单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3701 - 3720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3701 | 2024-08-08 |
A comprehensive comparison of supervised and unsupervised methods for cell type identification in single-cell RNA-seq
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab567
PMID:35021202
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研究论文 | 本研究对比了监督学习和无监督学习方法在单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的表现 | 研究不仅解释了不同实验设置下细胞类型识别方法的行为，还提供了根据科学目标和数据特性选择方法的一般指导 | 监督方法的优越性可能会被研究中调查的一些不良数据特性所削弱，导致参考数据集不具信息性和偏倚 | 评估监督和无监督方法在单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的表现 | 8种监督方法和10种无监督方法在14个公共单细胞RNA测序数据集上的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个不同组织、测序协议和物种的公共单细胞RNA测序数据集 |
| 3702 | 2024-08-08 |
Host T Cell Dedifferentiation Effects Drive HIV-1 Latency Stability
2022-03-09, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01974-21
PMID:35019721
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研究论文 | 本文研究了HIV-1潜伏感染的T细胞中的转录组异质性，并揭示了这些细胞表现出一种去分化表型，类似于造血干细胞，这种表型对HIV-1潜伏稳定性有影响。 | 本文首次揭示了HIV-1潜伏感染的T细胞去分化表型，并提供了数据挖掘和软件集成方法来识别药物靶点，以重新分化病毒宿主细胞，从而破坏HIV-1潜伏感染。 | 本文的局限性在于对控制机制的理解仍然有限，需要进一步研究以完全理解这些机制。 | 研究HIV-1潜伏感染的生物分子机制，以开发治愈性治疗干预措施。 | HIV-1潜伏感染的T细胞及其去分化表型。 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自患者的HIV-1潜伏感染的T细胞 |
| 3703 | 2024-08-08 |
A chemoresistance lncRNA signature for recurrence risk stratification of colon cancer patients with chemotherapy
2022-Mar-08, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2021.12.015
PMID:35036055
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研究论文 | 本研究通过分析公共数据库中的长非编码RNA表达谱，识别出55种化疗特异性的长非编码RNA，并构建了一个名为CRLSig的化疗抵抗lncRNA特征，用于区分结肠癌化疗患者的无复发生存率。 | 首次构建了一个化疗抵抗lncRNA特征（CRLSig），能够有效区分结肠癌化疗患者的复发风险。 | NA | 开发一种新的分子标志物，用于评估结肠癌患者化疗后的复发风险。 | 结肠癌患者的化疗效果及复发风险。 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | RNA表达谱 | 多个队列的结肠癌患者，具体数量未详述 |
| 3704 | 2024-08-08 |
Origin, molecular specification, and stemness of astrocytes
2022-03, Developmental neurobiology
IF:2.7Q3
DOI:10.1002/dneu.22863
PMID:35006642
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综述 | 本文综述了星形胶质细胞的起源、分子特化及其干细胞特性 | 利用单细胞测序技术深入理解星形胶质细胞谱系的模式和分子特化 | 星形胶质细胞的发育分期和命运特化及分化的分子机制仍未完全明确 | 探讨星形胶质细胞的早期发育、异质性及其在不同条件下的功能适应性 | 星形胶质细胞及其在神经系统中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 3705 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Embryonic Endothelial Heterogeneity at Spatiotemporal Level and Multifunctions of MicroRNA-126 in Mice
2022-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.317093
PMID:35021856
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了胚胎期小鼠内皮细胞在时空水平上的异质性以及微小RNA-126（miR-126）的多功能性 | 首次详细探讨了胚胎期内皮细胞的转录异质性，并揭示了miR-126在维持内皮细胞异质性中的关键作用 | NA | 评估发育期内皮细胞在时空水平上的转录异质性，并揭示miR-126敲除对胚胎期内皮细胞聚类的影响 | 小鼠胚胎期的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠胚胎14.5天，以及Tie2-cre介导的内皮细胞特异性miR-126敲除胚胎 |
| 3706 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Temporal Diversity and Dynamics of Cardiac Immunity after Myocardial Infarction
2022-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100752
PMID:35023642
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了心肌梗死后不同时间点心脏Cd45免疫细胞的多样性和动态变化 | 首次揭示了心肌梗死后心脏免疫细胞的时序多样性和动态变化，并识别了主要的免疫细胞群及其亚型 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨心肌梗死后心脏免疫反应的时序调控机制 | 心肌梗死后心脏Cd45免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠左前降冠状动脉结扎模型中的免疫细胞样本 |
| 3707 | 2024-08-08 |
Inhibition of ceramide accumulation in AdipoR1-/- mice increases photoreceptor survival and improves vision
2022-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156301
PMID:35015730
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研究论文 | 研究显示，AdipoR1基因缺失的小鼠中，通过抑制神经酰胺积累可以增加视网膜光感受器的存活并改善视力 | 发现ADIPOR1编码的神经酰胺酶在视网膜中的重要作用，并通过药物治疗抑制神经酰胺生成，为ADIPOR1相关视网膜病变提供了一种治疗策略 | NA | 探讨AdipoR1基因缺失对视网膜光感受器的影响及可能的治疗方法 | AdipoR1基因缺失的小鼠及视网膜光感受器 | NA | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3708 | 2024-08-08 |
Inducing human retinal pigment epithelium-like cells from somatic tissue
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.008
PMID:35030321
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研究论文 | 本文开发了一种快速重编程系统，从人纤维母细胞中稳定诱导出类似视网膜色素上皮细胞（iRPE），并进行了全面的单细胞RNA测序分析。 | 本文创新性地开发了一种快速重编程系统，通过条件性过表达广谱可塑性和谱系特异性转录因子，从人纤维母细胞中诱导出iRPE细胞。 | NA | 旨在开发一种成本效益高的方法，用于诱导人类视网膜色素上皮细胞，以用于再生医学和细胞疗法。 | 人类视网膜色素上皮细胞（RPE）和类似细胞（iRPE）。 | 再生医学 | 老年性黄斑变性（AMD） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 3709 | 2024-08-08 |
CD127 imprints functional heterogeneity to diversify monocyte responses in inflammatory diseases
2022-02-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211191
PMID:35015026
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了COVID-19和类风湿性关节炎患者中的炎症单核细胞的功能多样性，发现CD127标记的单核细胞具有低炎症表型。 | 首次揭示了CD127在炎症单核细胞中的功能异质性，及其对IL-7信号传导的影响。 | NA | 研究炎症单核细胞的功能多样性及其在炎症性疾病中的作用。 | COVID-19和类风湿性关节炎患者的炎症单核细胞。 | NA | 炎症性疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自COVID-19和类风湿性关节炎患者的炎症单核细胞样本 |
| 3710 | 2024-08-08 |
The transcription factor HIF-1α mediates plasticity of NKp46+ innate lymphoid cells in the gut
2022-02-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210909
PMID:35024767
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研究论文 | 本文研究了转录因子HIF-1α在肠道中调节NKp46+先天淋巴细胞（ILCs）可塑性的作用 | 首次揭示了HIF-1α通过直接上调T-bet促进ILC1表型，从而影响ILC3向ILC1的转化 | 对HIFs在ILC表型和肠道稳态中的影响理解尚不充分 | 探讨HIF-1α在肠道先天淋巴细胞表型和肠道稳态中的作用 | 肠道中的NKp46+先天淋巴细胞（ILCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的NKp46+ ILCs |
| 3711 | 2024-08-08 |
NKG7 Is Required for Optimal Antitumor T-cell Immunity
2022-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0649
PMID:35013002
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研究论文 | 本研究探讨了NKG7在肿瘤抗原特异性CD8 T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用 | 首次深入研究了NKG7在肿瘤免疫中的具体作用，特别是在新抗原介导的肿瘤排斥和免疫检查点阻断(ICB)免疫治疗中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床研究来验证结果 | 研究NKG7在抗肿瘤T细胞免疫中的作用及其对ICB治疗效果的影响 | NKG7在肿瘤免疫中的作用，特别是对CD8 T细胞和自然杀伤(NK)细胞的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 包括转移性黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本以及NKG7缺陷小鼠和报告小鼠的肿瘤模型 |
| 3712 | 2024-08-08 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
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研究论文 | 研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗前后，循环中的T细胞特征与免疫相关不良事件（irAEs）之间的关系 | 首次发现激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE的发展相关，无论器官系统是否受累 | 研究样本量相对较小，且仅限于黑色素瘤患者 | 探究免疫检查点抑制剂治疗中，T细胞特征与免疫相关不良事件之间的关系 | 黑色素瘤患者的循环T细胞 | NA | 黑色素瘤 | 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体（TCR）测序 | NA | 血液样本 | 93份治疗前和早期治疗血液样本，涉及27、26和18名患者的三组队列 |
| 3713 | 2024-08-08 |
CellRank for directed single-cell fate mapping
2022-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01346-6
PMID:35027767
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research paper | 本文介绍了一种名为CellRank的方法，用于在方向未知的多样化场景中进行单细胞命运映射，包括再生、重编程和疾病。 | CellRank结合了轨迹推断的鲁棒性和来自RNA速度的方向信息，考虑了细胞命运决定的渐进性和随机性，以及速度向量的不确定性。 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在方向未知的生物过程中进行单细胞命运映射。 | 单细胞RNA测序实验中的细胞状态动态。 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | RNA velocity | NA |
| 3714 | 2024-08-08 |
Galectin-3 promotes the adipogenic differentiation of PDGFRα+ cells and ectopic fat formation in regenerating muscle
2022-02-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199443
PMID:35029658
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研究论文 | 本文研究了Galectin-3在PDGFRα+细胞中的脂肪生成分化作用及其在肌肉再生中异位脂肪形成的影响 | 通过单细胞RNA测序和质谱分析，揭示了Galectin-3在肥胖相关IMAT形成中的作用及其分子机制 | NA | 探讨肥胖相关IMAT形成的分子机制及其在肌肉再生中的作用 | PDGFRα+细胞在肥胖和肌肉再生中的脂肪生成分化过程 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序，质谱分析 | NA | RNA序列，蛋白质组数据 | 肥胖小鼠模型 |
| 3715 | 2024-08-08 |
Decoding the role of macrophages in periodontitis and type 2 diabetes using single-cell RNA-sequencing
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101198R
PMID:35032412
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了巨噬细胞在牙周炎和2型糖尿病中的作用及其异质性 | 首次揭示了牙周炎中巨噬细胞的基因表达异质性，并展示了这些细胞在2型糖尿病患者中的转录和信号异质性 | 研究样本仅限于牙周炎和2型糖尿病患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨巨噬细胞在牙周炎和2型糖尿病中的作用及其异质性 | 牙周炎和2型糖尿病患者的牙龈组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自牙周炎和健康部位以及有无2型糖尿病的患者的牙龈组织样本 |
| 3716 | 2024-08-08 |
Macrophages-aPKCɩ-CCL5 Feedback Loop Modulates the Progression and Chemoresistance in Cholangiocarcinoma
2022-Jan-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-02235-8
PMID:35033156
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞与aPKCɩ-CCL5反馈环在胆管癌进展和化学抗性中的作用 | 首次揭示了巨噬细胞-aPKCɩ-CCL5反馈环在胆管癌中的作用，并提出了一种新的治疗策略 | NA | 研究巨噬细胞与胆管癌细胞之间的相互作用及其在肿瘤进展和化学抗性中的机制 | 胆管癌中的巨噬细胞、aPKCɩ和CCL5 | 数字病理学 | 胆管癌 | 10x Genomics单细胞测序技术 | NA | 组织样本 | 70个人类胆管癌组织样本 |
| 3717 | 2024-08-08 |
Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals distinct cellular and transcriptional modules associated with survival in lung cancer
2022-01-14, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00824-9
PMID:35027529
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和公共批量RNA测序数据，揭示了肺腺癌和鳞状细胞癌中与生存率相关的细胞和转录模块 | 本研究首次建立了包含52个单细胞RNA测序和2342个公共批量RNA测序的多组学图谱，揭示了肺腺癌和鳞状细胞癌中特定的基因扩增、细胞组成和表达模块 | NA | 研究肺腺癌和鳞状细胞癌的细胞和转录特征，以及这些特征与患者生存率的关系 | 肺腺癌和鳞状细胞癌的细胞组成和转录模块 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 52个单细胞RNA测序样本和2342个公共批量RNA测序样本 |
| 3718 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of human iPSC differentiation dynamics reveal a core molecular network of Parkinson's disease
2022-01-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02973-7
PMID:35027645
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为多巴胺能神经元（mDA）的过程，揭示了帕金森病（PD）的核心分子网络 | 首次通过单细胞RNA测序和基因表达分析，揭示了与帕金森病相关的核心分子网络，并展示了这些基因在mDA神经元分化过程中的差异表达 | NA | 探究帕金森病的疾病机制，并寻找可能的治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为多巴胺能神经元（mDA）的过程及其与帕金森病相关的基因表达 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序（RNAseq） | NA | 基因表达数据 | 包含PINK1-ILE368ASN突变和对照细胞系的多个样本 |
| 3719 | 2024-08-08 |
baredSC: Bayesian approach to retrieve expression distribution of single-cell data
2022-Jan-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04507-8
PMID:35021985
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研究论文 | 本文介绍了一种名为baredSC的新工具，用于通过贝叶斯方法从单细胞RNA测序数据中推断内在表达分布 | baredSC能够处理多模态情况下的稀疏数据，并揭示基因表达的复杂分布 | NA | 开发一种新工具以从单细胞RNA测序数据中检索感兴趣基因的表达分布 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 基因表达数据 | 模拟数据和两个真实生物数据集 |
| 3720 | 2024-08-08 |
Danger signal extracellular calcium initiates differentiation of monocytes into SPP1/osteopontin-producing macrophages
2022-01-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04507-3
PMID:35022393
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研究论文 | 研究探讨了在没有初级信号的情况下，细胞外钙和钙蛋白颗粒如何诱导单核细胞分化为钙巨噬细胞，并分析了其形态和功能特征。 | 首次展示了在没有初级信号的情况下，细胞外钙和钙蛋白颗粒可以直接诱导单核细胞分化为钙巨噬细胞，并详细描述了这一过程的分子机制。 | 研究主要集中在健康对照和类风湿关节炎患者的单核细胞上，未涉及其他疾病状态或更广泛的人群。 | 揭示在没有初级信号的情况下，细胞外钙对单核细胞的影响及其分化机制。 | 健康对照和类风湿关节炎患者的单核细胞及其分化后的巨噬细胞。 | 细胞生物学 | 类风湿关节炎 | scRNA-seq, DNA微阵列, 蛋白质组学, 成像流式细胞术 | NA | 细胞 | 健康对照和类风湿关节炎患者的血液样本 |