单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-22	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文提出了一种名为SINGE的算法，用于从有序单细胞基因表达数据推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果关系回归来平滑不规则伪时间和缺失的表达值，并通过回归分析集合来编译转录调控因子与靶基因之间的候选相互作用排名列表	在个别调控因子和非信息性伪时间上表现不佳	推断基因调控网络	小鼠胚胎干细胞分化数据集中的单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Granger因果关系回归	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
22	2025-07-21	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	本研究探讨了淋巴结中纤维网状细胞（FRCs）如何通过抗CD40L促进小鼠心脏移植耐受性	发现FRCs在抗CD40L诱导的移植耐受性中起关键作用，并开发了靶向淋巴结的纳米递送系统以增强抗CD40L效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究淋巴结在移植免疫耐受中的作用机制并开发新型免疫抑制策略	小鼠心脏移植模型和淋巴结微环境	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序、纳米颗粒递送系统	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明数量的小鼠实验样本
23	2025-07-21	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	提出了一种名为MuSiC2的迭代估计方法，用于在多临床条件下进行批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析	MuSiC2扩展了MuSiC方法，能够在批量RNA测序数据和单细胞RNA测序参考数据临床条件不同的情况下，更准确地估计细胞类型比例	需要至少一个临床条件与单细胞RNA测序参考数据不同，且依赖于参考数据的质量	提高在不同临床条件下批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析的准确性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	MuSiC2	RNA测序数据	两个批量RNA测序数据集（人类胰岛和人类视网膜）
24	2025-07-21	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo结合了昼夜节律的领域知识，并量化了相位估计的不确定性，相比现有方法提供了更准确的相位估计	未提及具体的数据集或实验验证范围	解决单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位推断的准确性和不确定性量化问题	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
25	2025-07-21	A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation 2022-Nov, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-022-00545-w PMID:36873621	研究论文	本文提出了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，预测细胞表面蛋白表达，并进行数据插补	sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据整合、蛋白表达预测和插补、预测和插补不确定性的量化，以及细胞类型标签从CITE-seq到scRNA-seq的转移	NA	克服CITE-seq和scRNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用率以揭示细胞群体异质性	CITE-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	免疫相关疾病、流感和COVID-19	CITE-seq, scRNA-seq	深度学习	RNA和蛋白表达数据	多个数据集
26	2025-07-21	Insight into 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin-induced disruption of zebrafish spermatogenesis via single cell RNA-seq 2022-Jul, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgac060 PMID:35799832	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究2,3,7,8-四氯二苯并-p-二噁英（TCDD）对斑马鱼精子发生的破坏作用	首次利用单细胞RNA测序技术揭示TCDD暴露对斑马鱼睾丸中不同细胞类型的差异影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果向人类转化的适用性有待验证	探究环境污染物TCDD导致雄性不育的分子机制	斑马鱼睾丸组织	环境毒理学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 10x Genomics平台	NA	RNA测序数据	发育期暴露TCDD的成年斑马鱼睾丸组织
27	2025-07-21	Single-cell transcriptomic profiling of lung endothelial cells identifies dynamic inflammatory and regenerative subpopulations 2022-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.158079 PMID:35511435	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了肺内皮细胞在炎症刺激下的动态变化，识别了两种主要亚群：免疫反应型内皮细胞（immuneEC）和血管发育型内皮细胞（devEC）	首次在肺微血管内皮中识别出具有不同功能倾向的亚群，并揭示了Sox17在抑制炎症激活中的作用	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探索肺内皮细胞在炎症损伤中的异质性响应机制	肺内皮细胞	单细胞转录组学	肺部炎症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Seurat聚类分析	单细胞转录组数据	35,973个肺内皮细胞（来自LPS诱导的炎症损伤模型、SARS-CoV-2感染的灵长类动物和H1N1流感病毒感染的小鼠）
28	2024-08-07	Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation 2022-06, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011 PMID:35339536	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
29	2025-07-21	PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease 2022-02-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01022-0 PMID:35180881	研究论文	本研究探讨了PLCG2在阿尔茨海默病(AD)中的表达及其与炎症反应和淀粉样斑块的关系	首次在人类AD患者和5xFAD小鼠模型中系统研究了PLCG2的表达模式及其与淀粉样病理的相关性，并通过单细胞RNA测序揭示了PLCG2参与的炎症相关通路	研究主要基于相关性分析，PLCG2在AD中的具体作用机制仍需进一步功能实验验证	阐明PLCG2在阿尔茨海默病病理生理中的作用及其潜在治疗价值	晚发性阿尔茨海默病患者脑组织(1249例RNA-Seq数据)和5xFAD转基因小鼠模型	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-Seq(包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq)，免疫染色	5xFAD转基因小鼠模型	基因表达数据，组织病理数据	1249例人类脑组织RNA-Seq数据，5xFAD小鼠模型
30	2025-07-21	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序分析中的应用，涵盖了25种深度学习算法及其在scRNA-seq处理流程中的适用性	建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	探讨深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督深度学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
31	2025-07-20	Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854 PMID:36595885	研究论文	本文描述了处理和冷冻保存人类输尿管组织以进行单细胞和空间转录组学测定的优化协议	优化了从输尿管组织生成、冷冻保存和解冻单细胞悬浮液的协议，以及用于空间基因表达平台的冷冻保存协议	需要参考其他文献以获取完整的协议执行细节	为单细胞RNA测序和空间转录组学提供优化的组织处理和冷冻保存方法	人类输尿管组织	生物医学工程	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
32	2025-07-20	Single-cell transcriptional profiling reveals heterogeneity and developmental trajectories of Ewing sarcoma 2022-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04073-3 PMID:35713707	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示尤文肉瘤的异质性和发育轨迹	首次在单细胞分辨率上预测尤文肉瘤肿瘤细胞的起源，并模拟神经嵴细胞谱系分化的过程	样本量较小（仅4个尤文肉瘤组织样本），可能影响结果的普遍性	探究尤文肉瘤的异质性、发育轨迹及其潜在治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤细胞	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序	K-最近邻算法, Monocle2包	RNA测序数据	4个尤文肉瘤肿瘤组织样本
33	2025-07-20	Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4 2022-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007 PMID:36347256	research paper	该研究通过小鼠遗传学和单细胞RNA测序技术，揭示了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中对心内膜向冠状动脉分化的调控作用	发现了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中的新作用，为心脏损伤后的血管再生提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏发育和再生过程中心内膜向冠状动脉分化的分子机制	小鼠心内膜细胞和冠状动脉内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 小鼠遗传学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个发育阶段的小鼠心脏组织
34	2025-07-20	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	research paper	研究高脂饮食对肠道上皮细胞的快速适应反应	揭示了高脂饮食在短时间内对肠道上皮细胞的转录组和生理指标的快速影响	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨饮食改变对肠道上皮细胞的即时响应机制	小鼠肠道上皮细胞	生理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
35	2025-07-20	ClampFISH 2.0 enables rapid, scalable amplified RNA detection in situ 2022-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01653-6 PMID:36280724	research paper	介绍了一种名为clampFISH 2.0的新方法，用于原位快速、可扩展的RNA检测	采用倒置的padlock设计，能够高效检测多种RNA并同时指数级放大信号，同时减少了时间和成本	未明确提及具体限制	开发一种高效、低成本的原位RNA检测方法	RNA分子	分子生物学	NA	clampFISH 2.0	NA	RNA检测数据	超过100万个细胞
36	2025-07-20	Single-cell transcriptome highlights a multilayer regulatory network on an invasive trajectory within colorectal cancer progression 2022-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04020-2 PMID:35523976	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌进展中从癌症干细胞到侵袭性细胞的多层调控网络	构建了癌症干细胞到侵袭性细胞的转化路径（'stem-to-invasion path'）并揭示了多层调控网络，同时发现了一种新的组合生物标志物用于评估结直肠癌患者的预后	研究结果需要在更大规模的独立数据集中进一步验证	探索结直肠癌中癌症干细胞向侵袭性细胞转化的过程及其调控机制	结直肠癌中的癌症干细胞和侵袭性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、生物信息学方法（聚类、伪时间分析、基因集变异分析、基因本体富集分析）	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了独立的验证数据集
37	2025-07-20	The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing 2022-Aug, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-022-03406-9 PMID:35759181	综述	本文综述了早期红细胞祖细胞CFU-e向终末分化ETD转变的调控机制，重点探讨了单细胞RNA测序和流式细胞术研究的最新发现	揭示了CFU-e/ETD转变是一个快速的S期依赖性转录开关，并发现细胞周期速度和S期缩短在细胞命运决定中的新发育作用	主要基于已有研究的综述，缺乏新的实验数据验证	探讨红细胞谱系发育过程中特化细胞周期的调控机制	早期红细胞祖细胞CFU-e及其向终末分化ETD的转变过程	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	NA
38	2025-07-20	α Cell dysfunction in islets from nondiabetic, glutamic acid decarboxylase autoantibody-positive individuals 2022-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156243 PMID:35642629	研究论文	本研究探讨了非糖尿病但谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性（GADA+）个体胰岛中α细胞功能异常的现象	发现α细胞功能异常在胰岛自身免疫早期阶段即已存在，而此时β细胞质量仍正常	样本量有限，且仅针对GADA+个体进行研究	探究早期胰岛自身免疫阶段α细胞功能异常的作用	非糖尿病GADA+和1型糖尿病（T1D）捐赠者的胰岛	糖尿病研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	分子和细胞水平数据	GADA+和T1D捐赠者的胰岛样本
39	2025-07-20	NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac108 PMID:35176143	研究论文	介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据注释工具NeuCA web server，提供网页应用和图形用户界面	首个基于神经网络架构的网页应用工具，提供20多种预训练分类器用于常见组织类型	未提及具体性能比较或适用范围限制	开发自动标注单细胞RNA测序数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本量
40	2025-07-20	Single-cell transcriptomic landscapes of a rare human laryngeal chondrosarcoma 2022-Apr, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-021-03883-1 PMID:34931260	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究罕见人类喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制	首次系统研究了喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制，并发现SLAMF9基因在非免疫细胞中的特异性表达	样本量较小，仅基于一名74岁男性患者的肿瘤组织	解析喉软骨肉瘤的肿瘤异质性和肿瘤微环境组成的潜在机制	一名74岁男性患者的喉软骨肉瘤及其癌旁软骨组织	数字病理学	喉软骨肉瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	5455个单细胞