单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-09-02	Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology 2022-Jul, Evolutionary applications IF:3.5Q1 DOI:10.1111/eva.13424 PMID:35899258	研究论文	本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。	发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。	文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。	探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。	NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。	NA	甲状腺疾病	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本
362	2024-08-08	Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage 2022-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.951 PMID:35859355	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
363	2024-09-02	Single-cell roadmap of human gonadal development 2022-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04918-4 PMID:35794482	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析和荧光显微镜技术，生成了第一和第二孕期人类性腺的综合图谱，并提取了控制生殖细胞和体细胞谱系发育的人类特异性调控程序。	本文首次提供了人类和鼠类性腺分化的时间和空间综合图谱，有助于体外性腺发生研究。	NA	研究人类性腺发育的复杂过程及其调控机制。	人类和鼠类的性腺发育过程。	数字病理学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜	NA	转录组数据	第一和第二孕期的人类性腺组织
364	2024-09-02	The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells 2022-06-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860 PMID:35405431	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增	首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同	研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性	识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应	神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞	免疫学	神经类肉瘤	单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
365	2024-09-02	Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer 2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde IF:2.4Q2 DOI:10.1055/a-1811-6106 PMID:35903719	综述	本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用	介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用	对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确	总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新	早期乳腺癌患者及其治疗	NA	乳腺癌	空间基因表达分析（spatial transcriptomics）	NA	基因表达数据	NA
366	2024-09-02	Alignment and integration of spatial transcriptomics data 2022-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01459-6 PMID:35577957	研究论文	本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据	PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐	NA	开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据	空间转录组数据的对齐和整合	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	数千个来自组织切片的斑点
367	2024-09-02	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus 2022-04-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1970 PMID:35389781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联	首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射	NA	探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联	系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（mux-seq）	NA	基因表达数据	162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞
368	2024-09-02	Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.873923 PMID:35872784	研究论文	本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用	首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解	研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏	深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性	小鼠和人类的正常肾脏	数字病理学	NA	空间转录组测序（ST-seq）	NA	转录组数据	6只小鼠和4个人类肾脏
369	2024-09-02	Theories, laws, and models in evo-devo 2022-01, Journal of experimental zoology. Part B, Molecular and developmental evolution DOI:10.1002/jez.b.23096 PMID:34570438	综述	本文回顾了进化发育生物学（evo-devo）中的一些理论、模型和定律，包括历史上的重演理论、原型理论以及新的框架移位理论、发育工具箱、ABC模型等	文章提出了对von Baer定律的重新审视以及对时钟模型修正的可能性，并探讨了利用高通量测序数据发展新理论和模型的前景	文章指出evo-devo中所谓的“定律”实际上只是特定谱系趋势的概括，且“体计划”作为一种原型，其科学意义常被忽视	探讨和总结进化发育生物学中的理论、模型和定律，并展望未来的发展方向	进化发育生物学中的理论、模型和定律	NA	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	NA	NA
370	2024-09-01	Spatiotemporal transcriptome analysis reveals critical roles for mechano-sensing genes at the border zone in remodeling after myocardial infarction 2022-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00140-7 PMID:39195917	研究论文	本研究通过综合分析空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）在小鼠心肌梗死模型中的应用，揭示了机械应力反应基因在心肌梗死后左心室重塑中的关键作用	本研究首次综合利用空间转录组学和snRNA-seq技术，揭示了机械感应基因在心肌梗死边界区域的作用，为理解心肌梗死后心室重塑的分子机制提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨心肌梗死后心室重塑的分子机制	心肌梗死后的心室重塑过程	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠心肌梗死模型
371	2024-09-01	Establishment of a reference single-cell RNA sequencing dataset for human pancreatic adenocarcinoma 2022-Aug-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104659 PMID:35847558	研究论文	本文构建了一个人类胰腺导管腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据集，并展示了其在重分析先前的批量转录组队列和推断细胞间通信中的应用	本文构建了一个包含超过70个样本和13万多个细胞的PDAC单细胞图谱，并展示了其在研究肿瘤微环境和细胞异质性中的应用	NA	建立一个参考的单细胞RNA测序数据集，用于研究胰腺导管腺癌的肿瘤微环境和细胞异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性和微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过70个样本和13万多个细胞
372	2024-09-01	Lessons from single-cell RNA sequencing of human islets 2022-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-022-05699-1 PMID:35482056	研究论文	本文总结了单细胞RNA测序（scRNAseq）在增进对胰岛生物学及2型糖尿病发病机制理解方面的贡献，并探讨了面临的挑战及未来发展方向	scRNAseq技术在解析每个胰岛细胞类型的转录组方面取得了突破，有助于揭示细胞类型特异性基因表达的调控机制	scRNAseq技术成本极高，低水平表达的基因可能无法被检测，噪声可能未得到适当过滤，且存在对某些细胞类型的选择偏差。此外，常用的计算工具可能不适用于小规模研究的scRNAseq数据分析	增进对胰岛作为器官的理解，并可能促进2型糖尿病治疗的改进	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的功能	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
373	2024-09-01	Single-cell transcriptome analysis of embryonic and adult endothelial cells allows to rank the hemogenic potential of post-natal endothelium 2022-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16127-0 PMID:35842474	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析比较了胚胎和成年内皮细胞，探讨了成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力	发现了成年内皮细胞与胚胎内皮细胞在转录因子表达上的关键差异，并确定了胰腺、大脑、肾脏和肝脏内皮细胞作为细胞重编程为造血干细胞的最合适目标	缺乏合适的供体是造血干细胞移植的主要限制	探讨成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力，为造血干细胞的生成提供重编程策略	胚胎和成年内皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
374	2024-09-01	R-SPONDIN2+ mesenchymal cells form the bud tip progenitor niche during human lung development 2022-07-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.010 PMID:35679862	研究论文	研究探讨了人类肺发育过程中R-SPONDIN2+间充质细胞在芽尖前体细胞微环境中的作用	首次鉴定出在人类肺发育期间表达WNT激动剂RSPO2的间充质细胞群，并发现其与芽尖前体细胞中的RSPO2受体LGR5的表达富集相关	NA	揭示人类肺发育过程中间充质细胞的异质性和功能	人类肺发育中的间充质细胞和芽尖前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多个人类肺样本
375	2024-09-01	Cross-tissue, single-cell stromal atlas identifies shared pathological fibroblast phenotypes in four chronic inflammatory diseases 2022-07-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2022.05.002 PMID:35649411	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，识别了四种慢性炎症疾病中共有的病理成纤维细胞表型	首次构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，揭示了四种慢性炎症疾病中共有的病理激活状态	研究仅限于四种慢性炎症疾病，可能无法完全代表所有慢性炎症疾病的情况	识别和理解多种慢性炎症疾病中共有的成纤维细胞表型和病理途径	来自炎症和非炎症滑膜、肠道、肺和唾液腺的成纤维细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自受影响个体的炎症和非炎症组织的成纤维细胞
376	2024-09-01	Joint dimension reduction and clustering analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data 2022-07-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac219 PMID:35349708	研究论文	本文开发了一种名为DR-SC的计算方法，能够在统一框架内同时进行降维和（空间）聚类分析	DR-SC方法通过联合分析，产生准确的空间聚类结果并有效提取生物学上有意义的低维特征	NA	开发一种新的计算方法，以同时进行单细胞RNA-seq和空间转录组数据的空间聚类和降维分析	单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	隐马尔可夫随机场模型	转录组数据	适用于大规模样本
377	2024-09-01	PU.1 and MYC transcriptional network defines synergistic drug responses to KIT and LSD1 inhibition in acute myeloid leukemia 2022-07, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-022-01594-1 PMID:35590033	研究论文	本文研究了急性髓系白血病（AML）中KIT和LSD1抑制剂联合治疗的协同效应	首次报道了KIT和LSD1联合抑制在KIT突变AML细胞系和患者样本中产生协同细胞死亡的效果	需要临床试验来评估KIT和LSD1抑制在患者中的实际疗效	探讨KIT和LSD1联合抑制在急性髓系白血病治疗中的协同作用	KIT突变的急性髓系白血病细胞系和患者样本	NA	急性髓系白血病	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag	NA	细胞	KIT突变的AML细胞系和患者样本
378	2024-09-01	Lymph node fibroblastic reticular cells preserve a tolerogenic niche in allograft transplantation through laminin α4 2022-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156994 PMID:35775481	研究论文	研究探讨了淋巴结（LN）成纤维网状细胞（FRCs）通过产生层粘连蛋白α4（Lama4）在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	首次揭示了FRC-Lama4在维持淋巴结耐受性微环境中的关键作用，并提出其作为免疫工程治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步在人类中验证其效果	探究FRC-Lama4在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	淋巴结成纤维网状细胞（FRCs）和层粘连蛋白α4（Lama4）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	使用FRC-Lama4条件性敲除Pdgfrb-Cre-/- × Lama4fl/fl小鼠进行研究
379	2024-09-01	How genetic risk contributes to autoimmune liver disease 2022-07, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00950-8 PMID:35650446	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）和全基因组元分析（GWMA）探讨了自身免疫性肝病（AILDs）的遗传风险，并分析了遗传风险变异对肝脏细胞及其免疫微环境的影响	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验和基因组范围内的比较分析，为理解遗传风险变异在肝脏驻留免疫细胞和肝脏细胞亚群中的作用提供了新的视角	基于当前全基因组数据的多元遗传风险评分（PRSs）在预测个体疾病风险方面的潜力有限	探讨遗传风险如何影响自身免疫性肝病的发病机制	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）	遗传学	自身免疫性疾病	全基因组关联研究（GWAS）、全基因组元分析（GWMA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	约100个易感位点
380	2024-09-01	Microglia Phenotypes in Aging and Neurodegenerative Diseases 2022-06-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11132091 PMID:35805174	综述	本文综述了在健康、衰老和神经退行性疾病中微胶质细胞表型和炎症反应的当前研究	强调了微胶质细胞在急性和慢性疾病中的异质性表型反应，并探讨了潜在的治疗靶点	NA	全面概述微胶质细胞在不同病理状态下的表型和炎症反应	微胶质细胞在健康、衰老和神经退行性疾病中的表型和炎症反应	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA