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当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 3961 - 3980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3961 | 2024-08-08 |
scMRA: a robust deep learning method to annotate scRNA-seq data with multiple reference datasets
2022-01-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab700
PMID:34623390
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMRA的深度学习方法，用于使用多个参考数据集注释单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | scMRA通过构建知识图谱和使用图形卷积网络作为判别器，能够有效地从多个参考数据集中转移知识到未标记的目标域，并能去除批次效应 | NA | 开发一种有效且高效的细胞类型识别方法，以整合积累的scRNA-seq数据，实现细胞类型和状态的共同本体 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图形卷积网络 | scRNA-seq数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3962 | 2024-08-08 |
CeDR Atlas: a knowledgebase of cellular drug response
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab897
PMID:34634794
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研究论文 | 本文介绍了CeDR Atlas，一个报告细胞药物反应计算推断的知识库，涵盖多种组织中的数百种细胞类型 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和Connectivity Map资源（CMap）的高通量药物诱导基因表达分析，实现了细胞分辨率的药物反应精细映射 | NA | 研究不同细胞类型对药物反应的差异，以改善组合治疗、药物抗性和副作用的设计 | 人类、小鼠和细胞系的单细胞数据对象 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过582个单细胞数据对象，包括约140种表型和1250种组织-细胞组合类型 | NA | NA | NA | NA |
| 3963 | 2024-08-08 |
SMILE: mutual information learning for integration of single-cell omics data
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab706
PMID:34623402
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研究论文 | 本文介绍了一种无监督深度学习算法SMILE，通过最大化互信息来学习单细胞数据的判别表示，用于整合多源单细胞转录组数据 | SMILE算法能够成功整合多源单细胞转录组数据，消除批次效应，并将来自不同组织的相似细胞类型投影到共享空间中 | NA | 开发一种新的算法来整合不同来源、类型和特征的单细胞组学数据 | 单细胞组学数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3964 | 2024-08-08 |
Joint-Tissue Integrative Analysis Identified Hundreds of Schizophrenia Risk Genes
2022-Jan, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-021-02572-x
PMID:34628600
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研究论文 | 本研究利用多组织基因表达数据和全基因组关联研究数据，通过转录组范围的关联研究（TWAS）和孟德尔随机化分析，识别了与精神分裂症遗传风险相关的144个基因 | 本研究首次发现这些基因在产前和产后脑组织中的表达趋势截然相反，并在中孕期胎儿脑部的单细胞RNA测序数据中揭示了这些基因在谷氨酸能兴奋性神经元和循环前体细胞中的富集 | 需要进一步使用先进的算法在大量脑组织和单细胞中以及不同发育阶段进行研究，以表征精神分裂症发病机制的转录组特征 | 识别与精神分裂症遗传风险相关的基因，并探讨其在疾病发病机制中的作用 | 精神分裂症风险基因及其在脑发育中的表达模式 | 基因组学 | 精神分裂症 | 全基因组关联研究（GWAS），转录组范围的关联研究（TWAS），孟德尔随机化（MR）分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3965 | 2024-08-08 |
Lineage tracing and single-cell analysis reveal proliferative Prom1+ tumour-propagating cells and their dynamic cellular transition during liver cancer progression
2022-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-324321
PMID:34588223
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研究论文 | 本研究通过体内谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化 | 结合体内谱系追踪和单细胞RNA测序技术，首次揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化，以及其在肝细胞癌进展中的机制作用 | NA | 研究肝细胞癌中Prom1+细胞的异质性和特性 | 肝细胞癌中的Prom1+细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Prom1C-L/+; Rosa26tdTomato/+和Prom1C-L/+; Rosa26DTA/+小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 3966 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of prostaglandin E2-induced human decidual cell in vitro differentiation: a minimal ancestral deciduogenic signal†
2022-01-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab183
PMID:34591094
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研究论文 | 研究探讨了前列腺素E2（PGE2）在体外诱导人类基蜕膜细胞分化中的作用 | 首次通过单细胞转录组学分析PGE2介导的蜕膜化过程，并提出PGE2作为体外蜕膜化的替代方法 | NA | 验证PGE2和孕激素能否激活蜕膜细胞的核心基因调控网络 | 人类子宫内膜成纤维细胞的蜕膜化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3967 | 2024-08-08 |
Regeneration Roadmap: database resources for regenerative biology
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab870
PMID:34591960
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research paper | 本文构建了一个名为Regeneration Roadmap的数据库，用于系统地收集和标准化再生生物学研究中产生的大量数据 | 首次开发了一个开放且全面的数据库，收集并标准化了再生研究中的大量数据，如高通量测序数据 | NA | 促进再生研究，为延迟衰老提供潜在策略 | 再生相关的基因、批量和单细胞转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据 | NA | NA | 高通量测序 | NA | 基因、转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据 | 2.38 million data entries across 11 species and 36 tissues | NA | NA | NA | NA |
| 3968 | 2024-08-08 |
Crafting a blueprint for single-cell RNA sequencing
2022-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2021.08.016
PMID:34580023
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研究论文 | 本文讨论了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在实验设计中的关键考虑因素和实用建议 | 提供了针对scRNA-Seq实验设计的实用技巧，以确保最佳结果 | 未明确提及 | 最大化scRNA-Seq技术的潜力 | 单细胞RNA测序技术的关键考虑因素 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列 | 未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 3969 | 2024-08-08 |
The transcriptomic revolution and radiation biology
2022, International journal of radiation biology
IF:2.1Q2
DOI:10.1080/09553002.2021.1987562
PMID:34586968
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review | 本文简要回顾了功能基因组学的起源和演变，重点介绍了实验技术、数据分析和可视化方法，并强调了功能基因组学在辐射生物学中的应用 | 文章探讨了非编码RNA、基因组的替代阅读和单细胞转录组学等创新领域，这些领域可能有助于塑造未来辐射生物学和肿瘤学的研究 | NA | 回顾功能基因组学的发展，并探讨其在辐射生物学和肿瘤学中的应用 | 功能基因组学技术及其在辐射生物学中的应用 | NA | NA | 功能基因组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3970 | 2024-08-08 |
IL13 Acts Directly on Gastric Epithelial Cells to Promote Metaplasia Development During Chronic Gastritis
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.09.012
PMID:34587523
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素13（IL13）在慢性胃炎中促进胃上皮细胞化生的机制 | 首次鉴定了六种独特的IL13产生免疫细胞亚群，并揭示了IL13直接作用于胃上皮细胞诱导化生表型的机制 | NA | 旨在识别产生IL13的免疫细胞，确定胃上皮细胞对IL13的反应，并确立IL13在化生发展中的作用 | 慢性胃炎中的免疫细胞和细胞因子如何调节化生细胞变化的机制 | NA | 胃癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用TxA23、TxA23×Il4ra-/-和TxA23×Il13-Yfp小鼠模型，以及人胃类器官进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 3971 | 2024-08-08 |
High-throughput single-cell RNA sequencing
2022-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2021.09.003
PMID:34598882
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3972 | 2024-08-08 |
SH2 Domain-Containing Phosphatase 2 Inhibition Attenuates Osteoarthritis by Maintaining Homeostasis of Cartilage Metabolism via the Docking Protein 1/Uridine Phosphorylase 1/Uridine Cascade
2022-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.41988
PMID:34569725
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研究论文 | 本研究探讨了SH2域包含的磷酸酶2（SHP-2）在骨关节炎（OA）中的作用及其机制 | 首次揭示了SHP-2在骨关节炎中的作用，并阐明了其通过调节docking protein 1/uridine phosphorylase 1/uridine级联反应维持软骨代谢平衡的机制 | NA | 识别特定参与骨关节炎的蛋白酪氨酸磷酸酶（PTPs）并研究其作用机制 | 人骨关节炎软骨中的107个PTP基因表达，SHP-2酶活性，以及SHP-2抑制剂对骨关节炎进展的影响 | NA | 骨关节炎 | 单细胞测序，tandem mass tag labeling-based global proteomic analysis，稳定同位素标记氨基酸细胞培养标记的酪氨酸磷蛋白组分析 | NA | 基因表达数据，酶活性数据，蛋白质表达数据 | 人骨关节炎软骨样本，IL-1β处理后的原代软骨细胞，以及经过SHP-2抑制剂或celecoxib处理的DMM小鼠和IL-1β刺激的小鼠原代软骨细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3973 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell datasets with ambiguous batch information by incorporating molecular network features
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab366
PMID:34553223
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研究论文 | 本文介绍了一种基于网络的集成方法SCORE，用于整合具有模糊批次信息的单细胞RNA测序数据集 | SCORE方法通过纳入经过筛选的分子网络特征来推断细胞状态，并生成统一的流程，以整合单细胞RNA测序数据集 | NA | 开发一种新的方法来整合具有不同组织来源、发育阶段和/或少量重叠的单细胞RNA测序数据集 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络模型 | 基因表达数据 | 多个真实单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3974 | 2024-08-08 |
Consensus-based clustering of single cells by reconstructing cell-to-cell dissimilarity
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab379
PMID:34553226
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的单细胞聚类方法SD-h，通过最优合成常用的距离度量来为不同数据集生成适用的距离度量，并基于此进行层次聚类以更准确地进行细胞类型聚类 | 提出了新的单细胞聚类方法SD-h，通过合成多种距离度量来适应不同数据集，提高了聚类准确性 | NA | 开发一种新的单细胞聚类方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 层次聚类 | 基因表达数据 | 九个常用的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3975 | 2024-08-08 |
High-throughput single-cell RNA-seq data imputation and characterization with surrogate-assisted automated deep learning
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab368
PMID:34553763
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEDIM的自动深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达水平插补，无需手动调整神经网络架构 | SEDIM通过构建离线代理模型加速架构搜索的计算效率，并在插补和聚类性能上显著优于其他基准方法 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中的基因稀疏性问题，并自动设计深度神经网络架构以提高插补性能 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达水平 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3976 | 2024-08-08 |
scDEA: differential expression analysis in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab402
PMID:34571530
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研究论文 | 本文提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scDEA | scDEA通过集成12种不同的差异表达分析方法的P值，生成更稳定和准确的结果 | NA | 开发一种新的差异表达分析方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3977 | 2024-08-08 |
The spatially resolved transcriptional profile of acute T cell-mediated rejection in a kidney allograft
2022-01, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2021.09.004
PMID:34555393
|
研究论文 | 研究使用GeoMX数字空间分析平台分析肾移植中急性T细胞介导排斥反应的空间转录组特征 | 通过空间转录组学揭示了T细胞介导排斥反应中不同区域与移植反应相关的先前未被重视的变异性 | NA | 探索肾移植中T细胞介导排斥反应的转录组特征及其临床相关性 | 肾移植中的T细胞介导排斥反应和正常肾组织的转录组特征 | 数字病理学 | 肾病 | GeoMX Digital Space Profiling | NA | 转录组数据 | 包括一个慢性活动性T细胞介导排斥反应的肾移植患者和两个正常肾组织对照的活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3978 | 2024-08-08 |
Accurate Estimation of Single-Cell Differentiation Potency Based on Network Topology and Gene Ontology Information
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3112951
PMID:34529570
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研究论文 | 本文提出了一种新的中心性度量方法NCG，结合网络拓扑属性和基因本体功能相似性分数来估计单细胞的分化潜能 | NCG度量方法结合了网络拓扑特性和基因功能信息，提高了单细胞分化潜能估计的可靠性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的方法来准确估计单细胞的分化潜能 | 单细胞的分化潜能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因本体信息 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3979 | 2024-08-08 |
Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2022-05-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1157
PMID:34526363
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了多灶性肝内胆管癌的全面肿瘤异质性和独特的免疫亚型 | 首次详细描述了多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，并基于此提出了免疫分类方法 | 研究样本量相对较小，且需要进一步的独立队列验证 | 旨在通过多组学分析揭示多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，以指导治疗决策 | 多灶性肝内胆管癌的肿瘤异质性和免疫反应 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全外显子测序、批量和单细胞RNA测序、甲基化微阵列、多重免疫染色 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | 66个肿瘤样本来自16名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3980 | 2024-08-08 |
Network-based analysis revealed significant interactions between risk genes of severe COVID-19 and host genes interacted with SARS-CoV-2 proteins
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab372
PMID:34535795
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研究论文 | 本研究通过开发的用户友好型软件Network Calculator，采用基于网络的方法，揭示了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因之间的显著相互作用 | 本研究首次通过网络分析方法，识别了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2相互作用的主机基因之间的网络关系，并发现了关键基因HNRNPK | NA | 探索严重COVID-19的风险基因是否通过与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因相互作用来发挥其调控作用 | 严重COVID-19的风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因 | 生物信息学 | COVID-19 | 网络分析 | NA | RNA-seq数据 | 13个风险基因和28个SARS-CoV-2相互作用的主机基因 | NA | NA | NA | NA |