单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3741 - 3760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3741 | 2024-08-08 |
Obesity modulates cell-cell interactions during ovarian folliculogenesis
2022-Jan-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103627
PMID:35005562
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了肥胖如何影响卵巢卵泡细胞及其相互作用 | 首次系统揭示了肥胖条件下卵巢卵泡细胞亚群的变化及其相互作用机制 | NA | 探究肥胖对卵巢卵泡发生过程中细胞间相互作用的影响 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型中的卵巢卵泡细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型 |
| 3742 | 2024-08-08 |
SARS-CoV-2 reactive and neutralizing antibodies discovered by single-cell sequencing of plasma cells and mammalian display
2022-01-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110242
PMID:34998467
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞抗体谱测序和哺乳动物展示的技术流程，用于研究16名康复患者血浆细胞的特异性，并发现针对SARS-CoV-2抗原的高亲和力中和抗体 | 首次利用单细胞测序和哺乳动物展示技术研究血浆细胞的特异性，并发现了一系列针对SARS-CoV-2的高亲和力中和抗体 | NA | 研究SARS-CoV-2感染后血浆细胞的特异性及其产生的中和抗体 | SARS-CoV-2感染的康复患者血浆细胞及其产生的中和抗体 | 生物技术 | COVID-19 | 单细胞测序，哺乳动物展示 | NA | 抗体谱 | 16名康复患者 |
| 3743 | 2024-08-08 |
Dense functional and molecular readout of a circuit hub in sensory cortex
2022-Jan-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abl5981
PMID:34990233
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研究论文 | 本文通过结合双光子钙成像和空间转录组学技术，研究了初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类的行为相关反应，并探讨了分子分类与功能角色的关系。 | 本文首次识别了一种名为Baz1a的兴奋性内丘脑细胞类型，该细胞类型具有高度的触觉特征选择性，并能在家养状态下维持刺激反应性。 | NA | 探讨分子分类是否能预测不同的功能角色 | 初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类 | 数字病理学 | NA | 双光子钙成像，空间转录组学 | NA | 图像 | 小鼠 |
| 3744 | 2024-08-08 |
Stress conditions promote Leishmania hybridization in vitro marked by expression of the ancestral gamete fusogen HAP2 as revealed by single-cell RNA-seq
2022-01-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73488
PMID:34994687
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研究论文 | 本文研究了在DNA损伤压力条件下，利什曼原虫在体外培养中混合的能力增强，并通过单细胞RNA测序揭示了与祖先配子融合蛋白HAP2表达相关的转录组特征。 | 首次展示了在DNA损伤压力下，利什曼原虫在体外培养中混合效率的显著提高，并扩展到其他物种，能够生成种内和种间杂交体。 | NA | 研究利什曼原虫在体外培养中混合的能力及其转录组特征。 | 利什曼原虫的混合能力和相关基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及L747和MA37两个亲本系的单细胞RNA测序 |
| 3745 | 2024-08-08 |
Three tissue resident macrophage subsets coexist across organs with conserved origins and life cycles
2022-Jan-07, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf7777
PMID:34995099
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和随机森林模型，揭示了小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中存在三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们的起源和生活周期 | 首次揭示了三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群在多个器官中的存在，并阐明了它们的生活周期和基因特征 | NA | 探讨不同组织中巨噬细胞亚群的关系及其生活周期和基因特征 | 小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中的组织驻留巨噬细胞亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因表达数据 | 涉及17个组织的小鼠样本和人类单细胞RNA测序数据 |
| 3746 | 2024-08-08 |
A novel graph-based k-partitioning approach improves the detection of gene-gene correlations by single-cell RNA sequencing
2022-Jan-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-08235-4
PMID:34996359
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图的k-分区方法，通过合并转录组学上相似的细胞来减少单细胞RNA测序数据中的“dropout”效应，从而提高基因间相关性的检测 | 提出了一种新颖的基于图的k-分区方法，通过合并转录组学上相似的细胞来减少单细胞RNA测序数据中的零值，从而恢复基因间的相关性 | NA | 旨在通过一种新颖的基于图的k-分区方法，减少单细胞RNA测序数据中的“dropout”效应，从而检测基因间的共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因间相关性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图算法 | 转录组数据 | 涉及三个独立的单细胞RNA测序数据集，其中一个数据集包含85对相关基因和100个集群 |
| 3747 | 2024-08-08 |
Single cell analysis reveals inhibition of angiogenesis attenuates the progression of heterotopic ossification in Mkx-/- mice
2022-Jan-07, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-021-00175-9
PMID:34996891
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了抑制血管生成可以减轻Mkx-/-小鼠异位骨化的进展 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了异位骨化中血管生成基因表达程序的激活，并证明了抑制血管生成可以作为治疗异位骨化的新策略 | NA | 研究异位骨化的病理机制并提出潜在的治疗方法 | 人类肌腱异位骨化组织和Mkx小鼠肌腱 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Mkx小鼠肌腱，Mkx突变小鼠和创伤性异位骨化大鼠模型 |
| 3748 | 2024-08-08 |
Discovering cell types using manifold learning and enhanced visualization of single-cell RNA-Seq data
2022-01-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-03613-0
PMID:34996927
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研究论文 | 本文介绍了一种结合非线性降维技术和聚类算法的方法，用于识别不同细胞类型的代表性聚类，并通过评估不同降维技术与聚类的组合在十三种公开的scRNA-seq数据集上的表现，进一步进行了基因集富集分析以评估所提出方法的性能。 | 本文引入了结合非线性降维技术和聚类算法的方法，通过改进的局部线性嵌入与独立成分分析的组合，在不同数据集上相对于现有无监督方法取得了最佳的整体性能。 | NA | 识别与疾病相关的目标细胞类型，以促进疾病研究。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型。 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 非线性降维技术与聚类算法 | 基因表达数据 | 十三种不同组织、大小和技术的公开scRNA-seq数据集 |
| 3749 | 2024-08-08 |
scDIOR: single cell RNA-seq data IO software
2022-Jan-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04528-3
PMID:34991457
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research paper | 本文介绍了一种名为scDIOR的软件，用于在R和Python平台之间进行单细胞RNA-seq数据转换 | scDIOR通过HDF5格式实现了跨平台的数据转换，支持多种数据类型，并能在IDE或命令行界面中使用少量代码进行快速操作 | NA | 开发一种高效且用户友好的软件，用于解决R和Python平台间单细胞组学数据转换的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq和空间解析转录组学数据 | NA |
| 3750 | 2024-08-08 |
Integrating pathway knowledge with deep neural networks to reduce the dimensionality in single-cell RNA-seq data
2022-Jan-03, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-021-00285-4
PMID:34980200
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研究论文 | 本文提出了一种结合通路知识的深度神经网络，用于降低单细胞RNA测序数据的维度，并提高结果的可解释性 | 将通路知识与深度神经网络结合，提供了一种生物学上有意义的单细胞RNA测序数据表示方法 | NA | 旨在通过结合通路知识和深度神经网络，提高单细胞RNA测序数据分析的可解释性和准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 数千个人类和小鼠细胞 |
| 3751 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a pro-invasive cancer-associated fibroblast subgroup associated with poor clinical outcomes in patients with gastric cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.60540
PMID:34976204
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群及其在肿瘤微环境中的动态交流 | 发现了四种具有不同特性的CAF亚群，并揭示了它们与肿瘤微环境中免疫细胞亚群的相互作用 | NA | 深入理解胃癌中CAF亚群的分类、功能、激活阶段和空间分布，以推动针对CAFs的转化研究 | 胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8对胃癌和邻近黏膜样本 |
| 3752 | 2024-08-08 |
Antigen presentation and interferon signatures in B cells driven by localized ablative cancer immunotherapy correlate with extended survival
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.65773
PMID:34976205
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研究论文 | 研究通过结合光热疗法和免疫刺激剂N-二氢半乳糖基壳聚糖的局部消融免疫疗法，探讨了B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了局部消融免疫疗法对B细胞的激活作用，并发现了与延长生存期相关的免疫反应和抗原呈递基因表达模式。 | 研究主要在鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证结果。 | 探讨局部消融免疫疗法对B细胞激活的影响及其在乳腺癌治疗中的潜在应用。 | B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠模型中的B细胞 |
| 3753 | 2024-08-08 |
Mitochondrial STAT3 exacerbates LPS-induced sepsis by driving CPT1a-mediated fatty acid oxidation
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.63751
PMID:34976224
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研究论文 | 研究揭示了线粒体STAT3通过诱导CPT1a稳定化介导的脂肪酸氧化在LPS诱导的脓毒症中的作用 | 首次发现线粒体STAT3在巨噬细胞中通过调节CPT1a的稳定性和脂肪酸氧化加剧LPS诱导的脓毒症 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证 | 探讨线粒体STAT3在LPS诱导的脓毒症中的功能及其机制 | 线粒体STAT3在巨噬细胞中的作用及其对脂肪酸氧化的影响 | NA | 脓毒症 | 流式细胞术, 免疫荧光染色, 代谢分析, 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 质谱分析, ChIP实验 | NA | RNA, 蛋白质 | 诱导性线粒体STAT3敲入小鼠模型 |
| 3754 | 2024-08-08 |
Advancement of Single-Cell Sequencing in Medulloblastoma
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1952-0_7
PMID:34978689
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研究论文 | 本文介绍了单细胞测序技术在脑癌中的应用及其进展 | 单细胞测序技术从手动方法发展到自动化，为肿瘤学领域提供了新的见解 | NA | 探讨单细胞测序技术在脑癌研究中的应用 | 单细胞测序技术及其在脑癌中的应用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和多组学数据 | 小规模和商业平台 |
| 3755 | 2024-08-08 |
Correction: SDImpute: A statistical block imputation method based on cell-level and gene-level information for dropouts in single-cell RNA-seq data
2022-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009770
PMID:34986151
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3756 | 2024-08-08 |
Role of synovial fibroblast subsets across synovial pathotypes in rheumatoid arthritis: a deconvolution analysis
2022-01, RMD open
IF:5.1Q1
DOI:10.1136/rmdopen-2021-001949
PMID:34987094
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研究论文 | 本研究通过整合已发表的单细胞RNA测序数据和未发表的内部数据，评估了不同滑膜成纤维细胞亚群对早期未治疗关节炎中滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 本研究揭示了滑膜病理类型与滑膜成纤维细胞亚型之间的先前未探索的关联，为个性化治疗提供了新的见解 | NA | 评估滑膜成纤维细胞亚群在早期未治疗关节炎中对滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 滑膜成纤维细胞亚群及其在不同滑膜病理类型中的分布和作用 | 数字病理学 | 风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 87名早期未治疗关节炎患者 |
| 3757 | 2024-08-08 |
Decoding gene regulation in the fly brain
2022-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04262-z
PMID:34987221
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研究论文 | 本文通过单细胞染色质可及性分析和单细胞转录组数据整合，研究了果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 本文利用DeepFlyBrain揭示了增强子结构，为理解神经元调控多样性提供了新的视角，并可用于设计特定时间点的细胞类型的遗传驱动线 | NA | 研究果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 果蝇大脑中的神经元和胶质细胞类型及其基因调控网络 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析，三维形态分类，电子显微镜连接组映射 | DeepFlyBrain | 单细胞染色质可及性数据，单细胞转录组数据 | 240,919个单细胞，跨越9个发育时间点 |
| 3758 | 2024-08-08 |
CRISPRi links COVID-19 GWAS loci to LZTFL1 and RAVER1
2022-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103806
PMID:34998241
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研究论文 | 本研究利用CRISPRi技术分析了与COVID-19疾病严重程度相关的基因组位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 首次通过CRISPRi技术验证了COVID-19 GWAS位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的调控作用 | 研究主要集中在肺上皮细胞，可能无法完全代表所有受影响的细胞类型 | 确定与COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异如何影响邻近基因的表达 | COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异及其对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 基因组学 | COVID-19 | CRISPRi | NA | RNA-seq | 涉及人类和猴子的肺单核/细胞样本 |
| 3759 | 2024-08-08 |
Landscape of cancer-associated fibroblasts identifies the secreted biglycan as a protumor and immunosuppressive factor in triple-negative breast cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.2020984
PMID:35003899
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研究论文 | 研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用，并鉴定出分泌型蛋白biglycan作为促肿瘤和免疫抑制因子 | 首次在TNBC中详细探讨了CAFs与肿瘤细胞及免疫细胞的相互作用，并发现了biglycan作为新的促肿瘤和免疫抑制因子 | 研究主要集中在CAFs和biglycan的作用，对其他潜在的免疫调节因子的探索有限 | 探讨CAFs在TNBC中的作用及潜在的介导因子 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）、三阴性乳腺癌（TNBC）、biglycan蛋白 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、细胞培养介质 | 包括来自正常和肿瘤样本的初级成纤维细胞，以及TNBC队列中的CAFs |
| 3760 | 2024-08-08 |
Transcriptomes of MPO-Deficient Patients with Generalized Pustular Psoriasis Reveals Expansion of CD4+ Cytotoxic T Cells and an Involvement of the Complement System
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.12.021
PMID:34973310
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和RNA测序分析了MPO缺陷患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和中性粒细胞的转录组，揭示了CD4+细胞毒性T细胞的扩增和补体系统的参与 | 首次系统分析了MPO基因型对中性粒细胞和PBMC亚群及其差异基因表达的影响 | 未来的研究需要评估受影响的细胞类型和通路对泛发性脓疱型银屑病发病机制的贡献，并探讨这些发现是否可转移到急性表皮情况 | 研究MPO缺陷患者中泛发性脓疱型银屑病的免疫细胞变化及其分子机制 | MPO缺陷患者的PBMCs和中性粒细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |