单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3881	2024-08-08	Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01091-3 PMID:34764492	研究论文	本文介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合批量和单细胞测序数据来识别与特定表型相关的细胞亚群	Scissor方法通过量化单个细胞与批量样本之间的相似性，并优化回归模型以识别相关亚群，从而直接将单细胞数据中的细胞簇与特定表型联系起来	NA	开发一种方法，能够从单细胞测序数据中识别与特定表型相关的细胞亚群	单细胞RNA测序数据和表型相关的批量表达数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 面肩肱型肌营养不良, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	回归模型	表达数据	NA
3882	2024-08-08	Single-Cell, Single-Nucleus, and Spatial RNA Sequencing of the Human Liver Identifies Cholangiocyte and Mesenchymal Heterogeneity 2022-04, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1854 PMID:34792289	研究论文	本研究通过匹配的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）分析了73,295个人类肝脏细胞的转录组景观	本研究首次结合scRNA-seq和snRNA-seq技术，揭示了人类肝脏中胆管细胞和间质细胞的异质性，并发现了罕见的肝脏间质细胞亚型和胆管细胞前体	细胞解离相关的细胞扰动可能限制了完全捕捉人类肝脏实质细胞部分的能力	旨在通过高分辨率转录组分析，全面描绘健康人类肝脏中的实质细胞群体	人类肝脏中的细胞类型及其转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	73,295个人类肝脏细胞
3883	2024-08-08	Fibroblast-mediated intercellular crosstalk in the healthy and diseased heart 2022-03, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14234 PMID:34787896	综述	本文综述了心脏成纤维细胞在健康和疾病心脏中的细胞间交流作用	NA	NA	探讨成纤维细胞在心脏稳态和疾病状态中的作用	心脏成纤维细胞与其他心脏细胞的相互作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3884	2024-08-08	Gain-of-function mutations in RPA1 cause a syndrome with short telomeres and somatic genetic rescue 2022-02-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021011980 PMID:34767620	研究论文	本文报道了RPA1基因的获得性功能突变导致一种综合征，该综合征表现为端粒缩短和体细胞遗传拯救现象	首次描述了由RPA1基因的获得性功能突变引起的人类疾病，并发现了体细胞遗传拯救现象	NA	研究RPA1基因突变对端粒生物学和临床症状的影响	RPA1基因突变在4个无关联的短端粒综合征患者中的表现和机制	NA	NA	CRISPR/Cas9	NA	单细胞测序数据	4个无关联的短端粒综合征患者
3885	2024-08-08	An in situ sequencing approach maps PLASTOCHRON1 at the boundary between indeterminate and determinate cells 2022-02-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiab533 PMID:34791481	研究论文	本文优化了空间转录组学方法——原位测序（ISS），以在同一组织切片上同时共定位90个基因的转录本，并展示了其在玉米（Zea mays）茎尖顶端的应用。	本文首次将空间转录组学应用于植物茎尖顶端，提供了转录事件的时空序列，并展示了PLASTOCHRON1（PLA1）在不定细胞和定型细胞边界处的特异性表达。	本文提到的技术在分辨率和灵敏度上仍有改进空间，这可能会影响其在植物发育生物学研究中的应用。	研究植物茎尖顶端的分生组织中分子信号如何在离散细胞中决定叶片何时何地开始发育。	玉米（Zea mays）茎尖顶端的组织切片中的90个基因的转录本。	植物生物学	NA	原位测序（ISS）	NA	转录本	同一组织切片上的90个基因
3886	2024-08-08	bollito: a flexible pipeline for comprehensive single-cell RNA-seq analyses 2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab758 PMID:34788788	研究论文	bollito是一个用于全面分析单细胞RNA-seq数据的自动化、灵活且可并行化的计算管道	bollito整合了超过30种最先进的工具，涵盖了从质量控制到RNA速度分析的多个单细胞分析任务，并且其模块化设计使得易于集成其他软件包以扩展功能	NA	开发一个全面的单细胞RNA-seq数据分析管道	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达矩阵	NA
3887	2024-08-08	Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2 2022-01-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070 PMID:34793243	研究论文	本研究利用单细胞多组学技术，分析了四种主要HLA I类等位基因在SARS-CoV-2感染中对CD8 T细胞反应的影响	首次通过单细胞多组学技术，统一体外表征了CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应，并揭示了HLA基因型对表位特异性、TCRα/β序列多样性和预存SARS-CoV-2反应性记忆T细胞池利用的关键影响	NA	研究HLA I类等位基因变异如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应	CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞多组学技术	NA	单细胞转录组	四种主要HLA I类等位基因
3888	2024-08-08	Resolving the difference between left-sided and right-sided colorectal cancer by single-cell sequencing 2022-01-11, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152616 PMID:34793335	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了左半和右半结直肠癌的单细胞转录组，揭示了两者在免疫细胞状态和分子特征上的差异	首次发现左半结直肠癌中存在一种潜在的新型RBP4+NTS+癌细胞亚群，并且左半结直肠癌中的调节性T细胞显示出更高的免疫治疗相关基因表达水平	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	探究左半和右半结直肠癌在单细胞水平上的差异及其对预后的影响	左半和右半结直肠癌的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27,927个单细胞来自3名左半和3名右半结直肠癌患者
3889	2024-08-08	DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1020 PMID:34791375	研究论文	本文介绍了一个名为DISCO的数据库，该数据库整合了大量的人类单细胞组学数据，并提供了多种工具用于数据集成和分析	DISCO数据库首次提供了公开可用的整合细胞图谱，具有标准化元数据和多种在线工具，如FastIntegration和CELLiD，用于大规模单细胞数据集成和细胞类型识别	NA	开发一个多功能平台，用于探索已发表的单细胞数据并高效地与用户自己的数据进行集成分析	人类单细胞组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq数据	超过1800万个细胞，来自4593个样本，涵盖107种组织/细胞系/类器官，158种疾病，以及20种平台
3890	2024-08-08	The misuse of distributional assumptions in functional class scoring gene-set and pathway analysis 2022-01-04, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkab365 PMID:34791175	研究论文	本文研究了基因集分析（GSA）中功能类评分（FCS）方法对多元正态分布假设的误用问题	首次系统分析了多元正态分布假设在基因集分析中的适用性，并评估了非正态分布对FCS方法统计效能的影响	研究主要集中在FCS方法上，未涵盖所有GSA方法	探讨多元基因表达数据是否符合多元正态分布，并评估非正态分布对FCS方法统计效能的影响	24个RNA数据集，包括癌症患者和正常个体的微阵列实验、RNA测序和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	微阵列实验, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA数据	24个RNA数据集
3891	2024-08-08	High-Throughput Multimodal Single-Cell Targeted DNA and Surface Protein Analysis Using the Mission Bio Tapestri Platform 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_12 PMID:34766272	研究论文	本文介绍了使用Mission Bio Tapestri平台进行高通量多模态单细胞靶向DNA和表面蛋白分析的方法	该技术结合了单细胞测序和分析，能够解析个体样本中的高分辨率基因组多样性，并增加了对表面蛋白标记表达的分析能力	NA	旨在通过基因组信息提供预测能力，进一步指导治疗策略	癌症生物学中的基因型-表型展示多样性及疾病进程结果	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据和表面蛋白标记表达数据	NA
3892	2024-08-08	Generation of Centered Log-Ratio Normalized Antibody-Derived Tag Counts from Large Single-Cell Sequencing Datasets 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_14 PMID:34766274	研究论文	本文介绍了从大规模单细胞测序数据集中生成中心对数比归一化的抗体衍生标签计数的详细步骤	本文提供了使用云计算从大型CITE-seq数据集生成中心对数比归一化CITE-seq数据的详细步骤	NA	探讨单细胞分析中新技术的应用，特别是CITE-seq和REAP-seq方法	单细胞蛋白表达分析	生物信息学	NA	CITE-seq	NA	数据集	大规模单细胞测序数据集
3893	2024-08-08	Combined Measurement of RNA and Protein Expression on a Single-Cell Level 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_16 PMID:34766276	研究论文	本文描述了一种结合单细胞RNA测序和蛋白质表达分析的新技术，使用BD Rhapsody单细胞分析系统进行3' mRNA全转录组分析（WTA），并结合AbO和样本标签文库制备	开发了一种新的单细胞多组学方法，结合转录和表面蛋白表达分析，使用大量与寡核苷酸偶联的抗体（AbOs）进行表面标记检测，克服了传统流式细胞术中使用有限表面标记的限制	目前免疫细胞分离基于RNA表达谱预测的表面标记表达，常受转录和蛋白质表达模式之间低相关性的限制	克服转录和蛋白质表达模式之间的低相关性，提高免疫细胞功能和异质性分析的准确性	单细胞RNA和蛋白质表达	生物技术	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	NA	RNA和蛋白质	NA
3894	2024-08-08	Live Cell Genomics: Cell-Specific Transcriptome Capture in Live Single Cells from Complex Tissues 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1752-6_40 PMID:34766318	研究论文	本文介绍了一种名为体内转录组分析（TIVA）的单细胞分析程序，用于从活体组织中准确获取特定细胞的转录组	首次使用细胞穿透肽（CPPs）结合光激活技术，实现了从活体单细胞中非侵入性地准确分离单细胞mRNA	NA	开发一种新的方法来分析单细胞转录组，以更好地理解细胞异质性及其在正常功能和疾病发展中的作用	单细胞转录组	基因组学	NA	细胞穿透肽（CPPs）	NA	转录组	NA
3895	2024-08-08	Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101261 PMID:34768099	研究论文	研究烟草烟雾暴露对非小细胞肺癌中肿瘤内调节性T细胞亚群的影响	定义了一种与吸烟相关的肿瘤特异性调节性T细胞亚群ADAM12 CTLA4 Tregs，并发现其在吸烟史患者中的比例显著增加	NA	探讨烟草烟雾如何影响肺癌的肿瘤免疫环境	非小细胞肺癌患者的肿瘤内T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列数据	多个研究中的非小细胞肺癌患者数据
3896	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals hidden information in trypanosomatids 2022-01, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.006 PMID:34774423	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术揭示了双宿主寄生虫在从媒介到宿主过渡期间的发展阶段特异性基因表达模式	使用单细胞转录组学技术揭示了寄生虫发展阶段的隐藏信息	NA	研究双宿主寄生虫在环境极端条件下的适应性和生存机制	双宿主寄生虫的发展阶段特异性基因表达	转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
3897	2024-08-08	Loss of H2R Signaling Disrupts Neutrophil Homeostasis and Promotes Inflammation-Associated Colonic Tumorigenesis in Mice 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.003 PMID:34781022	研究论文	本研究探讨了H2R信号在先天免疫细胞中的下游效应，特别是中性粒细胞在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	首次揭示了H2R信号缺失如何影响中性粒细胞的稳态及其在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果。	精确阐明H2R激活在先天免疫细胞中的下游效应。	小鼠中性粒细胞和肠道上皮细胞。	免疫学	结肠肿瘤	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	RNA	野生型和H2R缺陷小鼠的中性粒细胞。
3898	2024-08-08	scCDG: A Method Based on DAE and GCN for scRNA-Seq Data Analysis 2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3126641 PMID:34752401	研究论文	本文介绍了一种基于去噪自编码器和图卷积网络的单细胞RNA测序数据分析方法scCDG	提出了一种新的方法scCDG，结合去噪自编码器和图卷积网络，有效处理单细胞RNA测序数据中的大量噪声	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DAE, GCN	RNA测序数据	七个真实单细胞RNA测序数据集
3899	2024-08-08	CXCL13 is expressed in a subpopulation of neuroendocrine cells in the murine trachea and lung 2022-Oct, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-021-03552-2 PMID:34762185	研究论文	本文研究了小鼠气管和肺中神经内分泌细胞亚群中CXCL13的表达情况	首次鉴定了在小鼠气管上皮中的孤立神经内分泌细胞中CXCL13的高表达，并指出了这些细胞在支气管相关淋巴组织形成和B细胞稳态中的潜在免疫调节作用	NA	评估CXCL13在神经内分泌细胞中的表达，并探讨其在免疫调节中的作用	小鼠气管和肺中的神经内分泌细胞	数字病理学	小细胞肺癌	RT-PCR, 免疫组化, 免疫电子显微镜, 单细胞RNA测序	NA	mRNA序列数据	小鼠气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（约70% CXCL13）和肺内支气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（<10% CXCL13）
3900	2024-08-08	Aging weakens Th17 cell pathogenicity and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2022-06, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-021-00882-3 PMID:34748200	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞图谱，发现老年小鼠的EAU症状较轻，且Th17细胞的致病性减弱。	首次详细描述了衰老对淋巴结及其相关自身免疫疾病的影响，并揭示了衰老通过下调Th17细胞的IL-23R表达和GM-CSF分泌来减轻EAU症状的机制。	NA	探讨衰老对免疫系统及实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响。	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞变化。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）样本