单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3961 - 3980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3961 | 2024-08-08 |
High-throughput single-cell RNA sequencing
2022-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2021.09.003
PMID:34598882
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3962 | 2024-08-08 |
SH2 Domain-Containing Phosphatase 2 Inhibition Attenuates Osteoarthritis by Maintaining Homeostasis of Cartilage Metabolism via the Docking Protein 1/Uridine Phosphorylase 1/Uridine Cascade
2022-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.41988
PMID:34569725
|
研究论文 | 本研究探讨了SH2域包含的磷酸酶2（SHP-2）在骨关节炎（OA）中的作用及其机制 | 首次揭示了SHP-2在骨关节炎中的作用，并阐明了其通过调节docking protein 1/uridine phosphorylase 1/uridine级联反应维持软骨代谢平衡的机制 | NA | 识别特定参与骨关节炎的蛋白酪氨酸磷酸酶（PTPs）并研究其作用机制 | 人骨关节炎软骨中的107个PTP基因表达，SHP-2酶活性，以及SHP-2抑制剂对骨关节炎进展的影响 | NA | 骨关节炎 | 单细胞测序，tandem mass tag labeling-based global proteomic analysis，稳定同位素标记氨基酸细胞培养标记的酪氨酸磷蛋白组分析 | NA | 基因表达数据，酶活性数据，蛋白质表达数据 | 人骨关节炎软骨样本，IL-1β处理后的原代软骨细胞，以及经过SHP-2抑制剂或celecoxib处理的DMM小鼠和IL-1β刺激的小鼠原代软骨细胞 |
| 3963 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell datasets with ambiguous batch information by incorporating molecular network features
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab366
PMID:34553223
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于网络的集成方法SCORE，用于整合具有模糊批次信息的单细胞RNA测序数据集 | SCORE方法通过纳入经过筛选的分子网络特征来推断细胞状态，并生成统一的流程，以整合单细胞RNA测序数据集 | NA | 开发一种新的方法来整合具有不同组织来源、发育阶段和/或少量重叠的单细胞RNA测序数据集 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络模型 | 基因表达数据 | 多个真实单细胞数据集 |
| 3964 | 2024-08-08 |
Consensus-based clustering of single cells by reconstructing cell-to-cell dissimilarity
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab379
PMID:34553226
|
研究论文 | 本研究介绍了一种新的单细胞聚类方法SD-h，通过最优合成常用的距离度量来为不同数据集生成适用的距离度量，并基于此进行层次聚类以更准确地进行细胞类型聚类 | 提出了新的单细胞聚类方法SD-h，通过合成多种距离度量来适应不同数据集，提高了聚类准确性 | NA | 开发一种新的单细胞聚类方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 层次聚类 | 基因表达数据 | 九个常用的scRNA-seq数据集 |
| 3965 | 2024-08-08 |
High-throughput single-cell RNA-seq data imputation and characterization with surrogate-assisted automated deep learning
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab368
PMID:34553763
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SEDIM的自动深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达水平插补，无需手动调整神经网络架构 | SEDIM通过构建离线代理模型加速架构搜索的计算效率，并在插补和聚类性能上显著优于其他基准方法 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中的基因稀疏性问题，并自动设计深度神经网络架构以提高插补性能 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达水平 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 3966 | 2024-08-08 |
scDEA: differential expression analysis in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab402
PMID:34571530
|
研究论文 | 本文提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scDEA | scDEA通过集成12种不同的差异表达分析方法的P值，生成更稳定和准确的结果 | NA | 开发一种新的差异表达分析方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | NA |
| 3967 | 2024-08-08 |
The spatially resolved transcriptional profile of acute T cell-mediated rejection in a kidney allograft
2022-01, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2021.09.004
PMID:34555393
|
研究论文 | 研究使用GeoMX数字空间分析平台分析肾移植中急性T细胞介导排斥反应的空间转录组特征 | 通过空间转录组学揭示了T细胞介导排斥反应中不同区域与移植反应相关的先前未被重视的变异性 | NA | 探索肾移植中T细胞介导排斥反应的转录组特征及其临床相关性 | 肾移植中的T细胞介导排斥反应和正常肾组织的转录组特征 | 数字病理学 | 肾病 | GeoMX Digital Space Profiling | NA | 转录组数据 | 包括一个慢性活动性T细胞介导排斥反应的肾移植患者和两个正常肾组织对照的活检样本 |
| 3968 | 2024-08-08 |
Accurate Estimation of Single-Cell Differentiation Potency Based on Network Topology and Gene Ontology Information
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3112951
PMID:34529570
|
研究论文 | 本文提出了一种新的中心性度量方法NCG，结合网络拓扑属性和基因本体功能相似性分数来估计单细胞的分化潜能 | NCG度量方法结合了网络拓扑特性和基因功能信息，提高了单细胞分化潜能估计的可靠性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的方法来准确估计单细胞的分化潜能 | 单细胞的分化潜能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因本体信息 | NA |
| 3969 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing profiling of mouse endothelial cells in response to pulmonary arterial hypertension
2022-08-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab296
PMID:34528097
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肺动脉高压条件下内皮细胞的转录组变化 | 揭示了肺动脉高压诱导的内皮细胞转录组变化，并发现了新的潜在治疗靶点 | NA | 旨在以单细胞分辨率表征肺动脉高压中的内皮细胞动态 | 小鼠肺内皮细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 来自内皮细胞系追踪小鼠模型的肺内皮细胞，分别在对照和SU5416/低氧诱导的肺动脉高压条件下 |
| 3970 | 2024-08-08 |
Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2022-05-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1157
PMID:34526363
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了多灶性肝内胆管癌的全面肿瘤异质性和独特的免疫亚型 | 首次详细描述了多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，并基于此提出了免疫分类方法 | 研究样本量相对较小，且需要进一步的独立队列验证 | 旨在通过多组学分析揭示多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，以指导治疗决策 | 多灶性肝内胆管癌的肿瘤异质性和免疫反应 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全外显子测序、批量和单细胞RNA测序、甲基化微阵列、多重免疫染色 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | 66个肿瘤样本来自16名患者 |
| 3971 | 2024-08-08 |
Network-based analysis revealed significant interactions between risk genes of severe COVID-19 and host genes interacted with SARS-CoV-2 proteins
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab372
PMID:34535795
|
研究论文 | 本研究通过开发的用户友好型软件Network Calculator，采用基于网络的方法，揭示了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因之间的显著相互作用 | 本研究首次通过网络分析方法，识别了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2相互作用的主机基因之间的网络关系，并发现了关键基因HNRNPK | NA | 探索严重COVID-19的风险基因是否通过与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因相互作用来发挥其调控作用 | 严重COVID-19的风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因 | 生物信息学 | COVID-19 | 网络分析 | NA | RNA-seq数据 | 13个风险基因和28个SARS-CoV-2相互作用的主机基因 |
| 3972 | 2024-08-08 |
Enhancing discoveries of molecular QTL studies with small sample size using summary statistic imputation
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab370
PMID:34545927
|
研究论文 | 本文提出了一种名为xQTLImp的计算框架，用于在小样本量的分子QTL研究中填补缺失的分子QTL关联 | xQTLImp框架通过利用已知的关联统计和连锁不平衡（LD）信息，在局部区域和全基因组范围内提高了填补准确性和新QTL的发现能力 | NA | 解决小样本量分子QTL研究中因样本限制和成本导致的分子性状-变异关联缺失问题 | 分子QTL研究中的缺失关联填补 | NA | NA | NA | 多元高斯模型 | 多组学数据 | 小样本量 |
| 3973 | 2024-08-08 |
Identifying transcriptional programs underlying cancer drug response with TraCe-seq
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01005-3
PMID:34531539
|
研究论文 | 本文开发了一种名为TraCe-seq的方法，通过单细胞RNA测序技术追踪癌细胞克隆对不同治疗的早期适应性转录程序，并评估了下一代双表皮生长因子受体（EGFR）降解剂与标准EGFR激酶抑制剂在EGFR突变肺癌细胞中的效果 | TraCe-seq方法能够以克隆分辨率捕获复杂细胞群体中细胞的起源、命运及对不同治疗的早期适应性转录程序 | NA | 研究预存的转录程序如何影响治疗反应 | EGFR突变肺癌细胞对不同EGFR抑制剂的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 3974 | 2024-08-08 |
Cellular heterogeneity and immune microenvironment revealed by single-cell transcriptome in venous malformation and cavernous venous malformation
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.004
PMID:34536440
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了静脉畸形（VM）和海绵状静脉畸形（CVM）的细胞异质性和免疫微环境 | 首次揭示了VM和CVM在细胞组成和信号通路上的差异，并识别了多种免疫细胞类型及其在疾病发展中的作用 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究VM和CVM的分子差异及其与疾病发展的关系 | 静脉畸形（VM）和海绵状静脉畸形（CVM）的细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 静脉畸形 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 35,245个细胞，来自两个VM样本和三个CVM样本 |
| 3975 | 2024-08-08 |
Autophagy protects murine preputial glands against premature aging, and controls their sebum phospholipid and pheromone profile
2022-05, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2021.1966716
PMID:34491140
|
研究论文 | 本文研究了自噬在保护小鼠包皮腺免受过早衰老中的作用，并探讨了其对皮脂磷脂和信息素谱的调控 | 首次揭示了自噬在小鼠包皮腺衰老防护中的作用及其对皮脂成分的调控机制 | NA | 探究自噬在小鼠包皮腺衰老防护及其对皮脂和信息素成分调控中的作用 | 小鼠包皮腺 | NA | NA | 高分辨率液相色谱-质谱法（HPLC-MS），单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | NA | NA |
| 3976 | 2024-08-08 |
Visualization and Analysis of Single Cell RNA-Seq Data by Maximizing Correntropy Based Non-Negative Low Rank Representation
2022-04, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3110766
PMID:34495855
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MccNLRR的新型scRNA-seq数据分析模型，用于处理高技术噪声和数据丢失问题 | 采用最大相关熵准则作为有效的损失函数，对高噪声和大数据异常值更为鲁棒，同时利用低秩表示捕捉数据的全局和局部结构 | NA | 探索单细胞RNA测序技术在生物问题分析中的应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | MccNLRR | 数据 | NA |
| 3977 | 2024-08-08 |
Resident vascular endothelial progenitor definition and function: the age of reckoning
2022-02, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-021-09817-2
PMID:34499264
|
综述 | 本文综述了近年来对血管内皮祖细胞在体内的定义和功能的研究进展 | 利用单细胞测序技术深入理解内皮细胞在稳态和病理状态下的特性 | 对体内能够产生ECFC的内皮细胞群体的了解仍然有限 | 描述和分析体内祖细胞群体的研究，特别是通过小鼠研究反映ECFC的自更新和干细胞能力 | 血管内皮祖细胞的定义和功能 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 3978 | 2024-08-08 |
Murine AGM single-cell profiling identifies a continuum of hemogenic endothelium differentiation marked by ACE
2022-01-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020007885
PMID:34517413
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠AGM区域中造血内皮细胞（HE）的分化过程，并揭示了ACE在其分化中的标志性作用 | 首次通过全长的单细胞RNA测序揭示了HE分化的连续性，并发现ACE在HE分化中的特异性标记作用 | NA | 旨在解析胚胎中造血干细胞形成的分子和细胞途径，以促进体外造血干细胞的生成和扩展 | 小鼠AGM区域的造血内皮细胞及其分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用Runx1b和Gfi1/1b转基因报告小鼠模型分离的HE细胞 |
| 3979 | 2024-08-08 |
scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab795
PMID:34508354
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scAPAdb的综合数据库，该数据库提供了单细胞分辨率下的替代多聚腺苷酸化（APA）信息 | scAPAdb是首个提供单细胞分辨率APA信息的数据库，填补了现有APA数据库在这一领域的空白 | NA | 旨在为研究单细胞水平上APA异构体使用和APA介导的基因调控提供有价值的资源 | 单细胞分辨率下的APA信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据库 | 超过360个scRNA-seq实验，涵盖六种物种，包括人类、小鼠和其他几种植物物种 |
| 3980 | 2024-08-08 |
VeloViz: RNA velocity-informed embeddings for visualizing cellular trajectories
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab653
PMID:34500455
|
研究论文 | 本文介绍了VeloViz工具，该工具利用RNA速度分析信息创建单细胞转录组数据的2D和3D嵌入，以可视化细胞轨迹 | VeloViz通过考虑RNA速度分析预测的未来转录状态，能够更可靠地捕捉和展示细胞轨迹，即使在缺失中间细胞状态的情况下 | NA | 开发一种新的方法来可视化从RNA速度分析推断的细胞状态变化，以更好地理解细胞轨迹 | 单细胞转录组数据及其通过RNA速度分析推断的细胞状态变化 | 生物信息学 | NA | RNA速度分析 | NA | 转录组数据 | 使用真实和模拟数据进行验证 |