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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3881 | 2024-08-08 |
circRNAome profiling reveals circFgfr2 regulates myogenesis and muscle regeneration via a feedback loop
2022-02, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.12859
PMID:34811940
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研究论文 | 本研究通过环状RNA组分析揭示了circFgfr2通过反馈环路调控肌生成和肌肉再生的机制。 | 首次揭示了circFgfr2在肌生成和肌肉再生中的作用及其通过miR-133/Map3k20/JNK/Klf4反馈环路的调控机制。 | NA | 探究环状RNA在肌生成和骨骼肌发育中的动态表达、功能和机制。 | 环状RNA circFgfr2及其在肌生成和肌肉再生中的作用。 | RNA研究 | NA | RNA测序(RNA-seq)、微阵列、RT-qPCR、western blotting、双荧光素酶活性测定、RNA免疫沉淀、RNA荧光原位杂交、染色质免疫沉淀 | NA | RNA | 52,918个高可信度环状RNA,其中2916个在人、小鼠和猪中保守 | NA | NA | NA | NA |
| 3882 | 2024-08-08 |
HMGB1/Foxp1 regulates hypoxia-induced inflammatory response in macrophages
2022-Feb, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.11728
PMID:34816539
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研究论文 | 本研究探讨了高迁移率族蛋白B1(HMGB1)及其靶基因叉头框蛋白P1(Foxp1)在心肌梗死(MI)模型中巨噬细胞的炎症反应中的作用 | 首次研究了Foxp1在心肌梗死中巨噬细胞的作用,并验证了HMGB1通过下调Foxp1加剧巨噬细胞的炎症反应 | NA | 研究HMGB1和Foxp1在心肌梗死中巨噬细胞炎症反应中的作用 | 心肌梗死模型中巨噬细胞的HMGB1和Foxp1基因 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了来自GEO数据库的GSE136088数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3883 | 2024-08-08 |
Emerging Single-cell Approaches to Understand HIV in the Central Nervous System
2022-02, Current HIV/AIDS reports
IF:3.7Q2
DOI:10.1007/s11904-021-00586-7
PMID:34822063
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综述 | 本综述重点介绍了与HIV在中枢神经系统(CNS)转化研究相关的新兴单细胞测序方法,总结了CNS中HIV的有限单细胞研究,并讨论了未来HIV转化CNS研究的机会 | 利用单细胞技术的新方法在基因组、蛋白质组、转录组和表观基因组研究中提高了分辨率和深度。单细胞分析可以揭示HIV感染者CNS的扰动,并有助于揭示CNS中隐藏的HIV库的分子身份 | NA | 探讨HIV在中枢神经系统中的研究进展和未来研究方向 | HIV在中枢神经系统中的单细胞研究 | NA | HIV | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3884 | 2024-08-08 |
Pathogenic Mechanisms Underlying Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2022-01-24, Annual review of pathology
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综述 | 本文综述了特发性肺纤维化(IPF)的发病机制,涉及细胞类型和信号通路的复杂相互作用 | 近期单细胞RNA测序研究揭示了一种具有异常基底细胞特征的新型AEC,可能干扰正常的上皮修复并促进促纤维化表型 | NA | 探讨IPF的发病机制,利用新型生物信息学工具发现疾病通路、细胞特异性机制和细胞间相互作用 | 特发性肺纤维化的发病机制 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3885 | 2024-08-08 |
Peanut oral immunotherapy differentially suppresses clonally distinct subsets of T helper cells
2022-01-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI150634
PMID:34813505
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和配对的T细胞受体α/β测序,评估了12名花生过敏患者在口服免疫治疗(OIT)过程中CD154+和CD137+花生反应性辅助T细胞的转录组 | 本研究首次揭示了OIT过程中不同临床反应与花生反应性CD4+ T细胞的预先存在特征以及Th2细胞亚群的抑制之间的关系 | 本研究仅涉及12名患者,样本量较小,可能影响结果的普遍性 | 探讨口服免疫治疗(OIT)对花生过敏患者临床结果的免疫学基础 | 花生过敏患者的CD154+和CD137+花生反应性辅助T细胞 | 免疫学 | 食物过敏 | 单细胞RNA测序,T细胞受体α/β测序 | NA | 转录组数据 | 12名花生过敏患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3886 | 2024-08-08 |
Macrophage-Targeted Therapy Unlocks Antitumoral Cross-talk between IFNγ-Secreting Lymphocytes and IL12-Producing Dendritic Cells
2022-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0326
PMID:34795032
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研究论文 | 本研究评估了使用BLZ945(一种小分子CSF1R抑制剂)治疗的小鼠肺肿瘤免疫微环境,通过单细胞RNA测序和机制验证方法,揭示了CSF1R靶向治疗如何重塑CSF1R细胞景观并激活抗肿瘤细胞间的交叉对话。 | 首次展示了CSF1R靶向治疗不仅通过细胞耗竭,而是通过重塑CSF1R细胞景观来激活抗肿瘤细胞间的交叉对话,包括IFNγ产生的自然杀伤细胞和T细胞以及IL12产生的树突状细胞。 | 研究主要在动物模型中进行,其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 探讨CSF1R抑制剂在肺肿瘤免疫治疗中的作用机制。 | 小鼠肺肿瘤中的免疫细胞,特别是CSF1R细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | 免疫学 | 肺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 3887 | 2024-08-08 |
Early lung carcinogenesis and tumor microenvironment observed by single-cell transcriptome analysis
2022-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2021.101277
PMID:34800916
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究了从不吸烟患者的肺磨玻璃结节(GGN)和正常肺组织中观察到的早期肺癌发生和肿瘤微环境 | 首次揭示了肺癌细胞中与小泡处理和表面活性物质稳态相关的基因集富集,以及肿瘤微环境中免疫细胞的特定变化 | 研究样本仅来自6名从不吸烟的患者,可能限制了结果的普遍性 | 探讨早期肺癌发生过程中癌细胞特异性标志物和肿瘤微环境的变化 | 从不吸烟患者的肺磨玻璃结节和正常肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11个肺磨玻璃结节和正常肺组织样本,来自6名从不吸烟患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3888 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of Bisphenol A exposure reveals the key roles of the testicular microenvironment in male reproduction
2022-Jan, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2021.112449
PMID:34808557
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析研究了双酚A暴露对睾丸微环境的影响及其在男性生殖中的关键作用 | 首次系统分析了青春期人类睾丸中细胞类型组成的显著变化,并构建了青少年睾丸中生殖细胞与体细胞之间的细胞间通信网络 | NA | 揭示双酚A在支持细胞和男性生殖中的生殖毒性和分子机制 | 人类睾丸中的生殖细胞和体细胞 | NA | 非阻塞性无精症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3889 | 2024-08-08 |
Establishment of Trophoblast-Like Tissue Model from Human Pluripotent Stem Cells in Three-Dimensional Culture System
2022-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202100031
PMID:34813178
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研究论文 | 本文报道了从人多能干细胞(hPSCs)在三维(3D)培养系统中生成滋养层样组织模型的方法 | 该研究首次成功在体外建立了从hPSCs到3D滋养层样组织模型,这一模型能够展示微绒毛结构并分泌人胎盘特异性激素 | NA | 旨在深入理解人类早期胎盘发育的机制,并探索其在发育生物学和妊娠障碍研究中的应用潜力 | 人多能干细胞(hPSCs)及其在三维培养系统中的滋养层样组织模型 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 3D培养系统 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3890 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals How the Aryl Hydrocarbon Receptor Shapes Cellular Differentiation Potency in the Mouse Colon
2022-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-21-0378
PMID:34815312
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和高级分析策略,探讨了芳香烃受体(Ahr)在调节小鼠结肠隐窝稳态中的作用 | 本研究首次揭示了Ahr缺失对隐窝相关上皮细胞类型和亚型的促进作用,以及对单细胞熵和RNA速度长度的影响 | NA | 探讨Ahr在调节结肠隐窝稳态中的作用 | 小鼠结肠隐窝中的上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 野生型和肠道特异性Ahr敲除小鼠的结肠隐窝 | NA | NA | NA | NA |
| 3891 | 2024-08-08 |
Stem cell aging in the skeletal muscle: The importance of communication
2022-01, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2021.101528
PMID:34818593
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综述 | 本文综述了骨骼肌中卫星细胞功能衰退的分子过程及其在衰老中的作用 | 强调了单细胞测序技术在研究骨骼肌衰老中的新兴应用,特别是在卫星细胞群体异质性和与微环境中其他细胞类型的分子相互作用方面 | 文中提到的许多外在因素仍未明确 | 探讨卫星细胞在衰老过程中的功能衰退机制及其与环境的相互作用 | 骨骼肌中的卫星细胞及其在衰老中的功能衰退 | NA | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3892 | 2024-08-08 |
Effectively Clustering Single Cell RNA Sequencing Data by Sparse Representation
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3128576
PMID:34788219
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法SPARC,通过稀疏表示系数来测量细胞间的关系,并开发了一种异常值检测方法以辅助参数选择 | SPARC方法引入了一种新的相似性度量,利用每个细胞相对于其他细胞的稀疏表示系数来衡量细胞间的关系,并开发了异常值检测方法以帮助参数选择 | NA | 研究如何更有效地对单细胞RNA测序数据进行聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 十二个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3893 | 2024-08-08 |
The effects of TNF-α/TNFR2 in regulatory T cells on the microenvironment and progression of gastric cancer
2022-04-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.33873
PMID:34766338
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研究论文 | 研究探讨了TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的特征和作用 | 揭示了TNFR2 Tregs在肿瘤微环境中高浸润水平,并处于激活和效应状态,为胃癌治疗提供了新的理论基础 | NA | 探索TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的特征和作用 | TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 多色免疫荧光、单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3894 | 2024-08-08 |
Single-Cell, Single-Nucleus, and Spatial RNA Sequencing of the Human Liver Identifies Cholangiocyte and Mesenchymal Heterogeneity
2022-04, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1854
PMID:34792289
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研究论文 | 本研究通过匹配的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)分析了73,295个人类肝脏细胞的转录组景观 | 本研究首次结合scRNA-seq和snRNA-seq技术,揭示了人类肝脏中胆管细胞和间质细胞的异质性,并发现了罕见的肝脏间质细胞亚型和胆管细胞前体 | 细胞解离相关的细胞扰动可能限制了完全捕捉人类肝脏实质细胞部分的能力 | 旨在通过高分辨率转录组分析,全面描绘健康人类肝脏中的实质细胞群体 | 人类肝脏中的细胞类型及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 73,295个人类肝脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3895 | 2024-08-08 |
Fibroblast-mediated intercellular crosstalk in the healthy and diseased heart
2022-03, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14234
PMID:34787896
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综述 | 本文综述了心脏成纤维细胞在健康和疾病心脏中的细胞间交流作用 | NA | NA | 探讨成纤维细胞在心脏稳态和疾病状态中的作用 | 心脏成纤维细胞与其他心脏细胞的相互作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3896 | 2024-08-08 |
Gain-of-function mutations in RPA1 cause a syndrome with short telomeres and somatic genetic rescue
2022-02-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021011980
PMID:34767620
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研究论文 | 本文报道了RPA1基因的获得性功能突变导致一种综合征,该综合征表现为端粒缩短和体细胞遗传拯救现象 | 首次描述了由RPA1基因的获得性功能突变引起的人类疾病,并发现了体细胞遗传拯救现象 | NA | 研究RPA1基因突变对端粒生物学和临床症状的影响 | RPA1基因突变在4个无关联的短端粒综合征患者中的表现和机制 | NA | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | 4个无关联的短端粒综合征患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3897 | 2024-08-08 |
An in situ sequencing approach maps PLASTOCHRON1 at the boundary between indeterminate and determinate cells
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab533
PMID:34791481
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研究论文 | 本文优化了空间转录组学方法——原位测序(ISS),以在同一组织切片上同时共定位90个基因的转录本,并展示了其在玉米(Zea mays)茎尖顶端的应用。 | 本文首次将空间转录组学应用于植物茎尖顶端,提供了转录事件的时空序列,并展示了PLASTOCHRON1(PLA1)在不定细胞和定型细胞边界处的特异性表达。 | 本文提到的技术在分辨率和灵敏度上仍有改进空间,这可能会影响其在植物发育生物学研究中的应用。 | 研究植物茎尖顶端的分生组织中分子信号如何在离散细胞中决定叶片何时何地开始发育。 | 玉米(Zea mays)茎尖顶端的组织切片中的90个基因的转录本。 | 植物生物学 | NA | 原位测序(ISS) | NA | 转录本 | 同一组织切片上的90个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 3898 | 2024-08-08 |
bollito: a flexible pipeline for comprehensive single-cell RNA-seq analyses
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab758
PMID:34788788
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研究论文 | bollito是一个用于全面分析单细胞RNA-seq数据的自动化、灵活且可并行化的计算管道 | bollito整合了超过30种最先进的工具,涵盖了从质量控制到RNA速度分析的多个单细胞分析任务,并且其模块化设计使得易于集成其他软件包以扩展功能 | NA | 开发一个全面的单细胞RNA-seq数据分析管道 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3899 | 2024-08-08 |
Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
2022-01-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070
PMID:34793243
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术,分析了四种主要HLA I类等位基因在SARS-CoV-2感染中对CD8 T细胞反应的影响 | 首次通过单细胞多组学技术,统一体外表征了CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应,并揭示了HLA基因型对表位特异性、TCRα/β序列多样性和预存SARS-CoV-2反应性记忆T细胞池利用的关键影响 | NA | 研究HLA I类等位基因变异如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组 | 四种主要HLA I类等位基因 | NA | NA | NA | NA |
| 3900 | 2024-08-08 |
Resolving the difference between left-sided and right-sided colorectal cancer by single-cell sequencing
2022-01-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152616
PMID:34793335
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了左半和右半结直肠癌的单细胞转录组,揭示了两者在免疫细胞状态和分子特征上的差异 | 首次发现左半结直肠癌中存在一种潜在的新型RBP4+NTS+癌细胞亚群,并且左半结直肠癌中的调节性T细胞显示出更高的免疫治疗相关基因表达水平 | 研究样本量较小,仅包括6名患者,可能影响结果的普遍性 | 探究左半和右半结直肠癌在单细胞水平上的差异及其对预后的影响 | 左半和右半结直肠癌的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,927个单细胞来自3名左半和3名右半结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |