内部oligo(dT)引发对基因表达量化的影响，并开发了一种新的计算算法来解决这一问题	研究主要基于公共数据集，可能无法涵盖所有实验条件和平台	探讨内部oligo(dT)引发对RNA测序数据的影响，并开发解决方案以提高基因表达测量的准确性	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序数据	转录组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
27	2025-02-28	Multiplexed LNP-mRNA vaccination against pathogenic coronavirus species 2022-08-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111160 PMID:35921835	研究论文	本文开发了针对SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV的脂质纳米颗粒（LNP）-mRNA疫苗候选物，并测试了多路复用LNP-mRNA在动物模型中诱导有效免疫反应的能力	开发了针对多种冠状病毒的LNP-mRNA疫苗，并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗接种后动物的全局系统性免疫库和转录组特征	研究仅限于动物模型，尚未进行人体试验	开发针对多种冠状病毒的多物种疫苗，并优化疫苗接种计划以提供广泛而强效的抗体免疫	SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV	疫苗开发	冠状病毒感染	LNP-mRNA疫苗技术、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	动物模型
28	2025-02-28	Variant-specific vaccination induces systems immune responses and potent in vivo protection against SARS-CoV-2 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100634 PMID:35561673	研究论文	本文研究了针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应及其在动物模型中的保护效果	系统地研究了针对野生型、B.1.351和B.1.617变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应，并揭示了单细胞转录组学在免疫细胞群体和全局基因表达中的应用	研究仅限于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应和保护效果	动物模型	免疫学	COVID-19	LNP-mRNA疫苗、单细胞转录组学、BCR-seq、TCR-seq	NA	基因表达数据、免疫反应数据	动物模型
29	2025-02-27	Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands 2022-Jul-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147884 PMID:35887230	研究论文	本研究通过分析小鼠从新生儿到成年期睑板腺的脂质组和转录组，揭示了睑板腺发育和成熟过程中的生理变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了年轻和成年小鼠的睑板腺转录组，揭示了多种独特的睑板腺细胞群体及其在脂质生成中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类睑板腺的类似研究	揭示睑板腺发育和成熟过程中的分子机制和脂质生成变化	小鼠的睑板腺	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据、脂质组数据	从新生儿到成年期的小鼠睑板腺样本
30	2025-02-26	Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC PMID:35417304	研究论文	本研究通过全外显子组数据分析、单变异疾病关联测试、KIF15功能研究及人类肺单细胞RNA测序数据，探讨了KIF15基因在特发性肺纤维化（IPF）和家族性肺纤维化中的遗传风险	首次将KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与IPF易感性联系起来，揭示了非端粒酶途径的细胞增殖与IPF的关联	研究主要依赖于基因负担分析和单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有潜在的遗传变异和机制	识别与IPF和家族性肺纤维化相关的基因，特别是富含罕见有害变异的基因	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者的全外显子组数据	遗传学	特发性肺纤维化	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者
31	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Conserved Metaplasia Program in Pancreatic Injury 2022-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.027 PMID:34695382	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了胰腺损伤中保守的化生程序	首次定义了胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生（ADM）的细胞群体及其转录变化，并发现了疾病进展的标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限（15例）	研究胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生的细胞群体及其转录变化，探索疾病进展的机制	小鼠胰腺腺泡细胞及人类慢性胰腺炎样本	单细胞转录组学	胰腺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、免疫染色图像	超过13,000个EYFP+细胞，15例人类慢性胰腺炎样本
32	2025-02-21	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了早期青春期猪胸腺的细胞图谱，揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞在细胞状态和类型上的保守特征及物种特异性差异	首次使用单细胞RNA测序技术对猪胸腺进行细胞图谱分析，揭示了猪iNKT细胞功能多样性与小鼠iNKT0/1/2/17亚群分化模式的不同	研究仅针对早期青春期猪胸腺，未涵盖其他发育阶段或不同生理状态下的胸腺细胞	改善猪的健康状况并利用猪作为临床前模型	早期青春期猪胸腺细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）
33	2025-02-21	Immunostimulatory Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations Can Predict Immunotherapy Response in Head and Neck Cancer 2022-05-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-3570 PMID:35262677	研究论文	本文通过高维单细胞RNA测序技术，研究了头颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群对免疫检查点治疗反应的预测作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与免疫治疗反应相关的CAF亚群，并验证了其功能相关性	研究样本量较小，仅包括4名患者的肿瘤样本，可能影响结果的普适性	探索头颈癌中CAF亚群在免疫检查点治疗中的免疫调节作用	头颈鳞状细胞癌患者	数字病理	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名患者的肿瘤样本（预处理和后处理）
34	2025-02-21	Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities 2022-Mar, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35168703	综述	本文综述了空间分辨转录组学的最新技术进展，探讨了其在生物医学研究中的应用和潜力	介绍了保留空间信息的转录组学平台，以及结合其他数据模式的整合计算方法	成像技术和捕获方法均无法完全揭示组织中的空间转录组全貌	探讨空间分辨转录组学技术的现状及其在生物医学研究中的应用	空间分辨转录组学技术及其在生物组织中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
35	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01215-0 PMID:35624211	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）进展过程中免疫景观的演变	揭示了GBM进展过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化，并识别了不同阶段的特定免疫细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究GBM进展过程中免疫微环境的变化	胶质母细胞瘤（GBM）小鼠模型和患者活检样本	数字病理	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	小鼠模型和患者活检样本
36	2025-02-19	The regenerating skeletal muscle niche drives satellite cell return to quiescence 2022-Jun-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104444 PMID:35733848	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）在肌肉再生过程中重新获得静止状态的机制	揭示了SCs在肌肉损伤后5-10天内重新获得静止状态的时间窗口，并发现非细胞自主信号网络在SCs命运决定中的作用	未详细探讨SCs重新获得静止状态的具体分子机制	研究骨骼肌干细胞在肌肉再生过程中的命运决定机制	骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
37	2025-02-19	Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.833100 PMID:35634302	研究论文	本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性	首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用	小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs）	免疫学	NA	多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠Tregs样本
38	2025-02-16	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本文研究了内皮细胞通过JAG1-NOTCH4信号通路感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并阐明了其通过调节内皮细胞异质性增强动脉粥样硬化易感性的机制	研究主要基于动物模型和体外培养的内皮细胞，尚未在人体中进行验证	探讨内皮细胞感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和鼠的动脉以及培养的人冠状动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	猪和鼠的动脉样本以及培养的人冠状动脉内皮细胞
39	2025-02-14	[Research advances on the role and mechanism of epidermal stem cells in skin wound repair] 2022-Sep-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501120-20211109-00382 PMID:36177590	综述	本文综述了表皮干细胞在皮肤自我更新和伤口修复中的作用及其机制	结合单细胞测序和基因敲除等新技术和新概念，揭示了表皮干细胞在表皮自我更新和伤口修复中的新机制	NA	探讨表皮干细胞在皮肤伤口修复中的作用和机制	表皮干细胞	NA	NA	单细胞测序, 基因敲除	NA	NA	NA
40	2025-02-14	[Investigation on the growth factor regulatory network of dermal fibroblasts in mouse full-thickness skin defect wounds based on single-cell RNA sequencing] 2022-Jul-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20220215-00029 PMID:35899330	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，探索了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其在生长因子信号通路中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型，且样本量较小	探索小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	小鼠全层皮肤缺损伤口中的真皮成纤维细胞	数字病理	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	10只8周龄雄性C57BL/6小鼠（5只正常皮肤组织，5只伤口组织）