单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 3941 - 3960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3941 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing and bioinformatics as tools to decipher cancer heterogenicity and mechanisms of drug resistance
2022-01, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2021.114811
PMID:34673017
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术和生物信息学分析在解析癌症异质性和药物抗性机制中的作用 | 单细胞RNA测序技术和相关的生物信息学聚类及差异表达分析为癌症研究提供了新的工具，能够在单细胞分辨率下剖析肿瘤 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在解析癌症异质性和细胞系依赖性药物抗性中的作用 | 癌症异质性和药物抗性机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3942 | 2024-08-08 |
HSP90-Specific nIR Probe Identifies Aggressive Prostate Cancers: Translation from Preclinical Models to a Human Phase I Study
2022-01, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-21-0334
PMID:34675120
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研究论文 | 本文开发了一种针对HSP90的近红外荧光探针HS196，用于区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌，并在人体I期研究中验证了其有效性 | 首次将HSP90特异性近红外探针应用于临床，用于检测侵袭性前列腺癌 | NA | 开发一种非侵入性测试方法，以区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌 | 前列腺癌的侵袭性检测 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 近红外荧光成像 | NA | 图像 | 涉及前列腺切除标本中的恶性结节 | NA | NA | NA | NA |
| 3943 | 2024-08-08 |
TNFα Induces LGR5+ Stem Cell Dysfunction In Patients With Crohn's Disease
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.10.010
PMID:34700029
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研究论文 | 本研究评估了肿瘤坏死因子α（TNFα）在健康对照和克罗恩病（CD）患者来源的肠类器官中的肠上皮反应 | 发现TNFα在CD患者来源的肠类器官中引起LGR5+干细胞功能障碍，而外源性PGE2治疗可以恢复这些干细胞的功能 | NA | 研究TNFα在克罗恩病中的作用及其对肠上皮细胞的影响 | 健康对照和克罗恩病患者的肠类器官 | NA | 克罗恩病 | 免疫组织化学、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 克罗恩病患者和健康对照的肠类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 3944 | 2024-08-08 |
The function of the m6A methyltransferase METTL3 in goat early embryo development under hypoxic and normoxic conditions
2022-Jan-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究探讨了m6A甲基转移酶METTL3在山羊早期胚胎发育中，特别是在低氧和常氧条件下的作用 | 首次揭示了METTL3在氧化应激条件下对山羊早期胚胎发育的关键作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响 | 探讨METTL3在山羊早期胚胎发育中的作用及其在氧化应激条件下的影响 | 山羊早期胚胎，特别是8细胞阶段和囊胚阶段的发育 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 山羊胚胎的8细胞阶段和囊胚阶段的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3945 | 2024-08-08 |
Single-Cell Atlas of Lineage States, Tumor Microenvironment, and Subtype-Specific Expression Programs in Gastric Cancer
2022-03-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0683
PMID:34642171
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研究论文 | 本文生成了一个全面的胃癌单细胞图谱，包含来自31名患者的48个样本，超过200,000个细胞，并识别了34种不同的细胞谱系状态，包括罕见的细胞群体。 | 首次生成了胃癌的全面单细胞图谱，并识别了新的罕见细胞群体，以及通过空间转录组学和独立批量RNA测序进行了正交验证。 | NA | 揭示胃癌的异质性，并为疾病管理提供高分辨率的分子资源。 | 胃癌的细胞谱系状态、肿瘤微环境和亚型特异性表达程序。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 超过200,000个细胞，来自31名患者的48个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3946 | 2024-08-08 |
Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics
2022-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01044-w
PMID:34650268
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research paper | 本文介绍了一种名为Baysor的细胞分割方法，该方法通过优化二维或三维细胞边界，结合转录组组成和细胞形态的联合似然性，用于基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。 | Baysor方法能够仅基于检测到的转录本进行分割，并且在某些情况下，与现有工具相比，可以将近乎翻倍的细胞数量进行分割，同时减少分割伪影。 | NA | 开发一种新的细胞分割方法，以提高基于成像的空间转录组学数据中细胞边界的识别准确性。 | 基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。 | digital pathology | NA | in situ sequencing, multiplexed RNA fluorescent hybridization | NA | image | 使用了五种不同的协议获取的数据进行评估。 | NA | NA | NA | NA |
| 3947 | 2024-08-08 |
Dopamine receptor D2 antagonism normalizes profibrotic macrophage-endothelial crosstalk in non-alcoholic steatohepatitis
2022-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.09.032
PMID:34648896
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研究论文 | 本研究探讨了多巴胺受体D2拮抗剂在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中调节促纤维化巨噬细胞与内皮细胞相互作用的作用 | 首次发现多巴胺受体D2拮抗剂能特异性地阻断巨噬细胞中的YAP，从而减少肝脏纤维化 | NA | 研究YAP在肝脏修复中的特定作用，并寻找能选择性绕过纤维化并保留YAP促再生功能的药物 | 肝脏纤维化、NASH模型中的巨噬细胞和内皮细胞 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠、迷你猪和人类患者的肝脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3948 | 2024-08-08 |
scMRMA: single cell multiresolution marker-based annotation
2022-01-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab931
PMID:34648021
|
研究论文 | 本文开发了一种双向方法scMRMA，利用分层参考指导迭代聚类和深度注释，以提高单细胞RNA测序数据的注释准确性 | scMRMA采用双向方法，通过分层参考指导迭代聚类和深度注释，显著提高了注释的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的细胞身份注释准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞身份 | 单细胞测序 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四组基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3949 | 2024-08-08 |
CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab905
PMID:34643725
|
研究论文 | 本文介绍了CancerSCEM数据库，这是一个专注于多种人类癌症的单细胞表达图谱数据库 | CancerSCEM提供了一个综合的在线分析平台，集成了七种分析功能，支持交互式癌症单细胞RNA测序分析 | NA | 开发一个数据库以整合和处理大量癌症单细胞RNA测序数据，促进对肿瘤微环境的研究 | 多种人类癌症的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序技术（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 208个癌症样本，涵盖28项研究和20种人类癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 3950 | 2024-08-08 |
scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab917
PMID:34643729
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scAPAatlas的综合资源，用于探索人类和小鼠不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化（APA）事件，并解释其潜在的生物学功能。 | scAPAatlas是首个整合细胞类型级别APA信息的资源，基于24种人类和25种小鼠正常组织的scRNA-seq数据，系统地识别了不同细胞类型的细胞类型特异性APA事件，并探讨了APA与基因表达水平及microRNAs或RNA结合蛋白之间的相互作用。 | NA | 开发一个全面的资源，用于探索和解释不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件及其生物学功能。 | 人类和小鼠的不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24种人类正常组织和25种小鼠正常组织 | NA | NA | NA | NA |
| 3951 | 2024-08-08 |
Global 3'-untranslated region landscape mediated by alternative polyadenylation during meiotic maturation of pig oocytes
2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.14026
PMID:34647356
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研究论文 | 本研究分析了猪卵母细胞在减数分裂成熟过程中的3'-非翻译区（3'-UTR）的动态变化，利用先前的单细胞RNA测序数据，通过两种软件DaPars和APAtrap识别了显著差异的3'-UTR mRNA，并进行了基因富集分析。 | 首次系统地描述了猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的全局景观变化，并探讨了其与卵母细胞成熟过程的关系。 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多类型的数据来全面验证结果。 | 探讨猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的动态变化及其对生物过程的影响。 | 猪卵母细胞的3'-UTR及其在减数分裂成熟过程中的变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及猪卵母细胞的germinal vesicle和metaphase II阶段的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3952 | 2024-08-08 |
Small Airway Susceptibility to Chemical and Particle Injury
2022, Respiration; international review of thoracic diseases
DOI:10.1159/000519344
PMID:34649249
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综述 | 本文综述了人类小气道对化学和颗粒损伤的易感性及其在气道疾病发展中的作用 | 介绍了单细胞测序技术在人类气道中的最新进展，提供了前所未有的细胞表型细节，可能影响气道对化学和颗粒损伤的反应 | 目前缺乏足够的人类数据来支持与动物研究相似的结论 | 探讨小气道对特定化学和颗粒暴露的易感性原因，以及这对识别有害物质、其特性和相关暴露情景的重要性 | 人类小气道及其对化学和颗粒损伤的易感性 | NA | 慢性阻塞性肺病，哮喘 | 单细胞测序 | NA | 细胞表型数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3953 | 2024-08-08 |
Plant Single Cell Transcriptome Hub (PsctH): an integrated online tool to explore the plant single-cell transcriptome landscape
2022-01, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13725
PMID:34651402
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3954 | 2024-08-08 |
WGBS combined with RNA-seq analysis revealed that Dnmt1 affects the methylation modification and gene expression changes during mouse oocyte vitrification
2022-Jan-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了小鼠卵母细胞玻璃化过程中的分子特性变化 | 首次揭示了Dnmt1在小鼠卵母细胞玻璃化过程中对甲基化修饰和基因表达变化的影响 | 研究仅限于小鼠卵母细胞，未来研究应扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探究卵母细胞冷冻保存及后续升温过程中分子层面的变化，以改进卵母细胞冷冻保存技术 | 小鼠成熟中期II（MII）卵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，转录组数据 | 新鲜卵母细胞与玻璃化卵母细胞的比较 | NA | NA | NA | NA |
| 3955 | 2024-08-08 |
Sex-Stratified Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Sex-Specific and Cell Type-Specific Transcriptional Responses in Alzheimer's Disease Across Two Brain Regions
2022-Jan, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-021-02591-8
PMID:34669146
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研究论文 | 本研究通过性别分层的单细胞RNA测序分析，识别了阿尔茨海默病在两个大脑区域中的性别特异性和细胞类型特异性转录反应 | 首次在单细胞水平上全面检查了阿尔茨海默病中的性别差异，特别是在前额叶皮质的胶质细胞中 | NA | 探究阿尔茨海默病中性别特异性的病理生理机制，为新疗法的开发提供信息 | 阿尔茨海默病患者的两个大脑区域（前额叶皮质和内嗅皮质）的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 近74,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3956 | 2024-08-08 |
Biallelic variants in ZFP36L2 cause female infertility characterised by recurrent preimplantation embryo arrest
2022-Sep, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2021-107933
PMID:34611029
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研究论文 | 本文通过全外显子测序和功能验证，发现双等位变异在ZFP36L2基因中与反复的植入前胚胎发育停滞相关 | 首次发现ZFP36L2基因的双等位变异与反复的植入前胚胎发育停滞有关，为这类不孕症提供了新的遗传诊断靶点 | NA | 探究反复植入前胚胎发育停滞的遗传原因 | 100名经历反复植入前胚胎发育停滞的不孕女性 | NA | 不孕症 | 全外显子测序, Sanger测序, 生物信息学分析, 体外功能分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列 | 100名不孕女性 | NA | NA | NA | NA |
| 3957 | 2024-08-08 |
Satb1 expression in retinal ganglion cells of marmosets, macaques, and humans
2022-04, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25258
PMID:34622958
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研究论文 | 本研究利用针对转录因子Satb1的抗体，研究了狨猴、猕猴和人类视网膜中Satb1的表达情况 | 发现旧世界（人类和猕猴）和新世界（狨猴）灵长类动物视网膜神经节细胞中转录因子的表达并不保守，并将分子标记与特定细胞类型联系起来 | NA | 研究不同物种视网膜神经节细胞中Satb1的表达情况 | 狨猴、猕猴和人类的视网膜神经节细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 狨猴、猕猴和人类各一种 | NA | NA | NA | NA |
| 3958 | 2024-08-08 |
Integrating genetic and epigenetic factors in chronic myeloid leukemia risk assessment: toward gene expression-based biomarkers
2022-02-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2021.279317
PMID:34615339
|
综述 | 本文综述了基因表达（GE）分析在慢性髓性白血病（CML）中的应用，探讨其作为个性化治疗风险评估工具的潜力 | 提出了一个四阶段方法来开发基于GE的CML生物标志物，并探讨了遗传和表观遗传因素在耐药性和急性转化中的作用 | 不同细胞类型、技术使用和基因组数据解释的复杂性对将GE数据转化为具有临床实用性的生物标志物提出了挑战 | 评估GE分析在CML中的临床信息价值，并探索其作为个性化CML治疗风险评估工具的潜力 | 慢性髓性白血病（CML）患者 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自多种来源的患者材料 | NA | NA | NA | NA |
| 3959 | 2024-08-08 |
Clustering spatial transcriptomics data
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab704
PMID:34623423
|
研究论文 | 本文开发了一种名为FICT的新方法，该方法结合了基因表达和邻域信息来分配细胞类型，以充分利用空间转录组数据并提高识别新型亚型的能力 | FICT方法的创新之处在于它同时考虑了基因表达和细胞邻域信息，从而提高了细胞类型和亚型的识别准确性 | NA | 开发一种新的方法来更有效地分析空间转录组数据，并提高细胞类型和亚型的识别能力 | 空间转录组数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 概率函数 | 空间转录组数据 | 模拟数据和多个真实空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3960 | 2024-08-08 |
Alignment of single-cell trajectories by tuMap enables high-resolution quantitative comparison of cancer samples
2022-01-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.09.003
PMID:34624253
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为tuMap的算法，该算法利用高维单细胞数据对具有内在发育结构的癌症样本进行对齐，以实现与健康发育的比较 | tuMap算法能够生成tuMap伪时间轴，允许对癌症样本进行系统性和有意义的比较，并揭示与临床相关的关联 | NA | 开发一种算法以实现高分辨率的癌症样本定量比较 | 急性淋巴细胞白血病和骨髓性白血病的单细胞数据 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |