单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2024-08-08	Identification of lncRNAs involved in maternal-to-zygotic transition of in vitro-produced porcine embryos by single-cell RNA-seq 2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.14034 PMID:34725864	研究论文	本研究基于先前发表的单细胞RNA测序数据，系统分析了猪体外受精和早期孤雌激活胚胎中长非编码RNA（lncRNA）的表达动态	首次详细比较了猪体外受精和孤雌激活胚胎中lncRNA的表达差异，并揭示了这些差异与胚胎发育特定阶段的信号通路相关	研究仅限于体外受精和孤雌激活胚胎，未涉及体内胚胎的比较	探究猪早期胚胎发育过程中lncRNA的表达动态及其在母源到合子过渡中的作用	猪的成熟卵母细胞和体外受精及早期孤雌激活胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括猪成熟卵母细胞和1至8细胞阶段的体外受精及孤雌激活胚胎
3922	2024-08-08	Relationships between type 2 diabetes, cell dysfunction, and redox signaling: A meta-analysis of single-cell gene expression of human pancreatic α- and β-cells 2022-Jan, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.13236 PMID:34725923	meta-分析	本研究通过单细胞RNA测序数据的meta分析，探讨了2型糖尿病与细胞功能障碍及氧化还原信号之间的关系。	利用单细胞RNA测序技术深入研究了2型糖尿病中α-和β-细胞的转录组变化，并评估了氧化还原信号在其中的作用。	研究仅基于六项研究的单细胞RNA测序数据，可能存在样本量和研究多样性的限制。	旨在深入理解2型糖尿病中α-和β-细胞的细胞机制及其与氧化还原信号的关系。	研究对象包括来自健康供体和2型糖尿病患者的胰腺胰岛α-和β-细胞。	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究包括来自六项研究的单细胞RNA测序数据
3923	2024-08-08	Single-cell sequencing unveils distinct immune microenvironments with CCR6-CCL20 crosstalk in human chronic pancreatitis 2022-09, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-324546 PMID:34702715	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，分析了慢性胰腺炎患者胰腺组织中的免疫微环境，特别是CCR6-CCL20信号通路的作用	首次揭示了慢性胰腺炎中不同病因患者胰腺免疫细胞的独特特征和CCR6-CCL20轴的免疫对话	研究样本仅限于接受胰腺切除术的患者，可能无法完全代表所有慢性胰腺炎患者的情况	旨在通过单细胞测序技术揭示慢性胰腺炎中胰腺免疫反应的关键信号分子	慢性胰腺炎患者的胰腺免疫细胞	数字病理学	胰腺炎	单细胞测序	NA	转录组数据	包括不同病因的慢性胰腺炎患者和非慢性胰腺炎器官捐赠者的胰腺组织
3924	2024-08-08	Profiling of lung SARS-CoV-2 and influenza virus infection dissects virus-specific host responses and gene signatures 2022-06, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01881-2021 PMID:34675048	研究论文	本文利用NanoString GeoMX平台对固定石蜡包埋组织进行靶向转录组学分析，深入研究了COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部转录组图谱	本文展示了空间转录组学在识别组织内新基因特征方面的强大能力，为SARS-CoV-2的发病机制提供了新的见解	NA	更好地定义肺部对SARS-CoV-2感染的宿主反应，理解病毒发病机制，并验证临床研究中提出的潜在COVID-19生物标志物	COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部转录组	数字病理学	COVID-19	NanoString GeoMX平台	NA	转录组数据	COVID-19、大流行H1N1流感及未感染对照患者的肺部组织样本
3925	2024-08-08	Cell-Type-Specific Impact of Glucocorticoid Receptor Activation on the Developing Brain: A Cerebral Organoid Study 2022-05, The American journal of psychiatry DOI:10.1176/appi.ajp.2021.21010095 PMID:34698522	研究论文	本研究使用诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脑类器官模型，探讨了糖皮质激素受体（GR）激活对发育中大脑的细胞类型特异性影响。	首次在脑类器官模型中详细研究了GR激活对不同细胞类型的影响，并验证了其在人类神经元中的响应特征。	研究主要集中在体外模型，未来需要进一步的体内研究以验证这些发现。	探讨产前糖皮质激素暴露对发育中大脑的影响及其细胞类型特异性机制。	糖皮质激素受体（GR）激活对脑类器官中不同细胞类型的影响。	数字病理学	神经发育疾病	单细胞转录组学	脑类器官	转录组数据	使用了来自不同来源组织和性别的三个独立hiPSC系的脑类器官
3926	2024-08-08	Co-varying neighborhood analysis identifies cell populations associated with phenotypes of interest from single-cell transcriptomics 2022-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01066-4 PMID:34675423	研究论文	本文介绍了一种名为共变邻域分析（CNA）的无偏方法，用于从单细胞转录组数据中识别与样本属性相关的细胞群体	CNA方法比基于聚类的方法更灵活，能够更敏感和准确地识别与疾病相关的细胞状态	NA	开发一种新的统计方法，用于从单细胞转录组数据中识别与样本属性相关的细胞群体	单细胞转录组数据中的细胞群体及其与样本属性的关联	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
3927	2024-08-08	Multiplexed droplet single-cell sequencing (Mux-Seq) of normal and transplant kidney 2022-03, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1111/ajt.16871 PMID:34687145	研究论文	本文介绍了多重液滴单细胞测序（Mux-Seq）在正常和移植肾脏组织中的应用	Mux-Seq方法能够减少实验批次偏差和变异，即使在样本输入非常小的情况下	NA	研究移植排斥反应中免疫和实质细胞的特征，以及正常和移植肾脏的组织反应	正常和移植肾脏组织中的细胞类型	数字病理学	移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	六个正常肾脏和两个移植肾脏的组织样本
3928	2024-08-08	Pericyte Control of Blood Flow Across Microvascular Zones in the Central Nervous System 2022-02-10, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-061121-040127 PMID:34672718	综述	本文综述了大脑微血管区域血流控制的当前知识，涉及命名问题和基于活体光学成像及单细胞转录组学的新进展	强调了壁细胞形态、基因表达和收缩动力学的重要区别，这些区别解释了动脉、过渡和毛细血管区域对血管活性介质反应的观察差异	仍有许多未解决问题，包括活体内激活不同周细胞类型的血管活性介质、周细胞-内皮细胞通讯在从毛细血管向动脉传递信号中的作用，以及神经系统疾病如何影响这些机制	探讨大脑微血管区域血流控制机制	大脑血管中的周细胞及其对血流控制的影响	NA	NA	活体光学成像、单细胞转录组学	NA	NA	NA
3929	2024-08-08	Single-cell transcriptomics sheds light on the identity and metabolism of developing leaf cells 2022-02-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiab489 PMID:34687312	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了在两种不同环境条件下生长的拟南芥幼叶细胞的转录组，揭示了发育中的叶片中不同细胞群的特征和代谢活动	本研究首次揭示了拟南芥幼叶中14种细胞群的单细胞转录组图谱，并提出了细胞类型特异性标记	NA	探索发育中的叶片中不同细胞群的转录组特征和代谢活动	拟南芥幼叶细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过1,800个高质量叶片细胞
3930	2024-08-08	Specialized Mechanosensory Epithelial Cells in Mouse Gut Intrinsic Tactile Sensitivity 2022-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.026 PMID:34688712	研究论文	本文研究了小鼠肠道中特化的机械感觉上皮细胞，探讨了Piezo2+ EECs在肠道内在触觉敏感性中的作用。	首次揭示了Piezo2+ EECs在肠道内在触觉敏感性中的作用，并展示了其在调节肠道生理功能中的重要性。	NA	探究Piezo2+ EECs在肠道内在触觉敏感性中的作用及其对肠道生理功能的调节。	小鼠肠道中的特化感觉肠内分泌细胞（EECs）及其表达的Piezo2机械门控离子通道。	NA	NA	单细胞RNA测序、光遗传学、光-电生理学、器官浴槽和体内研究。	NA	单细胞RNA测序数据、光遗传学激活数据、电生理数据。	使用了转基因小鼠模型，具体样本数量未详细说明。
3931	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing and bioinformatics as tools to decipher cancer heterogenicity and mechanisms of drug resistance 2022-01, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2021.114811 PMID:34673017	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术和生物信息学分析在解析癌症异质性和药物抗性机制中的作用	单细胞RNA测序技术和相关的生物信息学聚类及差异表达分析为癌症研究提供了新的工具，能够在单细胞分辨率下剖析肿瘤	NA	探讨单细胞RNA测序技术在解析癌症异质性和细胞系依赖性药物抗性中的作用	癌症异质性和药物抗性机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3932	2024-08-08	HSP90-Specific nIR Probe Identifies Aggressive Prostate Cancers: Translation from Preclinical Models to a Human Phase I Study 2022-01, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-21-0334 PMID:34675120	研究论文	本文开发了一种针对HSP90的近红外荧光探针HS196，用于区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌，并在人体I期研究中验证了其有效性	首次将HSP90特异性近红外探针应用于临床，用于检测侵袭性前列腺癌	NA	开发一种非侵入性测试方法，以区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌	前列腺癌的侵袭性检测	数字病理学	前列腺癌	近红外荧光成像	NA	图像	涉及前列腺切除标本中的恶性结节
3933	2024-08-08	TNFα Induces LGR5+ Stem Cell Dysfunction In Patients With Crohn's Disease 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.10.010 PMID:34700029	研究论文	本研究评估了肿瘤坏死因子α（TNFα）在健康对照和克罗恩病（CD）患者来源的肠类器官中的肠上皮反应	发现TNFα在CD患者来源的肠类器官中引起LGR5+干细胞功能障碍，而外源性PGE2治疗可以恢复这些干细胞的功能	NA	研究TNFα在克罗恩病中的作用及其对肠上皮细胞的影响	健康对照和克罗恩病患者的肠类器官	NA	克罗恩病	免疫组织化学、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	细胞	克罗恩病患者和健康对照的肠类器官
3934	2024-08-08	The function of the m6A methyltransferase METTL3 in goat early embryo development under hypoxic and normoxic conditions 2022-Jan-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2021.10.017 PMID:34700071	研究论文	本研究探讨了m6A甲基转移酶METTL3在山羊早期胚胎发育中，特别是在低氧和常氧条件下的作用	首次揭示了METTL3在氧化应激条件下对山羊早期胚胎发育的关键作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探讨METTL3在山羊早期胚胎发育中的作用及其在氧化应激条件下的影响	山羊早期胚胎，特别是8细胞阶段和囊胚阶段的发育	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	山羊胚胎的8细胞阶段和囊胚阶段的样本
3935	2024-08-08	Single-Cell Atlas of Lineage States, Tumor Microenvironment, and Subtype-Specific Expression Programs in Gastric Cancer 2022-03-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0683 PMID:34642171	研究论文	本文生成了一个全面的胃癌单细胞图谱，包含来自31名患者的48个样本，超过200,000个细胞，并识别了34种不同的细胞谱系状态，包括罕见的细胞群体。	首次生成了胃癌的全面单细胞图谱，并识别了新的罕见细胞群体，以及通过空间转录组学和独立批量RNA测序进行了正交验证。	NA	揭示胃癌的异质性，并为疾病管理提供高分辨率的分子资源。	胃癌的细胞谱系状态、肿瘤微环境和亚型特异性表达程序。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	超过200,000个细胞，来自31名患者的48个样本
3936	2024-08-08	Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics 2022-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01044-w PMID:34650268	research paper	本文介绍了一种名为Baysor的细胞分割方法，该方法通过优化二维或三维细胞边界，结合转录组组成和细胞形态的联合似然性，用于基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。	Baysor方法能够仅基于检测到的转录本进行分割，并且在某些情况下，与现有工具相比，可以将近乎翻倍的细胞数量进行分割，同时减少分割伪影。	NA	开发一种新的细胞分割方法，以提高基于成像的空间转录组学数据中细胞边界的识别准确性。	基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。	digital pathology	NA	in situ sequencing, multiplexed RNA fluorescent hybridization	NA	image	使用了五种不同的协议获取的数据进行评估。
3937	2024-08-08	Dopamine receptor D2 antagonism normalizes profibrotic macrophage-endothelial crosstalk in non-alcoholic steatohepatitis 2022-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2021.09.032 PMID:34648896	研究论文	本研究探讨了多巴胺受体D2拮抗剂在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中调节促纤维化巨噬细胞与内皮细胞相互作用的作用	首次发现多巴胺受体D2拮抗剂能特异性地阻断巨噬细胞中的YAP，从而减少肝脏纤维化	NA	研究YAP在肝脏修复中的特定作用，并寻找能选择性绕过纤维化并保留YAP促再生功能的药物	肝脏纤维化、NASH模型中的巨噬细胞和内皮细胞	NA	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括小鼠、迷你猪和人类患者的肝脏样本
3938	2024-08-08	scMRMA: single cell multiresolution marker-based annotation 2022-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab931 PMID:34648021	研究论文	本文开发了一种双向方法scMRMA，利用分层参考指导迭代聚类和深度注释，以提高单细胞RNA测序数据的注释准确性	scMRMA采用双向方法，通过分层参考指导迭代聚类和深度注释，显著提高了注释的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据的细胞身份注释准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞身份	单细胞测序	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四组基准数据集
3939	2024-08-08	CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab905 PMID:34643725	研究论文	本文介绍了CancerSCEM数据库，这是一个专注于多种人类癌症的单细胞表达图谱数据库	CancerSCEM提供了一个综合的在线分析平台，集成了七种分析功能，支持交互式癌症单细胞RNA测序分析	NA	开发一个数据库以整合和处理大量癌症单细胞RNA测序数据，促进对肿瘤微环境的研究	多种人类癌症的单细胞RNA测序数据	数字病理学	多种癌症	单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	208个癌症样本，涵盖28项研究和20种人类癌症类型
3940	2024-08-08	scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab917 PMID:34643729	研究论文	本文介绍了一个名为scAPAatlas的综合资源，用于探索人类和小鼠不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化（APA）事件，并解释其潜在的生物学功能。	scAPAatlas是首个整合细胞类型级别APA信息的资源，基于24种人类和25种小鼠正常组织的scRNA-seq数据，系统地识别了不同细胞类型的细胞类型特异性APA事件，并探讨了APA与基因表达水平及microRNAs或RNA结合蛋白之间的相互作用。	NA	开发一个全面的资源，用于探索和解释不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件及其生物学功能。	人类和小鼠的不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	24种人类正常组织和25种小鼠正常组织