单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3801 - 3820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3801 | 2024-08-08 |
3D collagen matrices modulate the transcriptional trajectory of bone marrow hematopoietic progenitors into macrophage lineage commitment
2022-Apr, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2021.08.032
PMID:34901544
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研究论文 | 研究使用3D胶原蛋白水凝胶和胶原蛋白-海藻酸盐水凝胶来探讨造血祖细胞的行为，并揭示了3D微环境中造血祖细胞向巨噬细胞分化的转录轨迹 | 首次揭示了3D胶原蛋白水凝胶中造血祖细胞向巨噬细胞分化的独特成熟轨迹，并展示了3D巨噬细胞与其他造血群集之间基于配体-修复相互作用的增强交流 | NA | 探究外基质提供的物理信号对骨髓中造血干细胞和祖细胞命运决定的影响 | 造血祖细胞及其在3D胶原蛋白水凝胶中的行为 | 生物工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从二维和三维水凝胶中随机选择的细胞 |
| 3802 | 2024-08-08 |
Unravelling glioblastoma heterogeneity by means of single-cell RNA sequencing
2022-02-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2021.12.008
PMID:34902524
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了胶质母细胞瘤的异质性，并构建了一个更强大的统一知识库 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的隐藏组成，包括患者间异质性、肿瘤内组织、癌症干细胞多样性、克隆马赛克现象和肿瘤微环境 | NA | 深入理解塑造胶质母细胞瘤病理生物学的多样性 | 胶质母细胞瘤的异质性 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及多个患者和肿瘤样本 |
| 3803 | 2024-08-08 |
scShaper: an ensemble method for fast and accurate linear trajectory inference from single-cell RNA-seq data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab831
PMID:34888622
|
研究论文 | 本文介绍了scShaper，一种用于单细胞RNA测序数据快速准确线性轨迹推断的集成方法 | scShaper通过集成方法生成基于一组离散伪时间的连续平滑伪时间，能够推断多种三角函数轨迹，包括常用主曲线方法失败的轨迹 | NA | 开发更准确、更具泛化能力的细胞分化动态过程轨迹推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹推断 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成方法 | RNA测序数据 | 多种三角函数轨迹数据 |
| 3804 | 2024-08-08 |
On the relation between input and output distributions of scRNA-seq experiments
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab841
PMID:34908126
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序实验中输入和输出分布之间的关系 | 提出了一个包含PCR扩增和测序的单细胞RNA测序模型，并推导了给定输入分布的输出分布的概率分布函数 | NA | 研究单细胞RNA测序中的技术噪声如何影响观察到的分布与细胞内分布之间的关系 | 单细胞RNA测序实验中的RNA拷贝数分布 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3805 | 2024-08-08 |
Capillary Endothelial Insulin Transport: The Rate-limiting Step for Insulin-stimulated Glucose Uptake
2022-02-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqab252
PMID:34908124
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研究论文 | 本文探讨了胰岛素从微循环到肌肉间质的运输过程，特别是毛细血管内皮对胰岛素运输的限制作用 | 本文提出了胰岛素通过内皮细胞囊泡运输可能是主要的运输途径，并指出了胰岛素受体在肌肉毛细血管中不表达的发现 | 本文指出了在理解跨内皮胰岛素运输过程中的争议和实验方法的挑战 | 研究胰岛素在肌肉中的运输机制及其对胰岛素抵抗的影响 | 研究对象包括毛细血管内皮细胞和肌肉组织 | NA | 胰岛素抵抗 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 3806 | 2024-08-08 |
Sequencing of a Chinese tetralogy of Fallot cohort reveals clustering mutations in myogenic heart progenitors
2022-01-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152198
PMID:34905512
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research paper | 本研究对146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体进行了全基因组测序分析，并与欧洲队列数据进行比较，揭示了TOF发病机制中的基因突变热点。 | 通过整合单细胞和空间转录组学数据，发现了与TOF相关的候选基因在心肌前体细胞中的表达富集，以及在心肌细胞分化轨迹中的特定基因共表达模块。 | NA | 揭示法洛四联症（TOF）的遗传机制及其对早期心脏发育的影响。 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体。 | digital pathology | 先天性心脏病 | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体 |
| 3807 | 2024-08-08 |
Tumor immune microenvironment lncRNAs
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab504
PMID:34891154
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综述 | 本文综述了长非编码RNA（lncRNA）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的细胞类型特异性表达及其调控功能，并强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究这些特异性功能中的作用 | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决细胞类型特异性lncRNA功能发现中的潜力 | 目前大多数lncRNA研究依赖于批量RNA测序数据，这限制了对细胞类型特异性lncRNA功能的发现 | 探讨lncRNA在肿瘤和免疫细胞中的特异性表达，并总结其在细胞类型层面的调控功能 | 肿瘤免疫微环境中的长非编码RNA（lncRNA） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 3808 | 2024-08-08 |
scIAE: an integrative autoencoder-based ensemble classification framework for single-cell RNA-seq data
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab508
PMID:34913057
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研究论文 | 本文提出了一种基于集成学习的自编码器框架scIAE，用于单细胞RNA测序数据的分类 | scIAE框架通过集成多个随机投影和综合可分解的自编码器，有效处理了单细胞基因表达数据的高维度和稀疏性问题 | NA | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和疾病状态预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 3809 | 2024-08-08 |
Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing
2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100581
PMID:34911770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术重新评估经典T细胞亚群，并识别出新的细胞亚群 | 发现并命名了一种新型T细胞亚群——IFN信号相关基因高表达T细胞（ISAG T细胞），并证明了ISAGs是该细胞亚群的主要贡献者 | NA | 探索单细胞RNA测序聚类群体与细胞表面标记定义的经典T细胞亚群之间的关系 | 人类外周血单个核细胞（PBMCs）中的T细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 62,235个单细胞转录组 |
| 3810 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals abnormal fluctuations in human eight-cell embryos associated with blastocyst formation failure
2022-01-04, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaab069
PMID:34904654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类八细胞胚胎的基因表达，特别是那些未能形成囊胚的胚胎 | 首次揭示了人类八细胞胚胎中与囊胚形成失败相关的异常基因表达模式 | 研究样本量较小，且依赖于数据库中的共享数据 | 探究人类早期胚胎发育中导致发育停滞的分子机制 | 人类八细胞胚胎及其发育潜力 | NA | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 3811 | 2024-08-08 |
Advances in single-cell sequencing and its application to musculoskeletal system research
2022-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13161
PMID:34888976
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肌肉骨骼系统研究中的应用及其最新进展 | 单细胞测序技术能够分析单个细胞的异质性，推动了多组学研究的发展 | 文章讨论了单细胞测序技术面临的挑战和未来发展潜力 | 探讨单细胞测序技术在肌肉骨骼医学中的应用前景 | 肌肉骨骼系统的细胞或组织异质性研究 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 3812 | 2024-08-08 |
CAMML: Multi-Label Immune Cell-Typing and Stemness Analysis for Single-Cell RNA-sequencing
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890149
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAMML的新型单细胞RNA测序细胞类型分类方法，该方法利用细胞类型特异性加权基因集对每个细胞进行评分，支持单标签和多标签分类 | CAMML方法能够处理免疫微环境中细胞类型重叠的问题，支持多标签分类，相较于现有方法具有更强的适应性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序细胞类型分类方法，以解决细胞类型重叠和数据稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3813 | 2024-08-08 |
Identifying Cell Type-Specific Chemokine Correlates with Hierarchical Signal Extraction from Single-Cell Transcriptomes
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890154
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研究论文 | 本文通过结合信号提取神经网络架构和公理化特征归因，基于单细胞基因表达谱对组织样本进行分类 | 提出的方法不仅可解释，而且对噪声具有鲁棒性，仅需要5%的基因和23%的细胞即可在模拟组织样本中以超过70%的准确率区分信号与噪声 | NA | 旨在识别与特定标签相关的细胞和基因子集 | 单细胞转录组数据中的细胞类型特异性趋化因子相关性 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 在模拟组织样本中需要5%的基因和23%的细胞 |
| 3814 | 2024-08-08 |
CloudPred: Predicting Patient Phenotypes From Single-cell RNA-seq
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890161
|
研究论文 | 本文开发了一种可解释的机器学习算法CloudPred，用于从单细胞RNA测序数据中预测个体的疾病表型 | CloudPred通过一种新颖的端到端可微学习算法，结合生物学上合理的细胞类型混合模型，自动推断对表型重要的细胞亚群，无需先验注释 | NA | 开发一种新的机器学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中预测临床表型并识别相关细胞 | 单细胞RNA测序数据和疾病表型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 可微学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 142名狼疮患者和对照组 |
| 3815 | 2024-08-08 |
A Compass to Guide Insights into TH17 Cellular Metabolism and Autoimmunity
2022, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20220001
PMID:34900348
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和代谢图谱数据，探讨了TH17细胞代谢及其在自身免疫和慢性炎症中的作用 | 本文首次强调了多胺途径在调节TH17/Treg细胞功能中的关键作用，并提出其作为治疗靶点的潜力 | NA | 研究TH17细胞代谢及其在自身免疫疾病中的作用 | TH17细胞和Treg细胞的代谢差异 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 代谢图谱数据 | NA |
| 3816 | 2024-08-08 |
Spatial genomics enables multi-modal study of clonal heterogeneity in tissues
2022-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04217-4
PMID:34912115
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研究论文 | 本文开发了一种名为slide-DNA-seq的方法，用于从完整组织切片中捕获空间解析的DNA序列，并展示了该方法在保留局部肿瘤结构和发现不同肿瘤克隆及其拷贝数变异方面的应用 | 开发了一种新的空间基因组学方法slide-DNA-seq，能够准确测量基因组序列的空间位置及其表型输出，为研究细胞内和细胞外因素对基因表达和细胞表型的贡献提供了多功能平台 | NA | 研究细胞内和细胞外因素如何影响基因表达、蛋白质丰度和其他细胞表型 | 肿瘤克隆及其拷贝数变异，以及它们与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | NA | slide-DNA-seq | NA | 基因组序列 | 包括小鼠转移模型和人类原发性癌症样本 |
| 3817 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals that BMPR2 mutation regulates right ventricular function via ID genes
2022-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00327-2021
PMID:34857612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了BMPR2突变通过ID基因调控右心室功能 | 首次揭示了BMPR2信号通过ID和USP9X调控心脏分化，并发现ID1和ID3表达缺失导致CHD-PAH患者心肌细胞功能障碍 | NA | 旨在阐明BMPR2信号是否通过下游效应器ID蛋白在心脏发育过程中作用，从而促进CHD-PAH患者的PAH进展 | BMPR2突变对右心室功能的影响及ID基因的作用 | 数字病理学 | 先天性心脏病相关肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 25只心脏特异性Id 1/3敲除小鼠，12只发展出轻度PAH；ID1和ID3双敲除人类胚胎干细胞 |
| 3818 | 2024-08-08 |
Toxicity of perfluorooctanoic acid on zebrafish early embryonic development determined by single-cell RNA sequencing
2022-04-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2021.127888
PMID:34862108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了全氟辛酸（PFOA）对斑马鱼早期胚胎发育的影响 | 首次详细报告了PFOA如何影响斑马鱼胚胎发育中不同细胞群体，并识别了受影响的特定细胞群体 | NA | 研究PFOA对斑马鱼早期胚胎发育的毒性影响 | 斑马鱼胚胎在2-30小时pf（受精后小时）期间暴露于1-100 μg/L的PFOA | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 斑马鱼胚胎在2-30小时pf期间暴露于不同浓度的PFOA |
| 3819 | 2024-08-08 |
Isocitrate dehydrogenase mutations are associated with altered IL-1β responses in acute myeloid leukemia
2022-04, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-021-01487-9
PMID:34857894
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研究论文 | 本研究探讨了异柠檬酸脱氢酶2（IDH2）突变对急性髓系白血病细胞内信号传导的影响 | 首次展示了IDH2突变细胞对IL-1β的增强反应，并确认了这一信号通路作为潜在治疗靶点的可能性 | NA | 研究IDH2突变对急性髓系白血病细胞内信号传导的影响 | IDH2突变细胞及其对IL-1β的反应 | NA | 急性髓系白血病 | 磷酸特异性流式细胞术和质谱细胞术 | NA | RNA序列 | NA |
| 3820 | 2024-08-08 |
Inflammatory molecular endotypes of nasal polyps derived from White and Japanese populations
2022-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.11.017
PMID:34863854
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研究论文 | 本文通过全转录组和单细胞RNA基因表达分析，研究了白人和日本人群中鼻息肉的炎症分子亚型差异 | 首次通过全转录组和单细胞RNA测序技术，分析了不同种族和地理区域的鼻息肉炎症特征差异 | 研究样本仅限于居住在美国的白人和居住在日本的日本患者，可能无法完全代表所有种族和地理区域 | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉在不同种族和地理区域中的炎症特征差异 | 白人和日本患者的鼻息肉组织 | 数字病理学 | 鼻窦炎 | 全转录组RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8名白人患者和9名日本患者，以及46名白人和31名日本患者的独立验证集 |