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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-06 |
Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01167-z
PMID:36050550
|
研究论文 | 介绍单细胞疾病相关性评分(scDRS),一种将单细胞RNA测序与多基因疾病风险关联的方法 | 在单细胞水平上独立于注释的细胞类型,通过多基因富集识别疾病相关细胞亚群 | 未提及明确局限性 | 建立单细胞基因表达与多基因疾病风险之间的关联,发现新的疾病相关细胞亚群 | 单细胞基因表达谱 | 机器学习和生物信息学 | 多种疾病/性状,包括炎性肠病、精神分裂症和甘油三酯水平相关疾病 | scRNA-seq | scDRS(单细胞疾病相关性评分) | 基因表达数据 | 74种疾病/性状,130万个单细胞基因表达谱,涵盖31个组织/器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-05-02 |
Colorectal cancer organoid models uncover oxaliplatin-resistant mechanisms at single cell resolution
2022-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-022-00705-5
PMID:36136268
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研究论文 | 利用结直肠癌类器官模型通过单细胞RNA测序揭示奥沙利铂耐药机制 | 建立了来自奥沙利铂耐药和初治患者的患者源性类器官模型,并通过单细胞RNA测序解析耐药细胞群体及相关信号通路和驱动基因 | 未提及具体局限性 | 研究结直肠癌对奥沙利铂化疗耐药的分子机制 | 来自奥沙利铂耐药和初治结直肠癌患者的患者源性类器官 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两株患者源性类器官(来自耐药和初治患者各一株) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-05-02 |
Molecular signaling in pancreatic ductal metaplasia: emerging biomarkers for detection and intervention of early pancreatic cancer
2022-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-022-00664-x
PMID:35290607
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综述 | 总结了胰腺导管化生的分子机制及其作为早期胰腺癌检测和干预生物标志物的潜力 | 通过整合基因工程小鼠模型、细胞谱系追踪和单细胞测序等最新技术,揭示了PDM形成和演化的新型细胞和分子机制,并探讨其作为早期胰腺癌生物标志物的临床应用前景 | 基于综述性分析,可能缺乏原始实验数据支持,且PDM标志物向临床转化的有效性需进一步验证 | 阐释胰腺导管化生的细胞和分子机制,并探讨其作为早期胰腺癌筛查和干预生物标志物的潜在价值 | 胰腺导管化生细胞及其基因调控网络 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序,细胞谱系追踪 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 可能使用10x Chromium平台进行单细胞转录组分析 |
| 24 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation
2022-06, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011
PMID:35339536
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2026-04-30 |
Expansion, persistence, and efficacy of donor memory-like NK cells infused for posttransplant relapse
2022-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI154334
PMID:35349491
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研究论文 | 该研究通过I期临床试验,评估了供者来源的记忆样自然杀伤细胞在单倍体相合造血干细胞移植后复发患者中的扩增、持久性和疗效 | 首次通过单细胞RNA测序和质谱流式技术在纵向时间点对输入体内的记忆样NK细胞亚群进行高分辨率特征分析,揭示了其在免疫相容环境中的快速扩增和长期持续能力 | 初始仅纳入6例患者,样本量较小,且未详细阐述记忆样NK细胞与T细胞和肿瘤靶标的相互作用机制 | 评估供者来源的细胞因子诱导的记忆样NK细胞治疗异基因造血干细胞移植后髓系肿瘤复发的安全性和有效性 | 接受单倍体相合造血干细胞移植后复发的髓系肿瘤患者 | 数字病理学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | NA | 单细胞转录组数据,免疫表型数据 | 6名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-04-30 |
Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01215-0
PMID:35624211
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤进展过程中免疫景观的演变 | 首次在小鼠模型中通过单细胞转录组学系统描绘了GBM进展全过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化,并发现与临床样本的低级别胶质瘤和GBM中相似的微胶质细胞和巨噬细胞关系 | 未明确提及局限性 | 研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的动态演变及标准治疗的影响 | EGFR驱动的基因小鼠GBM模型及患者活检样本 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | EGFR驱动的基因小鼠GBM模型及患者低级别胶质瘤和GBM活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-04-30 |
Human CD206+ macrophages associate with diabetes and adipose tissue lymphoid clusters
2022-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146563
PMID:34990410
|
研究论文 | 本研究分析了人类脂肪组织中三种巨噬细胞亚型在肥胖和糖尿病中的作用,发现CD206+CD11c-巨噬细胞与糖尿病相关,并在血管化淋巴样簇中聚集 | 首次在人类脂肪组织中定义CD206+巨噬细胞亚型与2型糖尿病的关联,并揭示其独特的基因表达谱和空间分布特征 | 样本量有限且仅来自肥胖参与者,未纳入正常体重或非糖尿病对照组 | 探究人类脂肪组织巨噬细胞亚型在肥胖和糖尿病中的作用及其基因表达特征 | 糖尿病和非糖尿病肥胖参与者的内脏脂肪组织和皮下脂肪组织 | 机器学习和数据分析 | 糖尿病、肥胖 | 单细胞转录组学、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据 | 糖尿病和非糖尿病肥胖参与者的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | NA |
| 28 | 2026-04-28 |
Unsupervised cell functional annotation for single-cell RNA-seq
2022-Sep-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276609.122
PMID:35764397
|
研究论文 | 开发了一种无监督的细胞功能注释方法UNIFAN,用于单细胞RNA测序数据 | UNIFAN是一种同时进行聚类和注释的神经网络方法,利用已知基因集来确定聚类,显著优于传统聚类方法 | 可能依赖已知基因集的完整性和准确性,未提及在未知细胞类型或复杂组织中的性能 | 改进单细胞RNA测序数据中细胞类型分配的准确性和可解释性 | 人类和小鼠的scRNA-seq数据集,来自多个不同器官 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 人类和小鼠scRNA-seq数据集,具体样本数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics reveals conserved cell identities and fibrogenic phenotypes in zebrafish and human liver
2022-07, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1930
PMID:35315595
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示斑马鱼与人类肝脏中保守的细胞身份和纤维化表型 | 首次建立成年斑马鱼肝脏的单细胞RNA测序图谱,发现colec11作为斑马鱼肝星状细胞的新保守标记物,并通过比较分析验证斑马鱼作为肝纤维化研究模型的实用性 | 未明确提及局限性 | 表征成年斑马鱼肝脏的单细胞转录组以确定其作为研究肝纤维化模型的效用 | 成年斑马鱼肝脏和人类肝脏中的单细胞,尤其是肝星状细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 斑马鱼肝脏样本和人类肝脏样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 30 | 2026-04-24 |
Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges
2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24070995
PMID:35885218
|
综述 | 本文批判性讨论了单细胞RNA测序数据中差异表达分析的六类统计方法及其局限性 | 首次将差异表达分析方法系统划分为六类,并详细讨论每类方法的统计原理和局限性 | 方法分类可能不全面,且未提供实证数据集验证结论 | 综述单细胞RNA-seq数据差异表达分析的统计方法及挑战 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达分析方法 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-04-24 |
MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.831040
PMID:35432484
|
研究论文 | 提出MOCA软件,用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达与遗传变异 | 首次实现单细胞层面基因表达与遗传变异的联合一致性分析,识别收敛和发散表达模式 | 未提及具体局限性 | 开发分析工具以探究体细胞变异对基因表达模式演化的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达与遗传变异 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-04-23 |
Molecular Characterization of Membranous Nephropathy
2022-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021060784
PMID:35477557
|
研究论文 | 本研究通过机器学习框架分析膜性肾病(MN)患者肾组织基因表达,识别其分子特征并揭示与足细胞相关的病理机制 | 首次结合机器学习、跨队列基因差异分析和单细胞测序数据,系统鉴定MN的独特分子特征,并发现其与转录因子NF-κB靶点及足细胞基因表达上调的关联 | 研究依赖于现有队列数据,未涉及MN亚型或治疗反应的分子分层,且样本来源可能受限于特定人群 | 揭示膜性肾病的分子通路和病理机制,为疾病分类和靶向治疗提供依据 | 膜性肾病患者的肾组织样本 | 机器学习 | 膜性肾病 | 基因表达分析、单细胞测序 | 机器学习框架 | 基因表达数据 | 来自NEPTUNE和ERCB队列的参与者样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-04-23 |
Multiplexed droplet single-cell sequencing (Mux-Seq) of normal and transplant kidney
2022-03, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1111/ajt.16871
PMID:34687145
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研究论文 | 本文介绍了多重液滴单细胞测序(Mux-Seq)在正常和移植肾脏中的应用,验证了其可行性 | 提出Mux-Seq方法,通过样本池化减少实验批次偏差和变异,适用于小样本输入 | 研究为初步概念验证,样本量较小(仅6个正常和2个移植肾脏),且仅针对肾脏移植排斥场景 | 开发并验证Mux-Seq技术,以优化珍贵和低输入人类肾脏活检组织的处理,用于大规模研究 | 正常和移植肾脏组织样本,包括免疫细胞和实质细胞 | 单细胞测序 | 肾脏移植排斥 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),多重液滴单细胞测序(Mux-Seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 6个正常肾脏和2个移植肾脏的切除组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-04-22 |
Single-cell transcriptome and accessible chromatin dynamics during endocrine pancreas development
2022-06-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2201267119
PMID:35733248
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和染色质可及性分析,揭示了小鼠胰腺内分泌细胞分化过程中的基因调控网络 | 首次结合单细胞转录组学、染色质可及性分析和遗传标记技术,在单细胞分辨率下解析胰腺内分泌细胞谱系分化的转录因子网络,并提出Neurog3可能作为先驱转录因子的新见解 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;单细胞分析可能受技术噪音影响;未深入探讨其他胰腺细胞类型 | 解析胰腺内分泌细胞发育过程中的基因调控网络和谱系分化机制 | 小鼠胰腺内分泌细胞(包括β细胞、α细胞和δ细胞) | 发育生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组学、染色质可及性分析、遗传标记、流式细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠胰腺内分泌细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-04-19 |
Proteomic and Single-Cell Transcriptomic Dissection of Human Plasmacytoid Dendritic Cell Response to Influenza Virus
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.814627
PMID:35401570
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研究论文 | 本文通过蛋白质组学和单细胞转录组学技术,全面解析了人类浆细胞样树突状细胞对流感病毒的反应 | 首次报告了pDC在生理刺激下的全面无偏分泌组分析,并结合单细胞RNA-seq揭示了pDC的异质性和激活后的功能特化 | 研究仅针对流感H1N1病毒,未涵盖其他病毒或刺激条件,且样本来源和数量可能有限 | 研究人类浆细胞样树突状细胞在基线和流感病毒刺激下的分子特征和功能异质性 | 人类浆细胞样树突状细胞 | 免疫学 | 流感 | LC-MS/MS, 单细胞RNA-seq | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-04-18 |
SECANT: a biology-guided semi-supervised method for clustering, classification, and annotation of single-cell multi-omics
2022-Sep, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgac165
PMID:36157595
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SECANT的生物学引导的半监督方法,用于单细胞多组学数据的聚类、分类和注释 | SECANT的创新点包括:1) 利用表面蛋白数据中识别出的可靠细胞类型标签指导细胞聚类;2) 为每个细胞簇提供可靠的细胞类型通用注释;3) 利用具有不确定或缺失细胞类型标签的细胞来提高性能;4) 能够准确预测scRNA-seq数据中的可靠细胞类型 | NA | 开发一种新的单细胞多组学数据分析方法 | 单细胞多组学数据(特别是CITE-seq数据) | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 半监督模型 | 单细胞多组学数据 | 公共和内部数据集(来自多个组织) | NA | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-04-18 |
RAGE Inhibitors as Alternatives to Dexamethasone for Managing Cerebral Edema Following Brain Tumor Surgery
2022-03, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1007/s13311-022-01207-w
PMID:35226341
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研究论文 | 本文研究了RAGE抑制剂作为地塞米松替代方案,用于管理脑肿瘤手术后脑水肿的效果 | 首次证实RAGE抑制剂在减轻神经炎症方面与地塞米松效果相当,且不影响抗PD-1免疫疗法的疗效 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,临床转化需进一步验证 | 探索替代地塞米松的新方法,以最小化神经外科手术引起的脑水肿 | 小鼠和人类脑肿瘤组织及手术腔液 | 神经科学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, ELISA, Nanostring, 流式细胞术, qPCR, 免疫印迹 | RAGE基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞数据 | 野生型和RAGE敲除小鼠脑组织, 人类肿瘤组织和手术腔液 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-04-17 |
Molecular Computational Anatomy: Unifying the Particle to Tissue Continuum via Measure Representations of the Brain
2022, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/2022/9868673
PMID:37206893
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研究论文 | 本文提出了一种基于几何测度表示的分子计算解剖学理论,用于统一大脑映射中空间转录组学和细胞尺度组织学与组织尺度的计算解剖学 | 引入几何varifold测度和统计力学方法,首次将分子尺度的确定性粒子描述与组织尺度的统计集合统一起来,实现从分子到组织尺度的无缝过渡 | 未明确说明实验验证或具体应用案例,理论框架的实践可行性有待进一步探索 | 统一大脑映射中的分子尺度(如空间转录组学)和组织尺度(如计算解剖学)表示,以理解大脑的结构和功能特性 | 大脑的分子、细胞和组织尺度结构,包括蛋白质、转录组功能身份、电生理学、分子组织学等 | 计算解剖学 | NA | 空间转录组学、数字病理学、分子组织学、电生理学 | 几何varifold测度、统计力学模型 | 分子数据、图像数据、功能状态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-04-17 |
STtools: A Comprehensive Software Pipeline for Ultra-high Resolution Spatial Transcriptomics Data
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac061
PMID:36284674
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研究论文 | 本文介绍了STtools,一个用于处理超高清空间转录组数据的综合软件管道 | STtools能处理新兴技术生成的亚微米分辨率数据,计算可扩展性强,且不牺牲分辨率,相比现有方法提供数倍更高的分析分辨率 | NA | 开发一个能处理多种分辨率空间转录组数据的软件工具,以解决现有工具无法有效处理超高清数据的问题 | 空间转录组数据集,包括Seq-Scope、Slide-seq和VISIUM生成的数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Seq-Scope, Slide-seq, VISIUM | Seq-Scope(<1μm分辨率), Slide-seq(10μm分辨率), VISIUM(100μm分辨率) |
| 40 | 2026-04-14 |
Kidney-Targeted Renalase Agonist Prevents Cisplatin-Induced Chronic Kidney Disease by Inhibiting Regulated Necrosis and Inflammation
2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021040439
PMID:34921111
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研究论文 | 本研究探讨了通过肾脏靶向递送肾胺酶激动剂RP81-MNP,在顺铂诱导的慢性肾病小鼠模型中预防肾损伤的机制和效果 | 首次使用中尺度纳米颗粒封装肾胺酶激动剂肽RP81进行肾脏靶向递送,通过单细胞RNA测序分析揭示了其在保护肾小管上皮细胞和抑制炎症反应中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者数据仅涉及血浆肾胺酶水平趋势,未直接验证RP81-MNP在人体中的疗效 | 研究肾胺酶激动剂在预防顺铂诱导的慢性肾病中的作用机制和治疗潜力 | 顺铂诱导的慢性肾病小鼠模型以及接受顺铂化疗的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据 | 小鼠模型及头颈部鳞状细胞癌患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |